自2月底开始，军事行动几乎都集中在车臣山区及其周围地区。正如人们所预料的那样，这些战斗原来不仅是最后一战，而且也是反恐怖军事行动最为艰难的一部分。
早在2000年1月，几千名车臣武装人员就盘踞在山区的营地里，他们都是从平原、山麓地区溃退到这里的。2月，在格罗兹尼及其郊区突围时身受重伤的巴萨耶夫也逃到这里，他是被击溃的残余武装分子用担架抬来的。在山区，还有其他一些极不受人欢迎的战地指挥官，如鲁斯兰·格拉耶夫、阿尔比·巴拉耶夫等。此外，在这里盘踞的还有哈塔卜率领的一支规模不小的阿拉伯雇佣军以及车臣总统阿斯兰·马斯哈多夫——不过，这时已经很少有人再执行他的命令了。在冬天，武装分子的处境异常困难：大部分山区道路都覆盖着厚厚的积雪，甚至就连小股部队走在积雪上所留下的脚印从空中都可以看得一清二楚。武装分子的主要兵力集中在沙托伊村地区，但是联邦军队已经具备了在山顶降落伞兵的能力，如同早先取得对维杰诺村周围的控制权一样，他们很快就控制了沙托伊村周围的各个山顶。
车臣问题（10）
有人提议，应当对沙托伊村附近的目标实施密集轰炸，然后包围并击溃敌人的主要力量。俄罗斯军方指挥机构非常希望在3月26日，即总统大选前结束山区的所有主要军事行动，尽管弗拉基米尔·普京从来没有向他们布置过这样的任务。
早在2000年2月初，北高加索联合集群司令维克多·卡赞采夫上将在接受《红星报》记者的采访时宣布，车臣山区会战将于两周、最多三周后结束。事实上，2月底在沙托伊地区展开了大规模军事行动——一些俄罗斯将军称其为结束性战役。
在实施猛烈空中轰炸和地面炮击后，联邦军队占领了沙托伊，联合集群部队副司令员根纳季·特罗舍夫上将向领导汇报战况，并在接受电视访谈时宣布，车臣山区的大规模军事行动已经宣告结束。正如特罗舍夫所说，有组织、成建制的大股武装部队已经不复存在，残余都已“丢盔卸甲”向四处逃命。后来的结果表明，这些声明都太过乐观，结论也下得太匆忙。声明说沙托伊战役中大部分匪徒都被歼灭、只有少部分从包围圈中逃跑是一个错误。
依据这一评价和报告，2000年2月29日，俄罗斯联邦国防部长伊戈尔·谢尔盖耶夫元帅向弗拉基米尔·普京报告说，在北高加索地区实施的第三阶段反击恐怖军事行动的任务已经完成。这就意味着，军队完成了自己的任务，剩下的只是控制山区的局势，所以，相当部分的作战部队将要撤回到自己原来的常驻营地。
军人的失误很快就暴露出来。尽管有大约200多人在沙托伊战斗中被打死，但是车臣武装分子却并没有被击溃。非法武装化整为零成几支装备足够精良、组织严密的队伍，与自己的指挥官们一道成功地从包围圈中突围出来。只有几支小股部队企图从沙托伊向南面的格鲁吉亚方向逃窜，但是，他们要么被歼灭，要么逃散了。另外几个中队想从山路逃往西部的印古什共和国，但是据沙马诺夫将军证实，他们中的大部分都在山里被冻死。没能成功脱逃的还有几个小队武装分子，他们曾企图通过达吉斯坦进入阿塞拜疆。
两支大股武装分子队伍分别向北方和东北方向逃窜，他们的目的很明显，想回到车臣平原、山麓地带以及达吉斯坦共和国。1996年7月底和8月初，被围困在山区的几千名武装分子组成几十个大队，出人意料地下山突袭平原地区，潜入城市，几乎在不到2～3天的时间里就重新占领了格罗兹尼、古杰尔梅斯和阿尔贡。但这次是2000年，事件完全按照另外一种剧本发展下去了。
