气愤了，他向皇帝提交了辞呈。
二十四日这一天，张居正上了辞呈，由他举荐的内阁次辅张四维和刚刚上任的吏部尚书张瀚都上了辞呈，要一齐离任。
二十五日，张居正又向万历提交辞呈。他面见皇帝时很激动，俯在地上磕头，痛哭流涕，不肯起身。他说：“我不能尸位素餐，言官们要赶我走，我一走，大明朝就好了。”
万历安慰他，也不免生气：“先生起来吧，我为你出气，把刘台抓起来了，把他放到监狱里，谁让他敢陷害先生？”
张居正痛哭，离开宫中，回到府内，对姚旷说，关起府门，摘下门前的灯笼，将府门上皇上赐的匾摘下来。
张居正从这天起不再上朝了，躲在书房里看书。
琴依进来了，以一种看破内心的口吻劝张居正：“先生可以生气，但不能把事儿闹得太大了。”
张居正一惊，堆起一脸苦笑，但对这个女人他仍胸有成竹：“我把事儿闹大了吗？事儿不算大啊，你看过刘台的折子吗？他想整死我，他说我贪。贪在武臣，贪在边鄙？我就不明白，他这是什么居心？边事不宁，总有兵祸，戚继光、李成梁、殷正茂用银子，我从不吝惜，这就是贪吗？他是想害我。”
琴依看得很准：“他是攻你腹心，这一说致命，皇上还小，如果他大了，一定会怀疑先生。”
张居正叹息，说，所以我要走。
琴依说，你走不了，皇上离不开你。
不多一个字，不少一个字，琴依说完，走了，像一阵风样走了。望着她的背影，张居正有些恍惚，有些愤懑，还有些孩子似的不服气。他想这女子精灵古怪，看事刁钻，不像她的身份，最易乱人心性。高拱让她留下来，留在他身边，是福，是祸？
吴苏来见冯保：“活老祖宗，你看怎么办？刘台落在我手里了，是要他死，还是要他活？”
冯保扯着吴苏，让他过来看那盆“魏紫”，这花在冯保家已有二年，长势喜人。冯保念叨：“你看，你看，真是怪了，当初洛阳送来两盆珍品，一盆‘姚黄’，一盆这‘魏紫’。‘姚黄’在相府里，我那天去看了，哎呀呀，人家那花养的，有灵气，跟张居正身边的美人似的，长得俏，好看。我这花也没少操心，可咱家这‘魏紫’就是没人家那‘姚黄’长得精神，那花跟有魂似的，你说是不是怪了？人家张先生正在势头上，连花也势利眼，巴结他。是不是？”
吴苏不与冯保说花，继续说刘台：“依我的心性，在狱里活活打死那个刘台，让他再也没机会咬人，这下子活老祖宗不是也帮张居正大忙了吗？张居正他心里得惦念活老祖宗好，是不是？”
冯保冷笑：“你怎么这么傻？你以为杀人是帮忙？要是那么简单，我早就宰了那些言官，剩不下几个了。你呀给我记着，那个刘台呢，打还是要打的，只是别打坏了。打他的皮，别打他的骨，打得他流血，别打出内伤来。”
吴苏听不明白了，问：“老祖宗不向着张居正啊？”
冯保乐：“当初那些言官一门地上疏，非整死我不可，他张居正帮了我，这回你就看看，看我怎么帮他。”
吴苏弄不明白了，不知道冯保究竟想怎么干。
二十六日，万历派司礼监太监孙隆拿着他的亲笔手敕和赏赐物品到张居正府上慰问。
张居正在院里磕头谢恩，孙隆当面宣读万历皇帝的谕旨，大声念道：“先帝以朕幼小，付托先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鉴知。独此畜物为党丧心，狂发悖言，动摇社稷，自有祖宗法度。先生不必如此介意，只思先帝顾命，朕所倚任，保安社稷为重，即出辅理，朕实惓惓伫望。特赐烧割一分、手盒二副、长春酒十瓶，用示眷怀。先生其佩承之，慎勿再辞。”
