他是立法院副院长，对立法院在什么地方开会完全有权决定，李宗仁要在南京开会，他便提出在广州开会，并暗中将很多立法委员接到广州，李宗仁在南京开会的计划落空。
在无法可想的情况下，李宗仁只好派张群到广州做说服工作，孙科由于有陈立夫的撑腰，干脆不见张群。
李宗仁还是不甘心，只好于2月22日亲赴广州，陈立夫与孙科都到机场见李，李宗仁避开陈立夫，单独找到孙科，向他摊牌：现在华盛顿支持的是南京，不是溪口。
孙科考虑再三，权衡利害，终于答应将行政院再迁回南京。
陈立夫知道后，气急败坏地直奔孙科官邸，说：“你真糊涂！你知道背后谁在撑腰，他李宗仁能和总裁比吗？”但孙科自认美国支持李宗仁，还是决定迁回南京。
陈立夫无可奈何，眼睁睁看着孙科的行政院重回南京，他只能让自己控制的国民党中央党部不回南京仍留广州。
孙科的行政院回南京不久，1949年4月20日晚，人民解放军发动渡江战役。
23日，解放南京，国民政府还是南迁广州。
这时，陈立夫知道国民党在大陆的统治不会久远了，他开始布置撤离大陆后的特务行动计划。
正如前面所述，首先，陈立夫派CC派特务骨干朱凌云到香港筹办潜伏特务训练班，计划以香港为据点待大陆解放后，潜回内地进行破坏。
其次，派特务到华北去，准备在绥远和北平建立华北潜伏据点，以备将来进行破坏活动。
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败走孤岛（3）
再次，把情报活动的重点从大陆转移到东南亚一带地区，以对大陆造成情报包围圈。
对陈立夫的整个特务行动计划，蒋介石十分赞赏，他专拨10万银元作为经费，给予资助。
但随着人民解放战争的胜利进展，这些计划好多都没有成功。
10月14日，广州解放，国民政府匆匆逃往重庆。
为了稳定人心，陈立夫也飞抵重庆。
因局势紧张，他为安全起见而深居简出。
不肯随便露面。
在重庆，陈立夫加紧了布置潜伏特务的工作，他兴致勃勃地准备筹建“大西南指挥中心”，还派一些特务到四川各县去建立根据地，以便同共产党周旋。
但这些计划有些刚刚实施，有些还在拟定，人民解放军就已逼近重庆。
11月14日，蒋介石飞抵重庆，企图作最后顽抗，但也无任何办法，陈立夫后来回忆说：“继而重庆吃紧，###已侵入外围，钱币一天天贬值，那时###特务工作比我们做得好，政府的一切行止，他们都清清楚楚，‘兵败如山倒’，蒋公到重庆没多久，政府再从重庆迁到成都去，我也去了，那时乱得可怕，我的汽车也被抢去了。
蒋公离开重庆时，座车几乎开不出去，好不容易才开到机场。
”12月23日，重庆解放。
29日，国民政府西逃成都，以作最后的挣扎。
为了收拾残局，陈立夫也随蒋介石来到成都。
他将特务召集起来进行训话，说什么“只要拖到第三次世界大战爆发，党国即可复兴”。
但这些话也不能维系人心了，大小特务纷纷要求陈立夫安排他们逃往台湾。
陈立夫仍然要求他们鼓起勇气，坚持到底。
蒋介石到成都后，提出一个新的战略计划，当时有三种构想，一是退守云南，二是固守川西，三是撤到西康。
但当时川军将领都不理睬蒋介石。
一天，蒋对陈立夫说：“真奇怪，我召集军事会议，一些人都不来了。
”陈立夫一听，就预感到要出事了，他认为三种构想已不能实行。
当时蒋介石说：“下一步，你和阎院长先飞台湾，我准备去西康。
