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一个为了躲避雷依纳报复而逃跑的黑手党分子所透露的信息直接导致了这位老板们的老板在1993年1月被捕。确定雷依纳的身份是个首要的问题：警察拥有的他的一张最近的照片还是他在1969年照的。被捕的黑手党分子巴尔杜乔·迪·马吉奥在宪兵对别墅的监视录像中辨认出了雷依纳的园丁、雷依纳的儿子和妻子。宪兵之所以监视这栋别墅是因为有一名黑手党委员会委员经常光顾此地。第二天早晨，当雷依纳坐在一辆不起眼的家庭轿车上离开别墅时，抓捕队已经准备妥当。在爱因斯坦广场的一个交通信号灯处，四个人扑上前去抓住了雷依纳和他的司机。雷依纳并没有反抗，脸上明显带着惊恐的神色，当被告知抓捕他的是宪兵而不是他的黑手党敌人时，脸上的惊恐神色才慢慢消失。就在雷依纳被抓的第二天，他的导师和教父卢西阿诺·莱焦因为心脏病发作死于撒丁岛的一座监狱里。
意大利人以前只听说过托托·雷依纳这个令人胆战心惊的名字，现在终于将他的面貌公之于众。一本杂志将雷依纳带有棱角、下垂的眼睛作为封面，下面标题为：“魔鬼”。“矮子”在这张撒旦似的公众形象照上流露出怀疑的神色。当他与多玛索·布西达在法庭上当面对质时，雷依纳因为布西达在婚姻上不忠实而拒绝同布西达说话：“在我的小镇科莱奥内，我们过着道德的婚姻生活。”
但是比雷依纳怪异的行为更让人不安的是他的被捕所遗留下来的问题。自20世纪60年代以来，他就一直是一个逃犯。在逃亡的这段时间里，他结了婚，有了孩子，接受糖尿病治疗，送孩子们上学，还要对这个庞大的犯罪组织实施铁腕控制。雷依纳在逃亡生涯的最后五年甚至在尤迪托的别墅里呆过，尤迪托这个镇早在19世纪80年代就是安东尼诺·贾莫纳家族的地盘。雷依纳究竟是如何躲避这么长时间的抓捕的？抓捕雷依纳的行动小组成员开始担忧起来，雷依纳在巴勒莫的别墅在他被捕之后很久都没有人看护，黑手党分子们有足够的时间将现金、文件、账目以及雷依纳妻子的毛皮大衣处理掉。最后，过来检查这座房产的法官们发现它甚至已经被重新装修过。于是便展开调查，试图搞清楚这种情况出现的原因。
雷依纳被捕之后，“我们的事业”的领导权就交给了他的姐夫以及长期的合作伙伴莱奥卢卡·巴加里拉。经过“矮子”雷依纳二十多年的统治之后，“我们的事业”并没有很好地回应巴加里拉的控制。甚至像“刽子手”乔瓦尼·布鲁斯卡这样的科莱奥内顽固派也发现这个变化令人不安，他当时已经凭实力成为了一名黑手党老板。
雷依纳被捕后，这儿就不像以前那样平静了……老板们为了各自的利益以各自认为合适的方式来管理自己的地盘。黑手党已经不再像以前一样是一个和谐统一的组织，家族的父亲、每个人的老板这样的人物已经不复存在。
没有改变的是科莱奥内核心集团对于大屠杀战略的全力支持。有人在一次会议上听到“拖拉机”普罗文扎诺说，“托托叔叔（雷依纳）所做的每件事情我们都要继续进行下去。我们不能停止下来”。雷依纳被捕一个月后，巴加里拉、布鲁斯卡和来自巴勒莫、特拉帕尼的其他高级老板们援引黑手党内部制定的一项规则，即黑手党分子可以不顾其他组织的意愿在西西里岛外组织任何活动，在岛外召开会议就如何与政府继续开展斗争提出各种建议。根据布鲁斯卡的描述，会议很快同意对莫里吉奥·科斯坦索进行袭击，他是一个聊天节目的著名主持人，曾说过一个假装生病住院的黑手党分子随后就会真正患上肿瘤病。他们讨论过在比萨斜塔下放置炸弹，在超市的儿童零食里下毒以及将感染有艾滋病病毒的注射器扔到里米尼的海滩上。为避免有人死亡，每一种情况都会公布及时的警告。问题的关键就是要制造公众恐慌并将政府拉到谈判桌上来。
