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★第四十三话 宇宙にさく妖花/在宇宙开放的妖花（分支4B）
众人接到了罗纳家的总帅卡罗素要将殖民卫星坠落地球的消息，便急忙赶去阻止（选择“シ－ブック达を先行させる”，可获提升熟练度）。在敌人当中有着西布克的恋人塞茜莉，只要让他上前说得即可。最后卡罗素会将那台拉弗雷西亚开出来，需格外留意。五飞的神龙高达亦会前来增援。
★第四十三话 静止した暗の中で/在静止的黑暗中（分支4C）
回到地球的Nerv总部，又遭使徒袭击，但是因停电无法令EVA出击，于是隆德贝尔舰队先行出动收拾第九使徒。该使徒有腐蚀功能，所以要在四回合内收拾它。至于第三回合出现的拜士渊洞的敌人，可以先不必去理会。第四、五回合，GREAT MAZICA和EVA前来增援，形势稍有好转。否则凭那些笨重的超级系机器人，要用“必中”才能打到灵活的圣战士。此处依然无法说得托多，不过让翔与邦、托多交锋是会发生对话情节的。
★第四十四话 リィナの血/莉娜的血（分支4A）
回到拉卡姆上的捷度获知妹妹莉娜跟着他进入阿克西斯后，便心急火燎地加入了营救队伍，波蕾亦跟随而去。众人潜入阿克西斯后，先要往市区地带移动并消灭基地里的敌人。需要注意的是基地内的敌军中有巴尼，可以让克莉丝去说得他，虽然他不会加入但以后是会成为同伴的。当我军踏入市区后，柯瓦特洛便在娜娜的帮助下，驾驶着沙沙比逃了出来，雷丁亦会前来增援。紧接着敌人挟持了莉娜，结果波蕾冲动之下将敌机击坠，导致莉娜生死不明。然后只要让我方机体全部往右方基地出口移动，即可过版。至于敌人中实力强劲的哈曼，虽然可以让柯瓦特洛上前说得，但她不为所动，而且HP跌落50％便会撤退，当然如果击败她的话是可获得不少金钱以及贵重道具“哈罗”。
★第四十四话 ゼロと呼ばれたガンダム/被称为零的高达（分支4B）
且说希罗和特洛瓦意欲刺杀OZ的总帅拖列斯，但是对方以殖民卫星来要挟两人去与隆德贝尔战斗。这一关的敌人主要是大量的OZ部队以及希罗和特洛瓦，此时他俩是无法说得的，所以尽管放心地攻击。敌人数目虽多但实力很弱，不足为惧。到了第三回合，卡多鲁驾驶着WING ZERO出现，如同原作的剧情一样，被0系统控制了的他发狂地要毁灭眼前的一切。可以让主角上前说得他，但如果行动不迅速的话，卡多鲁会击倒特洛瓦，那样会倒扣熟练度的。
★第四十四话 赤い发の女/红发女子（分支4C）
在极东支部，隆德贝尔舰队和拜士渊洞军再度发生冲突。如果先前有说得卡拉莉娅的话，第二回合时她会作为援军登场。敌人中最需留意的便是红发的洁丽尔，和以往作品一样，击倒她一次后是会巨大化的。此时的洁丽尔非常难对付，特别是其气力值高涨的话，会经常使出“分身”和“剑挡格”，很难命中，最好用精神指令让她的气力值降下来。之后泰坦斯也会前来捣乱，如果为了经验值就不要把基地让出来；若想提升熟练度的话，则选择“ティタ－ンズに基地を明け渡す”，这样泰坦斯便会撤退，阿兰会来增援。
★第四十五话 漆黑の天使来たりて/漆黑的天使降临（分支4A）
