下，嘉庆帝对军队进行了重大的人事调整。首先，他把镇压白莲教的数股军队统一到一起，归为五省经略大臣指挥，节制川、陕、楚、甘、豫五省军务，从此，军事指挥大权得到统一。
通过惩办贪污和人事调整，一个更强有力的后勤保障体系初步建立起来。经过不懈努力，镇压白莲教的军事战争终于出现了重大转机。嘉庆七年（1802年）年底，额勒登保、德楞泰与四川总督、陕两总督、湖广总督等联名，用黄绫表外、里内朱红的折子，六百里加急驰奏：“大功底定，川、陕、楚著名首逆全数肃清。”镇压白莲教的关键战役取得了胜利，嘉庆帝激动万分、热泪盈眶。他的新政，终于结出了鲜艳的果子。
乾隆晚年以来死气沉沉、万马齐喑的政治局面终于出现了转机，漫天的腐败乌云中终于裂开了一线青天，郁闷了许久的大清臣民长长地舒了一口气。新皇帝亲政三年以来，他们对大清王朝的信心慢慢恢复。这个有胆有识的新皇帝，看来完全有能力力挽乾隆晚年以来的衰颓之势，使大清走出后全盛时代的迷茫期，重回向上轨道。
带着初政成功的喜悦和自得，嘉庆七年秋，皇帝骑着骏马英姿飒爽地出现在了坝上。小时候，他曾经多次随着父皇来这里围猎，古木参天的茂密森林，万人围猎的壮观气势，猎虎斗熊的紧张气氛，让他一直魂牵梦绕。因此，在镇压白莲教战争取得决定性胜利之后，他马上把“木兰秋狝”提上了议事日程。圣祖康熙开创的这个旨在联系外藩、保持武备的传统活动，在自己即位后还一直没有来得及举行。今天，他终于可以一偿夙愿了。
然而，离木兰围场越近，皇帝的心情就越异样。这还是他记忆中的围场吗？围场周围的木栅东倒西歪，缺口处处。围场里参天的古木不见了，砍剩的木墩如同一个个惊心的伤口在地上呻吟。地上纵横着运木大车的车辙，有的地方因为车辆过频，俨然成了光秃秃的大路。处处是盗木者搭建的窝棚，地上经常出现燃剩的树枝，有的还冒着微弱的青烟。很显然，这是盗木者们生火做饭的痕迹。皇帝后来回忆他感觉到的震惊说：“百余年秋狝围场，竟与盛京、高丽沟私置木厂无异。”皇家猎场，居然成了盗木贩子任意横行的木材产地。管理人员的失职一目了然。
修养极佳的皇帝没有立刻发火。他强抑怒火，按着父皇行围的路线，带领一万骑兵中规中矩地打了一天的猎。过去，父皇每次出猎都能打到老虎、黑熊等猛兽，狐狸、麋鹿、獐子等小动物更是数以十百计。可是他奔波了一整天，只打到了两只小小的狍子！不是他射术不高明，也不是骑兵们不听指挥，而是猎物太少了。一方面是林场破坏，猎物逃散；另一方面，盗猎者趁皇帝不来的这些年，一直在与皇帝分享这个皇家猎场。十分之九的麋鹿生獐等物，都成了他们的盘中餐。
回到热河行宫，皇帝按旧例，把这两只狍子中的一只供奉在后楼祖宗御像前。过去，这座宽达三米的巨大供桌上往往会摆上十多只野兽，而今，却孤零零只摆着一只小小的狍子。不知道列祖列宗看了会是什么感想？皇帝感觉自己脸上一阵阵燥热。
羞愧过后，皇帝不得不感慨，大清王朝毕竟是今不如昔了。全盛局面已经一去不复返，朝政的败坏远比他想象的要严重。从努尔哈赤到乾隆，谁的治下会发生这种荒唐可笑的事情？要恢复旧日的辉煌，看来不是一日两日之功。
皇帝第二天停止了行围，开始彻查围场管理失职之事。以内务府有关官员庆杰、阿尔塔为首的十数名官员被处以降职、罚俸等惩罚。
这仅仅是无数让皇帝惊讶的事情中的第一件，还有更大的意外在后面等着他。
