续几代清朝最高统治者席不安寝。如今，大清最强大的敌对势力被彻底消灭，乾隆终于可以长长地出一口气了。
但乾隆仍然放不下心来。这场战争形势几起几落，让他从大喜到大悲，经历了数度煎熬。本来，在他的计划中，这场战争只需要数月时间，数百万两军费。没想到，战争最终拖了三年，一次战争变成了三次，中间出现了平定喀尔喀蒙古叛乱这个插曲。向臣民许诺的迅速成功演变成一场惨胜，军费最终高达数千万两，多名大将折损，乾隆有些恼羞成怒。
而战争过程中准噶尔部蒙古人表现出的强悍倔强，也令乾隆心生后怕。在准噶尔四部中，只有杜尔伯特部第一次投降之后，一直忠心耿耿地服从大清，其他三部，都是屡降屡叛，让乾隆吃尽苦头。这支历史上一再演出惊人之作的蒙古部落确实有着一般民族没有的硬骨头。如何对付这个民族，乾隆费尽心思。仅仅分而治之似乎难以彻底削弱这支蒙古人的力量。他十分担心数十年后，准噶尔部蒙古人春风吹又生，重新成为大清的敌人。
经过深思熟虑之后，他做出了一个惊人的决定：对准噶尔部蒙古人，除了杜尔伯特部外，“总以严行剿杀为要”。
这实际上是一道种族灭绝令。
其实，在整个平准战争中，“残酷”一直是主旋律。头两次平准战争虽然没有出现有计划的大屠杀，但是“因粮于敌”的策略本身就是一场屠杀。在进军过程中，清军一直是以抢劫作为补充军粮的唯一手段。那些被抢走了所有牲畜的准噶尔蒙古人后来大多死于饥饿。准噶尔人一开始以为清军是自己的救星，及至发现他们其实是强盗后，越来越多的人自发地反抗清军，对他们展开袭击。因此，在第二次出兵时，清军已经开始大肆屠杀平民。他们“宁可错杀一千，不可放过一个”，凡遇到可疑的蒙古民众，一律杀掉了事，以维护自身的安全。而这一策略也得到乾隆的首肯甚至鼓励。乾隆二十一年（1756年）八月一日，清军参赞大臣哈达哈等向皇帝奏报：清军来到济尔玛台地方时，遇到厄鲁特的一位部落首领敦多克带领几名亲信前来投降。清军认为他们形迹可疑，不敢断定是否真降，遂将敦多克等人“俱行诛戮”，随后又带领大军来到这个部落的游牧地，把毫无准备的1700户牧民“悉行剿灭”。乾隆皇帝收到这个奏报之后，认为哈达哈“奋勇可嘉”，授为领侍卫内大臣。
在展开大屠杀前，乾隆已经多次导演过整部落的灭绝事件。
阿睦尔撒纳反叛后，乾隆分别任命了新的准噶尔四部汗王。其中任命巴雅尔为辉特部的汗王，沙克都尔曼吉为和硕特部的汗王。乾隆二十一年十月，乾隆获悉巴雅尔追随阿睦尔撒纳复叛的消息后，大为震怒，他命人全力剿灭辉特部，对和硕特部汗王沙克都尔曼吉，也密谕清朝将军“倘稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭”。
沙克都尔曼吉在平准战争中率先投降了清朝，所以才被封为“和硕特汗”。他是坚定效忠清政府的。叛乱四起时，他拒绝附从叛军，不顾个人安危，毅然率本部四千余户离开故土投奔内地，来到清军驻地附近，“依巴里坤（清西路大军军营）近城以居”。清朝将军雅尔哈善见皇帝猜疑心重，遂抱定宁左勿右的宗旨。尽管沙克都尔曼吉毫无叛意，仍然设计剿杀。
