在对各级党部进行整顿时，陈果夫采取了重点整顿与一般指导的办法，在国民党内全面展开。
重点整顿，是对广东省党部进行改组，因为广东是国民党中央所在地，陈果夫表面上搞所谓民主选举，实际上在暗中操纵，将三倍于执监委员的候选名单“推荐”给大会，并私下收买选票。
结果，新选出来的广东省党部仅只保留了刘尔崧、彭湃、杨匏安三名共产党员，其余均为清一色的国民党右派分子。
对其他地方，陈果夫则采取视察与指导的办法。
他将一些极端###的国民党右派人物陆续派到各地担任指导工作，整理党务。
如将段锡朋、郑异派往江西，萧铮、王宇春、葛武派往浙江，陈希豪派往上海。
有些地方如湖南、湖北、安徽、江苏等省，当时没有派人去，但陈果夫都分别电令这些地方的党部派人到广州来听候指示，然后回去照此行事。
还有些省市，陈果夫认为共产党力量太大，怕派人指导无济于事，便干脆将这些地方的党部强行改组，换上忠于蒋陈的国民党员。
如贵州省党部改组后，即派张道藩前去主持；北京执行部改组后，即派吴铸人、童冠贤等人前往主持；绥远省党部改组后，即派纪亮等人前去主持；福建省党部改组后，即派丁超五前去主持等。
每当这些人员出发上任时，陈果夫都亲自接见，进行训话，要他们抵达任所后，尽快将共产党人从各级党部驱除，切实负起“救党”责任。
这些人到地方后，与当地反动军官、民团，地主勾结起来，压迫民众，解散农民自卫军和工人纠察队，对各级党部人员进行考核，排挤共产党人，逐步改变地方国民党的领导成分。
在整顿各级党部的同时，陈果夫指令各地对国民党员办理重新登记，根据他的旨意，各地均按以下规定办理：（一）全部党员应在中央命令组织之党部重新登记。
（二）登记机关指定省党部，特别市党部、县党部、市党部。
（三）登记时间为三个月，但海外登记时间由海外党部另行规定之。
（四）登记表格除原有之各项外，须特别声明愿遵守建国方略、建国大纲、三民主义，第一次、第二次全国代表大会宣言及决议案。
（五）曾经加入本党所否认之政治团体，登记时须特别声明与该政治团体脱离关系。
这些规定中，陈果夫特别强调最重要的是第四，第五两条，这两条中特别是第四条，从字面看来，堂而皇之，无可指责，但实际上，陈果夫是要求所有国民党员必须拥护以蒋介石为首的国民党新右派，遵守他们制定的一系列旨在维护蒋介石的独裁、控制党员的所谓纪律。
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整理党务（3）
第五条更是赤裸裸地要求国民党员反对共产党、排斥共产党、宣布与共产党脱离关系。
1926年9月，在陈果夫的建议下，国民党中央还公布了《国民政府党员违背誓言罪条例》，规定“党员图谋反革命内乱者，不分既遂、未遂，一律处死刑”，“在职党员违背党义而犯罪者，永远除名党籍”，“知党员犯罪而不举发者，常人依违警法处罚，党员以从犯论”。
陈果夫所采取的这些措施，不但使共产党人在国民党中的地位受到限制，而且逐步孤立、打击了共产党，使共产党处于完全被动的地位。
对陈果夫的###行为，多数共产党员坚决反对，一些国民党左派人士也十分反感，甚至陈果夫派到各地的一些心腹大员也有人表示不满，如派到浙江的王宇春就参加了共产党，派到西北的郭春涛也随冯玉祥一去不返。
共产党人和国民党左派还自下而上地发出了“打倒新军阀、提高党权”的号召，在上海、广州、武汉等地形成了普遍提高党权，反对独裁的运动。
但由于共产党主要领导人陈独秀执行右倾投降主义，又一次妥协，完全接受了这些限制，屈从国民党新右派的意志，使陈果夫的###计划一步步得逞，并成为以后大规模清党运动的先导。
在陈果夫将在国民党各级党部任主要职务的共产党员驱走之后，国民党本身腐败、无能、缺乏人才等弊病就充分暴露出来，组织发展停滞了，在群众中的威望顿落千丈，官僚作风、军阀作风，贪污现象、腐化行为充斥于各级党部，原来那种生机勃勃的革命气象沉寂下去，这个问题十分严峻地提到了国民党当权者面前。
这时，蒋介石新右派还羽毛未丰，他们还不能完全控制国民党，而且，北洋军阀还没有搞掉，他们必须有自己的人才。
陈果夫对这一问题考虑得比较深刻，他认为清除共产党后，必须充实国民党的力量，而要充实国民党的力量，必须花力气培养新的人才。
基于这一想法，他提出了开办“党政训练所”，以培养国民党各级党政干部的建议，他不辞劳苦，昼思夜想，亲自拟定了《党政训练所设置办法》，提请国民党中央核准。
陈果夫的建议得到蒋介石的嘉许，蒋从人力、物力、财力等各方面予以大力支持，并任命他为党政训练所所长。
有了蒋介石的支持，陈果夫更是卖力地进行张罗，他对校址的选择、师资的配备、学生的招考等方面都亲自过问，十分仔细。
经过一段时间的紧张筹备，“党政训练所”终于开学了。
第一期招收学员100多人，大都是经过陈果夫精心挑选而来的。
为了提高教学质量，陈果夫规定了极为严格的纪律，学生学习、生活全部实行军事化行动，所学课程也是陈果夫亲自选定，内容多为蒋介石等人的讲话、国民党的党义和章程等。
