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按照曾国藩的意见，郭嵩焘于10月9日接任苏松粮储道。
李鸿章起用郭嵩焘和丁日昌等务实的洋务派官员，是不想使用吴煦与杨坊这样对外国人言听计从的买办官吏。他在着手建立不同于湘军幕府的淮军幕府，两者的区别在于他的幕客是一批干练而通晓洋务的读书人。
在瘟疫肆虐江南期间，上海的湘淮军也有很多军士病倒。李鸿章增募五千名淮勇，曾国藩令李朝斌组建太湖水师。这时李朝斌已经升为总兵，曾国藩派他回湖南造船募勇，前往松沪作战。
英国将军何伯不甘心上次在嘉定的失败，于10月中旬参见李鸿章，约湘淮军攻打嘉定。李鸿章派李恒嵩和白齐文率领洋枪队一千五百人和炮勇一千人，与何伯的部队联合作战。何伯自己率领两千五百名英法官兵进攻。
10月24日，英法联军修筑炮台，燃炮轰炸，在接近中午时将嘉定南城轰塌，太平军打开西门夺路而走，中外联军进占嘉定。接着，又击退从太仓增援的太平军，留下况文榜的部队驻守。
谭绍洸等人又从苏州和嘉兴集结兵力，以十多万大军，从昆山和太仓向松沪挺进，于10月29日攻打四江口，包围刘士奇和郑国魁的军营，然后攻击黄渡，在所有桥梁修筑关卡，以阻截湘淮军。
程学启当时驻军黄渡，命令周盛波和郭松林等部分左右迎击，将太平军截为两段，追赶到安亭。李鸿章见四江口久被包围，亲自领兵到黄渡督战。
谭绍洸驻军吴淞江北岸，陈炳文和邓光明所部占据南岸。
1862年，同治元年（27）
11月13日，李鸿章命令刘铭传部从中路出击，程学启部从右路出击，郭松林部从左路出击，从上午7点战到下午1点，未能突破太平军的防线。郭松林和刘铭传两部都已逼近太平军的壁垒，拔掉竹签，跨越濠沟，匍伏前进，斩杀几名黄衣将领。太平军的阵营稍有松动，于是湘淮军冒着烟火冲入，捣毁两座壁垒。
右路的太平军赶来营救，程学启已被炮弹击伤，见太平军的旗帜后退，便裹好伤口，率部急进，与陈飞熊等部一起，用两千人发射洋枪。太平军从南岸撤到北岸，湘淮军三路掩杀，迫使太平军撤掉了对四江口的包围，退向昆山。
与此同时，洋枪队在白鹤江打败太平军。黄翼升的水师出兵拦截，再次将太平军击溃，并追赶到三江口，沿途捣毁所有浮桥上的石卡。上海的防御第三次稳固下来，从此太平军不再向松沪用兵。
12月3日，清廷正式任命李鸿章为江苏巡抚。
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天京西南长江沿线的战斗，由于太平军集结大量兵力包围曾国荃的陆师和彭玉麟、杨岳斌的水师，在10月下旬到11月间，进入了最残酷的搏杀。
10月28日，湘军水师与陈坤书的部队大战金柱关下，水师将领郭明鳌中炮身亡。陆师守将罗逢元率部坚守，接连作战，以少击多，斩杀和俘虏一万多名太平军，因功以提督记名。
11月3日，天京城外，太平军挖向湘军壁垒的两处地道同时引爆，土石横飞，大营墙塌，太平军趁机猛进。
曾国荃督率军士，伫立在墙外，没有任何掩蔽，向四周扔掷火球，扔一阵，发射一阵枪炮。太平军的前锋倒下，前仆后继。这场攻防战打了三个小时，垒墙又被修复，阵前倒毙着太平军的几千名勇士。
太平军付出惨重代价以后，改为白昼休整，夜晚攻击，部队轮番进攻，使湘军无暇休整。太平军环绕湘军，连营百里，离湘军最近的兵营就在二十丈外。太平军暗中开挖隧道，乘雨夜引爆地雷。
