魏洪发和黄洪顺从1855年开始领导起义，已有十三年，称王封侯，攻略的城堡不可胜数。到此为止，才被湘军镇压下去。
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吴安康等部在4月份乘胜攻击蔡板的苗家山寨，攻克之后，俘虏汪草登等起义军首领，将他们处死。湘军肃清了黔西。
同一个月，刘松山的部队攻打眉州的西捻军，获得大胜。张宗禹已经与回民起义军联合，势力更加强盛。刘松山也不示弱，已经攻破银渠和金渠，又打了这次胜仗，军势也振作起来。于是交战双方势均力敌。
左宗棠见湖北军情紧急，停留在德安，请求暂缓增援陕西。清廷下诏，叫他等到增援湖北的部队到来，就立即入关。
穆图善这时代理陕甘总督，丰绅暂代宁夏将军。刘松山部又跟郭宝昌部一起在礼泉与乾州攻击回民起义军和西捻军，再次取得大胜。
5月4日，刘松山部在西安东北方的晋成堡击败捻军，第二天又在姜彦原再次将捻军击败。捻军奔向同州，即现在的地图所标的大荔。刘松山、李祥和与黄鼎等部跟踪追击，将捻军击败。捻军又连夜奔向西安，刘松山和郭宝昌回师增援省城，与捻军大战于西安城南，击毙几千人。
张宗禹率部渡过渭河，向北挺进。刘松山所部紧咬不放，张宗禹又下令渡到渭河以南，西奔周至与户县。
穆图善于5月18日抵达兰州，上奏请派蒋凝学总统甘肃的各路兵马。清廷批准。
杨岳斌虽已辞职，但他的旧部仍在作战。总兵王仁和与黄祖淦所部在肃州击败回民起义军，提督邓全忠所部在米拉沟击败回民起义军。
刘松山部在6月份追赶西捻军抵达户县。张宗禹部不战自溃，稍稍北撤，攻打兴平。
任柱和赖汶光见湘军和淮军陆续在湖北集结，于5月份带领东捻军袭击河南南部边界城市桐柏与信阳。周盛波率部从北面迎击。提督刘启福见一名骑将的马背上是黄色鞍子，料定是捻军首领，便策马越过溪涧，紧追不舍。
捻军首领的步兵随从挺矛刺来，正中刘启福额头。刘启福负了伤，却不下马，追赶得更急，翻过七重山，再次中枪，当即毙命。被俘的捻军军士说，黄鞍骑将就是赖汶光。
东捻军得胜以后，南下湖北的应山和孝感，进入黄安。刘秉璋和杨鼎勋率部堵截，连续失利。刘铭传率部在紫屏将捻军击败。
东捻军回师安陆，在武汉西部游弋，徘徊于云梦、应城、旧口与天门一线。这时正逢大旱，湖泊与河流全部干涸。湘军与淮军疲弱不堪，东捻军的战士们也因饥饿而离散了很多。
宋国永所部在随州以西遭遇捻军，发动袭击，攻破捻军军营，斩杀几百人。捻军北上河南的新野与南阳，游骑兵抵达镇平与邓州。捻军苦于缺乏粮食，攻破民寨捆运新麦。刘铭传部从襄阳追踪赶到，河南清军从南阳进击，捻军被迫奔向唐县。
6月2日，东捻军攻打唐县，接着袭击舞阳、叶县和临颍，再向北进，抵达许州。张曜率部横向拦击，东捻军继续北上，杀向淆川、尉氏和###，这是昔日捻军十分熟悉的路线。
山东梁山的绿林军派使者前来迎接任柱与赖汶光。东捻军昼夜奔驰，急行几百里，只用了五天时间，于6月11日到达山东巨野，与山东绿林军会合，攻破戴庙堤墙，挖烂运河河堤，烧毁驻军军营，缴获各种军用物资，渡过运河，向东挺进，攻击泰安，登州、莱州和青州三郡都为之震动。
李鸿章的各路部队都在南边，驻防山东的清军仓促溃逃。自从曾国藩指挥对捻军作战以来，运河防卫未曾溃散，而李鸿章接手后有此大溃，舆论大为喧哗，矛头指向李鸿章。