对于这次屠杀，雅尔哈善很动了一番脑筋。他从自己的军队中精选了五百人，假装出兵他处，路过和硕特部的住地借宿。沙克都尔曼吉见是天朝大军来到，极表欢迎，腾出了最好的几十顶帐篷给这些清兵住。尽管自己部落乏食，仍然“屠羊以待”，把仅存的几十只羊都杀掉了，拿出积存的所有美酒，盛情款待。心地拙实的蒙古首领们在宴席上都喝得大醉。等到半夜时分，清军“以笳为令，袭其卧庐”，一声令下，对沉睡中的蒙古人发起突袭，一个蒙古包一个蒙古包地杀戮，杀光了七百座蒙古包中的蒙古人，“尽歼全部四千余人”。而汗王沙克都尔曼吉也死得很惨。据《啸亭杂录》载，沙克都尔曼吉喝醉之后，脱光衣服，呼呼大睡，对于闯进来的清军毫不知觉。他的妻子从睡梦中惊起，见清军持刀砍向她的丈夫，遂奋不顾身赤身裸体扑到丈夫身上，为他挡刀，结果两人被乱刀砍死，死后仍然紧紧抱在一起，“裸而抱持之，如两白蛇蜿蜒穹庐中”。
情况汇报上来，乾隆帝夸奖雅尔哈善“办理甚属奋往”，著交部“照军功议叙”。雅尔哈善于第二年被授为参赞大臣，擢兵部尚书，后来又被封为一等伯。
如果说这些屠杀尚属带有偶然性的局部事件的话，在第三次平准战争中，屠杀则演变成了一场周密的部署。在第三次平准战争中，皇帝明确谕示：“厄鲁特人等反复无常，实为覆载所不容”，“此等贼人断不宜稍示姑息，惟老幼羸弱之人或可酌量存留，另筹安插。前此两次进兵，皆不免过于姑容，今若仍照前办理，则大兵撤回，伊等复滋生事端，前事可为明鉴”。
在皇帝的导演下，一场惨绝人寰的悲剧在西部草原拉开了帷幕。
伊犁附近的赛里木湖是新疆最大、最美的高山湖泊之一，它像一块巨大的翡翠，静静地镶嵌在天山腹地。远岸雪峰高耸，湖边牛羊如云，恍若世外桃源。
250多年前，这座美丽的湖泊附近却上演了人类历史上最野蛮的一幕。乾隆二十三年（1758年）春天，正是草场返青、野花怒放的季节。数千名大清兵丁在这个季节里进行着一场盛大的围猎。他们围猎的对象不是动物，而是人类，是新疆准噶尔部落的蒙古族平民。他们进入一条条山谷，沿河而上，细细搜索，遇到蒙古包，就冲进去，把里面的人统统砍死。大部分世代生活在这里的蒙古牧民根本没有弄明白是怎么回事，就一家家被消灭了。
一支拥有二百顶帐篷的蒙古小部落提前下了山，在赛里木湖畔支起了一顶顶帐篷。这支部落已经在这里平静地生活了数百年，他们根本想不到自己有一天会成为自己同类的猎物。部落中的男人骑着骏马，慢悠悠地驱赶着牛羊，女人在帐篷里赶制一天的食物，孩子们淌着鼻涕，扯着刚返青的枝条玩着打仗的游戏。一切都与其他春季没有区别。
中午的时候，急促而纷繁的马蹄声响起。数千名全副武装的清朝骑兵形成一个半圆形，由远及近，围住了这片湖畔的二百多顶帐篷。男人们惊讶得不知所措，张大着嘴呆呆地看着这些陌生的异族人。女人们躲进帐篷由毡缝偷偷向外窥视。只见这些身材矮小的满族军人从一座座蒙古包里把蒙古人驱赶出来。个别人想反抗，立刻被军人砍翻在地。
不到半个时辰，这个小部落的一千多人全部被赶到了湖边。在清军的指挥下，他们中的四百多名男人被挑了出来，每十人为一队，被拉到一个低洼处，挨个儿斩首。一些蒙古男人激烈地抗争质问，这些从天而降的陌生人凭什么如此大开杀戒，得到的回答只是提前的一刀。鲜血流进赛里木湖，近岸的一亩多湖水被染得赤红。大部分蒙古汉子知道任何挣扎都无济于事，习惯于听从首领和命运的他们一个个一言不发，听话地走向指定的地点。一个多小时后，这个小小蒙古部落的男人们被彻底消灭。史书对这种情景的记载是“以次斩戮，寂无一声，骈首就死”。