曾国荃命令各部挖掘内濠，保护外墙，破坏太平军挖凿的七个地洞，太平军的攻势遇到了难题。
天京外围的湘军部队为了解雨花台之围，奋力向围攻的太平军出击。11月10日，湘军水师七个营联合陆师攻打花山，彭楚汉等部首先占据上驷渡，断绝浮桥。彭玉麟命令曾泗美所部离船协助武明良等人的陆师一同前进。金柱关守将罗逢元从太平军后方袭击，大战一场，将太平军打败。太平军逃到桥边，遇到彭楚汉的船队，大败而逃。
11月13日，湘军水师攻破花津太平军军营。
11月20日，成发翔等人率部在石臼湖作战，夺得太平军四十艘战船，然后攻克湾沚。
曾国荃料想太平军已经疲惫，可以从包围圈内一战攻破，便告诫将领们厉兵秣马，等待时机。
11月24日，曾国荃领兵出濠，攻克太平军的十几座关卡，从战斗中探知太平军的战斗力已经疲弱，便命令大部队出击。
11月25日，李臣典等人从东路出击，曾贞幹率部从西路出击，曾国藩的表弟彭毓橘和萧孚泗等人率部从南路出击。
11月26日黎明，李臣典烧毁东路的四座太平军壁垒。火光冲天，西南方的太平军各部见了，惊惶失措，弃垒而逃。
曾贞幹侦察到三汊河的太平军已在夜间撤走，急忙领兵赶去，遇到撤退的太平军部队，便纵兵阻击，追逐到板桥周村。彭毓橘率领慎字营追逐到牛首山。王可升率部在方山以西寻找太平军。东路的太平军各部，绕过南门撤走。西南方的太平军各部，则纷纷撤向秣陵关。
于是，李秀成和李世贤的几十万太平军全部撤走，围攻天京的湘军解除了威胁。
在这次战役中，太平军参战的部队，先有李秀成率领的太平天国十三位王爷所部，接着有李世贤的援军参战，天京周边还有杨辅清和黄文金的部队在宁国包围鲍超所部，陈坤书的太平军在太平和金柱关一带围困湘军水师。太平军的精锐荟萃一隅，湘军几乎一蹶不振，好不容易才熬过难关。
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在瘟疫流行的日子里，李世忠因病请求退隐，清廷不许。当天京周边发生激战时，李世忠派出一万兵力，渡江协助湘军。曾国荃见增援的太平军已经撤退，便叫李世忠撤军。太平军渡到江北，攻打李世忠部在九洑洲的壁垒，被李世忠部击退。
1862年，同治元年（28）
曾国藩一直认为湘军攻打天京是不稳妥的，到湘军被围的时候，便飞马传令，调蒋益澧和程学启的部队前往援救。蒋益澧部在浙江，程学启部在苏州，都因故无法赶到天京。曾国荃孤军陷在重围之中，战守四十六天，斩杀太平军五万人，湘军阵亡五千人，将士们皮开肉绽。湘军创建以来，这是一场前所未有的苦战。
清廷顾念湘军劳苦功高，下诏褒奖曾国荃。又担心太平军再次增援，而曾国荃兵力不足，令曾国藩将鲍超的部队调到东坝增援。
李秀成率部从九洑洲渡向北岸，打败李世忠的城防军，攻占安徽的和州、含山和巢县。南撤的太平军也进入安徽境内，与广德的太平军会合，向西南方向运动，袭击绩溪，然后西进，攻占祁门。湘军在徽州、宁国、安庆和庐州之间的交通，都被太平军阻绝，只有长江上下，靠着水师才能互相联络。
彭玉麟所部驻扎裕溪口，太平军再次占据运漕镇。在其上游，杨岳斌所部防守芜湖，每天都要夺取从东坝驶来的一艘太平军船只。
曾国藩决定增加陆师兵力，征调贵州提督江忠义率部从广西开往江西，根据太平军的动向来决定战守。又将鲍超部将郑阳和等人所部交给李榕指挥，立为新军。留下李鸿章湘淮军的张树声所部三千人，协助庐州和桐城的战守。曾国藩又将李续宜召回。李续宜上疏说，他带病勉强前往安徽，不敢耽搁，但恳求开缺安徽巡抚，专办军务。走到半途，他又再次陈述自己病危，清廷赏给他四个月假期。但他过度劳瘁哀毁，病情再无起色，于12月8日病逝。