自从捻军南下湖北以后，驻防运河的清军部队长久松懈，加上天旱，河水干涸，驻防部队竟然抵挡不住捻军一天的攻击。清廷下旨，严加斥责。李鸿章连忙从周口移驻归德，清廷仍然嫌他离前线太远，他只好又移驻山东济宁。 。。
1867年，同治六年（5）
东捻军分兵袭扰宁阳和莱芜。刘铭传提议反向防守运河，将运河东岸的长墙移到西岸。又提议防守纵贯山东半岛的胶莱河。李鸿章同意采纳他的办法。
刘长佑与英翰也提出一个方略，建议将东捻军逼到海边一角，可以收到聚歼的效果。这与刘铭传的方略不谋而合。清廷下旨，让曾国藩等人筹办。
东捻军这时奔向青石关，从青州奔赴莱州和登州，为清廷实施这个方略提供了便利。只要清廷的军队能将东捻军压迫到莱胶河以东的莱州湾沿岸，这个计划就能成功。
胶莱河是元朝至正年间为方便海运所开凿的海渠，南通黄海，北通渤海，长达三百里，可以连通海运而避开海运的危险。李鸿章征调各路部队，集结在青州、莱阳与莒州，企图将捻军驱赶到登州和莱阳。
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贵州平坝的绿林军于5月份向东北方向出击，攻打贵阳以西五十里处的清镇。刘岳昭派谢景春的部队将绿林军击退。
陶新春的起义军与清军进行了四个多月的激战，击败了清军的多次猛攻。岑毓英部将猪拱箐包围已久，在起义军中收买叛徒，得到王长毛提供的情报，经过一番谋划，于6月19日趁起义军在早晨8点换班吃饭，偷袭猪拱箐营地，捣毁了一百多个栅垒，才逼近山巅扎营，修筑壁垒。
陶三春等人冲出重围，转移到海马姑，投奔当地起义军。
刘岳昭料定岑毓英所部很快就能攻克猪拱箐，便对平远的苗民起义军发起攻击，以防这里的起义军增援猪拱箐。平远，现在的地图标为“织金”，在贵阳以西约两百里处，猪拱箐则在平远西北方约两百里处。
岑毓英所部得到刘岳昭湘军的援助，于7月份又集中兵力向猪拱箐发起轮番攻击。
陶新春和张黄盖督率一万人出战，攻破清军的多座军营。岑毓英只得亲自上阵，率领长沙人杨玉科的部队冲锋，将起义军截为几段，抛掷火箭，烧毁营棚。这时天降大雨，岑毓英下令撤退。
岑毓英命令部队捆扎草把，填入濠内，他自己挥戈领先冲锋，将士们一拥而上。起义军受惊溃散，一万多人阵亡或坠下岩涧牺牲。岑毓英命令当地官员呼喊：“投降者免死！”起义军余部弃械投降。
岑毓英部攻克猪拱箐，俘虏了四十二岁的起义军元帅陶新春及另四位首领，押解到黔西城。被俘的其余三百多名军官和精壮士卒一千二百多人。岑毓英下令全部处死。清军遣散五千多名难民，全部发给资金安插。
猪拱箐一战而平，三省边界的形势稍有舒缓。
李瀚章升任湖广总督以后，刘崐出任湖南巡抚。他奏请撤消周洪印和兆琛的部队，由席宝田招募新军攻打起义苗民，开始大动干戈。
清廷经过商议，命令四川和湖南一起出兵，并提供军饷，要求务必平定贵州。
湖南的盐茶货厘税，自从海口通航，江浙安定，只相当于以前的百分之六十，供给东征湘军的饷税也已停征。为了给新的军事行动供给军费，又开始采用老法子，商议如何募捐。布政使李榕提倡应当先令富豪助资，以带动民众。但实际操作却困难重重，引起士民怨恨。大家另找由头，托言官弹劾李榕所委用的人。由于张自牧长期掌管贵州捐局，大家把矛头一齐指向他。刘崐上奏辩解，为这些官员在清廷挽回了影响。
已经进入山东腹地的东捻军，于7月份避开山东清军，直向东行，奔向平度和莱阳，然后改向西北方推进，奔赴渤海之滨的招远与黄县。