嘉庆八年（1803年）闰二月二十日，皇帝由圆明园起驾回宫办事。皇帝的车驾刚进神武门，一名衣衫褴褛的男子不知从哪里冲了出来，直奔皇帝的御轿，手里还握着一把明晃晃的短刀！事发仓促，皇帝身边庞大的扈从部队居然没有人做出反应，还是轿边的定亲王绵恩下意识往前一挡，用自己的袖子缠住了利刃。身边的侍卫这才一拥而上，拿获了这名男子。
这是大清开国以来的第一起皇帝被刺案。在中国历史上，这样的重案也屈指可数。按常理，这绝不是一个简单的凶杀案。一个庞大的审问集团立刻组成，要揪出这个男子背后的黑手。各种酷刑都用尽了，审问的结果却出人意料。
原来，这个案子还真是十分简单，背后没有任何主使。凶手陈德，是北京近郊的一名失业人员，他妻子于去年去世，上有八十岁的瘫痪岳母，下有两个未成年的儿子，找不到生计，受尽欺凌，遂对社会产生仇恨。这一天他突发奇想，既然生不如死，为什么不死得惊天动地。于是怀揣一把小刀，直奔皇宫而来。连他自己也想不到的是，皇宫卫兵并没有按规定出现在岗位上，使他得以顺利潜伏进神武门西厢房里，差点完成了前无古人的壮举。
这一行刺案反映了两个问题，一个是包括皇家守护部队军纪在内的官僚体系的政务废弛，已经到了直接威胁皇帝生命的程度。另外一个，失业者的大批出现，说明社会已经无法承受人口的迅速增长。百姓的生计问题，成了威胁大清朝稳定的根本政治问题。
成功平定白莲教的兴奋，因为这两桩意外事件而消失得无影无踪。亲政以来，皇帝的注意力全部集中在战场上。现在当他终于有时间细心俯瞰一下大清政治的全局时，他简直不敢相信自己的眼睛。白莲教起义不过是帝国躯体上的一个疮口，大清王朝体内的病症，比外在表现出来的要沉重得多。
最严重的问题，当然是腐败。
只要没有蔓延开来，腐败就并非不治之症。局部的、零星的腐败现象，在任何时候、任何体制下，都会存在。然而，一旦蔓延开来，成为普遍现象，治理难度就呈几何级数增加。
虽然杀了和砷，虽然在十一个全国总督当中，六个被他撤换，虽然在他为配合镇压白莲教战争发起的惩贪高潮中，官场贪风一时有所收敛，然而，高潮过后，一切如旧。各地官员，从上到下，从大到小，仍然无人不在收礼送礼，买官卖官；各地衙门仍然无处不懈怠昏庸，除了部门利益之外，对一切民间疾苦都漠不关心。官僚集团对腐败已经不以为耻，反以为常。甚至嘉庆皇帝亲手树起来的廉政模范，时间稍长，也一个接一个地陷入腐败之中。最典型的是当初率先揭发和砷的谏官广兴。此人因为揭发和砷，深得嘉庆信任，被委以掌管四川军需的重任。他不辱使命，清正自持，扫除贪风，每年为国家节省数百万两白银，嘉庆帝多次号召全国官员向他学习。然而，就是这样一个人，在就任兵部侍郎之后不久，也陷入贪污的泥淖，短短一年，就贪污了四万两之多。
白莲教军报刚刚从他的案头搬走，数不清的贪污案卷又已堆满了他的书桌。乾隆时期已经花样百出的腐败，到此时又呈现出许多新特点：腐败向底层全面扩散，所有的基层干部都成为权力寻租者，一些普通公务员甚至成为腐败案的主角；潜规则变成了明规则，社会上所有大事小情，都需要用钱开路，否则寸步难行。嘉庆十年（1805年）前后发生的一些案件，实在令人触目惊心：
