布政使文格也嫉恨左宗棠，暗中帮助樊燮。官文也上疏清廷，为樊燮撑腰。
文宗阅罢弹劾左宗棠的奏章，龙颜大怒：一省的军政大计，竟然不是由清廷委任的官员定夺，岂不乱了纲纪！诏令官文密查，如弹劾情状属实，便要严办左宗棠。文宗亲笔批示：若参案属实，可将左宗棠就地正法。
官文知道，左宗棠素来看不起他这个满人总督，认为他心术不正，是个小人。现在找到了机会，自然想把他往死里整。圣谕给了他“就地正法”的方便，何愁罗织不了罪名？
但是，官文要整死左宗棠，也不是毫无顾忌的。至少骆秉章不会听任不管，因为若是左宗棠的罪名落实了，他自己也洗脱不清。于是，他再次上疏争辩。
官文知道，想整左宗棠，就得速战速决，趁着皇帝还没清醒过来，先把左宗棠干掉。于是，他命令考官钱宝青讯问此案，把左宗棠定为诬陷朝廷命官樊燮的主犯，涉案人员还有永州的知州黄文琛等人。这可是性命攸关的事情，左宗棠决定脱离骆秉章的幕府，逃命要紧。
其实，黄文琛等人是樊燮为非作歹一案的主要证人，左宗棠跟他们并没有私交。黄文琛为人直率，敢于直言，尽管以前遭到过左宗棠的压抑，现在却挺身而出，为他辩白。湖北巡抚胡林翼也极力为左宗棠辩解。
1860年，咸丰十年（4）
大家都劝左宗棠挺下去，但左宗棠可不能拿自己的脑袋当儿戏。三十六计，走为上计。他准备离开长沙这个是非之地。
可是天网恢恢，左宗棠有什么地方可逃呢？
左宗棠的想法是：以进为退，逃到京城！
左宗棠认为，他此次进京，有两种可能。第一，他可以名正言顺地说，进京是为了参加会试，弄个进士出身。如果皇帝下诏，要求将他送部引见，他就到最高统治者那里去对质，把事情的原委照实奏告。
皇帝会不会召见自己，左宗棠心里也没底。但他做了两手准备。第一是不等引见，就告病还乡。第二是若皇帝召见，皇上问一句，他就据实答一句，决不多言。这样，皇上就会当他是个山野之人，懒得跟他计较。他还打定主意，如果只能见到那帮公卿大夫，他就一言不发，省得人家误会了他的意思，到皇上那里乱说一通，令他“断送头皮，气破肚皮”。
2月1日，正月初十，左宗棠开始了北上的逃亡生涯。他走得如此急迫，连元宵节都没有跟家人一起过。因为据他预料，官文正在派人捉他。
左宗棠的预料是对的。当官文得知左宗棠逃离了湖南巡抚衙门以后，派出许多密探和捕快，沿途拦截，想把他带到武汉审讯正法。从这时起，左宗棠的身份就变了，从一个威风八面的师爷，变成了在逃的通缉犯。
左宗棠决定逃进北京。好汉做事一人当。他给胡林翼写信说：“朋党之嫌不能不避。”他还说，如果官司败了，“不以党锢连诸正人，致有一网打尽之惨”。也就是说，如果他被判有罪，决不牵连好友故人，宁愿一死，也不让官文把他们这些湖南干才一锅端掉。
左宗棠于3月18日抵达湖北荆州，3月24日抵达襄阳。那时大雪纷飞，旅途艰难，左宗棠只得暂时歇脚。胡林翼派人给左宗棠报信，说官文根本没有收手的意思，正派人搜捕，“网罗四布”。
但是，北进的道路已经被风雪封锁，路上“行人几断”。他将何去何从呢？
左宗棠已是四十七岁的人了，命运对这个才子真是不公啊，他不但事业无成，反而得仓皇逃命。
那么，哪里才是左宗棠合适的栖身之所呢？
左宗棠首先想到了从前的主公骆秉章。
左宗棠虽然打算再度投靠骆秉章，但他已经断了做师爷的念头。他去投靠骆秉章，是因为他对自己有了新的规划。他想让骆秉章给他几百名士卒，让他来当营官。这样，他就能或者战死疆场，或者立下战功。
