5月5日，带着一腔遗憾，李济离开日本回国。
在此之前，裴文中曾致电在重庆的翁文灏，希望能随中国代表团亲自前往日本寻找“北京人”。但翁文灏不久回电说，国民政府已决定派李济随团赴日，你就不必去了。面对此情，裴文中只好给李济写信，嘱他到东京后一定要找长谷部言人和高井冬二，向他们索回“北京人”头骨标本。李济从日本回国后，裴文中迫不及待地写去一信，询问在日本寻找“北京人”的情况。5月24日，李济给裴文中回了一封信，并附了一份《备忘录》和物品清单。信中写道：
文中先生：
5月21日手示敬悉。弟于5月5日返国，因写报告，各处信都未写。弟在东京找“北京人”前后约五次，结果还是没找到，但帝国大学所存之周口店石器与骨器已交出（弟已看过一遍，确实你们的东西），由盟军总部保管。弟离东京时，已将索取手续办理完毕。兹将致总部之备忘录抄奉，即可知其大概矣。一切详情容再谈。专此并颂
撰安
弟 济手启 卅五．五．廿四
裴文中收到信不久，在北平见到了李济。当裴详细问及李济在日本寻找“北京人”情况时，李说：在东京他曾通过中国驻日代表团要求盟军总部代找长谷部言人和高井冬二，向他们询问“北京人”的消息，但是盟军总部最后给他的回答是：长谷部言人已迁往乡间，住址不明。后来又说高井冬二可能在东京，但因住址不明，也查询不着。
裴文中听后颇感奇怪，长谷部言人和高井冬二在日本学术界有相当的知名度，又有详细地址，怎么会找不着呢？显然是美军总部欺骗了李济。
美国人的神秘信件
中国代表团回国不久，被日本人掠走的周口店化石标本以及其它资料等很快由盟军总部接收并交还了中国，但当年日本从中国掠走的大量人类化石标本，还回中国的只是极少一部分。在“北京人”转移时，胡承志亲自装箱的清单是——
一只较大的白木箱子里，共装有七盒标本：
第一大盒：“北京人”的牙齿（分装七十四小盒）
“北京人”的牙齿（分装五小盒）
“北京人”的残破股骨九件
“北京人”的残破上臂骨两件
“北京人”的上颌骨两件
“北京人”的上颌骨一件（发现于山顶洞底部）
“北京人”的锁骨一件
“北京人”的腕骨一件
“北京人”的鼻骨一件
“北京人”的腭骨一件
“北京人”的第一节脊椎骨
“北京人”的头骨碎片十五件
“北京人”头骨碎片一盒
足趾骨两盒
猩猩牙齿化石三小盒
“北京人”的残下颌骨十三件
第二盒：“北京人”头盖骨
第三盒：“北京人”头盖骨
第四盒：“北京人”头盖骨
第五盒：“北京人”头盖骨（1929年从“E地”发现）
第六盒：“山顶洞人”女性头骨
第七盒：“山顶洞人”女性头骨
另一只较小的白木箱子装有下列标本：
“北京人”头骨（从“D地”发现的）
“山顶洞人”头骨（男性老人）
猕猴头骨化石两件
猕猴下颌骨化石五件
猕猴残上颌骨化石三件
猕猴头骨化石残片一小盒
“山顶洞人”下颌骨四件
“山顶洞人”脊椎骨一大盒
第八章 国人的无奈与哀伤（4）
“山顶洞人”盆骨七件
“山顶洞人”肩胛骨三件
“山顶洞人”膝盖骨三件
“山顶洞人”头骨残块三件
“山顶洞人”跗骨六件
“山顶洞人”骶骨两件
“山顶洞人”牙齿一玻璃管
“山顶洞人”下颌骨残块三件
而战后日本人归还中国的关于周口店的物品清单则是——
周口店第1地点不同水平层的平面图和剖面图一套
野外工作办公处的简报和帐目十一套
给外国的周口店哺乳动物化石清单一套
周口店外景的电影片七本
山顶洞磨光的鹿角一件
山顶洞狐和獾的犬齿一盒（四十四个）
未磨过的山顶洞狐狸和獾的犬齿一盒（三十七个）
山顶洞的石坠、骨针、带红色的石灰岩碑块和大型鹿的犬齿一盒
山顶洞狐狸的犬齿（典型标本）一盒
山顶洞的人工穿孔的蛤蜊壳、鸟骨坠、鱼骨、鱼的脊椎骨和石珠一盒
山顶洞的石器四块
第1地点的石器三块
第1地点烧过的鹿角碎片一盒
第15地点石器五块
第15地点石器一块
文件（英文）三卷
两相比较，差别甚大。而且，在日方归还的这一极少部分物品中，根本没有一件是“北京人”的化石标本。
于是，中国科学界不禁发出疑问，日本与美国，究竟谁是“北京人”的真正盗贼？如果“北京人”不在日本，又在哪里？日本退还的这些东西又是在什么时间、什么地点，通过何种方式与渠道从中国掠去的呢？
就在裴文中焦急地等待李济在日本寻找“北京人”消息的同时，远在美国的魏敦瑞也十分关注中国此次去日本寻找“北京人”的情况。当得知李济从日本回国后，魏敦瑞马上催促美国方面，赶紧与中国取得联系。
1946年7月12日，裴文中收到了曾受美国国务院委托前往日本寻找“北京人”的美国著名地质学家沃特莫尔（Frank ）的一封信：
尊敬的裴文中先生：
您大概已经收到了美国陆军当局在东京帝国大学找到的周口店的文件和标本。
在魏敦瑞博士的请求下，我附上一张这些物件的清单。当去年冬天在东京的时候，我曾努力寻找中国猿人遗骨的线索，但是不能这样做。
如果您对被日本人拿去的任何东西提供东京任何进一步的情况的话，我建议您和美国陆军中校善克联系。