众人逃出阿克西斯后，拉卡姆全速离开这一宙域，但是新基奥军还是追了上来。首先出现的敌人是忠于基雷的古利明，第二回合时则是位于左下方的哈曼，然后各NEWTYPE以及精神感应者们一直感受到的威压之主英格拉姆登场。英格拉姆的机体阿斯特拉纳冈非常强劲，基本上无人是其对手。所幸英格拉姆提出与哈曼联手，然后哈曼便让他去收拾背叛了的古利明。所以只要我方不主动攻击，英格拉姆是不会过来的。但是若让主角以及SRX的三人去攻击英格拉姆，是会发生对话情节的。加之本话的过关条件是让母舰抵达地图下方，如果实力不如人的话用不着硬拼，尽快逃走即可。
★第四十五话 强袭、阻止临界点（分支4B）
先前是拖列斯，这次轮到基雷要玩卫星撞地球了。本话初始只有迪奥与五飞两人，第二回合时味方援军登场，然后便要在八回合内让GP…03进入卫星内或者击倒凯利。提升熟练度的条件有三：一是六回合内让GP…03进入卫星；一是打倒贾图；一是击坠凯利。
★第四十五话 神か、恶魔か/是神还是恶魔（分支4C）
这一关可谓轻松之极，纯粹是EVA的剧情再现。真嗣的朋友驾驶的EVA三号机被使徒侵占，真嗣受命去攻击。对话中选“使徒バルティエルと战わない”，可提升熟练度。然后初号机被切换到外部控制，开始攻击三号机，最后真盖塔登场轻而易举地收拾了使徒。另一种方法则是选择攻击使徒，这样战斗结束后可以取得三号机！
★第四十六话 龙と虎/龙与虎（超级系）
★第四十六话 第三の力（真实系）
为了取得新机体，主角和大作先行回北京支部。大作在那里得知梁山泊打算将大铁人封印起来，为此他非常困惑。此时，主角的新机体格伦拜斯特三式遭到BF团的破坏，而恋人与伊路姆再度出现，不过他俩这次乃是味方。以前之所以将SRX队视为目标，乃是因为伊路姆知晓了英格拉姆乃是异星人派来的间谍，而主角恋人曾被英格拉姆洗脑，所以会认不出主角来。本话的最初任务就是要保护恋人及伊路姆的安全，基本上伊路姆是没什么问题，但恋人会使用精神感应系统将敌人全部吸引到她（他）那里去。此时敌人再度派出龙王机与虎王机，恋人的机体更是被虎王机所击倒。如果是超级系的场合，主角与龙王机引起共鸣，然后与吸收了恋人的虎王机合体，成为超强的龙虎王机（可变形为虎龙王机，两名驾驶员精神力共用，其最大武器的威力在味方中排行第三）。而提升熟练度的条件是在合体前不能攻击龙、虎两机；若是真实系的场合，熟练度达到50，则取得柯修拜斯特Ⅲ，恋人则驾驶格伦拜斯特贰式。大作的努力亦让北京支部解除了封印大铁人的打算，让他继续留在隆德贝尔舰队。
★第四十七话 男の战い/男人的战斗（共通）
这一话又是EVA的剧情表演，根本就没有什么战斗，虽然英格拉姆和破岚万丈会依次登场，但这两个人主要是旁观而已。若是大家想要取得S2机关的话，就要在初号机未出击之前，不能攻击第14使徒。然后让使徒攻击初号机并导致暴走，将其吞食，取得S2机关。要注意的是初号机的维修费，是逃不掉的哦！
★第四十八话 谁がために钟は踊る/钟为谁鸣（共通）
镜头转到还停留在宇宙间的隆德贝尔舰队，为了保护典子三人与EXCELION汇合，布拉度派出队中所有小型战斗机来护航。这一关的敌人是大量的宇宙怪兽，而我方则是非常弱的小型战斗机。所幸出场的宇宙怪兽都不强，全是些HP2500以下的机体，如果是“女武神”之类比较强的战斗机，应该能够一枪一个。如果六回合内消灭敌人，则获提升熟练度。
★第四十九话 进路に光明、退路に绝望/前进是光明，后退是绝望（共通）