2月29日深夜至3月1日凌晨，普斯科夫空降师 “责任区”的防御线上发现了人数不少于1000人的哈塔卜的部队。当时，第76普斯科夫空降师104团所属的、人数只有90多人的一个连与哈塔卜部队发生遭遇战，伞兵一直坚守阵地到清晨增援部队赶到，但该连几乎所有战士都在这场战斗中壮烈牺牲了。
尽管我们只是一周后才了解有关这场夜战的详情，但这毫无疑问是所有战斗中最具有英雄气概的一幕。将军们没有将乌卢斯…凯尔特城下的这场著名鏖战立即对外宣布，可能是因为伊戈尔·谢尔盖耶夫元帅在一天前刚刚向普京总统报告说车臣的所有大规模军事行动已宣告结束。
乌卢斯…凯尔特战斗后，哈塔卜将武装分子分编成20～50人或者100人的小股队伍撤退，分散在车臣的维杰诺、沙托伊等山区。他们需要时间休整。
人数不少于1000的第二大部队的武装分子在鲁斯兰·格拉耶夫的指挥下，向北突进。他们在3月初突破重围，下山占领了一个规模很大的居民点——共青团员村。随后又有几支小股部队也相继赶到那里。但是，他们原来制定的继续突进或者分散占领车臣平原部分地区的计划没有实现。联邦军队迅速包围了格拉耶夫的家乡。车臣武装分子以常人无法想像的毅力整整坚守了20来天。最后，只有包括战地指挥官格拉耶夫在内的极少数人得以冲出包围再次逃回山里，大约上百名疲惫不堪的武装分子投降作了俘虏，其余都战死在地下室里或战壕里。
乌卢斯…凯尔特城下的鏖战以及共青团员村歼灭战，是车臣战争的最后两次大规模战役，不过，这并非整个车臣战争的结束。车臣武装分子改变了战术，开始实施道路伏击和地雷战。2000年3月，他们给驻扎在格罗兹尼附近和贾纳河维杰诺地带的特警部队以沉重打击。作为反击，联邦部队实施了几十次特别行动，结果令车臣武装分子损失惨重。尽管春天即将来临，期盼已久的“绿色遮蔽物”已经出现，但那种在车臣大规模游击战的局面并没有出现。
大量坦克装甲部队和伞兵部队开始逐渐从车臣境内撤出。
俄罗斯总统大选
2000年1月、2月和3月，爆发了第二次车臣战争以来最主要、最艰苦的会战。
在这场会战中，车臣分离武装的伤亡不少于1。5万人，而联邦部队也有2000名官兵阵亡。但没有哪位瞄准俄罗斯联邦总统宝座的人和弗拉基米尔·普京的对手在竞选时关注车臣问题，亚夫林斯基、久加诺夫和日里诺夫斯基都在回避这一主题。
是的，反对普京、被收买了的媒体当然还在不停地散布虚假消息。官方宣布的联邦武装力量每周损失的数字，被一些报纸夸大了5倍，有的甚至夸大了10倍，他们还大肆散布个别军人参与劫掠的事件。据《新报》报道，在车臣的俄罗斯军官普遍酗酒、士兵大量服用毒品。该报记者还将在车臣战斗的俄军士兵描绘成“外表肮脏、衣衫破烂、畏畏缩缩的人”。报纸还证实，一些俄罗斯飞行员“为使心灵不受谴责”而将自己的炸弹投进了河里。
车臣问题（11）
《政权》杂志和《生意人报》在车臣所看到的正好相反，那里的士兵不是外表肮脏、衣衫破烂，而是每个人脖子上都“挂着2～3条从死去的圣战者身上摘下的眩目的金项链”。但就连这些报纸和杂志也努力不使有关车臣战争的报道与总统竞选运动联系起来。要知道，那时竞选正在全国如火如荼地展开。而普京似乎也没有将更多经历投入到竞选活动中去，他只是在履行自己代总统的职责。
