他知道调他到军令部是对他的能力的肯定，但他总觉得自己最适合于在海上。他的老朋友回忆说，当南云从岸上的职务调回他所热爱的海上时，总是十分高兴和愉快。
1934年11月15日，他当上了战列舰“山城”号的舰长。恰好一年之后，他晋升为海军少将，时年48岁。第二次世界大战爆发时，南云是第3战列舰战队司令官。1939年11月15日，南云又得到了海军中将这个高级军衔。一年之后，他不得不再次上岸，任东京的海军大学校长。当任命他为第1航空舰队司令长官的决定下来时，他仍在海军大学工作。
南云有一张他个人事业达到顶峰时照的照片，从这张照片中可以看出他的形象。他穿着海军制服，左手拿着指挥刀，充满自信并镇静自若地坐着。他那像加农炮弹一样的圆头前边有点秃，沉思的前额上有两条皱纹，它们连着十分显眼的眉毛，遮盖着有特征的大眼睛。两眼之间也有两条鲜明的纵纹，加上从他的大鼻子到嘴角的多条线条，告诉人们他容易笑，容易在集中思维时皱眉。高颧骨，结实的下巴和岩石般的颌，给人一种承担重大责任的感觉。南云习惯于按时髦的角度戴军帽，不注意自己的服装，傲慢地挺着胸，走路时总是昂首阔步。他心胸开阔，性格外向，是那种见了朋友大声喊叫欢迎并在别人肩上重重一拍的人。
南云是一位老式的军官，是一位鱼雷攻击和海上作战的高手。但是，在南云的经历中，没有任何与空军有关的事情。日本海军的一些高级军官认为：从南云的背景、受训、经验和兴趣说来，让他担任日本海军航空兵的这个主角，是不适合的，当他成为第1航空舰队司令时，他对航空兵的实力和潜力毫无概念。当然，这些看法也带有某些妒忌的成分。事实上，在当时，全世界几乎找不出一位海军将军是航空方面的专家。
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舰队出征（4）
南云被任命为第1航空舰队的指挥官，是沾了论资排辈制度的光。日本的统治集团认为，这种制度的优点，是通过任命资历较高的军官，可以给下级军官们一种安全稳定感，使他们认识到一个人的事业不完全受政治、得不得宠或是某些不能解释的原因所支配。当然，这种制度也有缺点，它常常“在圆孔中楔入方钉”，或是奖励平庸而忽略了天才。
为了弥补南云专业上的这个弱点，海军军令部派草鹿龙之介海军少将当他的参谋长。这是一个非常巧妙的安排。
草鹿龙之介虽说不是一位飞行员，但他有着一系列在航空兵中任职的良好履历，其中包括就任小型航空母舰“凤翔”号和大型航空母舰“赤城”号的指挥职务。草鹿那粗壮的稍弯的双腿，支撑着一个宽肩矬胖的身躯，他微笑时给人以面带善意的感觉。草鹿是一个坚定地专心致志干实事的人，他具备目的性和勇气，特别轻视幻想。他是日本海军中惟一的一位敢于向山本五十六的作战计划提出完全不同意见的人。草鹿是财主家的儿子，有着不是装出来的从童年时代才培养得出来的自信。他是佛教中禅宗教派的虔诚信徒，有着很少有人能获得的一种平静的信心和内心的安全感，任何大的周围变动都不会搅乱他。
在过去的作战中，不仅他的知识弥补了南云在航空专业方面的缺陷，而且草鹿的平衡能力也减轻了困扰南云的许多问题：南云常常过多地看事情的阴暗面，而草鹿的乐观主义可以帮助南云摆脱不必要的烦恼。因此，草鹿成了南云不可缺少的臂膀。
南云还有一个得力助手——担任航空参谋的源田。他是南云参谋班子之中最精通航空力量的人。南云依靠源田，听取他作为专家的意见，常同他商量。随着时间的流逝，他越来越信赖源田的判断。