东捻军全部在海滨集结，清廷全歼这支起义军的机会到来了。李鸿章和丁宝桢连忙集结部队，扼守胶莱河全线，以封死东捻军的退路。
李鸿章精心布置这场大会战，动用五万人防守，四万人作战。他得到报告：胶莱河北口水浅，沙子容易崩塌，不能筑墙；而北口以西三十里处有潍河入海的通道。他提出从胶莱河以西修筑墙垒，连接潍河以东，直到海岸，令淮军和山东清军分段驻防，将运河驻防军调到胶莱河，由其他部队接管运河驻防。
李鸿章打算调动山东清军的所有兵力一万六千人分别驻屯。巡抚丁宝桢不同意，大大违背李鸿章的意思，只派出七千兵力。
李鸿章征调五千名直隶军、五千名浙江军和一万二千名湖北军，替换运河防御。 电子书 分享网站
1867年，同治六年（6）
这时，捻军已深入海湾，袭击福山和宁海。
清廷大员们都认为成功指日可待。只有曾国藩并不乐观，写信给李鸿章，主张按照刘长佑和刘铭传的办法倒守运河。
陕西和甘肃两省的清廷官员急切盼望的左宗棠湘军，于7月15日度过了河南灵宝的函谷关。一位谋士对左宗棠说，函谷神是李左车，必须祭祀才能过关。
左宗棠笑道：“李左车怎么挡得住我呢？”
黄昏，部队刚出山谷，忽然雷雹交作，山溪暴涨，车子骡马翻下山崖，军士们漂入大河，损失辎重几万件，一百多人死亡。
左宗棠于7月19日抵达潼关，帮办军务刘典和新任甘肃提督高连升一起到达西安东南侧的蓝田。
左宗棠把三十五岁的平江人朱德树调到陕西，统率骑兵，奏荐他升为副将。
杨岳斌的部将梅开泰所部会同邓全忠的部队攻克了米拉沟。
米拉沟属西宁管辖，是西路河运的要道。和平时期，回民常在此地聚集，也有一些逃犯来到这里。起义军兴起后，这里的绿林军频繁袭击西宁和凉州，阻遏兰州的粮运。
湘军攻克米拉沟以后，起义军和绿林军都来请降。于是，河州、洮州、狄道与西宁的回民堡垒大多数不再反对清廷，而南八营李得昌各部十六万人要求择地安插。
清廷对回民抱着不信任的态度，命令穆图善严加防备。穆图善张榜安民，命令投降的起义军交出军械。他派范铭率部赶赴洮州，派张瑞珍率部赶赴萧何城，派王得胜率部赶赴静宁，办理安抚事宜。从此，穆图善对于招抚颇为上心。
左宗棠见甘肃形势缓和，而捻军和回民起义军都在陕西境内，便没有前往甘肃。
左宗棠在陕西，依靠外省提供军饷。他看到浙江提供的军饷“源源而来”，高兴不已。他多次代表全军感谢杨昌濬的“嘉惠”，说杨昌濬和浙江的百姓，是陕甘两省的依靠。他还说，“何敢以寻常感激之语，施之至交”。他对杨昌濬做出的贡献，评价极高。
杨昌濬“性素平和”，是个好好先生，但甘于平淡，不爱做官。他身居高位之后，并未流连忘返。就他本人而言，他一直都想辞官不做。然而，他有一个精明的头脑，办事勤奋，忠于友情，左宗棠不但把他视为知己，还认为他是一名干才。
由于左宗棠在到达陕西之后，连连向他诉苦，言辞恳切，说有无军饷，关系到全军的存亡。杨昌濬把个人的意志置之度外，继续留在浙江，专为左宗棠筹饷。左宗棠还嘱咐他注重洋务，兴修水利，杨昌濬无不遵行。他和左宗棠志同道合，主张“用外人之器，师外人之长”，筹办海防，做出了一些成绩。
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东捻军在8月份已经明白了李鸿章的意图，为了突破封锁，回师平度，扑向清军和淮军的胶莱河防线，屡次攻击，都被淮军与河南清军击退。东捻军改道北进，奔向潍河出海口。
山东清军王心