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在一阵震耳欲聋的飞机发动机轰鸣声之后，35架轰炸机和15架鱼雷机离开“大黄蜂”号母舰，在10架战斗机的护卫下，从两种不同的高度，首先向南云编队所在的水域飞去。
紧接着，“企业”号的33架俯冲轰炸机和14架鱼雷机陆续升空，在10架战斗机的护卫下，一前一后向目标飞去。这样，美军共起飞117架飞机，分为4个机群飞向预定目标。
当弗莱彻所率的第17特混编队将派出搜索的飞机全部收回后，便立即掉头向西南急进，前去追赶斯普鲁恩斯所率的第16特混编队。
弗莱彻在追赶斯普鲁恩斯时，知道“大黄蜂”号和“企业”号上的117架飞机已经升空。这时他想，根据敌情通报得知，袭击中途岛的日军航空母舰共为4至5艘，到目前为止仅仅发现2艘，因此不能把全部的力量都用出去，否则一旦发生意外情况，将无以应对。他决定将“约克城”号舰上的飞机留下一半，以准备对付尚未发现的敌航空母舰。
于是，他命令“约克城”号舰长以二分之一的舰载机投入战斗。这样，又有6架战斗机、17架轰炸机和12架鱼雷机从“约克城”舰上起飞，编成一队。这是美方派出的第5个机群。
南云的编队收回攻击中途岛的飞机后，加速向北航进。过了不久，上述几群美机便陆续赶来。可是，最先飞抵指定海域上空的“大黄蜂”舰轰炸机群却未发现目标。这是为什么呢？原来，南云舰队已向北移，而美军机群从高空接敌，低云影响观察目标，再加上美军搜索飞机所报的目标方位本来就有误差，所以与南云部队擦肩而过。
这群美机在预定海域没有找到目标，便继续向西南搜索，这样正好与南云的舰队背道而驰，越跑越远，始终没能发现南云部队。后来，这35架轰炸机中有21架返回母舰，11架由于燃油将尽被迫飞至中途岛降落，3架在中途岛机场着陆时撞毁。为这群飞机担任护航的战斗机，因燃油耗尽全部在海上迫降。
从“大黄蜂”舰上起飞的美军鱼雷机群，采取的是低空接近目标的方式。因在云层之下飞行，可以看到较大范围内的目标。大约9时20分，鱼雷机群发现了南云的航空母舰编队。然而此时，这批鱼雷机群已与美战斗机群失去联系，在没有战斗机掩护的情况下，带队的沃尔德伦海军少校仍然勇敢地率领他的机队向日军舰队发起了攻击。
生死时刻（4）
可是，此时日军的数十架“零”式战斗机正在日军舰队上面低空盘旋，把舰队防护得如铁桶一般。
美军的鱼雷机又笨又慢，在日军战斗机的拦击下，15架美机在投射鱼雷之前全部被击落，30名空勤人员中只有一人幸存。
十几分钟后，从“企业”号上起飞的鱼雷机群飞抵南云部队上空。这14架舰载机分为两组，准备从“赤城”舰的左右两舷实施鱼雷攻击。日舰迅速转向规避，把美机甩开，使其未能投雷。这批美机因无战斗机掩护，遭到20余架“零”式战斗机的凶猛打击。结果，有10架美机还未投射鱼雷就被击落了，其余4架虽然投射了鱼雷，但是无一命中目标，仅有1架返回了母舰。
从“企业”号航空母舰上起飞的轰炸机群，也和“大黄蜂”号的轰炸机群一样，飞到预定海域没有发现敌人。但是，带队的克拉伦斯·韦德·麦克拉斯基海军少校决定进行方形搜索，首先向北飞行。借用美国太平洋舰队总司令尼米兹的话说，这是“此次海战中最为重要的一个决定”。约于10时15分，麦克拉斯基的机群终于发现了南云部队。