在南云的核心参谋圈子中，还有一个人起着特别重要的作用，这个人便是渊田美津雄。
渊田美津雄于1902年12月2日在历史上有名的奈良郡大声哭喊着来到人间。后来，他笑着指出那年是虎年。按日本人的说法，老虎是运气、力量和权威的象征。在东方人的传统观念中，虎年生的人敏感、有勇气、固执。在1921年8月26日，他进入了海军军官学校的预备班。上二年级时，他和源田成为好朋友，并同时得了传染病。1933年11月1日，他进入横须贺航空队，接受特种高空轰炸训练。1935年10月，他又回到那里，当这项技术的教官。1936年12月1日，他双喜临门——晋升为少校，并被选送去海军大学深造。在那里，他成为鼓吹空中力量潜在优势的一小批热心的飞行员的领头人。1939年，渊田来到“赤城”号当飞行队长。在一次海上演习中，他在这艘航空母舰上遇见了山本五十六上将。山本精力充沛的个性，以及他对航空的特殊兴趣，赢得了渊田对他的无限崇拜。接着，渊田被调到小型航空母舰“龙骧”号上任第3航空母舰战队的航空参谋。当他接到让他调回“赤城”号的命令时，他已积累了大约3000小时的飞行时间。
“渊田有一种很强的战斗精神——这是他最好的品质。”源田评价说，“他也是一名能够理解任何给定情况并迅速作出反应的天才的领导，他不仅是我们最好的飞行领导人，还是一名优秀的参谋——肯合作，头脑清晰。”5个多月前日本攻击珍珠港时，正是由渊田担任空中攻击的总指挥官。
几乎所有参战的日本官兵都认为，南云从担任第1航空舰队司令官的那一天起，已不再是一位普普通通的海军中将。从那时起，他无论成败均将写就日本民族历史上的一页。珍珠港之战，他为日本写下了辉煌的一页，这次中途岛之战他又将如何呢？
时近中午，南云的攻击舰队已驶离丰后水道。太阳渐渐隐去，当凉爽的海风吹来时，舰队驶入了宽阔的海面。
渊田美津雄忙了一天，早早就爬上了铺位。前几天他到一家陆军医院住院观察过，但现在他还是感到腹部阵阵作痛。医院的医生诊断说，饮酒过度，规劝他戒酒。但是那天夜里，渊田刚入睡就疼醒了，捂着肚子缩成一团。渊田的勤务兵急忙请来医生。医生告诉这位大汗淋漓的飞行员：“是急性阑尾炎，必须立即动手术。”渊田请求他先暂时简单处理一下，使他可以坚持十来天，等打完中途岛战役后再开刀。但医生不答应，执意要立即动手术。
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舰队出征（5）
南云、草鹿、源田等人听到渊田患急性阑尾炎的消息后，都赶到渊田的床铺边探望。他们嘴上都支持医生的意见，但内心却很不高兴。因为渊田是个富有鼓舞力量的指挥官，他的手下对他极为信赖，他们期望他带领日本的海上之鹰投入已经计划好的战斗。
渊田不能担任飞行队长这个令人不安的消息传遍全舰，使不少官兵变得郁郁不乐，他们烦恼地说：“渊田中校不参加战斗恐怕会大大影响飞行员们的土气。”
祸不单行。渊田阑尾切除后不几天，源田又得了肺炎，发高烧，只好卧床休息。
这两件不幸之事如果发生在当初去袭击珍珠港的途中，会把南云愁坏的；但这时，他好像觉得他们对作战指挥毫无影响。至于草鹿这位头脑冷静的禅宗佛教徒，没有什么事情会使他感到不安。许多日本人对于先兆十分敏感，而且水手们有迷信的传统。但是南云和草鹿都没有把这两个具有关键作用的年轻人的突然不能参战看作是厄运降临的兆头。
