被淮军与河南清军击退。东捻军改道北进，奔向潍河出海口。
山东清军王心安所部刚刚修筑好壁垒，但堤墙尚未修成。东捻军长驱渡河，驻防的清军溃散。捻军袭击昌邑，向西南挺进，奔赴安丘。
李鸿章主张防守胶莱河，丁宝桢与他意见相左。李鸿章力排众议，才得到清廷的首肯。
山东清军驻防的潍河，本来是潘鼎新负责的防地。潘鼎新移师南下，要求山东清军替防。北路失败以后，潘鼎新指责王心安防守不力，清廷下令将王心安斩首。丁宝桢上疏为王心安争辩，清廷原谅了王心安，而严厉地训斥了李鸿章。
李鸿章上奏攻击丁宝桢。清廷下诏劝他们和解。
不久，东捻军从安丘和临朐两处并行南下，李鸿章又提出防守运河。英翰派张得胜等人率领安徽清军一万人扼守江苏宿迁东南方约六十里处的仰化集，防线向东延伸，直达海滨。
曾国荃派遣谭仁芳和刘维桢等人率领湖北清军一万二千人扼守山东梁山的靳口至亨济闸一段。刘长佑派唐训方和张树声率领直隶清军五千人扼守齐河与张秋，李鸿章又征调五千名浙江兵扼守六塘河。运河中段由淮军和山东清军分守。
东捻军从莒州攻打日照和江苏的赣榆、沭阳，然后折向西北，奔赴山东最南端的郯城和兰城。刘铭传、牛师韩和姚广武出兵拦截，屡次击败捻军。东捻军回头东进江苏海州。
丁宝桢将军情上奏，说东捻军将从沂州与莒州向江淮一带运动。清廷大怒，将李鸿章交付部议，将丁宝桢革职留任。
1867年，同治六年（7）
西捻军奔赴西安以北，攻打三原，刘效忠率部迎击，被捻军击败。湘军援兵赶到，捻军向东北方长驱直进，奔向蒲城。
甘肃的回民起义军出兵华亭，进入陕西凤翔，向西北方和东北方出击，袭击陇州、麟游和千阳，被乡团击退。甘肃宁州的回民起义军向东南推进，进入三水，谭玉龙率部攻击。起义军奔向淳化，然后向东北推进，返回宜君。
杨和贵率部追赶回民起义军，在黄河西岸的合阳赶上。起义军向西北方撤退，进入黄龙山。
耒阳人刘厚基奉调回军陕西，驻扎富县，率部在宜君以北、延安以南的甘泉大破张富满的农民军，然后攻克桥扶峪。
甘肃的回民起义军于8月下旬袭击陕西富县和宜君。8月30日，刘厚基的部队在羌村击败起义军。
9月6日，起义军袭击陕西东北部的米脂，接着向西北方推进，于9月12日攻击榆林，然后折向西南，奔向横山。9月22日，这支起义军攻占宜君，杀死知县张杰。
甘肃省会又燃起战火，河州的回民起义军攻击兰州。穆图善亲自领兵出城阻击，被起义军击败。起义军对兰州围攻五天，湘军将领彭楚汉率部死战，将起义军击退。
西捻军渡过泾河，攻打咸阳，游骑兵到达礼泉和乾州。
左宗棠率部驻扎在西安附近的临潼，大雨下了十天，无法进兵。
在湘军大帅左宗棠被恶劣的天气困在临潼的日子里，淮军大帅李鸿章移驻山东与江苏交界处的台儿庄，在兰城以南三十里。
东捻军扑向宿迁运河，牛师韩等人率部抵抗。东捻军又扑向老刘涧，姚广武率部截击，将捻军打败。东捻军北进邳县和山东郯城，遭到潘鼎新所部拦截，便东返海州。
漕运总督张之万上奏，称赞安徽清军将领牛师韩和姚广武在郯城与宿迁作战有功，请求增募骑兵和步兵共五千人。英翰也说宿迁之战未见淮军，弹劾李鸿章袖手观望。丁宝桢又多次上疏攻击李鸿章。清廷下诏，斥责李鸿章出于私心，放走捻军。
