一负责人王化贞，在战略及诸多具体问题上意见相左。这王化贞又偏偏是东林党领袖、时为内阁首辅的叶向高的门生。王仗着叶向高，打压熊廷弼，而实际上，王的一套都是错的，正确路线掌握在熊廷弼手中。因为不采用熊的策略，遂于天启二年正月酿失守广宁（今锦州）、溃退关内之祸。王化贞下狱，熊廷弼免职听勘。四月，三法司专案组确定狱词，判王、熊同罪，“并论死”，敲定狱词的，恰恰又是左都御史邹元标这样的东林党人。于是才有熊廷弼行贿“内廷”的举动发生，没想到，又因此大大得罪了魏忠贤。魏忠贤一恼，熊廷弼和东林党人，从冤家对头忽然变成同伙，死于同一桩案子。再过两三年，到了崇祯朝，出面呼吁为熊廷弼平反的，竟然也是东林党人，复出再任大学士的韩爌力奏：“自有辽事以来，诓官营私者何算，廷弼不取一金钱，不通一馈问，焦唇敝舌，争言大计。魏忠贤盗窃威福，士大夫靡然从风。廷弼以长系待决之人，屈曲则生，抗违则死，乃终不改其强直自遂之性，致独膺显戮，慷慨赴市，耿耿刚肠犹未尽。”｛138｝这段历史的曲折跌宕，真让人惊讶不已，而最终看来，东林党还是做到了秉公论事。
回头再说汪文言“二进宫”。此番由大酷吏许显纯鞫治，情形自不一般。五毒备至，死活逼汪供认杨、左收纳了熊廷弼之贿。“文言仰天大呼曰：‘世岂有贪赃杨大洪【杨涟，字大洪】哉！’”｛139｝“以此小辶浚兴啦怀校 保�140｝真是条汉子！许显纯无奈，动手伪造供词，“文言垂死，张目大呼曰：‘尔莫妄书，异时吾当与面质’”。这提醒了许显纯，“遂即日毙之”｛141｝。
凭着捏造而且死无对证的“汪文言口供”，阉党提出长达二十余人的有罪名单，赵南星、杨涟、左光斗等皆在其内。他们从中挑选最为切齿痛恨的六人——杨涟（前左副都御史）、左光斗（前左佥都御史）、魏大中（前吏科都给事中）、袁化中（前御史）、周朝瑞（前太仆少卿）、顾大章（前陕西副使）——派缇骑（锦衣卫）至各地捉拿，投入诏狱，分别栽赃三千两至四万两不等；赵南星等十五人则命各地方抚按提问、“追赃”。
吴中为东林发祥地，有一大批东林要人。故而，天启六年春，继杨、左之后，魏忠贤为使吴中东林要人落网，又专门炮制一案。手法与汪案如出一辙：造假。他们抓住了任苏杭织造的太监李实的一些把柄。据说吴地东林党人被逐还乡之后，有意效仿当年杨一清用张永除刘瑾故事，“用李实为张永，授以秘计”，事为魏忠贤所闻，威胁李实，命他以“空印白疏”——盖了苏杭织造官印的空白公文——为交换，然后由魏忠贤死党李永贞于“空印白疏”上构撰诬陷文字，呈奏朱由校，将苏、锡、常一带削职或落职在家的八位重要的东林党人逮捕归案。｛142｝以上只是一说，内幕则一直不明。实际上，东林党人不大可能与李实密谋，后者贪虐，屡与苏松巡抚周起元等东林党人相冲突。刘若愚说，崇祯元年七月初四，他被提出监，御前讯问，“只辨朱墨之压否何如”，即辨认文字是不是后写上去的，据此“乃止以墨迹盖朱，即指为永贞成案，永贞虽死，真正捏砌填写此本这人，尚漏网幸免扬扬于圣明之世也”｛143｝，语气相当存疑。
被批捕的吴地八位重要东林党人是：高攀龙（前左都御史）、周起元（前右佥都御史、苏松巡抚）、缪昌期（前左赞善）、周顺昌（前吏部文选员外郎）、周宗建（前御史）、黄尊素（前御史）、李应升（前御史）。他们的罪名是贪污——“诬起元为巡抚时乾没帑金十余万，日与攀龙辈往来讲学，因行居间”｛144｝——周起元贪污公款，并用于东林党人的活动与联络。上述八人，坐赃三千至十万不等，先后被投入诏狱；只有高攀龙在缇骑将至的前夜自沉园池，他在遗书中说：“臣虽削籍，旧属大臣，大臣不可辱，辱大臣则辱国矣。谨北面稽首，以效屈平【屈原】之遗。”｛145｝事后看，他的自杀，竟然幸免于炼狱之外。