”陈立夫即反对：“不能去那里，刘文辉在那里搞了几十年，他如在机场请总统训话，再来一次西安事变的翻版怎么办呢？”蒋介石沉凝一下说：“那我去云南好了。
”陈立夫又表示反对：“卢汉也靠不住，云南绝对去不得。
”蒋介石终于打消念头，改派张群去，结果被卢汉扣留，几天后，云南正式宣布脱离蒋政权转向共产党。
后来陈立夫十分得意地说他在最后时刻做了对得起蒋介石的三件事：第一是有效地阻止了李宗仁对党政权力的进一步谋取；第二，促成了蒋的复职；第三，救了蒋的性命。
此时，川军将领纷纷起义，人民解放军连克成都以南的简阳、仁寿、乐山等地，切断了国民党的退路。
陈立夫见势不妙，虽要别人坚持到底，自己却一分钟也不能坚持，慌忙登上飞机匆匆逃离成都。
不料飞机赴台途中，遭遇寒流、驾驶员临时决定返回成都，当飞机缓缓降落时，陈立夫发现城市灯火辉煌，疑为是到了汉口，当时从皮包内取出手枪，准备自杀。
旁人觉得奇怪，问明情由，告知是成都，一场虚惊才化为乌有。
陈立夫忙问返航原因，才知是同机的阎锡山携带了数十箱金条，负载超重所致。
后来，阎锡山减少了卫士，第二天飞机重新起飞，真正要离开大陆了。
当飞机穿越群山之间，徘徊于云海之上时，陈立夫的心情格外难受，作为败军之将，他有一种被自己国家抛弃了的感觉，将来的归宿在哪里，将来的命运如何，他自己也不能定，一种“天涯芳草迷归路”的心情油然而起。
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曲终人散（1）
当中国大陆欢庆解放，鼓乐高奏，礼炮声声，万众欢颜之际，陈果夫与陈立夫及他们的父亲、家人在台湾孤岛的台中市，在唉声叹气中迎来了新的一年。
1950年的台湾，处于一种极度混乱之中。
经济上，台湾全岛面积只有36000多平方公里，山脉占去三分之二，可耕地不及三分之一，人口600万。
在一般情况下，人民生活尚能过得去，现在一下子涌来200多万军民，人口压力大增，这就使经济状况本来不太好的台湾陷于生产失调，通货膨胀中。
政治上，国民党大陆政权完蛋，败走孤岛后，各派系互相埋怨，互相争斗，矛盾更加激烈。
李宗仁远走美国，蒋介石复出未久，各行政部门残缺不全，一盘散沙，物换星移，人事全非。
军事上，国民党军队虽还剩下60万，但都是败兵残卒，乌合之众，虚张声势有余，正式临战不足，官兵成分五花八门，而且惊魂未定，充满恐惧心理。
总之，整个台湾岛处于惶惶不可终日之中。
陈立夫到台湾后，还想整理一下旧部，再张昔日雄威，但CC派有的留在大陆，有的逃亡海外，来台的一些CC派人物，有的忙于找房子安排家属，有的不想重操旧业，还有的刚从大陆逃来，余惊尤存，因此一下子很难再成势力。
陈立夫面对这倒塌了的CC派乱摊子，不禁发出无可奈何的慨叹，整天在百无聊赖中度日。
1950年3月1日，蒋介石正式复职，他将大陆失败的责任一概推给李宗仁，开始着手收拾残局，苦心经营台湾孤岛。
蒋介石认为，台湾目前局势不稳，以前大陆的一套人事显然不适用了，要稳定人心，必须调整人事，因此，他大幅度更换了各级行政人选。
其中包括：提拔陈诚担任行政院长，以取代阎锡山；派吴国桢为台湾省主席；提拔年轻的周至柔任国军总参谋长兼空军总司令，非黄埔出身的孙立人为陆军总司令，海军总司令仍由桂永清担任，蒋经国为国防部政治部主任。
对于特务工作，蒋介石依然十分重视。