您的亲爱的沃特莫尔
1946年7月12日
沃特莫尔曾在1945年从美国动身去日本寻找“北京人”之前，就由军邮转给裴文中一封信，他在这封信中对裴文中说，他将奉命去日本东京美军总部工作，同时又奉美国国务院之命和受洛氏基金会的委托，在日本东京寻找“北京人”遗骨，要求裴文中为他提供一些有关“北京人”的消息，以便让他顺利找到“北京人”遗骨。
裴文中当即回信，告诉对方，可以到东京帝国大学人类学教研室找长谷部言人和地质教研室找高井冬二教授，他们二人是最后在北京寻找“北京人”标本的负责人，他们可以供给他可靠的消息。
但令人奇怪的是，裴文中去信后就没有收到沃特莫尔的回信，后来又去了两封信，仍石沉大海，直到一年后的今天，才收到了沃特莫尔的这封来信。令裴文中费解的是，沃特莫尔却在信中含含糊糊地说“但是不能这样做”。此话到底何意？为何不直接言说在东京的寻找遇到了那些麻烦，而要说“不能这样做”呢？ 难道是沃特莫尔有其他的苦衷和难言之隐？
沃特莫尔当时的身份是美军总部军事地质组的代理组长，并受美国国务院之命和洛氏基金会的委托，在日本寻找“北京人”。这样的身份和条件，完全可以做到畅通无阻。为何开始雄心勃勃，后来又“不能这样做”呢？是谁，或者是什么原因迫使他中途转轨“不能这样做”的？
第八章 国人的无奈与哀伤（5）
另外，沃特莫尔在信中对长谷部言人和高井冬二的情况只字不提，这又是为什么？到底见没见到二人？若相见，对方如何回答？假如没有相见，又是为什么？难道也像盟军总部回答李济一样，是“住址不明”吗？很显然，从寄来的清单看，盟军总部已经从东京帝国大学索取到了许多有关“北京人”标本的研究材料，而要取得这些材料，是不可能越过长谷部言人和高井冬二的。既然找到了二人，“北京人”的下落问题就应该有一个说法。当然这并不意味着二人就一定知道“北京人”的下落，或者就是他们劫去并藏匿了“北京人”，但至少应该把他们在华寻找经过和所见所闻说个明白，弄个清楚。可为什么沃特莫尔对这至关重要的线索避而不谈，只简单而含蓄地说“不能这样做”？这句充满玄机的话，到度暗含着什么隐秘？
据裴文中后来得到的消息，盟军在东京帝国大学发现有关“北京人”的材料后，美国曾经特派专人代表洛氏基金会飞抵东京进行了秘密接收，事后却对外宣称，只接收了一部分化石标本与发掘的电影胶片。美国派去接收的人是谁？到底接收了什么东西？外界不得而知。而在接收的那些东西中到底有没有“北京人”？除了接收者和少数人之外，更是无人知晓。
裴文中反复看了沃特莫尔的信，一个个问号在脑中显现，但一时又找不到答案。最后决定根据沃特莫尔的建议，尽快与美国陆军中校善克取得联系。
善克是盟军军事地质调查组的组长。此前，威娄柏陆军中将接到中国代表团团长朱世明的备忘录之后，便将备忘录交给了善克中校，并明确指示将由他负责调查“北京人”以及其它化石标本的下落。与此同时，在魏敦瑞的反复请求下，美国政府联邦调查局也开始协助善克中校全力寻找“北京人”的下落。当裴文中与善克取得联系，并为其提供了一些有关“北京人”的情况后，希望对方尽快帮助中国找回“北京人”。
但是，善克中校与他所率领的调查组在日本转了一圈，然后又奔赴关岛医院，与已转移到那里疗养、等待回国的原驻华北美国海军陆战队哈斯特上校及下属官兵进行了交谈，仍一无所获。
善克回到美国后，为盟军总部和美国联邦调查局写了一份寻找“北京人”的备忘录。在这份备忘录中，详细地叙述了搜寻“北京人”的前后经过，以及他对“北京人”失踪这一悬案的分析与思考。其中，他认为有的问题是个盲点，有的问题是个问号，有的问题是个死结，有的问题简直就是说不清道不明，稀里糊涂一团糟！而善克中校在这份备忘录中；对“北京人”的最后推测是：或者“北京人”根本没有运到秦皇岛便已丢失，后来被日本人找到；或者“北京人”早已在日本人的枪托和皮靴下化为一片碎骨。而第一种可能性较大。
1947年初，曾任中国代表团团长的朱世明将军接到了由盟军总部转来的关于善克中校调查“北京人”的备忘录副本。朱将军匆匆阅罢，立即呈送国民政府，并请求由中国政府组织一个专门调查小组，继续对“北京人”进行调查。
但这个时候国共内战已起，以蒋介石为首的国民政府，眼看首府南京不保，他这个“南京人”都面临着溃逃的境地，哪里还有空闲顾及什么“北京人”？尽管朱世明、李济和裴文中等人几乎每天都在盼着搜寻计划的实施，但最终还是在越来越酷烈的内战炮火中化为泡影。
举世瞩目的“北京人”国际大搜寻，暂时告一段落。
指控与反指控
当国共内战炮声渐稀，蒋介石率国民党残兵败将退居台湾孤岛，以毛泽东为首的共产党控制大陆并建立了一个新中国后，“北京人”的下落再度勾起了人们的回忆与寻找的念想。
1950年3月21日，香港《大公报》登载的一篇专访裴文中的报道：
“北京人”被劫美国