典子她们回到EXCELION后，《MACROSS PLUS》的勇、加鲁多前来报到，于是展开一场竞争。两人一边争吵着，一边将眼前的靶子全灭，最后差点起冲突时，大量的女天顶星人军适时地出现了。第四回合时，尤歌前来增援。此时要将EXCELION移动至地图的最上端即可过版，而勇他们的任务就是替EXCELION清除一条道来。其实这话的主要战斗力是第七回合登场的GUNBASTER，它皮糙肉厚又有诸多武器，是对付同样HP极高的天顶星人的极佳战力。过关后如有资金的话，就尽快提升GUNBASTER的EN，因为它的缺点就是武器耗费EN太厉害。
★第五十话 ヴァリアブル·フォ－メ－シヨン/合体（共通）
众人回到地球上的极东支部，多雷克和比修特再度大举进攻。如果先前曾让尼攻击比修特的母舰、发生与妮姆尔对话事件的话，本话中她便会偷偷出击，让尼上前说得即可仲间。第三回合时，英格拉姆出现在地图下方，并不断地向SRX小队、特别是隆圣挑衅，结果隆圣一怒之下要求合体，第二次终于成功合体并上前击退英格拉姆（HP低于2/3就会撤退，但将其击倒可获2点熟练度。日后若熟练度高，可以得到最强的武器“天上天下一击必杀炮”，该武器和白河愁的“黑洞炮”是攻克LAST BOSS的关键所在）。另外，多雷克的母舰威尔维布斯的HP在一半以下时就会撤退，，将其击倒可获熟练度。
战斗结束后，进入第三次三分支选择。成员分配与上一次基本相同，布拉度队（“リ－ンホ－スJr。队”，进入分支5A）保护夏亚至联邦议会发表演说；茜拉（“グラン·ガラン队”，进入分支5B）前往殖民卫星解救莉莉娜；艾蕾（“ゴラオン队”，进入分支5C）留在极东支部。
★第五十一话 ダカ－ルの日/达卡尔之日（分支5A）
为了尽快地统一地球圈，合力对抗外星人及宇宙怪兽的侵攻，隆德贝尔舰队决定推举两个偶像来促成统一，那就是夏亚和莉莉娜。正值联邦政府在达卡尔召开会议，于是布拉度他们就要让夏亚冲入议会堂进行演讲（战斗之前选择“シャアとして应える”，可提升熟练度）。本话中的敌人以《Z GUNDAM》为主，而且还有科能说得成为仲间，方法是让卡缪抵挡她的一次攻击，然后阿姆罗会说她已受控制必须将其击坠。虽然过关条件是让夏亚抵达议会堂，不过这么大好机会，还是做到全灭比较合算。
成功地掩护柯瓦特罗冲入议会，他表明自己的身份并向整个地球圈发表演讲，揭露泰坦斯的暴行，令各地掀起了反泰坦斯的高潮。
★第五十一话 ガラスの王国/玻璃王国（分支5B）
这一话顺应了《GUNDAM W》中的一些情节和设定。莉莉娜想要宣扬她的完全和平主义，让泰坦斯、OZ等势力和平共存，当然这些都遭到了各方的反对，泰坦斯还展开了攻击行动。于是众人和改名为米利安的塞克斯一同防卫基地，不让敌人入侵。敌人中有些机体的移动力很高，需特别注意，如果觉得没把握的话，可以让机体占据基地的边缘，这样敌人就无法进入了。第五回合时希罗会作为敌人驾驶着艾比安出现，但是无法说得他的，必须等到战斗结束后他才会加入。另外，在四个回合内击倒所有的“ト－ラスMD”，可提升熟练度。
★第五十一话 あしゅら男爵、散る/阿修罗男爵，死去（分支5C）
主角和超级系机器人、EVA等留在了极东支部，这次阿修罗男爵又来挑战。因为敌人以机械兽为主，所以数量多、HP高，但不难对付。尽快收拾海中的怪物“ドラゴノザウルス