自从太平天国起义以来，湖南一省，陆续有许多书生带兵作战，成就了大批将帅，为什么左宗棠具有卓越的军事才干，以前却不曾想到过投身战场，却甘愿去当一个智囊呢？
左宗棠在写给胡林翼的一封信中，谈到了他对自己定位的认识过程。
左宗棠说，他以前之所以不敢大胆地统领一支军队，是因为带兵这件事，没有丰富的经验，是很难做好的。如果贸然担此重任，必定会遭受许多挫折，“不但误国，兼以自误”，他认为是不可取的做法。
那么，他为什么甘心当师爷呢？因为他冷眼旁观国家大局，官场“为倾轧争夺之所，拘牵挂碍，不足有为”。而他秉性粗豪，“性刚才拙”，“不能随俗俯仰”，在官场里是混不下去的。所以他宁愿藏身于幕府之中，我行我素，“进退自由”。
当然，这是左宗棠自己的说法。其实左宗棠愿做幕府，还有一个原因。左宗棠心中的偶像，就是三国时代的诸葛孔明。他平生最大的愿望，就是效法这个上通天文、下晓地理的智多星，手边虽无一兵一卒，胸中自有雄兵百万，轻轻一摇鹅毛扇，就能运筹帷幄，决胜千里。所以，他对自己的定位，不是在火线上冲锋打仗，而是在大本营当参谋长。
那么，为什么他现在又愿意去前线当指挥官了呢？那是因为，他发现自己打错了算盘。即便他藏身幕府，以他的性格，仍然难免成为众矢之的，以至于惹来杀身大祸。他虽然权势如日中天，他心理上却是如履薄冰。敢作敢为，就难免得罪人；他又“无权无位”，处境就非常微妙。他说自己“平生未受国家寸禄”，却“必为世所不容”。为了保命，现在只剩下冲上火线一条路了。当炮灰，怎么也比当小人手里的玩物强。
1860年，咸丰十年（5）
左宗棠打定了这个主意，就开始掉头南下，来到汉口。接下来，他没有按照原计划去找骆秉章，因为他感到身后有官文的尾巴。
左宗棠没有西进，而是向东潜行，打算去英山寻求胡林翼的接应，然后前往安徽宿松，到曾国藩的大营里躲上一阵。他想，曾大帅深得朝廷器重，在他的庇护下，应该没人敢找麻烦。于是他决定潇洒走一回，到湘军的各大营中游历一番，既能增长见识，又能散散心中的怨气。
左宗棠于4月8日从汉口登船，第二天晚上抵达兰溪。这里距胡林翼的英山大营还有一百八十里，必须翻山越岭。好在有湘军将领暗中接应，路上倒也方便。唯一担心的是，官文一心想致他于死地，会不会派兵埋伏，等他入套呢？
世事难料。在左宗棠提心吊胆的日子里，他的案子，已经有了戏剧性的变化。这个变化，是在京城里面发生的。
自从咸丰皇帝发下可将左宗棠“就地正法”的上谕以后，朝廷里就有一些人开展了一场营救左宗棠的活动。
执掌军机的满洲镶蓝旗人肃顺，一贯主张重用汉人，他曾耳闻左宗棠才学过人，秉性刚直。所以一听说皇上下了要命的谕旨，便想去说服皇上收回成命。但他又不便亲自出面。他是满人大臣，不能让别人觉得他胳膊肘往外拐。如果他去为左宗棠说情，肯定会引起皇上的疑心。
但是，肃中堂老谋深算，这点芝麻小事自然不费脑筋。
肃顺回到府内，首先把这个消息不经意地透露给门客高心夔。他知道，高心夔嘴巴上没锁，必定会造成连环反应。
果然，这个消息，按照肃顺的如意算盘，去了该去的地方。
江西人高心夔把这个秘密告诉了同为肃顺门客的湖南人王辏г恕Ｈ嗣靥欤蹶＇运不敢延搁，连忙密告在南书房当值的郭嵩焘。左宗棠本来就是郭嵩焘推荐给湖南巡抚的，现在左宗棠要掉脑袋了，他怎能见死不救？于是，他请王辏г嗽谒嗨衬抢锵氚旆ā�
不过，肃顺又把球踢了回去。他暗示王辏г耍耗忝侨フ冶鸬拇蟪急＜鲎笞谔模头奖阍谝慌郧帽吖牧恕�
郭嵩焘和左宗棠有姻亲关系，自己不好出面，只得避亲就疏，找了同在南书房当值的潘祖荫。他知道，这个江苏人见义勇为，必定会有所动作。
果然，潘祖荫上疏力保左宗棠。他在奏疏中写下了那句后来流传甚广的名言：“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠。”
潘祖荫不是凭空乱吹。他对皇上说，个人去留无足轻重。值得重视的是，湘军不但保住了本省，还支援了湖北、江西、广西和贵州，所向无不获胜，这固然是因为骆秉章调度有方，其实也是左宗棠运筹决策的结果。没有左宗棠的操持，湖南就会崩溃，东南大局也就危险了。
“东南大局”四个字，说到了皇帝的心坎上。左宗棠早年因林则徐的推荐，在清廷是有档案记载的。咸丰皇帝把道光爷那一朝的档案翻出来，发现当时就有一代名臣林则徐极力保荐左宗棠。皇帝连忙下旨，垂询胡林翼和曾国藩的意见。
左宗棠为湘军筹饷不遗余力，撇开私人的情谊不说，单就公事和正义而言，胡林翼和曾国藩也会为他说话。于是，他们上疏，一力保荐。这时候，肃中堂顺水推舟对皇帝说：“人才难得，自当爱惜啊。”
这个话，不用肃顺说，文宗也是明白的。当时的局势是个烂摊子，清廷如果不依靠能人，再也无法收拾残局。皇帝不依靠曾国藩、胡林翼和他们保举的人，还能依靠谁呢？这些人哪怕有一点出格，也只能容忍下来。于是他决定赦免左宗棠。
一匹快马，将开恩的上谕送到官文手里。官总督虽然不甘心，但他也无可奈何了。
左宗棠这时还不知道霉运到头了，他从英山来到宿松，正在和曾国藩进行友好亲切的交谈，打算过两天继续北上，看望湘军大将李续宜。
这一天，曾国藩正与左宗棠对饮赏雪，忽报有上谕到。左宗棠惊魂不定，以为是道“催命符”，万万没有想到，竟然喜从天将：天子亲自为他昭雪冤案了！皇帝指责官文“惑于浮言”，听信了不实之词。
左宗棠终于平反了！但更大的惊喜还在后头。皇上对他 “频年怫郁之隐”，表现出了关切。文宗体察到了这个湖湘才子这么多年来怀才不遇的郁闷。同时，对于左宗棠的身世履历，文宗也向曾国藩“垂询再三”。
1860年，咸丰十年（6）
这意味着：只要皇帝认为左宗棠确有真才实学，便会重用这个无缘进士出身的小官。
左宗棠的命运，从此有了根本的转折。一桩冤案，令坏事变成了好事。他虽然虚惊了一场，当了一回通缉犯，但他已经引起当今圣上的注意，从此搭上了仕途的直升机。从这个意义上说，左宗棠既是一个命运多舛的才子，又是一个罕见的幸运儿。《湘军记》的作者王定安评论说，官场波涛险恶，几千年历史中，像左宗棠这样心直口快的能人干才，不知多少人含冤掉了脑袋。左宗棠却能逃脱厄运，真是一个奇迹。
皇上一道上谕，打消了左宗棠归隐山林的念头。他知道，曾国藩虽为大帅，手下却只有一万一千人。左宗棠认为，这点兵力，根本不是太平军的对手。他决定帮衬这个当时“意兴索然”的湘军大帅。
左宗棠跟曾国藩、胡林翼在一起 “对饮十日”，忽然听说他最疼爱的小儿子得了重病，于是乘船回家。他肩负着曾大帅的重托，要回湖南招募勇丁，为湘军训练一支新部队。他初步设想，