还在1949年7月，蒋介石就在高雄成立了“政治行动委员会”，召集人为唐纵，主委周至柔，成员有蒋经国、郑介民、毛人凤等。
其基本任务是“统一所有情报工作，并使之充实强化”。
到了1950年，“政治行动委员会”改为“总统府机要室资料组”，并规定“举凡一切党政特务机构，均归其管辖指挥”。
实际上，这个总统府机要室资料组取代了原中统，军统的一切业务。
在蒋介石关于人事变动的所有新任命中，都没有二陈兄弟的份，此时，陈果夫正在重病中，不可胜任工作，但陈立夫却还年轻，仅只50岁，且身体正好，很可干一阵子，而蒋介石不给予他在调整后的政权中占一席之地，这说明陈立夫在蒋介石心目中已无任何地位了。
过去的CC派分子，一部分见陈立夫倒霉，便纷纷改换门庭，投奔蒋经国的门下，一部分无门可投的便似无娘的孩子，没有着落。
而此时，陈诚、蒋经国已统一了原军人势力和团派势力形成绝对优势，CC派锋芒尽揠，锐气尽消，从此一蹶不振。
1950年，中国人民解放军相继解放海南岛和舟山群岛，台湾岛内一片惊慌，蒋介石宣布台湾进入战时状态。
6月初，“战时生活运动促进会”成立，宣称要“向奢侈者挑战，向腐化者开刀”。
台湾岛上再次笼罩恐怖气氛。
后来，朝鲜战争爆发，这种气氛才逐渐冲淡。
在此情况下，蒋介石开始考虑如何整饬政治，以匡系人心，早在1949年的岁末，蒋介石就反省了国民党在大陆失败的原因及其教训，他认为最根本的原因是国民党本身的腐败，“党内不能团结一致，同志之间，派系分歧，利害摩擦，违反党纪，败坏党德，以至整个的党形成一片散沙，最后###乘机一击，遂致全盘瓦解，彻底崩溃”。
因此，需要彻底改造国民党。
基于这一目的，1950年1月，蒋介石便一手操纵成立了“国民党改造研究小组”，加快了国民党改造的步伐。
蒋经国、陈诚的势力逐步强大后，便开始向一蹶不振的CC系发动总攻击，他们提出必须对大陆失败的责任进行清算。
陈诚首先向陈立夫发难，他指使在立法院的青年团委员提出一个议案，要求扩大行政院职权，削减立法院的权限，结果，陈立夫组织反击，在立法院会议上否决了这一提案。
陈诚知道后大发脾气，愤怒地说：“他们一定是CC派，现在这个行政院长，除了陈立夫之外，没人能干得了，我不干了！”陈诚知道自己光有军方力量还不行，必须联合蒋经国才能赶走陈立夫，不然，自己没有出头之日。
为此，蒋经国、陈诚大造舆论，认为大陆的失败是党的失败，党的失败是CC派的失败，作为CC派的首领，二陈兄弟应对失败负责。
在此攻势下，清算二陈的呼声一浪高过一浪。
1950年7月12日，在台湾的国民党中央执、监委员240人联名上书蒋介石，要求实施本党改造，清算CC派。
在此情况下，陈立夫知道自己大势已去，也表示赞成改造党，他向蒋介石说：“从本党历史看来，每次挫败后，急应把党改造一下，以期重振革命精神。”并主动承担责任，说：“党没办好及一块缺失，最好把责任推给我们两兄弟，将来改造后，我兄弟二人亦不必参加，庶几总裁可以重振旗鼓。”陈立夫一番先入为主的陈言，倒使蒋介石有些为难，下不了抛弃二陈的决心。
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曲终人散（2）
但陈立夫手下的人却不懂其中的玄机，企图给蒋以压力，阻止改造党。
在一次中央委员谈话会议中，李宗黄等表示：“我们的意思是认为本党之改造，至为必须的，最好是由干部作建议，请总裁决定执行