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陈寅恪几次提到“独立之精神，自由之思想”，最为人所称道。考其出处，用法有三：其一是维护“我民族”的独特性，此即为《论韩愈》、《柳如是别传》的主旨之一；其二是反对政治对学术的干预，保持学术的“中立”价值，亦即王国维所说的“学问之自由独立”；其三指治学态度，不可依傍他人。其意如此，距真正的独立精神尚远。独立与自由，是一种新型的文化品格，它们是不可能脱离现代价值观念而存在的。
在近人中，陈寅恪和王国维极重学术的地位，他们同样力求以学术重振业已衰微的民族文化精神。虽然，陈寅恪也曾言说“时代学术之新潮流”，其实这也是他所说的“道教之真精神，新儒家之旧途径”；外来学说的吸收，无非在促使“新儒学之产生”而已。这种学术思想，与他的研究方法，包括以诗证史的方法，甚至叙述方式颇相一致，常有浓郁的“本家”气息。他一生著述，少有系统条理的史述，多为笔记式的考据文章；由于留学时深受德国语文考证学派的影响，所以能够在原来乾嘉学派的基础上更进一层。
《论〈再生缘〉》和《柳如是别传》是陈寅恪晚年的得意之作。所谓“著书唯剩颂红妆”，两书均借“罕见之独立女子”作主角，感怀身世，发愤明志。表面上揄扬女性，固有的传统观念却随处可见，尤以后者为甚。关于柳如是，书中写道：“清代曹雪芹糅合王实甫‘多愁多病身’及‘倾国倾城貌’，形容张、崔两方之辞，成为一理想中之林黛玉。殊不知雍、乾百年之前，吴越一隅之地，实有将此理想而具体化之河东君。”述及柳如是与诸名士往来而以弟自称时，说：“河东君之文采固不愧子由，卧子牧斋作诗，以情人或妻或弟牵混，虽文人做作狡狯，其实亦大有理由者也。一笑！”书中还开柳如是“三寸金莲”的玩笑，说清政府幸未令女人放足，否则“迫使河东君放脚，致辜负良工濮仲谦之苦心巧手也，呵呵！”写到柳如是内服化妆品发为“热香”，则说：“河东君之香乃热香，薛宝钗之香乃冷香；冷香犹令宝玉移情，热香更使卧子消魂矣。”及至柳如是于歌筵绮席间议论风生，不禁赞曰：“对如花之美女，听说剑之雄词，心已醉而身欲死矣。”狎昵，庸俗，明显是一种没落的士大夫情调。
作为诗人学者，陈寅恪自有其存在之价值，但不必悬作当代知识分子的楷模；正如“为学术而学术”自有其成立之理由，不必一定尊为学术之正宗一样。现代意义的知识分子，固须立足于自己的专业，又须超越自己的专业，以独立的批判态度，体现对现实社会的关怀。其价值取向是属于未来的，而非过去和现在，所以能够来自传统而反叛传统，不致成为传统的陪葬品。
在这里，不妨拿章太炎做一个比照。对于章太炎，新文化运动的先驱者的评价，就不是从纯学术观点出发的，而是定位于中国文化的发展方向。胡适称章太炎是一个复古的文家，他的复古主义虽然言之成理，“究竟是一种反背时势的运动”。鲁迅说他“既离民众，渐入颓唐”，“先生遂身衣学术的华衮，粹然成为儒宗”，“虽先前也以革命家现身，后来却退居于宁静的学者，用自己所手造的和别人所帮造的墙，和时代隔绝了。纪念者自然有人，但也许将为大多数所忘却”。陈寅恪与章太炎，在阅历和治学方面自有许多不同，但于“反背时势”，“和时代隔绝”者则一。
思想学术与社会进步的联系是一个严峻的命题。时代潮流不比世俗时髦，它来源于深层的历史变动，因此不只需要追随者，更需要战斗者。1930年代，有人把新文化运动的战斗者毁之为“趋时”，为此，鲁迅写了《趋时和复古》一文做辩护。他说，“趋时”其实是“前驱”之意，所以希望敬爱战斗者的人，“不要七手八脚，专门把他拖进自己所喜欢的油或泥里去做金字招牌”。虽然，把陈寅恪当“金字招牌”者亦大有人在，然而他却着实未曾“趋”过“时”。