麦克拉斯基从他的座机上看到，日军的4艘航空母舰列成菱形队形航进，航向正北，“飞龙”号在前，“加贺”号在后，左为“赤城”号，右为“苍龙”号，其余护卫的舰只围在四周，组成了一个巨大的钢铁花环。
这时，麦克拉斯基指挥机群从南面偏西方向，即从南云部队的左后方接近。他将33架轰炸机分为4组，对就近的目标，即对西面的“赤城”号和南面的“加贺”号实施集中攻击。
在此之前，由于日舰刚刚遭受两批鱼雷机的袭击，在空中担任战斗巡逻的大部分战斗机即将耗尽燃油，纷纷着舰加油装弹。尚在空中盘旋的战斗机已被美鱼雷机吸引到低空，因而放松了对高空的戒备。加之空中有云，这群轰炸机隐蔽在云块之上，日军未能发现。
正是麦克拉斯基带领的这群不速之客，将南云舰队推入了死亡的深渊。
美军前两批鱼雷机的攻击，并未对日舰造成大的威胁，日军的4艘航空母舰一直在继续进行攻击美军舰队的准备。飞机一架一架地从机库里提上来，迅速在飞行甲板上排好。
10时22分，南云接到报告，各项准备工作完成，飞机可以立即起飞。南云随即下达了准备起飞的命令。
在“赤城”号飞行甲板上，全部飞机都已经发动。庞大的航空母舰开始逆风航行。只要开始起飞，仅需几分钟的时间，全部飞机都可以离舰升空。
此时，南云的心情也很激动，他感到胜利已经在握。但是，他没有料到，命运之神偏偏不给他这几分钟的时间。只是在转眼之间，就出现了令他目瞪口呆的事情。
10时24分，从航空母舰舰桥的话筒里，发出了“开始起飞”的命令。飞行长摇动着小白旗，第一架“零”式战斗机开足马力，飞离了飞行甲板。
突然，望哨喊道：“俯冲轰炸机！”原来，麦克拉斯的机群开始攻击了。
只见3架美机朝“赤城”号垂直俯冲下去。飞机的黑影越来越大。突然，许多黑色的东西从机翼下凄厉地摇晃而下。
是炸弹！两枚炸弹笔直地朝着“赤城”号砸去。立即出现了夺目的闪光，接着响起炸弹直接命中的“轰隆”爆炸声。
仅仅几秒钟功夫，便造成了令人毛骨悚然的破坏。“赤城”号飞行甲板中部升降机后面被炸开一个大洞，升降机被炸得像一块烧卷了的玻璃板，塌向机库。飞行甲板的钢板奇形怪状地向上翻卷着。被炸毁的飞机机尾上翘，从飞机里伸出青蓝色的火舌，冒着浓烟。大火开始迅速蔓延。
“赤城”号直接命中两颗炸弹，一颗落在中部升降机后部，另一颗落在飞行甲板左舷后段。按正常情况，这两颗炸弹对这艘巨大的航空母舰本不会造成致命的损伤，但是，由此而引起的汽油和弹药的爆炸，摧毁了舰上好几个整段，动摇了舰桥，致命的碎片在空中到处飞舞。当火势向停在飞行甲板上比翼排列着的飞机中蔓延时，飞机上的鱼雷开始爆炸。此后不久，那些从飞机上卸下来还没来得及运到下面弹药库中的800公斤重磅炸弹也开始爆炸，因而使火势越发无法控制。整个机库区成了一片火海，火焰迅速向舰桥燃烧。
生死时刻（5）
由于大火的蔓延，“赤城”号完全丧失了作战能力，同外界的通讯联系也被割断。此时，南云的参谋长草鹿海军少将主张立即把司令旗移到“长良”号巡洋舰上去。南云无可奈何地同意了。
南云带着指挥机构离开后，舰桥上只留下了青木舰长、航海长、飞行长和渊田等人。青木舰长指挥“赤城”号的舰员继续努力控制火势。但他们的努力无异于杯水车薪。由于发电机停止工作，舰上不仅失去了照明，而且连灭火用的水泵也失去了作用。机库的防火门已被烧毁，化学灭火机全部不能用了。而且甲板不断发生着爆炸，每次爆炸都炸穿甲板，伤害到许多人。飞行长劝渊田马上离开舰桥，到抛锚甲板上去。在水兵的搀扶下，渊田艰难地爬上舰桥的窗口。不久，机库里又发生一次爆炸，爆炸产生的冲击波把渊田击倒在飞行甲板上，渊田失去了知觉。