两次大逮捕，在各地都引起社会严重反弹，甚至激成民变。这是整个天启统治期间，中国唯一令人感动的时刻。
杨涟“在朝正直，居乡廉谨，天下共知”。因此，在其湖北老家，“一闻逮系，郡县震惊”，老百姓奔走相告，“欲夺涟而禁官旂”，城外“众集至数万，府道开谕【府、道两级政府发布公告】不能散”。最后，是杨涟亲自“带刑具出城”，以“恐累族诛”为由恳求父老乡亲，群众始散。等到杨涟押解上路之日，随囚车前来送行的，有上万人之多；老婆婆、卖菜的、盲人和乞丐“争持一钱以赠涟”，为助杨涟“完赃”略尽绵薄之力。各州县以及乡村，“为涟设醮祈祷生还者，至数百处”。连锦衣卫官兵，或出于感动，或示好民众，也出钱在关帝庙前为杨涟设醮。进入河南，情形一如湖北。“河南州邑，无不为涟请祷。”更有数以千计的人，自备资粮，把杨涟一直送到黄河岸边。｛146｝
周顺昌在故乡吴县极有声望，平时民间若有冤情，抑或事若涉及民众利益，他经常出面找有关当局陈诉，“以故士民德顺昌甚”，非常认可他。抓捕周顺昌的消息传开，一连数日，县城喧闹不止，街头到处是非正式集会，为周鸣冤叫屈。到起解那天，数万人从四面八方赶来，不期而至，向巡抚毛一鹭和巡按徐吉请命。素来飞扬跋扈的厂卫鹰犬，起初没把人们放在眼里，厉声呵斥：“东厂逮人，鼠辈安敢如此！”把镣铐狠狠扔在地下，气势汹汹地叫嚣：“犯人呢？犯人在哪儿？”走狗的气焰益发激怒民众，有人喊道：“我还以为是皇上抓人，原来是东厂这帮杂种！”一语甫毕，在场数万人“蜂拥大呼，势如山崩”，竟动起手来，打得厂卫鹰犬抱头鼠窜，当场打死一人，多人重伤。毛一鹭、徐吉吓得不敢吱声。直到较有民望的知府寇慎、知县陈文瑞“曲为解谕”，事态才渐渐平息。｛147｝另一说，现场大乱时，是周顺昌亲自劝解，加上巡抚、巡按被迫承诺，暂不押解周顺昌，“明晨出疏保留”，然后百姓亲眼看见将周顺昌安置在官署，方才作罢。第四天，趁夜半寂无人知，缇骑押着周顺昌偷偷乘一小舟，“如飞而去”。｛148｝逮捕周顺昌引发的暴乱，令魏忠贤“大惧”，一度不敢再派缇骑出京。
左光斗、魏大中、周宗建等人的被捕，在各地均引致程度不同的骚动。
镇抚司诏狱，实为人间活地狱。里面的酷刑，除想象不到外，没有做不到的，种种惨毒，难以尽述。权以杨涟所受之刑为例，他被许显纯铁钉贯耳、土囊压身，毒打至“体无完肤”｛149｝，“死而复甦【苏】者数次”｛150｝。清初桐城派泰斗方苞，作为左光斗的同乡后辈，在名篇《左忠毅公逸事》中，记录史可法亲口对其父母讲述的当年潜入诏狱探望恩师左光斗，所目击的情形：“左公被炮烙……倚墙席地而坐，面额焦烂不可辨，左膝以下，筋骨尽脱矣。”
左光斗意识到，再这样下去，魏忠贤、许显纯一伙势必用酷刑直至把他们整死。他不甘心这样被了结，与他的同志们商议，是否屈承罪状，“冀下法司，得少缓死为后图”｛151｝。这是因为，自从朱棣以来，诏狱便是超越于法律之上的秘密监狱，生杀予夺，一切可以不依程序，当犯人罪行被确定之后，才移交刑部等司法部门定罪。左光斗的建议，就是抱此一线希望，先逃脱许显纯毒手，再图后举。这提议，其他五人均表同意；他们当中一半人原先职务与司法有关，显然，是依据经验认为可行。他们的天真在于，面对穷凶极恶之魏党，仍然以为程序可以起作用。于是，“诸人俱自诬服”。
