按照既定程序，法庭准备进行“认罪传讯”。“认罪传讯”是指被告必须回答对于起诉书中指控的罪行是否承认有罪。如果承认有罪则直接量刑；否则法庭就开始审判。
但就在这时，穿着日本军靴的辩护律师团副团长清濑一郎突然站起来给了庭长卫勃当头一棒。
他要求庭长卫勃回避。法庭气氛一下子变得骤然紧张起来。清濑一郎大声说：“我首先谈庭长卫勃阁下的回避理由。”卫勃问：“什么理由？”
清濑一郎说：“我们知道，卫勃先生曾经调查过日军在新几内亚的战争行为，因此，你已经丧失了公正客观的立场。”
卫勃马上说：“我认为我在新几内亚和其他地方作的调查和我作为审判长坐在这里，没有关系。本法庭宣布休庭。”
话音未落，远东国际军事法庭首席检察官季南夺过清濑一郎的话筒说：“要是对法庭有反对意见，应该用书面形式提出。”但清濑一郎坚持讲话，要求卫勃回避。
卫勃打断了清濑一郎的发言，不让他再讲下去：“我不和你讲条件，现在休庭，要是其他法官想听这种议论，休息之后再来，我不来。”说完，卫勃火冒三丈地离开法庭。
清濑一郎说得没错，卫勃在来东京之前，的确曾经主持调查了新几内亚日军犯罪事实，而且对日本人在那个地区所犯下的暴行了解很多。
梅汝璈在日记里记述了法官们在退庭之后发生的事情———老卫声明这件事关系到他个人，他愿意听候法官同事们的开会裁决。开会的时候他将回避。我们退到会议室，大家的神经都很紧张，尤其是清濑一郎似乎说过他对每个法官都有异议。
讨论时，大家都发表了意见，很是热烈，但我不能宣布或泄露会议上任何法官（我自己除外）的意见，因为我们开庭前都郑重保证：我们远东军事法庭的法官，必定依法秉公行使司法权力，绝无恐惧、偏袒、私爱，并且依照我们的良心，及最善之悟解行之。我们绝不泄露或透露我们法庭任何人对于判决或定罪之意见及投票，而要保持每个人之见解不可侵犯之秘密。这个誓约任何时候都不能违背。
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4．大幕拉开（4）
我们在紧张的空气中讨论的结果是：根据法庭宪章第二条，法官们是由盟军最高统帅依照各国政府的推荐而任命的。既然如此，法官们自然没有任何权力决定我们任何人的任免或是回避。这件事决定以后，我们请老卫来出席，把结果通知他。
法庭重新开庭，法官代表把会议的结果通知了在场的人，于是卫勃回到庭长座位，继续主持审判。清濑一郎发起的攻击被暂时挫败。
法庭对被告继续作“认罪传讯”。
东京审判的是第一批28名甲级战犯，因为其中3人或病死或发疯，所以实际只对25名甲级战犯进行了审判。按照战犯名字的英文字母排列顺序，第一个站起来回答的是荒木贞夫。荒木贞夫，曾担任过关东军司令官和日本陆军大臣。1931年，他直接参与了阴谋侵略中国的“九一八事变”。
卫勃：“被告荒木贞夫，你认为有罪还是无罪？”
荒木贞夫迟疑了片刻说：“我已经聆听了起诉书，知道我处于一个不利的位置，有关涉及的第一个问题，对和平以及人性的犯罪，荒木我70年的生涯就会变得毫无意义……”
梅汝璈看到荒木贞夫拉开架式像要进行长篇大论的演说，就立即小声提醒卫勃说，赶快制止他！卫勃当即打断了荒木贞夫的话说，“现在不是演说的时候，你只需要回答有罪或者无罪。”
荒木贞夫：“我不承认任何指控。我是无罪的。”
东条英机是最后一个被叫起来的。他说：“对全部指控，我，认为，无罪。”
