，是客氏帮着搞到的】，遂将如许参本不肯字字念全，而多方曲庇之”｛116｝。有称，朱由校所以不亲自读本章，系因几乎不识字。这说法很可以让人快意一笑，不过料非事实——朱由校做皇帝以后，已经请了教师的，就算不刻苦，文盲的帽子应该已经摘掉。
王体乾掐头去尾朗读的效果相当理想，而且一旁还有客氏巧舌如簧，“弥缝其罪戾，而遮饰其回里”。故而朱由校听罢，感觉没什么大不了的，轻描淡写地对魏忠贤说了如下几个字：“尔闻言增惕，不置一辨，更见小心。”｛117｝听上去倒像表扬。又正式传布一道上谕（出自阉党魏广微之手），着重否认杨疏所提出的“毒害中宫，忌贵妃皇子”这项最严厉的指控，斥责杨涟“凭臆结祸，是欲屏逐左右，使朕孤立于上”。然后故作宽宏大量，表示“姑置不问”；末了，未忘记警告和恫吓群臣：“不得随声附和，有不遵的，国法具【俱】在，决不姑息。”｛118｝
随着上谕下达，风潮表面上慢慢平息，双方的较量暂时转入幕后。东林党人努力说服首辅叶向高出面，领导倒魏运动。魏忠贤一伙则在琢磨用什么办法反击。
这边，叶向高还在犹豫不决，那头阉党已经想好对策。阉党中，有个叫冯铨的翰林，他对魏忠贤建议说，这些士大夫们你不真正给他们点厉害瞧瞧，他们是不会住嘴的；本朝的廷杖，专门用来对付不听话的大臣，如今再有捣乱的，就用廷杖——说来也怪，朱由校登基四年多，还从来没有使用过廷杖——当年嘉靖皇帝不就是用廷杖把士大夫打老实了吗？
魏忠贤略一回味，就发现这是个好主意。廷杖比之诏狱，就有如无声手枪之于大炮。有的时候，大炮不如无声手枪好使；大炮火力是很威猛，但块头太大，搬弄起来颇费事，手续很多。一旦把人投入诏狱，必须整出口供，整不出来不能结案，前一阵子，汪文言案就是这样不了了之的。而廷杖，只须万岁爷一句话，打八十，打一百，打二百，就只管拖下去打，不想弄死他就放条活路，倘若取之性命，那也是下手轻重的事，人不知鬼不觉，很好操作。魏忠贤大喜。
看来，整知识分子，还是要靠知识分子自己出主意、想办法。
魏忠贤笃笃定定坐在家中，看哪个倒霉蛋儿首先送上门来。
六月十六日，倒霉蛋儿出现了，名叫万燝，官拜工部郎中。当时，万燝正负责光宗陵墓工程，缺铜，到处找不到，听人说宫里有大量废铜，就发文征集。可自魏忠贤看来，宫中一切，“我的地盘我做主”，一个郎中级别的小外官，磕头来求还则罢了，居然跟我公事公办，发文索要。不给！万燝虽然官卑职小，骨头可丝毫不软。索性动本参魏，所论远远超出废铜烂铁之事，想必也是受到不久前杨涟上疏的激发，破口大骂：
忠贤性狡而贪，胆粗而大，口衔天宪，手握王爵，所好生羽毛【对喜欢的人，使之成为羽翼】，所恶成疮痏。荫子弟，则一世再世；赉【赐予，赠送】厮养，则千金万金。毒痡士庶，毙百余人【指残害普通士民】；威加缙绅，空十数署【指迫害朝臣】。一切生杀予夺之权尽为忠贤所窃，陛下犹不觉悟乎？且忠贤固供事先帝者也，陛下之宠忠贤，亦以忠贤曾供事先帝也。乃于先帝陵工，略不厝【措置】念。臣尝屡请铜，靳【吝惜】不肯予。间过香山碧云寺，见忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝。前列生祠，又前建佛宇，璇题耀日，珠网悬星，费金钱几百万。为己坟墓则如此，为先帝陵寝则如彼，可胜诛哉！今忠贤已尽窃陛下权，致内廷外朝止知有忠贤，不知有陛下，尚可一日留左右耶？｛119｝