张居正跪下谢恩，说：“司礼监捧圣旨到臣私寓，真是感谢圣上恩宠，只是臣心力憔悴，不胜大事，愿圣上再选良臣。圣上如此隆恩，只能一死报效了。”
这天晚上，张居正去葛守礼府上看他，葛守礼病了，不能上朝，不能去都察院视事了。他看着葛守礼，颇是心酸：“我看你来了。”
葛守礼说：“你是宰辅，万事皆要靠你，你看我做什么？我是不行了，帮不上你了。”
张居正强忍泪水：“我想告诉你刘台一事，你听说了吧？”
葛守礼说：“自大明朝开始，便生言官与内阁之争，到今天是愈争愈烈，我就不明白，刘台就不能与你好好商议一下，如何做，才能让大明朝不受水煮火烧，这件事他看不明白吗？”
张居正心生怒火：“一句话就说透言官的心思，他们排击辅臣，想既可免于公法，又足以沽直声而后用，天下的便宜事，全让他占了。我这一次也用了一下手腕，让皇上没有退路，皇上最后下令严处刘台，我的心里才稍解一口怨气。”
葛守礼挣扎着起来，对他说：“你是元辅啊，不能那么做，那么做，你与言官的仇恨便结下了。从大明朝开端，有与言官结怨而一帆风顺的辅臣吗？没有，从来没有。他们会抓住你不放，你这辈子，你下辈子，都得受言官的仇视，早晚会遭他们报复，他们是睚眦必报。”
张居正更是强硬：“我不怕他们报复，想要大明朝有救，必得行新政，总是说三道四，逼得我步履维艰，灰心至极，不愿再理朝事，有些退隐林泉老死乡下的想法，这真是我的心里话。”
葛守礼说：“你是首辅，要真能退隐了，还用这么忙碌做事么？我病了，不能帮你了，我只是给你一个劝告，不可跟言官争吵得太厉害，上一次言官弹劾你，你就用不成潘季驯，不用他治河，也误事不小，吴桂芳是不是比不上潘季驯？”
张居正笑一笑：“吴桂芳用了两年，把清湾河开成了，这回不再从云梯关出海口，河道很流畅。”
张居正握着葛守礼的手说：“你说，跟言官能说说明白吗？能跟他们讲清，大明朝眼看着就要油尽灯枯了吗？我也就纳闷了，这些人为什么总是不在乎，什么都不在乎？大明朝的生生死死跟他没一点儿关系，这怎么能行？他不是大明朝的官员吗？他不靠吃大明朝的俸禄活命吗？就是不靠这个，他也得过安定日子，怎么能什么都不在乎，只顾惜他那正直名声？像这个刘台，真是让人恨不得，骂不得。”
葛守礼长喘：“你是首辅，放过他们吧。上次傅应祯攻讦皇上，你也上疏，求免廷杖。这回刘台直接攻击你，你更得跟皇上求情，免了他的廷杖。看来刘台是免不了给发配去戍边，你是首辅，可千万记着，绝不能让镇抚司把刘台打坏，要真是打坏了他，你这一生的清名也就完了。”
张居正坐在轿里回府，自问：镇抚司会不会行刑打死刘台？心里越想越怕，回到府中，就命姚旷去找锦衣卫同知徐爵，说要见冯保。
晚上冯保真就来了，他是得了慈圣皇太后的命，要他替两宫太后来看张居正，赏张居正一些礼物，又安慰有加。
冯保跟张居正来到书房，两个人坐下了，说些知己话。
张居正问：“刘台在镇抚司狱里怎么样？”
冯保说：“还能怎么样？我告诉他们，要收拾他，哪一天就宰了他。”
张居正皱眉，轻叹说：“不能杀，一杀人，更麻烦了。”
冯保不愿：“你总是大人肚量，可他就不给你脸面，这一回尤其难堪，他竟是说张先生是奸雄心肠，你要是不宰了他，那些言官更嚣张，你以后更没好日子过了。不如就宰了他，让他死在镇抚司狱里，皇上再不会说什么，你不必担这个责任，我来宰了他。”