从1999年秋天开始，普京事实上已在履行最高统帅的许多职责。叶利钦从来没有给过他以前的任何一位总理这些权力。从1999年12月31日中午12点起，普京正式担任了最高统帅。作为最高统帅，普京签署的第一道命令就是嘉奖参加车臣军事行动的军官和士兵，这一点并不偶然。并非偶然的事情还有，普京偕同夫人在12月31日夜晚飞抵达吉斯坦，然后又一同来到车臣，在古杰尔梅斯市和俄罗斯官兵共同度过了新年之夜，并为他们授勋、赠送礼物。3月20日普京到达格罗兹尼，出席一个为车臣战争中表现优异的伞兵团举行的送别仪式。普京没有带安全保卫人员，他在那里听取了指挥官的汇报，然后与伞兵团的军官和士兵座谈。普京说，当他视察俄罗斯军队的时候，不需要带保镖。无论是对军队还是对俄罗斯民众，这个场景都给他们留下了深刻的印象。
普京反对派的期望破灭了，这些人本来希望俄罗斯在第二次车臣战争中遭到失败，从而导致普京代总统的声望下跌。的确，战争远比1999年9月设想的局面要艰难得多，但俄罗斯居民能够理解这一点，并继续支持俄罗斯军队和普京本人。在解释普京的成绩时，俄罗斯学者和企业经理瓦列里·巴布金说：“普京不仅口头保证，而且还在采取行动。普京采取行动时果断、坚决，甚至在那些对于任何一位总统候选人来说都有可能会使其支持率遭受挫折的领域，他也如此表现。正因如此，他不回避车臣冲突，而是坦诚表态对车臣实行‘外科手术’式的打击。毋须证明，在车臣展开的反恐怖行动的成果不仅是俄罗斯官兵们所表现出的崇高英雄主义的结果，而且也是精心谋划管理资源及控制风险的结果。这意味着，普京拥有毅力以及在历史转折关头管理国家的能力。”
似乎，那些在车臣指挥军队的将军和军官们没有任何对自己的最高统帅不满的根据。在全国和社会，军队的声望有了实质性的提高，在强力部门工作的人员得到了更多关注。在为庆祝祖国保卫者日而在克里姆林宫举行的招待会上，普京所发表的简短讲话令军人们心潮澎湃。不过，他还说：“人民只尊敬那支善于打胜仗的军队！”
正是普京在12月底反对调动特罗舍夫和沙马诺夫两位将军的工作，才使他们两人会带军队打胜仗的名声在这次车臣战争中得到验证。尽管如此，仍有一些恶意对待普京的人盼望代总统普京与将军们分道扬镳。“普京曾经是契卡人员（契卡是苏联克格勃的前身——译者注），”《侧影》杂志满怀期望地写道，“无论如何契卡人员和军人都不会互相接纳对方。”《侧影》杂志认为，“普京曾是一位对外情报员。对于军人来说，他是个神秘莫测的人物，因为在认知心理方面军人与克格勃人员之间存在本质的差别”，“将军们简直无法接受作为退役上校的普京居然可以担当他们的最高统帅”。
如果说这些推论在某些时候曾有一部分是真实的话，那么我们很快就已经看到，普京克服了这些困难并在军队中拥有了极高的威望。在1996年的总统大选中，有大约60％的军人在第一轮选举时投票支持亚历山大·列别德；在第二轮投票选举时，他们大部分人选择了根纳季·久加诺夫——这位俄共推举的候选人得到了50％军警人员的支持；但在2000年3月16日举行的总统选举中，弗拉基米尔·普京从强力部门和老兵那里获得了大约70％的选票。
剩下的选票分散给了久加诺夫、日里诺夫斯基、亚夫林斯基等其他候选人。
生活秩序开始恢复
2000年冬春，车臣分离分子遭受重创，从而导致武装分子大部被消灭，军事行动和战斗状况的特点也改变了。2000年夏秋，来自车臣的新闻已经不再占据俄罗斯报纸、电台和电