尽管站在法庭上的25名战犯都罪恶滔天，但他们并不甘心认罪。在法庭上，所有战犯都声明自己是无罪的。一个日本记者的报道说明了当时日本人的矛盾心情：“按日本人的想法，罪行那么明显，还要在认罪传讯时宣称无罪，很容易被人看成耻辱。”
然而，被告辩护团并没有善罢甘休，他们在认罪传讯结束后立刻对远东国际军事法庭再次发难。辩护团认为，在1946年以前，国际法根本没有破坏和平罪这一说法，并怀疑远东国际军事法庭是否有资格和权力对日本战犯所犯下的破坏和平罪等三大罪行进行审判。
对此，首席检察官季南进行了针锋相对地反击。他提醒人们：“同盟国是用武力结束这场侵略战争的，日本是无条件投降的；而且日本也是1919年凡尔赛条约缔约国，在那个国际条约中，明白无误地规定了侵略战争构成对人类的国际犯罪。所以，远东国际军事法庭当然有资格对日本战犯进行指控并进行审判。至于个人，在处罚所有战争犯罪行径中，包括审判战争的发动者，追究他们的个人责任是理所当然的。”
检察官还指出：这批战犯所指挥的军队，对世界各国的无数生灵造成了长期而深重的迫害，世界的和谐在这批战犯手中破灭。对如此天理不容的战犯，绝对不能够纵容。审判的目的是主持正义，而这个审判也不同于一般的审判，因为我们要从毁灭中挽救全世界。我们为了文明而开始战斗！检察官铿锵有力地结束了发言。
1946年5月17日，辩护方面的观点和异议被法庭全面否决，远东国际军事法庭庭审的第一阶段就此结束。
5．铁证（1）
◆ 国际检察局“打出”第一张牌
远东国际军事法庭从一开始就充满起伏跌宕的戏剧性，火药味十足。英美法系宽松的审判方式渐渐让日本战犯和他们的辩护团有了信心和斗志，法庭上的证据成了左右这场较量的重要砝码。究竟谁输谁赢，还要看谁在法庭上能提出更有分量的证据。因为，有没有证据，证据是否有力，会不会被对方驳倒，是能否判定战犯罪名的惟一标准。
从远东国际军事法庭开庭以来，中国参加远东国际军事法庭的人员就一直为错综复杂的法庭斗争感到担忧。
在美国人占主导的法庭上，他们更重视对美国发动袭击的那些日本战犯，对他们必欲置之死地而后快，所以，对他们的证据搜集得也更多、更严密、更具有杀伤力。但对于像土肥原贤二与坂垣征四郎这样的侵华老手、阴谋家，重视程度就大大降低了。
审判中，美国政府极力操纵法庭，提出了种种有碍审判工作正常进行的规定，寻机为一些没有直接危害美国利益的战犯开脱罪责。有些极其重要的战争罪行和战争罪人轻易逃脱了法律的制裁，特别是日军的“七三一”细菌部队和毒气施放部队的罪行就被人为地掩盖了。有大量证据表明，掩盖者正是美国，美国军方以不指控“七三一”部队负责人石井四郎为条件，要他交出试验结果。
对于这种错综复杂的情况，国民党政府没有充分的准备，国内绝大多数人的看法还是维持着千百年来形成的“胜者王侯败者寇”的老理，以为只要法官、检察官的金口一开，大笔一落，就能严惩战犯，所以没有准备足够的人证、物证材料。审判一开始，中方代表就陷于有冤难伸、有苦难言的被动局面。在战争中，中国受日本侵略危害最重，大半河山被日军践踏，千百万同胞惨遭杀害，亿万财富被劫掠焚毁。而今，在国际法庭的审判席上，中国却拿不出证据审判那些曾横行中国的战犯。代表们痛心疾首，又气又急，深感若不能严惩战犯，真是无颜再见江东父老。
