熊廷弼走马上任辽东经略，没想到的是，这次要面对的敌人不是努尔哈赤，而是身边的同事——广宁巡抚王化贞。而扶持这个对手的人，也是他在朝中的老对手——文官集团。
明朝的党争之祸，并不仅仅是只限于天子脚下，而且一直延伸到社会生活中的各各方面，前面说过，党争导致用人制度被破坏殆尽，这个后果，自天启年开了个极坏的头，第一个深受其受害者就是熊廷弼。
王化贞，山东诸城进士出身，长期来分守广宁，史书称其“刚愎自用”、“好漫语”，因为与兵部尚书、阁臣张鹤鸣的私交不错，扶摇直上，成为广宁守将，此次提拔熊廷弼，为起节制之用，朝廷将他也升了官，给经略熊廷弼做副手。
“经抚不和”的苗头从一开始就出现了。。熊廷弼根据辽东战事的经验教训总结出：在拥有一支强大的骑兵队伍之前，明军是无法与精锐的后金军在一马平川的辽河平原上野战的。因此；必须“以守为战”。也就是这个理论基础上，他提出了“三方布置策”的战略思想。
“三方布置策”精髓是：以广宁为主，重点布防，抵挡努尔哈赤的精锐部队，在天津、登州、莱州置舟师（也就是建设海军）袭扰敌军侧后；经略驻节山海关，节制三方，徐图进取。今天看来，这是一个非常正确稳妥有序的战略。但是在纸上谈兵急功近功的明廷阁臣眼中，防守从来就不是一件值得提倡的事。王化贞就对此论持相反的观点，与熊廷弼大唱反调。。他坚持宣称“不战必不可守，不过（辽）河必不可战”；要以投降后金的李永芳为内应，借察哈尔林丹汗蒙古兵四十万，甚至夸下海口“愿以六万兵进战，一举荡平！”
王化贞的大唱反调似乎极为反常，照理他本是熊廷弼的下属，怎敢与上级对立？但其中的内情却是，与耿直、忠诚、不擅长曲意逢迎的熊廷弼相比，王化贞走的是另一条路线，他是内阁大学士叶向高的门生，而这位大学生的后台则是阉党首领魏忠贤。兵部尚书张鹤鸣又是熊廷弼的对头，在这个形势下，王化贞其实是直接取得了权利集团的肯定的。张鹤鸣甚至暗中授意，可以不理会熊的领导，便宜行事。
也正是因此，当与熊廷弼意见相左时，王化贞索性拥兵自立了，在兵部的授意下，他将一切军务全部交给熊廷弼，军队则自己来领。明廷在辽东拥有大军二十万，张鹤鸣全部交给了王化贞领，熊廷弼空有经略之名，能带的兵不过五千。
就在这个极端不利的局面下，又发生了一件事。当时还只是一个都司的毛文龙率二百余人突袭了镇江。王化贞乘机大力宣传自己的进攻策略，称为“奇捷”，熊廷弼却认为，此举乃纯属盲目冒进之举，打破了“三方布置策”，此乃“奇祸”！这场纷争把整个朝廷都卷了进去。天启二年正月十一日，张鹤鸣主持召开紧急会议，有八十余名大臣参加；最后提出了十几种解决方案，但最后决定的竟然是：支持王化贞的意见。
世间已无袁崇焕（4）
经抚不和，必然导致最后的失败。熊廷弼很不幸，他是第一个处在这漩涡中的将领。明朝军队的策略之争一直延续了几十年，争论的焦点就是在面对辽东的形势，“守”与“和”是否可行的问题，多年来，面对满清，“守”与“和”这个非常正确的作战策略一直被不懂兵法的所谓阁臣“主战派”打压，也直接影响到皇帝的判断。这年的十月，辽河冰冻，广宁人以为后金军队一定会渡河袭击，纷纷逃窜，兵部尚书张鹤鸣认为辽东形势不稳，要熊廷弼强攻，熊不从。但王化贞却坚持执行这个错误战略，经抚之争，最后以熊廷弼的妥协告终，王化贞几次进攻，无功而返。反而被努尔哈赤知悉了其实力，熊廷弼不得已将指挥部由山海关移至右屯。