比之杨涟措辞，更无顾忌，痛哉快哉。尤其“忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝……可胜诛哉”这几句，极其严厉。
魏忠贤顿时恶向胆边生，“遂矫旨【假传圣旨】午门前行杖一百棍”，密令行刑者照死里打，“杖后，于御道前倒拖横曳者三匝，甫出而气绝矣”｛120｝。
好像万燝并非东林党，但后来史家还是把他算做死于党祸之第一人：“此奸逆纵杀立威第一人也。”｛121｝意思是，魏忠贤是从这里大开杀戒，向东林党发起总攻的。
从这天起，血腥的帷幕缓缓拉开。阉党已然决意全面清算所有敢于向其权威挑战者。但谁也不会想到，下一个目标，竟直指内阁首辅叶向高。在阉党看来，叶向高是东林党人的总后台，虽然叶为人老成持重，甚至私下并不赞同杨涟激化事态的做法，但阉党仍然认为“必去叶向高而后可”｛122｝，不扳倒叶向高，而欲给予东林党以毁灭性打击，是不可能的。他们像苍蝇趴在鸡蛋上那样，仔细寻找着任何微小的缝隙。
终于，他们找到了。
当时负责纠察京城政纪的御史，名叫林汝翥，据说是叶向高的外甥。不久前，有两个太监虐害市民，治安当局不敢处置，事情传到“纪检书记”林汝翥耳中，他大怒：岂有此理！遂绑了来，各处鞭刑五十下。受罢刑，两个太监找主子王体乾哭诉了，王听说林御史乃叶向高外甥，如获至宝，遂与客、魏一起，奏于朱由校，把事情说成林汝翥滥作威福，污辱内臣。朱由校这个傻帽儿，立即相信，命如万燝例，也杖一百，削职为民。
得了旨意，宦官们即扑向林宅。可是那林汝翥事先闻知此事，脚底抹油，不知去向。林汝翥一溜，众宦官正中下怀，当即奔叶向高府邸而来，以林汝翥乃叶氏外甥为由，“群珰数十围叶寓，直入内宣，喧哗搜捉”，直到叶向高紧急上奏，朱由校亲自下令，众宦官这才停止冲击首相私邸，撤围回宫。｛123｝
林汝翥出于畏惧逃脱，行为怯懦，有失宪臣风范，他自知可耻，不久就现身投案，被打一百棍，几乎死掉。
但这件事情根本是冲叶向高来的。“中官围阁臣第，二百年来所无。”｛124｝这是巨大的羞辱，发生这种事态，出于荣誉感和抗议，为全体士大夫的尊严计，叶向高必须主动请辞。于是，递上一份又一份辞呈，朱由校照例不允、挽留。但他如果确有诚意，应该处分冲击叶府的宦官，但他却并无表示。叶向高见状，坚持辞职。虚情假意几个回合，朱由校也就批准了叶的请求。
这又是阉党一大胜利。通往迫害的大门从此豁然敞开，杨涟、左光斗们即将大难临头。
东林党倒也不曾坐以待毙，但他们能够应战的方式，有限而且无力。一是在一些职位人选上，与阉党争夺；二是上书皇帝，指摘和抨击阉党。八月，都察院左都御史孙玮病故，赵南星以吏部尚书主持廷推→文·冇·人·冇·书·冇·屋←，拟由杨涟升任此职，但被朱由校断然拒绝。于是，改推高攀龙，得到批准。
结果似乎不错，处境似乎不是那么不利，东林党人紧张的心情，稍得松缓。这或许使他们错误地估计了形势，尤其是朱由校的态度。他们继续抨击阉党，试图在舆论上进一步影响皇帝。其实这根本没用。以朱由校那样是非完全混乱以至颠倒的人，就算递上一万本揭批奏章，亦无损阉党一根汗毛。至于个别职位的争夺，当皇帝本人已为阉党所左右的情形之下，也是毫无意义的；何况，允许高攀龙主掌都察院，难保不是阉党一计，故意给你一点甜头，让你错判形势，助你骄纵之气。