于是，向哲浚的秘书裘劭恒频繁地回国，前往过去的敌占区，到遭受过侵略迫害的难民中寻找人证与物证。裘劭恒最终找到了南京大屠杀的幸存者尚德义、伍长德，目击者美籍医生罗伯特·威尔逊、约翰·梅奇牧师等关键人物。值得一提的是，由于日本统治集团内部的矛盾和利害冲突，以及有些人出于保全自己的目的，有相当一批日本军政要人向检察局提供了各种情报和证词，那些想百般抵赖的战犯，在铁证面前很快就被检察官驳斥得哑口无言。
1946年6月3日，远东国际军事法庭开始对日本战犯进行历时一个月的起诉。国际检察局的检察官们用令人信服的证据揭露了日本军国主义毒化国民、走上军国主义战争道路的事实。接着，法庭很快就进入了日本侵略中国部分的审理。首先面对的，就是满洲阶段。满洲阶段即日本阴谋侵略中国东北阶段。这也是起诉书控诉日本侵略扩张的开始。1946年7月1日，美国检察官达尔西首先出庭发言，他从日本1928年制造“皇姑屯事件”开始，直到1932年在日本扶植下建立溥仪傀儡政府，揭示了日本阴谋破坏和平，发动战争的过程。
在庭审中，被告和他们的辩护团试图把“皇姑屯爆炸案”的责任推到中国人身上，而且，为了逃避惩罚，被告辩护团提出了一个又一个借口，有的辩护律师甚至以战争中杀人不应构成杀人罪为由，为被告开脱。一时间，法庭上唇枪舌剑，你来我往，好不热闹。
1946年7月5日，一个神秘证人突然出现在远东国际军事法庭的证人席上，让所有被告和他们的律师感到震惊。这是远东国际军事法庭国际检察局手中掌握着的第一张牌———田中隆吉。
田中隆吉毕业于日本陆军士官学校和陆军大学，从1923年起就在日本陆军参谋部工作，1927年以后被派往中国，在北京、张家口一带长期从事侵华活动。1935年任关东军参谋，1939年任陆军省兵务科长，1940年晋升少将，升任陆军省兵务局长，但是因为跟东条英机意见不合，在1942年被东条英机罢免了。他深悉日本对外侵略内幕，一开始就“全力配合检察活动”，将亲身经历和所见所闻写成详尽的供述材料，并在法庭上公开出庭作证。
美国检察官萨盖特出场讯问。他的第一个问题就是，炸死张作霖的，究竟是谁？
田中隆吉作证说，我查过卷宗，张作霖之死，是当时关东军高级参谋河本大佐计划并实施的。1931年6月3日，在南满铁路和京奉线交叉处炸毁了北京开来的列车，车上的张作霖没有逃过此劫，第二天就死了。
田中隆吉的证言极具杀伤力。被告们鸦雀无声，特别是东条英机，狠狠地盯着过去的部下，满脸怒容，焦躁不安。
但田中隆吉紧接着在法庭上把自己知道的日本军部的内幕一一道来。就日本发动“九一八事变”、策划成立伪满洲国、南京大屠杀等侵华罪行做了尤其详尽的叙述和证明。他的作证使日本战犯的侵略罪行大白于天下。其实，向东京法庭提供各种情报和协助检察活动的日本人为数不少，绝非田中一人，只不过大多数人的协助活动是秘密进行的，而田中则是公开以证人的身份出现的。
◆ 艰难取证
在法庭上，面对那些战争狂人和一批西方善辩的律师，审判将是一场无硝烟的战场，是另一种形式的较量。证人证据找准了，有说服力，那就是一枚枚抛向恶魔的“重磅炸弹”。
5．铁证（2）
然而，随着审判的进行，中国的法官和检察官们越来越发现国民政府方面对东京审判准备不足，出庭作证的国民党政府官员法律水平低下，只会讲些空洞的话。如原国民党政府军事部次长秦德纯，到了法庭上只会说日军在中国“杀