决战的日子终于到了，天启二年正月十八日，知悉经抚不和内幕的努尔哈赤率大军进逼广宁，在西平堡（今辽宁台安县南）发动总攻，王化贞听从宠将孙得功之言，调所有兵力由其指挥集中狙击努尔哈赤。但没想到这位深受信任的孙得功竟然叛变了，而王化贞的大军也因他错误地撤换广宁、闾阳两地守军，导致军力分散，在努尔哈赤大军的强大集中攻势下，明军一败涂地，孙得功趁乱散布流言，说敌军已经临近广宁，城中大乱，王化贞只带了两个仆人逃出。在大凌河上遇见了前来救援的熊廷弼，熊廷弼悲愤的问他：“你不是说六万军队，可以一举荡平努尔哈赤，现在怎么样？”（六万众，一举荡平竟如何？）王化贞惭愧无语。（《明史·熊廷弼传》）
后金军队攻下广宁，辽东大片土地失守，熊廷弼将军队交给王化贞。自己带着难民入关。
山海关城池中，一片悲哭之声，这一次兵败，完全是王化贞之失误，当然，在不明真相的情况下放弃了广宁沈阳辽阳大部分土地，熊廷弼亦有责任，后人也经常为此而认为熊廷弼在这个关键时刻没有清晰的目光。不过，今人看来，熊廷弼此举更像是有很多意气用事的成分，他内心非常不满王化贞的独断专行不服将令。与王化贞相比，熊廷弼要负的责任不足一提。但是万万没想到的是，此次撤回到山海关后，熊廷弼竟与王化贞同罪处理，不久，明廷下令，两人全部处以死刑。
当时正是魏忠贤把持朝政，熊廷弼在入狱后，因为魏忠贤索贿未果，就加紧了对他的迫害。此时，正赶上与熊交好的东林党六君子也都入狱，于是，在阉党徐大化、崔呈秀的授意下，两案株连到一起，阉党诬蔑六君子之首杨涟收受熊之贿赂，“追赃”的审讯开始，熊家倾尽荡产，家破人亡，熊的大儿子也在“追赃”的压力下，自杀身亡。
熊廷弼入狱掀起了对东林党的清算活动，也掀起了天启一朝党争之乱的高潮，这是他根本就没有意料到的，事实上，如果把他也划入“阁党”中，他还是东林党的对头楚党的派系。但是，因为东林党的杨涟等人突破门户之见，为他说了好话，结果反而被魏阉利用，成了党争的工具。熊廷弼最后死在了王化贞的前面。他的死与东林六君子的死前后相差不到一年。斩首后首级还传首九边，他的头被传来传去，让所有活着的人无不胆破心寒。而真正的罪人王化贞因为与阉党就有勾结，反而没有被处死，直到五年后才执行了死刑。追赃活动持续了很多年，熊家的人在这次持续时间极长的勒索活动中很少有人善终，直到崇祯上台，勒索活动才告停止。
熊廷弼是明朝继于谦后，用极端手段冤杀的又一个军事天才，也是明末党争之祸的牺牲品。此后，辽东的大片土地被占领，无人可守。而这时临危受命的则是名动天下的孙承宗。
孙承宗是万历三十二年中进士，授给编修，此后，充当日讲官，为天启皇帝朱由校当过讲师，深为天启所重，呼之为“吾师”。他在朝野上下，名望极高。同样的，他的军事战略眼光之高似乎尤在熊廷弼之上，这一点，从他一接掌兵部就能看到。他一到任，马上精简京师的军队，抽调兵力，修筑蓟镇长城，巩固山海关老龙头边防，处罚办事不力的大臣、将领，推荐兵部左侍郎王在晋接任熊廷弼为辽东经略，雷厉风行而有条不紊。而这其中他做的最重要的一件事，是推荐当时名不见经传的作战参谋袁崇焕为山东按察使佥事，这个伯乐之举，为明王朝最后一个军事天才袁崇焕的脱颖而出创造了绝好的机会。
世间已无袁崇焕（5）