实际上，东林党不断参劾阉党人物的做法，确实已经让朱由校感到心烦。对于国事，他毫无兴致，只希望别来打搅他干木匠活、嬉玩。魏忠贤、客氏、王体乾等了解这一点。东林党人不断添扰之际，他们就在一旁挑拨，加重朱由校的不悦。他们说，这些人打着忧国旗号，目的却是拉帮结派。这个分析，很能打动朱由校。他觉得这些人喋喋不休的样子，确实像是宗派主义、山头主义。
十月八日，他第一次表态：
近日蹊径歧分，意见各别，爱憎毁誉，附和排挤。大臣顾昔【惜】身名，动思引去，小臣瞻风望气，依违自合。职业不修，政事隳废。当由纪纲不肃、结党徇私，以至于此。特戒谕尔等，涤虑深思，更【改易，丢弃】私易辙。｛125｝
虽然不曾点名，矛头是指向东林党的，“大臣顾昔身名，动思引去”这句一望而知是针对叶向高。整个旨意，明显可见阉党观点的影响，“结党徇私”四个字正是阉党急欲给予杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙等人的定性，现在终于被写入上谕。这是重大信号。
过了几日，因为山西巡抚人选之争，再出一道圣旨，指名道姓谴责魏大中“欺朕冲幼，把持会推，以朝廷封疆为师生报德”。又有“你部院大臣，奉旨看议，何必含糊偏比【偏，偏向；比，勾结】，委曲【这里作不正直讲】调停”｛126｝之语。部院分别指吏部和都察院，它们的领导人，一个是赵南星，一个是高攀龙。这道圣旨再次提到“朋谋结党”。
受到皇帝明确指责，赵南星、高攀龙按照惯例，先后请求罢免己职，均得批准。其中，赵南星免职的旨意，径由内出，根本不经过内阁票拟，也就是不给内阁——叶向高去后，韩爌继任首辅，他也被视为东林党——说话的机会。高攀龙之罢，虽然交由内阁票拟，但当内阁认为以一件并不很严重的事，驱逐两位重臣（吏部尚书、左都御史属于“九卿”），处置失当时，朱由校——或者完全将他控制起来的魏忠贤等——便甩开内阁，直接传旨准许高攀龙辞职。
韩爌、朱国桢两位内阁大臣做了最后抗争，批评这样的重大问题一个“御批径发、不复到阁”，另一个虽下内阁票拟却“又蒙御笔改移”，“大骇听闻，有伤国体”。而朱由校的回答，不仅重申对免职者“师生植党”、“附和依违，全无公论”、“不知有朝廷”的指责，还特意提到“或世庙时必不敢如此”。｛127｝世庙即世宗嘉靖皇帝，那是士大夫被收拾得最服服帖帖的一段时期，看来，朱由校以及魏忠贤等都对嘉靖时代心向往之，也希望亲眼看到那样的局面。
除内阁外，吏部和都察院是东林党人盘踞的两块最主要的朝中要地，吏部主管干部选用和升迁，都察院负责干部监察和纪检，因此，如果说东林党一度操天启朝组织工作大权，不为过。反之，自朱由校和魏忠贤来看，过去的吏部、都察院完全变质，为牛鬼蛇神把持，是个黑窝。赵南星、高攀龙被揪出打倒，乃端黑窝的第一步。要彻底打掉东林党人的黑线，还需要把斗争引向深入。
十月十六日、十八日，赵南星、高攀龙先后去位，仅隔两天，十月二十日，由顾秉谦、魏广微起草，朱由校批准的一份诏书，即向全国公布。｛128｝诏书有别于日常政务中的上谕，用以发布更加正式并且要宣达于全体国民的重大决策。与一般的简短不同，这份诏书长四百余字，有点鸿篇巨制的意思，实际上，它就相当于发动反对东林党运动的宣言书。内容分三层，首先是对朝中严峻的政治形势加以回顾和描述：
大小臣庶，坐享国家之禄，靡【无，没有】怀君父之忧，内外连结，呼吸应答，盘踞要地，把持通津，念在营私【心思都在营私上】，事图【对事情的看法、思路和主张】颠倒，诛锄正人【阉党之自诩】，朋比为奸，欺朕幼冲，无所忌惮。
第二，当前“群小”的猖狂和斗争的紧迫性：“迩年以来，恣行