3月1日是三一节。这天虽然是国庆日，但是牵涉到该问题的青瓦台和外交部相关人士大部分正常上下班，紧张讨论对策。一方面通过外交渠道向美国做出解释，一方面寻找切实可行的解决办法。为了寻找平息NMD体系之争的理论支持，外交部四处奔忙。首先，国家安全保障会议讨论该问题，收集意见。
3月2日上午七点三十分，国家安全保障会议（NSC）常任委员会、国家情报院长林东源，统一部长官朴在圭、国防部长官赵成台、外交部长官李廷彬等政府外交安保小组成员悉数到场，集中探讨解决该问题的正确方案。结果，外交部长官李廷彬和青瓦台高级官员于当天下午分别召见记者，阐明了对于NMD的看法。他们没有明确表明是支持还是反对NMD体系，而是发表政府的立场，“善意地理解美国的立场”。
“美国至今没有确定对于NMD计划的具体立场，我们政府更不会采取反对或赞成的态度”，在此前提之下，外交部长官李廷彬说：“美国希望通过同盟国及相关国家的紧密协调，应对（NMD计划）问题。”青瓦台高级官员明确说：“关于NMD，我们政府的立场至少不会‘反对’。”
关于政府对NMD计划的态度，李长官连续发表了三条立场，“全世界安全现状需要新的接触”、“至于如何探求和发展新方法，我们相信布什总统的领导力”、“美国政府希望朝着增进国际和平与安全的方向，同盟国及其相关国家之间充分协调，共同解决问题”。关于自己的发言被理解为否定NMD体系，李长官表示这只是“个人立场”，事实上就等于收回了自己的发言。
五天之后，NMD体系论争暂时平静下来，首尔大学的白珍铉教授指出，这次事件“既得不到美国的信任，也得不到俄罗斯的信任”。另外，与政府的正式解释不同的是，人们继续怀疑韩国政府企图利用“俄罗斯牌”牵制美国，加速施行对北独裁政策。当时，正统的外交专家这样评价韩美关系，“如果政府是在不知道NMD体系问题重要性的情况下签署韩俄共同声明，这就是玩忽职守，如果是在对美国毫不了解的状态下出台这样的声明，那就是外交不成熟的表现”。
《月刊朝鲜》的报道和韩升洙长官的帮助
那么，潘基文又是为什么对这次事件负责，最后遭到辞退的呢？
普京总统访问韩国前两天，也就是2月24日礼拜六，共同声明文案才最终定稿。
当年1月，韩国政府开始与俄罗斯政府磋商共同声明的文案，直到普京总统访韩前两天才就共同声明达成协议。当时，关于这段语句是否写进共同声明，外交部内部有关部门曾经展开过激烈的讨论，但是并不深刻。欧洲局的俄罗斯负责人对这个句子心存疑惑，多次提出质疑。欧洲局和负责军缩、不扩散问题的外交政策室经过讨论，答应了俄罗斯方面的要求，断定这个句子没有问题。
26日，存在问题的声明提交给潘基文次官和李廷彬长官，也没有发现任何问题，顺利通过了。因为当时恰逢周末，A4纸十页左右的共同声明没有认真细致的检查，就断定没有任何异常事项，这实在是重大的失误。
通常而言，首脑会谈共同声明的文件不过一两页，然而韩俄共同声明却不是这样。因为还有其他的工作，时任次官的潘基文没有进行细致的审阅，就放过去了。
2000年，冲绳G8会议。当时，美国也参加了这次会议，而包含该语句的声明获得通过，没有引起任何争议，于是外交部断定这次也不会有问题。2001年3月，金大中总统访问美国期间表示了对该问题的遗憾，外交部处理错误也就明确了。韩美首脑会谈结束，金大中总统在回国之后说：“关于这个问题，我都不知道应该如何向美国道歉。”因为没能防患于未然，潘基文叹息不已。综合潘基文周围人们的话，即使不是他的失误，这次波折也会成为外交部生活当中绝难忘记的事件。
外交部次官时期经历最大考验（4）
2001年3月7日，潘基文召集全体外交部职员举行了非公开照会，提出了“外交部自省论”。
“韩俄共同声明中涉及的有关ABM条约的语句虽然通用于国际社会，但是，外交部没能事先觉察到国际社会的情况变化。这次造成了不好的结果，让国民蒙受羞辱，我们必须反省。”
潘基文还要求说：“外交部的上下级意见和命令虽然贯彻良好，但是横向的讨论和信息共享还不够好。将来，各部门之间必须紧密协调，努力加强与其他部门之间的关系。”
参加当天职员照会的外交部相关人士说：“韩美首脑会谈前夕，发生了足以刺激美国的事情，美国通潘基文次官好像感觉到了道义上的责任。”
结果，NMD体系之争引起的外交部危机仍在继续。2001年4月，潘基文和李廷彬长官同时被解职，沦为了失业者。外交部历史上还从来没有跌落于次官职位的外交官。这就是人事问责制度。
从事了三十一年的外交工作，除此之外一无所知，潘基文实在难以接受成为失业者的事实。曾被誉为模范外交官的潘基文，每天都找朋友们喝酒，夜里难以入眠。短短两三个月，他的体重就减轻了十公斤。他非常绝望，甚至说过：“我真想死。我从来没有为自己活过一个小时啊……”他的朋友安英秀教授给他买了地铁月票，告诉他说：“现在没有人给你开车了，你乘地铁吧。”
当时，外交部很多人议论纷纷，传说潘基文从次官位置落马的过程与前外交通商部长官洪淳瑛的情况非常相似，而洪淳瑛是潘基文在忠州初中和忠州高中的前辈。金泳三政府时期，洪大使也曾经遭到过解职。