最终，会议决定不要拘泥于这些“虚拟”袭击的细节。1993年5月14日，在罗马，一枚炸弹在电视节目主持人莫里吉奥·科斯坦索的汽车即将驶近的时候爆炸了，十分幸运的是，他毫发未伤。5月27日，佛罗伦萨市中心乔治费里大街上的汽车炸弹导致五名路人死亡、四十多人受伤。7月27日，米兰的帕勒斯楚街的爆炸使五个人遇害。10月31日，一枚炸弹被放置在罗马奥林匹克体育场附近的格拉迪多里大街上。炸弹原本定在拉齐奥与乌迪内斯的足球比赛结束之后爆炸的，这样许多宪兵就能被炸死，但炸弹却未能引爆〔※拉齐奥队（Lazio），于1900年由路易吉·比利亚迪创建，属于意大利足球甲级联赛。乌迪内斯队（Udinese）成立于1896年，是目前意甲球队中历史最悠久的俱乐部。〕。
也是在1993年这年，与政府直接对抗的“我们的事业”很明显也成了教会的敌人。1982年11月，大屠杀正在如火如荼地进行着，约翰·保罗二世访问了西西里，一次也没有提及“黑手党”这个词。1993年5月，保罗二世是自从法内科尔和博尔塞利诺死后首次访问西西里岛。在保罗二世开始三天的出访行程的前一天，梵蒂冈的《罗马观察家报》邀请博尔塞利诺的遗孀阿格尼丝写了一封信。她回忆了她丈夫的“简朴而又深奥的”基督精神，并恳求人们祈祷教会“不将基督的真正教义与任何勾结相妥协”。一群天主教知识分子接着在《西西里日报》撰文，表达的思想更为清晰，抨击“天主教教会的代表们与黑手党势力的倡导者们之间的可耻关系”。
两天之后，罗马教皇选择阿格里琴托山上的神庙谷作为布道的场景，在那里有着珍贵的古希腊遗址，但是周围的风景被黑手党支持建造的非法建筑破坏殆尽。他扔掉准备好的布道词而声音洪亮地即兴发表演讲，谴责“黑手党文化……这个死亡、惨无人道和反福音的文化”。教皇显得很激动，呼吁黑手党皈依宗教：“总有一天上帝的审判会到来！”“我们的事业”在7月27日对此予以回应：拉特朗的圣·乔瓦尼大教堂和罗马的圣·乔治奥大教堂都遭到爆炸袭击，但是没有造成人员伤亡。9月15日，在巴勒莫东部郊区的布兰卡乔，皮诺·普利西神父——这个在当地反黑手党神父中坚持主战传统的优秀代表——在自己家的大门外遭到谋杀。一个杀手后来坦白说，普利西神父在被枪杀之前还冲他们微笑，“我正期待着这一刻的来临”，他说。
在对最高上诉法院1992年1月的判决做出疯狂反应后，“我们的事业”显然使得人们对它的存在不再有任何怀疑。＇‘w‘ww‘。w‘rs‘h‘u‘。c‘o‘m＇然而，这样也切断了它自己的生命支持体系、它的政治纽带，驳斥了许多黑手党分子所宣称的伪宗教以及黑手党与西西里岛文化不能分离的观念。带来的直接后果是组织里有数百人投诚，1996年悔罪者的人数达到高峰，共有424人。他们一方面无法忍受“我们的事业”内部的科莱奥内家族的残暴统治，另一方面无法忍受在新的、更严格的监狱条件下过着的隔绝生活，甚至一些高级黑手党分子以及科莱奥内核心集团成员都开始与司法机构合作。