陈果夫还嫌不够，时常亲临训练所给学生讲课，他踌躇满志，一心要把这100多人培养成国民党中的骨干。
但落花有意、流水无情，由于工农革命运动的影响，由于共产党人的细致工作，不到一个月，党政训练所学生内部就发生了分化，大部分学生开始趋向进步、趋向革命。
一些学生白天听陈果夫的课，晚上就秘密传阅进步刊物，学习共产党人写的文章，学习马克思主义的小册子，暗中宣传共产党的主张，反对陈果夫的专制教育，甚至还有少数人秘密参加了共产党。
陈果夫发现这种情况后，气急败坏，他派出一些心腹暗中进行调查，结果，查出12名特别突出的学生，便认准他们是共产党分子，学生中的分化肯定是他们从中作祟。
于是，陈果夫毫不犹豫地“以思想行为不检的理由公布开除”，他以为这样一来，学生害怕了，就会循规蹈矩，再也不敢越雷池一步。
但事与愿违，陈果夫越是压制，学生对共产党，对马克思主义的兴趣越是浓厚，他们照样看马克思主义的书，照样接近共产党，后来竟发展为学生风潮。
事情闹大后，陈果夫干脆撕破脸皮，请广州公安局长李章达派军警前来镇压。
李章达为陈果夫旧时的同学，辛亥革命时曾共过患难，开始碍于面子，尚能协助解决。
后来，李章达在共产党人杨匏安的影响下，也对陈果夫的专制教育不满，转而同情学生。
当第二次学生风潮再起时，无论陈果夫怎么求助，李章达根本不理睬了。
陈果夫无奈，只好无限制地开除学生，“经过两次风潮以后，开除的学生竟达半数”。
越是开除学生，越是激起学生的不满，他们再也不愿花精力去读蒋介石的讲话、国民党章程之类的东西，陈果夫没有任何办法，只好大大缩短了学习时间，草草结束了这期训练班，然后将这几十号人派往甘肃、福建、北京、南京等地工作。
这些学生到各地后，依然有很多人同情共产党，积极参加大革命运动，为国民革命作出了贡献。
当然，也有一些人在陈果夫###教育的熏陶下，成为顽固的###分子，后来，在蒋介石背叛革命、###清党的逆流中，成为国民党右派骨干。
这期学生毕业后，陈果夫的党政训练所也就无法继续开办下去了，只好在长吁短叹中黯然收场。
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迁都之争（1）
1925至1926年上半年，国民革命的力量得到迅速发展，广大工农群众和爱国人民，迫切要求国民革命军出师北伐，以结束北洋军阀的黑暗统治。
陈果夫、陈立夫也主张北伐，而且革命言词激烈，实际上他们抱有通过北伐，进一步扩大以蒋介石为首的国民党新右派权势的野心。
1926年7月4日，国民党中央执行委员会发表《为国民革命军出师宣言》，揭示了北伐的目的、性质和意义，宣布“帝国主义者及卖国军阀实为和平统一之障碍，为革命势力之仇敌”，因此，北伐就是要打倒帝国主义及卖国军阀。
7月9日，国民革命军在广州举行誓师大会，北伐战争正式开始。
北伐战争开始后，在广大人民的支持下，不到半年，国民革命军就消灭了数倍于己的吴佩孚、孙传芳的北洋军队，革命势力席卷大半个中国，震撼了帝国主义及封建军阀在中国的统治，使全国形势由原来的北洋军阀一统天下、革命势力偏居一隅的局面，转为国民党领导的南方势力与奉系军阀北方统治南北对峙的态势，军阀势力已是江河日下。
在大好的革命形势下，帝国主义加强了对中国革命的干涉，他们开始在革命势力内部寻找代理人，这就使革命统一战线发生分化，其内部的斗争也日趋激烈。
矛盾首先在迁都问题上爆发出来。
当北伐军攻克武昌、南昌，占领长江流域的广大地区后，国民政府和国民党中央从广州迁往武汉就成为形势发展的必然，此时，蒋介石也力主迁都武汉。
基于这种情况，1926年11月26日，国民党中央召开政治会议，决定迁都武汉。
但后来，蒋介石看到两湖地区工农运动日益高涨，革命出现生机勃勃的局面，便考虑在国民党左派和共产党人共同掌握武汉革命政权的情况下，他的各种反革命阴谋是难以实现的。
因此，蒋介石便一反前言，提出迁都南昌，反对迁都武汉的主张。
这时，陈果夫刚从上海秘密来到南昌，与其弟陈立夫一起，不离蒋介石的左右，他们与张群、张静江等右派抱成一团，积极为蒋介石###出谋划策。
他们极力赞成蒋介石迁都南昌的主张，并为其大造舆论。
为了帮助蒋介石扩充势力，二陈以各种办法，将一些拥护蒋介石的人拉进国民党内。
如1927年2月，陈果夫介绍陈布雷加入国民党，陈布雷即为蒋介石起草了《告黄埔同学书》，为蒋的派系斗争服务。
随后，陈果夫又介绍潘公展加入国民党，并将潘与陈布雷派往上海，为迁都南昌、反对共产党制造舆论。
当时，共产党员蒋先云也在陈立夫手下的秘书处工作，蒋先云是黄埔一期学生，是一个十分优秀的人才，由于是共产党员，陈立夫总是千方百计排挤他。
蒋先云也不肯让步，每天晚上，二人同睡一室，总是就三民主义、共产主义谁优谁劣进行争论。
后来，陈立夫竟直接向蒋介石汇报，诬蒋先云偷窃文件，引起蒋介石注意。
不久，蒋介石免掉蒋先云机要秘书的职务。
二陈兄弟还分析了全国的革命形势及南昌在全国政治经济中的地位，并