张居正对冯保草菅人命的心思不大赞成，他是文臣首辅，不能那么做。他说：“别叫刘台出事儿，一旦出事儿，更是麻烦了，我把刘台的性命交付冯公公了。”
冯保说：“你要他活，他就活呗，只是他不承认过失，无论怎么上刑，还骂你是一代奸雄，你说怎么办？”
张居正说：“让他去戍边吧。”
万历躺在床上，悄声问母后：“张先生生气了，要不要杀了那个刘台？”
慈圣皇太后与仁圣皇太后都说，你不能杀人，自从大明朝建国，从没杀过言官。太祖皇帝说过，就是皇上有错失，也要臣子一谏再谏，他们可以多说话。
万历说，我知道，我能背诵下来呢。太祖皇帝说，凡有进谏，如是不听，可一谏再谏，直至内阁都上来进谏，皇上最后肯听信谏言，方可停止。
仁圣皇太后说，自大明朝建国以来，从没有杀言官的，当堂杖死的是有，但直接杀，可不好。
万历说：“我明白了。”
万历对冯保说：“这个刘台，怎么处置他呢？你说。”
冯保也无奈：“还是听张先生的，把他直接弄去戍边吧。”
万历不喜欢开经筵了，他不愿意看侍讲官的面孔，有一次开经筵，侍讲官竟是当着众人的面儿，直指斥他不能勤勉国事，说他放纵官员荒淫。他一个十几岁的孩子，知道他们回家干了什么？他真想大声喊那个官员，但他只是瞪眼看着那官员，那官员因为能直斥皇上而兴奋得浑身发抖。他说：“皇上，你是放纵官员作奸犯科，天示灾警，京师两度地震，是天降灾患与大明朝，淮河两岸民灾，是天示警于人，皇上怎么能不自省呢？”
万历觉得可恨，问张居正，为什么在经筵上，皇上不可以责斥侍讲的官员？
张居正说，嘉靖六年有人上奏说，经筵最讲究圣贤之心、礼仪之道，所以在经筵上，就是侍讲的官员讲错了，也不能责备他们，要放过他们。在经筵上，侍讲说到本朝的得失，只能洗耳恭听，以示皇上有宽大胸怀。
万历低下了头，想再说什么，但看看张居正，说：“我明白了。”
他不想去听什么经筵了，不让他说话，只听人斥责，有什么意思？
他头一次对皇太后说，他头疼，有些脚软。慈圣皇太后说，你得去开经筵，不能缺席。仁圣皇太后说，他还只是一个孩子，别让他去了，就休一天，他身子更要紧。慈圣皇太后说，姐姐，你太惯着他了，要是他太过懒散，大明朝怎么中兴？仁圣皇太后说，我就是一个病身子，我可不要儿子再生病，你记着，他要是生病了，你大明朝再紧要，也没用了。他就缺席了一场经筵，没有他去，那经筵也就没开。
万历还是有些担心，问冯保：“经筵没开，官员们是不是会没肉吃了？”
冯保说，皇上别太挂念他们了，他们能像皇上这么挂念着人，那可就好了，大明朝早就是开明盛世了，可惜他们不像皇上这么仁慈。
万历乐意去仁圣皇太后宫里，一去宫中，仁圣皇太后就迎上来，对他说些知心话。她说，你瘦了，身子是不是不好啊？你要多休息。他就说，国家大事要我操心，我得操心大事。仁圣皇太后说，你多操心点儿自己的身子，这比什么都要紧。仁圣皇太后对他说些宫里的旧事，说些嘉靖朝的事儿，宫里养猫狗的事儿。边说边乐，还拿出一些好吃的给他吃。在母后宫里，母亲从来不让他多吃，还看管着他，要他节食，要他自重。在仁圣皇太后宫中，他可以任性胡为。
最乐的事儿是在仁圣皇太后的宫中，可以小睡一会儿。
仁圣皇太后说：“乐儿，你去服侍皇上睡一会儿，记着，你可不许碰皇上。”
乐儿是宫里的侍女，精灵水滑的，会读书，又善抚琴，是一个聪慧女孩儿，长得好，人又聪