李鸿章上疏辩解说，英翰远在颍州，心中挂念着运河防御，派程文炳等人出省协助作战。他与英翰有多年的交往，怎么会对他有妒忌之心，袖手旁观，放走捻军呢？丁宝桢还是拿潍河那件事做文章，说他徇私委过，颠倒是非，承蒙朝廷详切训诫，他怎敢不遵朝廷之命？
李鸿章说，他与丁宝桢本来没有嫌怨，只是从夏天捻军进入山东以后，丁宝桢想把捻军立即赶出本省，也属于地方长官的常情。但他的任务是专门对付捻军，想的是怎样才能制服捻军，认为扼守胶莱河是上策，其次则是将捻军压迫在运河以东。无论能否办到，不办却是不行的。他打算出动三支主力，合力围剿捻军，但捻军人马众多，不能不稍待时日。
于是，李鸿章忧心忡忡，心力憔悴，以至于病倒。曾国藩写信给他，安慰勉励。
李鸿章得知郭松林的战伤已经痊愈，便调集一万兵力，交给他统领，号称武毅军。刘铭传在邳县休整部队，准备对东捻军发起新的攻击。
333
刘岳昭在8月份率部攻击平远的苗民起义军，进军包围牛场，攻破月城。岑毓英的云南清军攻击海马姑，获得大胜。刘岳昭把功劳推让给已故的劳崇光。
代理贵州提督张文德所领的湘军，努力在省城周边扫清障碍，也取得了一些进展。他的部队首先攻占了贵阳以北的开州，然后南下攻破鼎照山，攻占贵阳以东的龙里和贵定，斩杀苗民首领潘名桀。
张文德乘胜进军平越，俘虏金大五，接连攻克麻哈与都匀。清廷赐给他黄马褂。不久他就请假回湖南，办理亲人的丧葬。
新任云贵总督张凯嵩仍未到任，而云南迤西一带军情紧急，回民起义军攻占了定远、大姚、禄丰、广通和元谋，昆明紧急备战。岑毓英派刘重庆率领二千人增援省城，派吕镇南等人率领二千人增援楚雄，派杨国发等人率领二千人攻打广通，以牵制起义军的兵力。又派周之珪等人率领三千人取道昆明攻打禄丰，以保卫富民和罗次。还派柳明泰率领一千人防守武定和禄劝。
于是，云南省城的防务稍微巩固。
刘岳昭上奏，请清廷命令岑毓英回师曲靖。
刘岳昭对岑毓英所部的安排，还有另一层意思。他知道昆明守将马如龙和参毓英关系紧张，不想让他们同处一城。 。 想看书来
1867年，同治六年（8）
劳崇光在世时，曾命令马如龙率部攻打姚州和镇南。马如龙部获胜，起义军首领杜文秀派最忠实的部队前往救援。马如龙的部将合国安与杨盛宗率部退守大姚。军中流行疾疫，马如龙返回昆明休养，如果这时让岑毓英返回昆明，恐怕会生出什么变故。
清廷批准了刘岳昭的部署，再次催促刘岳昭赶赴云南。
刘岳昭上疏陈述云南军事的四大困难，内容大略如下。
第一件事是军队编制的混乱。
刘岳昭说，云南省的军队编制久已荒废，只能用杂乱的练勇对付起义军，兵员的数量和来往，都无定数。强者当头目，有的被官府保举为协镇将领，有的干脆自己封官，戴上了花翎，文官不敢过问。这些将领稍有不称心的地方，就杀害官吏，抢劫衙门，与造反者并无不同。例如在官府没有提出西征时，杜文秀按兵不动，省会昆明还算安定。但西征开始不久，起义军的攻击欲望反而强盛起来，练勇节节退避，不战而溃。现在打算攻击西部的造反部队，如果仍然坚持以回攻回的办法，恐怕会授人以柄，任人操纵，这是军队方面存在的困难。
第二件事是军饷的匮乏。
刘岳昭说，云南省全靠外省支助军饷，与造反武装作战十多年来，累计拖欠军饷几百万两银子。户部调拨的款子，外省以一纸空文了事。省城昆明的军需局和厘金局等部门，应该由司道来经理，但是其中有一些回民的镇将，挪用款项，冒领或滥用开支。就连州县的钱粮和井地的课税，也有回族军官前往收取，按户派捐，弊端之多，难以枚举。他曾令岑毓英按照惯例汇总核查东部的厘税和州县钱粮，本来只是打算逐步转移到正规的渠道，但还是不能满足营员的愿望。这是军饷方面存在的困难。