烈火继续蔓延，火势越来越猛，热气通过进气孔，窜进军舰最底下的部分，在那里工作的人员开始因窒息而昏倒。为了使部下得救，机电长穿过燃烧中的甲板，跑到上面向舰长报告了机舱情况。舰长立即下令全体机电人员马上到甲板上来。但是，已经太晚了，带着这道命令试图穿过火海下去的传令兵一去不返，机舱人员没有一个人幸免。
伤亡不断增加，大火越来越无法控制了。18点，青木舰长决定弃舰。伤员开始转移到小船和汽艇上，许多没有负伤的人跳到海里，游泳离开“赤城”号。
青木舰长于19点20分从一艘驱逐舰上发电报给南云，请求批准将被毁的航空母舰炸沉。联合舰队的旗舰截收到了这份电报。
22时25分，山本海军上将发出暂缓处置那艘航空母舰的命令。
青木舰长接到这一命令后，独自返回“赤城”号。他回到还没有被大火波及的抛锚甲板，把自己绑在铁锚上，等待着死亡。
在作战室里，山本召集全体参谋人员开会，专门研究“赤城”号如何处理的问题。是同意青木的意见，将它击沉呢？还是冒再打一仗的风险，冲进作战海区去把它拖出来呢？还是让它听天由命？他们知道，如果把“赤城”号抛弃，美国人肯定会把它弄走，它将成为令美国人骄傲的一件展品。
讨论的气氛富有戏剧色彩。尤其是黑岛海军上校，在发言中非常冲动。这位首席参谋悲愤交集，羞愧难言，灰心丧气，痛哭起来。许多人也泪流满面。黑岛痛哭道：“我们不能用天皇陛下自己的鱼雷来击沉天皇陛下的战舰啊！”
他的这番话似乎使房间变成了真空。参谋们几乎个个喉咙哽咽，连气也喘不上来。
山本的心里也许在哭，但他眼里没有泪水。只有他才能作出弃舰的决定，而作出这个决定太痛苦了，他哭都哭不出来。
山本终于开了腔。他语调缓慢而沉重：“我自己曾当过‘赤城’号的舰长，现在我必须下令将它击沉。对此，我心里万分遗憾！”
接着山本又说：“对于用我们自己的鱼雷击沉‘赤城’号这件事，我将向天皇陛下请罪！”
6月5日3时50分，南云收到山本关于击沉“赤城”号的命令后，随即将命令转达给第4驱逐舰队队长有贺海军上校。有贺命令他的4艘驱逐舰准备向“赤城”号发射鱼雷。
拂晓前，海上大雾茫茫。“赤城”号上的大火似乎已自行熄灭了。大雾中，“赤城”号隐约可见，就像日本画家笔下的一幅水墨画。
此时，有贺派出几个代表乘小艇去劝说青木不要自尽。“赤城”号领航主任三浦海军中校告诉青木：航空母舰将由日本自己的鱼雷来击沉，而不是被敌人鱼雷击沉，所以它的舰长无需与它一起沉没。但青木不听劝告。最后，有贺海军上校亲自上舰，命令青木离舰，青木这才服从了。
5时整，3艘驱逐舰围上去，向“赤城”号发射了3枚鱼雷。右舷一侧发生爆炸，“赤城”号的舰艏开始下沉。
驱逐舰上所有的人都高喊：“‘赤城’号，万岁！万岁！万岁！”
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生死时刻（6）
20分钟后，这艘航空母舰晃动着它那庞大的身躯，缓缓下沉，最后被海水淹没。随即，在水下发生了猛烈的爆炸，附近的每艘驱逐舰都感受到了强大的震动。
“赤城”号消失了，海面上翻起巨大的泡沫。
“野分”号驱逐舰舰长古闲孙太郎海军中校后来痛苦地回忆说，当他用强大的新型鱼雷射击这艘航空母舰的时候，内心是多么刺