当然，他们根本不知道尼米兹正在中途岛及其附近准备“热烈欢迎”他们。
从5月27日到5月29日，日本联合舰队的各部队陆续出发。近藤信竹海军中将指挥的“攻占中途岛部队”和山本五十六海军上将直接指挥的“主力部队”，是最后一批起航。
在向中途岛航渡过程中，山本通常每天不到5时就开始工作。他起身后的第一件事就是看天气情况，他对天气十分担心。主力舰队离开港口后，雾越来越浓。在这种天气航行不仅麻烦很多，而且相当危险。看完当日的天气报告，山本随即穿好洁白无瑕的军服，乘电梯来到作战指挥室。作战指挥室与舰桥在同一层。作战指挥室的房间相当大，中间有一张大桌子，桌子四周是软软的长条座位。桌上散乱地摆放着各种图表，其中最重要的是作战图。
山本向室里的人员简略地致早安后，就一头扎进当天的电文堆中。这些电文来自舰队各部，包括每日作战报告和侦察报告，通常有100份左右，山本对每一份都仔细研读。他对这些报告的内容并不作无谓的讨论，但眼睛从不放过任何疑点。
看完电文，山本在6时左右走进舰桥，在他的硬木凳上坐下，准备开始一天的主要工作。
8时整，山本回到作战指挥室。桌上，早餐已经摆好，他总是一边与参谋们悠闲地就着餐，一边与他们谈论总的局势。就餐毕，餐具收走后，大家围着桌子继续谈下去。
交谈中，山本表现得情绪高昂，信心十足。但是如果一谈起美军，他又总是变得极其严肃。他每天都收听东京的新闻广播，每当广播员讽刺、嘲笑敌人而吹捧、抬高日本海军时，山本总要对这种广播作一番抨击，因为他生来就不喜欢浮夸。
午餐于12时整开始。午餐之后，山本照例返回舰桥。他一坐就是一下午，关切地注视着舰队的行动。
18时，山本准时到作战指挥室就晚餐。与早餐、午餐时一样，大家还是边吃边谈，只是晚餐的聚会时间稍长些。会后，山本回到自己的舱内，用半个小时沐浴、修面。无论是在舰上还是在岸上，也不管是在平时或是在战时，山本总是在晚上而不是在早晨做这些事。这样，一来可以使大脑休息休息，清醒清醒，二来早晨起床后就可以立即投入工作。
20时左右，山本再次乘电梯来到舰桥上，不是去工作，而是去下棋。下棋不仅是山本的爱好，而且山本认为下棋能够使自己在指挥作战中保持机敏的头脑。从20时至就寝这段时间，虽然全舰上下都知道山本在干什么，但一般情况下谁都不能打扰他，山本授权他的幕僚在这段时间里可以独自处置不影响整个战局的紧急情况。山本这个人无论干什么都是全力以赴。办公时，他精力集中；下棋时，也是全神贯注。和许多思维活跃的人一样，他睡觉比一般人少，觉得换一种脑力活动方式倒比在床上待8个小时更能提神醒脑。他从不在23时前睡觉，常常在午夜甚至后半夜2时才宽衣上床。尽管这样，他还不能安稳地睡个好觉。偶尔发来紧急报告，值班参谋就必须把他叫醒。这时，他就起身阅读，签上名字，还要对来者客气地致谢，然后躺下再睡。
舰队出征（6）
山本有一个得力助手，他就是联合舰队参谋长宇垣缠海军少将。宇垣长得很帅气，在日本人中算是高个子，很有头脑，口才也很好。他性格坚强，敢作敢为，容易激动，略为秃顶的脑袋里有很多主意。宇垣缠被誉为日本最优秀的军官之一，享有日本海军战略权威的盛名。由于山本要求有一位熟知东京海军最高当局情况、作风踏实、精明能干的行家作为助手，所以宇垣于1941年8月下旬到联合舰队任职。自登上“长门”号以后，他一直忠实地、有效地为山本效力，成为山本最信任的人。
5月30日