上任不久，孙承宗发现他举荐的辽东新任经略王在晋是个平庸之辈，毅然将他换下，以兵部尚书亲自督军山海关，这一点，在当时一个绝对了不起的行为。为表彰他，朝廷下职，命他对总督山海关及蓟镇、辽东、天津、登、莱诸处军务，并享受特权，可以便宜行事，不受朝廷节制，批给八十万军费供其使用。其风头之劲，一时无人能及，即使当年的戚继光，也未免要甘拜下风。
辽东军备，这时焕然一新。但就此时，在军事上无所不能、深受将领与边关军民爱戴的孙承宗，却没想到，因为在无意间得罪了一个人，竟然在转眼间令自己如日中天的功名事业一下子跌进了谷底。
孙承宗得罪的这个人，就是天启皇帝身边的红人，大太监魏忠贤。
由于孙承宗曾经是帝师现在又是帝国军队最高首长的身份，魏忠贤对他最初采取的是拉拢的姿态。但是孙承宗从不买账，甚至连与他普通的交往都不屑于敷衍，令魏阉怀恨在心。后来孙承宗坐镇辽东时，魏忠贤又派太监刘应坤借犒劳之际表示了拉拢之意。孙仍不理睬，魏忠贤更是大为嫉恨。
天启二年，因为边关失守之事，魏忠贤借机将熊廷弼的过失与东林六君子拉到一起，实施栽赃陷害，并大杀东林党人。因为与上述这几位都交好的缘故，孙承宗非常不齿于魏忠贤的行为。但他也知道，用上奏折的方式根本无法起到什么作用，于是，借给明熹宗上寿之际，他想面陈天启皇帝，希望可以让他诛除魏忠贤。孙承宗刚一上路，此举就为魏阉党羽魏广微所知，报知魏忠贤，于是魏忠贤哭求天启帝，终于令天启帝下了圣谕，以边关重将不得离开驻防之地的要求阻止孙承宗入京，已经到达通州的孙承宗，只得留在原地，而这一次不能觐见天启，对他来讲，所起的负面作用是巨大的。
孙承宗的这一行为，等于是在公开向魏阉宣战。由此开始，魏党诋毁弹劾他的奏折越来越多。终于，孙承宗手上大将马世龙因为一次冒进行动战败，折杀许多将士，这次失败成了阉党攻击孙承宗无能的借口，奏折屡上，而自己当年的学生，现今的皇帝又不能朝见，孙承宗知道，自己下台的时间不会太长了。
天启五年，一直将孙先生称之为“吾师”而不直呼其名的天启皇帝终于下谕了，免去孙承宗的职务，由高弟——魏忠贤的党羽接任。帝王的老师，帝国的栋梁孙承宗倒了。在这期间，天启暴毙，崇祯继位。奇怪的是，被孙承宗贬斥的王在晋居然又东山再起，成为兵部尚书。作为孙承宗的宿敌，他当然力阻孙承宗的复出。这位王在晋打仗不行，但玩起党争的一套却颇有手段，不知他用了什么方式，令得崇祯也不买孙承宗的账。尽管百官多次上奏，但与孙承宗无师生之情的崇祯，不予理睬。于是孙承宗始终不得重用。直至后来袁崇焕身死后，他才再度临危受命。
孙承宗在山海关四年间，堪称是辽东的再造之功臣。他起用了袁崇焕、祖大寿、赵率教、满桂等一批卓越将领，修建关城，抚恤难民，整顿军纪，以一筑城、二驻防、三屯田的计略，使关外防务大为起色，并建立起宁远至锦州一条钢铁般的防线。史称：“自承宗出镇、关门息警、中朝宴然，不复以边事为虑也。” （《明史·孙承宗传》）孙承宗后又率袁崇焕、满桂等大将，进据锦州松山等地带，收复了大批被后金军占据的土地。至天启五年，由山海关、宁远自锦州的宁锦防线正式形成，明朝可以倚靠这条防线继续与满清对抗。在宁远，利用引进的红衣大炮，由袁崇焕、祖大寿指挥的“宁锦大捷”，重创努尔哈赤、皇太极，迎来了明军的第一次大胜利。终清太宗皇太极之死，满清也未能突破