可是他们所期待的情形根本不曾发生，六人的认罪，让魏忠贤喜出望外，益觉立于不败之地，继续羁押六人于诏狱，并迅即转入“追赃”的下一阶段——“令显纯五日一追比，不下法司，诸人始悔失计”。追比，即给完赃规定日期，到期不完者用刑；五日一追比，就是以五天为一期限，不能如数缴款，到期用刑一次。
这些东林党人，大多为官清廉，家境也很清寒。魏大中“宦游十载，家徒四壁”；周顺昌“出入京华，唯一肩行李；涉历宦途，止廿亩山田”；李应升“廉名远布，宦橐萧然”。｛152｝
杨涟更是家境“素贫”，所有家产充公，尚“不及千金”。他下狱之后，年迈老母流浪在外、寄宿谯楼，两个儿子以乞讨糊口和奉养祖母。“征赃令急”，杨涟根本拿不出钱来，“乡人竞出赀助之，下至卖菜佣亦为输助”｛153｝，仍是杯水车薪。根据许显纯的奏报，追比的成果不过是：七月八日追得三百五十余两，七月十三日追得四百余两｛154｝……而栽在杨涟名下的赃款数额是二万两！以此速度，最后完赃将追比多少次可想而知——他是断无活命之望的。
尤有甚者，朱由校感觉五日一追比还不过瘾，特命加重处罚，改为“逐日追比”。
杨涟等赃私狼藉，著逐日研刑【细致、深刻用刑】追比若干。著五日一回奏。待追赃完日，送刑部拟罪。｛155｝
这个朱由校，且不说作为一国之君，即便从任何日常为人的基本道义看，都可称狼心狗肺。他宠任客氏、魏忠贤等，驱逐朝中正人，甚至将杨、左等逮捕下狱，我们皆可置之不问；然而，他竟以“逐日追比”惨毒无比的方式对待杨、左，完全超出于“愚闇【暗】”之外，唯以天良丧尽可堪解释。当年，杨涟于“移宫案”中，为他帝位不保忧心如焚，日夜焦思，“六日须发尽白”｛156｝。这种光景，我们仅见于阻于昭关的伍子胥，所不同者，伍子胥乃为自己性命不保、家仇难报至此，杨涟却是为他矢志效忠的君主和国家如此。对这样的忠臣和恩人，朱由校竟然似欲食肉寝皮而后快，普天之下心肝烂掉的人，他可算头一个。
有此严旨，而杨、左又无法完赃，其毙于狱中的命运已然注定。在打无可打、打得已无人形之时，公元1625年，天启五年七月二十六日，深夜，杨涟、左光斗、魏大中三人，被许显纯秘密处死于诏狱。杨涟时年五十四，左光斗五十一。人们见到他们的尸体时，血肉模糊，溃烂不可识，“尸供蝇蛆，身被重伤，仅以血溅旧衣，裹置棺内”｛157｝。
八月、九月，首批投入诏狱的“六君子”中余下的三位，袁化中、周朝瑞、顾大章，也先后遇害。
以吴中东林党代表人物为主的第二批遭迫害者，周起元、缪昌期、周顺昌、周宗建、黄尊素、李应升等，于天启六年四月至九月间，同样在饱受酷刑之后，尽数毙于狱中。
另有前刑部右侍郎王之寀，以另案先期死于狱中。王是“三案”之第一案“梃击案”主要办案官员之一，时任刑部主事。他坚持事实，而事实对郑贵妃等极不利。当时，万历皇帝已有二十五年不曾露面，就因为王之寀就“梃击案”提出的证据相当有力，牵涉郑贵妃，才逼得朱翊钧二十五年后首次接见朝臣，亲自为郑贵妃辩解。此事轰动一时。后来，王在党争中遭到陷害，削职。天启朝初复出，战斗力不减，就“红丸”“移宫”案，猛烈攻击群小。天启五年，修《三朝要典》，列王之寀