在处理男丁的同时，在另一侧，分配女人和孩子的工作也在有条不紊地进行。清军从队伍中挑选那些年轻有姿色的女人，以及看起来伶俐聪明的孩子，准备运回内地，作为奴隶。大约三百名妇女儿童被挑走了，史书记载说这些人后来“多死于途”，因为饥饿死于路上。还剩下二百多名老丑病残的女人以及七岁以下的孩子，清军将领一声令下，数百匹战马冲入人群当中，这些没人要的战利品被作为桩靶，为清军的军事训练贡献了最后一点作用。
这是清朝平定准噶尔大军的将军兆惠亲自指挥的搜剿准噶尔蒙古部落的大屠杀中的一个小小场景。
乾隆二十二年（1757年）四月十八日，清将军成衮扎布、兆惠等率兵七千名，从巴里坤起程。此次出兵进剿的目的，并不是追捕阿睦尔撒纳，而是专为剿灭厄鲁特蒙古人。因为蒙古游牧都沿河而居，所以他们的捕杀也沿河进行。乾隆二十二年九月，成衮札布在奏报中，汇报了自己带人捕杀蒙古人的情形，他提到：“在图尔根河，剿杀一百余人，收其妻子器械”，“剿杀塔里雅图河口贼百余人，察克玛河口贼四十余人”，“于济尔哈朗河剿杀厄鲁特七户四十人，于博多美和罗剿杀克鲁特一百五十余人”，“搜取绰和尔所种地亩，剿杀玛哈沁三百余人”。从这些汇报可知，清军剿杀的是散居在各条河流边的厄鲁特牧民和农民，根本不是有组织的叛乱部队。
甚至喇嘛僧人和种田的农民都没能逃脱剿杀。乾隆命令将军到伊犁时，“将彼处喇嘛等剿办”。乾隆二十三年（1758年）八月初四，史书记载清军把在乌梁海种地的五十余户蒙古农民“全行剿杀”。
直至第二年，乾隆二十三年，厄鲁特部余众都逃入了山谷丛林中，乾隆还命人搜捕，以求斩尽杀绝。《啸亭杂录》载，清军将领二人分别从博罗布尔、赛里木两地，如同打猎一般，由两地向中间的伊犁地区合围，这中间数百里地方，不管是山谷还是林区，只要有人住的地方，“悉搜剔无遗”。当时散居的厄鲁特蒙古人无法抵抗，“虽一部有数十百户，莫敢抗者”。清军“呼其壮丁出，以次斩戮，寂无一声，骈首就死，妇孺悉驱入内地赏军，多死于途，于是厄鲁特之种类尽矣”。（《啸亭杂录》）
除了像打猎一样屠杀散居的蒙古人之外，清军进行的另一项重要军事活动，就是把大举投降的准噶尔蒙古部落一批批移送到内地，然后再“办理”。
在清军第三次平准战争中，大部分穷困的准噶尔蒙古人仍然把清军当作把自己从战乱中解救出来的“恩人”，见到清军到来，“妇孺欢呼，如出水火”。更有许多蒙古人听说清军到了，成群结队地，一个部落一个部落地赶赴清军所在地，向他们归顺投降。对于这些人如何处理，心思缜密的乾隆早有指示。早在第三次平准出发之时，他就指示清军将领，在地广人稀之处，见到蒙古人，当时就可杀掉。但是如果遇到大批人户来投降，不要立刻剿杀，因为人数太多，一时杀不过来，“难保无一二逃窜之人，泄漏其事”，令其他部落的人闻讯逃跑。所以他命令，把那些大批投降的蒙古人，要一批批地押送到甘肃内地之后，再全部处死。
乾隆指示的原文是这样说的：“大兵此次进剿，厄鲁特蒙古人必然会大批投诚。如有到巴里坤投降者，可以把他们的头目先行送到京师，其他部众，可向内地迁移，等到过了巴里坤之后，对那些男人，都尽行剿戮。所余的妻子，酌量分别赏给官兵为奴，不得稍存姑息。”（《清高宗实录》乾隆二十二年二月）
清军攻克伊犁之后，乾隆再次下旨说：“现在，两路大军接纳的投降蒙古人甚多。他们外表归顺，内心未可全信。可将他们先迁至巴里坤，然后再迁到肃州，然后进行诛戮。”
数万名投降了清军的蒙古人就这样被长途驱赶到内地，在一些不知名的山谷里，被全部杀掉