直隶省布政使司承办司书王丽南，是直隶省财政厅的一个小小办事员，顶多是股级干部，按理说并没有什么权力。可是从嘉庆元年（1796年）起，数年之间，居然贪污了三十一万两白银。他贪污的手段非常简单，就是私刻了从财政厅长（布政使）、处长直到科长的一整套公章，然后任意虚收冒支，把国库银两大把大把装入私囊，近十年间，居然没有受到任何怀疑和调查。大清王朝的监督体系这张破网已经烂得形同虚设。甚至湖北财政厅（布政使司）的一个银匠，利用政府官员的糊涂马虎，不断私藏银两，几年下来，居然也贪污了五千两之多。
自从嘉庆亲政开始，黄河几乎年年决口。每年朝廷下拨相当于全国财政收入四分之一的巨额财政经费用于治河，可是成效甚微。那些治河的官员，每天公然在河督衙门里喝酒唱戏，一桌酒席，居然所费千两。治河经费，大多数都落入了这些官员的腰包。至于治河的工程，则处处偷工减料。应该用麻料的地方，掺杂了大量沙土；应该建造秸垛填石，秸垛建好了，却根本不往里放石头。结果，洪水一来，处处决口。
嘉庆年间，各地还出现了一种奇怪的现象，那就是大量“编外衙役”或者说“编外警察”充斥基层。各县级部门借口人力不足，大量招聘“临时衙役”，不占编制，不开工资，利用他们处处设卡，到处收费，以弥补财政经费的不足。他们的数量往往超过正式编制数倍，甚至数十倍。比如直隶省正定县，“编外衙役”多达九百多名，而浙江省的仁和、钱塘等县，居然更多达一千五六百人。他们横行乡里，巧立名目，一遍遍向农民收取各项税费，如果谁不交，就关入私牢，严刑拷打。他们在城市里勒索小商小贩，经常闹出人命案子，官司有的甚至一直打到皇帝面前。
从乾隆晚期开始，有些地方就出现了“财政亏空”。即地方政府财政收入不敷支出，不得不负债经营。到了嘉庆年间，这已经成了各地的普遍现象，几乎每省每县，都出现了财政亏空。为了维持政府运转，为了给官员开支，各地政府不得不四处借债，有的甚至向地下钱庄借高利贷。
除了腐败之外，大清王朝还有太多难题没有答案。乾隆皇帝带着“十全老人”的荣耀光荣地进入了历史，他积累起来的一系列深层次的结构性矛盾，却像定时炸弹一样，在嘉庆任内一个接一个地爆炸。
首先，大清王朝面临着前所未有的人口压力。
乾隆朝人口增长速度远远超过中国历史上任何一个时期。乾隆之后，虽然国力大衰，但是人口还是沿着它固有的惯性规律发展下去。嘉庆十六年（1811年），达到了3。5亿。
这么多人的吃饭问题，是中国历史上从来没有遇到过的。人口增长使得人口与耕地的矛盾激化，越来越多的底层人口陷入了绝对贫困化，大批人口脱离土地，四处游荡，使得社会处于不安定的边缘。数十年来聚集在楚、粤、赣、皖、黔等省的以数百万计的无业流民，正是白莲教起义的主因。白莲教起义被镇压了，可是流民问题仍然没有解决，起义随时有可能再次发生。陈德行刺案是这个问题的最佳注解。
与人口问题相伴的，是大清王朝严重的财政危机。
由于人口增长，粮食紧缺，加上美洲白银大量涌入，嘉庆年间，物价已经比乾隆初年上涨了三倍。然而，由于固守康熙皇帝做出的“滋生人丁，永不加赋”的承诺，清王朝的财政收入却没有同比例增长。也就是说，到了嘉庆时期，政府的财政收入比乾隆初年实际上是减少了四分之三。这是各级政府出现巨额财政亏空的重要原因。
财政危机又导致了乱收费问题的加重。
为了弥补财政缺口，各地政府只能拼命向老百姓层层加码，于是各种千奇百怪的收费项目都出现了。虽然朝廷规定不加赋，各地政府却利用各种借口，不断加重农民负担。农民承担的额外税赋比正税要多出数倍、十数倍。各地