第三件事是官府和清军内部的隐患。
刘岳昭说，云南省的汉民与回民发生矛盾，有些人趁机挑拨离间，有时说自己是汉民，有时又说自己是回民，忽彼忽此，挑起衅端，从中获利。有的官员也心怀叵测，形迹可疑，这是患伏萧墙之内。官军千辛万苦，却因军中奸人的一句话而失败。这是防止内患的困难。
第四件事是进攻的艰难。
刘岳昭说，云南省的造反武装，主力都在大理和顺宁，那里地势险要，而且是他们经营多年的根据地。清军每次进攻，都苦于得不到粮食。加上文武官员不和，号令不能统一，虽然主观上想打胜仗，却只有打败仗的客观条件。主观上想要对外，却总是发生内变。这是图谋进取所存在的困难。
刘岳昭最后提出自己的对策。他说，刚刚被造反军队攻占的地区，清军自然是应该相机攻取。等到省城周边的军事有了把握，然后再挥师西进，攻击杜文秀所部，才能收到得寸进尺的效果，而不至于半途而废，受人讥嘲。
334
刘岳昭接到催促他赶赴云南上任的圣旨，急于结束在贵州西部的作战，更加急迫地催促各部攻打牛场。湘军奋力作战，于10月份攻克牛场，然后在河浒攻击定南关的苗民起义军，将起义军全歼。白泥的苗民起义军投降。
这时贵州西部渐渐平静。刘岳昭率领湘军奔赴云南，曾璧光出任贵州巡抚。
湘军忙于在外省作战，但湖南本身并不安宁。尽管湖南在贵州东部拥有大量兵力，却无大将统领，无法抵挡贵州起义军对湖南西部的攻击。
湖南巡抚刘崐于10月份上奏说，兆琛等人率领三万名兵勇，每年耗费军饷二百万两，名义上是为了大举援助贵州，但本省境内的战祸比以前还要严重，沅州、晃州、镇筸、黔州、麻阳、靖州和会同，方圆几百里无人安居。追究其中的原因，在于没有制定军法。援助外省的军队，照例只受奖赏而不议罪过，丢失了城寨，归咎于贵州，还要为自己上奏功劳，而贵州所遭的灾祸，都成为援军的勋绩。
兆琛身任贵州藩镇，镇远失守，是因为他不审机宜。周洪印驻军沅州，起义军一到，他就转移到托口扎营。起义军后退到托口，他又回到沅州，投机取巧，避免作战，毫不知耻。
刘崐请求清廷罢免兆琛的官职，议定周洪印的罪过，遣散他们的部队，酌情留下三营驻防。他还弹劾李元度久攻荆竹园，旷日无功，上奏请先将他降官一级，推荐席宝田招募一万人增援贵州东部。
1867年，同治六年（9）
清廷下诏，予以批准。又因刘岳昭已经率部开赴云南，命令四川清军出兵遵义，援应贵阳。
席宝田于11月份率部开到沅州，准备与李元度所部合攻荆竹园。
贵州天柱的苗民起义军在12月份出兵攻打湖南会同，席宝田的部将席启庚所部正在攻打天柱，接到省内急报，便说：“这是苗军故伎重演，他们认定我们出兵到了贵州，就不会返回湖南救援了。我偏要杀个回马枪！”
于是，席启庚率领手下所有的兵力共三千人，奋力追赶，兵分六路，前后拦截。苗民起义军没有退路，聚集在山谷里防御。席启庚独自率领五百人追入山谷，在羊肠小道上中了埋伏，席启庚力战而死。龚继昌率部从会同出兵，起义军乘胜撤兵。
起义军首领张秀眉对部众说：“苗疆危险了！往日官军打败了就走，如今深入山林，寻找我们作战，这是