有一个例子可以说明很多问题：当黑手党委员会决定谋杀法内科尔和博尔塞利诺的时候，萨尔瓦多·坎切米是一个黑手党老板。坎切米在卡帕奇爆炸案负责放置并引爆炸弹的小组中负责放风。有一天，坎切米听到雷依纳解释如何处理如滚雪球般增加的反叛者的计划时，他的内心发生了一些改变。当时，雷依纳说：“问题就在于那些悔罪者，要不是他们，整个世界联合起来都奈何不了我们。这就是为什么我们要杀死他们，还要诛杀他们九族的原因。我们先从六岁以上的儿童杀起。”但是直到第二年夏天，即1993年爆炸运动的中期，坎切米才走到宪兵军营的门口去自首。随后，他又将财富交出，据他估计大约有3300万英镑。当坎切米与多玛索·布西达在法庭上重逢时（他们两人来自同一个家族，在70年代坐牢期问成为朋友），他承认自己曾亲自执行雷依纳的命令将布西达的两个儿子勒死。布西达这位历史上首位黑手党反叛者拥抱坎切米并说道，“你无法抗拒这个命令。我原谅你，因为我知道加入黑手党意味着什么”。
有了这些新悔罪者提供的证据，调查官们迅速确定了是谁执行了对法内科尔和博尔塞利诺的暗杀、对大陆的炸弹袭击、对普利西神父的谋杀以及许多其他的犯罪行为。科莱奥内家族为了阻止任何人反对大屠杀战略继续在“我们的事业”内部播下恐怖的种子。但是他们一个个都沦为黑手党军械库里的终极武器的牺牲品，这个终极武器就是背叛国家。莱奥卢卡·巴加里拉于1995年6月在巴勒莫市中心的一间公寓里被抓获，在不到三年的时间里这是第二位被抓获的老板们的老板。次年五月，即小朱塞佩·迪·马特奥被勒死并浸泡在硫酸的四个月之后，宪兵突然闯入了阿格里琴托附近的一间房子，“刽子手”乔瓦尼·布鲁斯卡与他的家人正藏身于此。等到布鲁斯卡被捕时，大屠杀战略已经被放弃了，而西西里黑手党也正经受着史上最严重的危机。“我们的事业”最终处在失败的边缘。
“朱利奥叔叔”
“我们的事业”通过野蛮应对最高上诉法院作出的大审判的最终判决而使自身的未来受到威胁。但在20世纪90年代末的几年里，意大利公众更加关注的却是黑手党的过去。1992…1993年间发生的一幕幕戏剧性的场景揭示了过去政治家与黑手党之间的邪恶勾结。这在一些人看来就好像是关于意大利历史的黑暗真相最终要在巴勒莫法庭的照明灯下出现。1995年9月，有一位25年来一直是国家最有权势的政治家，由于为黑手党效劳而被送上审判法庭，这个人就是基督教民主党魔术师朱利奥·安德莱奥蒂，曾七次担任意大利总理。新闻界习惯性地称这次审判为“世纪审判”。
安德莱奥蒂的戏剧性审判于1992年3月12日以萨尔沃·利马谋杀案开始。非常重要的一点是，在法内科尔和博尔塞利诺被杀的几周前，最先倒在雷依纳与政府之间的斗争的人不是法官、警察而是萨尔沃·利马这位基督教民主党政治家。萨尔沃·利马，这位曾经领导巴勒莫建筑热潮并经常从多玛索·布西达那里得到歌剧票的基督教少壮派，成为了这场骇人、高效的谋杀案的受害者。他正被载着从蒙德罗的家回到巴勒莫的途中，车的挡风玻璃和轮胎却被坐在一辆驶过的摩托车后座上的一个人射中。利马最后说的话是：“他们来了！圣母啊！他们来了！”他从车里跑出来，但只跑了30米就被从摩托车上跳下来的人追上，朝着他的后背开了一枪，接着朝着他的脖颈开了最后致命的一枪。
一个悔罪者后来解释了为什么他认为这位西西里基督教民主党幕后掌权者会被谋杀的原因。
利马曾保证过罗马的一切事情都能处理妥当……萨尔沃·利马遭谋杀的原因是他没有信守在巴勒莫许下的诺言或者是有人阻止了他兑现自己的诺言。至少据我所听到的是，萨尔沃·利马在一段时间里实际上在呼吁人们不要担心。