李续宜在路上因病耽搁，曾国藩又派成大吉和萧庆衍等部攻打巢湖与和州。又增募五千名军士，充实曾国荃围攻天京的部队。
从此，曾国藩统帅的湘军超过了十万，而左宗棠和李鸿章各带几万兵力，加上湖北和江西的湘军，拥有将近三十万兵力，其余分布在贵州、广西、陕西和山东的湘军增援部队，还有几万人。就兵力而言，湘军进入了最强盛的时期。
但是，增加兵力就得增加军饷。在此之前，沈葆桢告诉曾国藩，江西本省驻防军需要军饷，必须截留每月四万两的农业税。当时正值江南瘟疫大流行，曾国荃的部队在天京周边大战李秀成等人的增援大军，军情危急，而拖欠的军饷越来越多，曾国藩因此而对沈葆桢颇有怨气。现在，他不得不另想办法弥补军饷的不足。
对于被围困在芜湖的湘军水师，曾国荃采取措施解围。他分兵把守东梁山，又派朱南桂、朱洪章和罗逢元等部扼守金柱关，与东梁山上下夹江呼应。水师在乱流中攻击太平军。水陆两路，各有胜负，一夜数惊。
李秀成所部攻占的巢县与和州，都是湘军不久前才进占的城市，曾国荃岂肯就此丢失。于是急忙分兵把守西梁山，命令刘连捷和彭毓橘等人领兵北援。
曾国藩坐镇安庆，感觉到四周都是熊熊战火，无止无休。但曾国藩最担忧的事情，还是天京那一边。
但是，曾国藩似乎是杞人忧天。曾国荃经历了一场严酷的战役，攻守更加从容不迫。曾国藩却仍然认为四弟孤军深入危地是失策，决定亲自视察沿江的各处营垒，并前往天京，决定进退。
在瘟疫流行的日子里，曾国藩和曾国荃失去了弟弟。曾贞幹感染了传染病，死于军中，终年三十五岁。
刘长佑于11月份被提拔为两广总督，刘坤一出任广西布政使，接管刘长佑的湘军。
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西安周边的回民起义军，趁着胜保的部队南下攻击起义军，省城周边兵力空虚，向西安发起攻击。胜保十分焦急，命令王佐臣等人率部返回咸阳，增调马升和谭玉龙的部队会战。
11月2日，胜保和雷正绾亲自率部作战，在毕郢原击败回民起义军，这里就是汉代的细柳营。
11月6日，胜保和雷正绾所部攻克马家堡，连破六座壁垒，打通了省城的西路。11月8日，仓头的回民起义军占据白起营，清军又将起义军击退。
西安以北七十里处的泾阳，守城的清军粮食吃完了，向胜保求援。胜保令成禄等部奔赴三原，绕到起义军后方。乌勒兴阿等部直接增援泾阳，用马匹驮运大米和麦子接济城内的清军。胜保留下雷正绾驻扎咸阳，自己率部返回西安，与巡抚筹划饷事。 。 想看书来
1862年，同治元年（29）
陕西多处燃起战火，多隆阿的援军与太平军和捻军在湖北河南交战，无法西顾。胜保所部只有一万兵力，不足以四处征战，便征调苗沛霖的团练入关。消息一出，舆论哗然。
在曾国荃的部队被围困在天京周边时，李鸿章曾上疏请调多隆阿的部队南援，而将陕西的军事交给胜保指挥。然而，多隆阿所部远在西边，来不及救天京之急。程学启正在黄渡作战，抽不出身来，便打算让吴煦率领白齐文的洋枪队到天京作战。
到了12月初，曾国荃已经击退增援的太平军，便飞马送信，阻止洋枪队前往。但是，这件事已上报清廷，不能中止，便提出让洋枪队去攻打九洑洲。
吴煦来到镇江，等待白齐文领兵前来，却没有等到，于是返回上海。白齐文关闭松江城门，索要军饷，在上海殴打道员杨坊，抢夺了四