《月刊朝鲜》2001年5月号曾经发表了记者撰写的报道，长达五十页稿纸，引用了很多后辈外交官感叹潘基文落马的声音。
当这篇报道在外交部周围传开的时候，外交部长官李廷彬的继任者韩升洙长官开始寻找救助潘基文的途径。90年代，韩长官担任驻美大使，曾经留意到身为驻美公使的潘基文，并对他的优秀和诚实表示了赞赏。
韩升洙长官以这篇报道和外交部的评判为根据，促使青瓦台认识到潘基文是个深孚众望的外交官。当时，前总统金大中的某个亲信直接向金总统报告了刊登于《月刊朝鲜》的这篇报道，希望能够再给他工作的机会。
2001年9月，韩长官担任联合国大会主席，立刻恢复了潘基文的外交官身份。于是，潘基文奔赴纽约，担任联合国大会主席秘书室长，兼任驻联合国总部大使。当时也有人冷嘲热讽：“曾经当过外交部次官的人，现在去做外交部局长级的工作，这像什么话啊？”但是，潘基文对此表示感谢，因为重新恢复了外交官的身份，又可以去做自己喜欢的外交工作了。
作为联合国大会主席秘书室长，他发挥了百分之百的作用。因为常驻联合国，潘基文得以拓宽了自己的人脉。他的外交生涯中多了联合国大会主席秘书室长的经历，这对于将来成功当选为联合国秘书长起到了重要作用。经过在金大中政府时期的迂回曲折，潘基文保住了自己的外交官身份，最后迎来了卢武铉政府。
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总统卢武铉和外交部长官潘基文（1）
重任次官，而不是期待中的长官
2002年12月，卢武铉在大选中获得胜利，于是有人传说潘基文将升任外交部长官。他曾经担任过将近十年的次官，又非常熟悉美国，应该是最为合适的长官人选。这样的评论不绝于耳。
但是，总统秘书室长文喜相却只是邀请潘基文担任次官级的外交助理。文室长说：“因为有新制定的职责，请潘大使务必就任。”文室长两次强调了“新制定的职责”。事实上，潘基文希望担任外交部长官或驻联合国大使。
不过，潘基文本着“不挑岗位，努力工作”的信条，担任了次官级的外交助理。虽然人们希望他担任外交部长官，最后却做了次官。
2003年2月，卢武铉总统第一次见到潘基文，并在青瓦台一起用餐。见面打招呼的时候，卢总统说：“潘助理，你还不了解我吧？我也不怎么了解你，以后我们好好共事吧。”
卢总统的话里包含着这样的暗示，以前是因为不了解外交官潘基文，现在重新安排工作，将来还会委以重任。卢总统说，时间越久，越感觉起用潘基文是正确的选择。根本性的想法虽然有所不同，但是卢总统还是高度评价了他毫无瑕疵的工作处理、诚实和无私的态度。
卢武铉政府上台以后，围绕韩国的外交状况并不明朗。2004年新年伊始，其他政府部门的公务员们纷纷祝福新年，外交部的高级官员们却发出了忧虑的叹息。
2004年年初，韩国外交的两大悬案，即韩国与智利自由贸易协定（FTA）批准同意案和派兵同意案的国会处理有可能推迟到2月份，消息传开之后，立刻造成了紧张的气氛。外交官们虽然斯文，却冲着国会议员们发出了粗暴和愤怒的呐喊。
当时，驻智利大使慎长范史无前例地向全体国会议员分发了四页A4纸的公开书函，这也是迫于危机感的举动。某位高级外交官说：“韩国向智利承诺的FTA，向美国承诺的派兵同意案没能在一月份处理，今年的外交工作必然面临重重困难。”
现场的声音更为迫切。“2003年12月开始与日本协商FTA之后，预定二月份举行第二次会谈。而且，韩国马上就要与新加坡协商FTA，如果与智利的FTA不能生效，我们怎么好意思在协商现场露面（通商交涉本部外交官）。”“政府已经向国会提交了派兵同意案，然而国防委员会还没有商定。考虑到派兵准备就需要三个月的时间，如果一月份还不能处理派兵同意案，那么对美国承诺的四月派兵就不可能了（负责美国问题的外交官）。”
自主派与同盟派的矛盾
鉴于这种情况，2004年1月，外交部内部“自主派”和“同盟派”的矛盾开始浮出水面。实际掌权者的386世代①为主的国家安保会议（NSC）和外交部对美政策负责者之间的矛盾随即公开化。
“自主派”以NSC政策企划室为中心，主张对美政策应该区别于过去，这些人大部分都参与了当前政权，并与原来的对美阵线处处为敌。特别是在讨论女中学生孝善和美善死亡事件的后续处理、伊拉克派兵案、龙山基地迁移协商等问题的过程中，相互之间更是伤了和气。看不见的战线已经在无形之中形成了。
以曾在驻美大使馆工作最低三年时间的人们为主轴，形成了外交部对美阵线，主张不要对抗开展强力外交政策的布什政府，相反，NSC则强调所谓的“自主外交”，指出过去的对美外交政策存在大量屈从成分。这种潮流被媒体放大为“自主派”与“同盟派”的对立。
在这个过程中，对美阵线负责人无论在公开场合，还是在私下场合，都宣称必须慎重对待韩美协商，于是青瓦台和NSC发出了警告信息。
另外，部分外交部职员在非公开场合发言，对政府在龙山基地迁移协商的立场表示遗憾。驻韩美军突然迁移，国民在安保方面容易感觉不安全，所以他们认为必须慎重考虑国民的心理因素。青