山顶危崖间，其门南向，深仅丈馀，后有石龛，可傍为榻。其右有小穴，为米所从出，流以供帝者，而今无矣。左有峡高迸，而上透明窗，中架横板，犹云建文帝所遗者，皆神其迹者所托也。洞前凭临诸峰，翠浪千层，环拥回伏，远近皆出足下。洞左构阁，祀建文帝遗像（阁名‘潜龙胜迹’，像昔在佛阁，今移置此），乃巡方使胡平运所建，前瞰遥山，右翼米洞，而不掩洞门，其后即山之绝顶。”看来建文帝在逊国后，在贵州停留过是有可能的。
还有学者认为，建文帝曾遁匿于贵州安顺平坝县境内的高峰寺。安顺是中原联系西南的重要通道，明代先后有几十万大军来此军屯，他们祖籍大多为南京郊区以及江浦、六合等地。同时此地还有诸多隐匿的有利条件：依山傍水，地形隐蔽，易守难攻，不易发现；语言便于沟通；生活便于适应。据《平坝县志》载：高峰寺悬壁处，有“西来面壁”石刻，相传出自建文帝手笔。“西”可能是“玺”的谐音。玉玺是皇权的象征，建文帝逃到哪里，玉玺也会带到哪里。高峰寺内斋堂地下有一处藏身洞，洞底有一石碑，上刻铭文：“秀峰肇建文迹尘知空般若门。”另一石碑为万历时所刻，碑文说高峰寺建于洪武七年，开山僧为秀峰大师，他于永乐四年七月收留过建文帝。
安顺当地崖壁上有块高大的“红崖天书”，长十米，高六米，是用奇特的铁红色颜料写成的文字，似篆非篆，无人能识。据报载最近终于有人破译了“天书”：其成书约在1406年（明永乐四年），是逊国的建文皇帝颁发的讨伐燕王朱棣篡位的《伐燕诏檄》。全文直译为：“燕反之心，迫朕逊国。叛逆残忍，金川门破。杀戮尸横，罄竹难书。大明日月无光，成囚杀之地。须降伏燕魔，作阶下囚。丙戌（1406年）。甲天下之凤凰（御制）。”这与《明史纪事本末》中所载朱允炆的一首诗相印证：“风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。”如果译文准确无误，就能证实建文皇帝朱允炆确已逃出，并图谋恢复。
四川也留下了建文帝的足迹，青川华严庵曾为建文帝的避难所。华严庵位于青川县青溪镇以南七公里的莲花山上，占地面积超过一百亩，东西两面是草木丛生的山沟，西侧山沟内有巨石垒砌的双层中空明代石墙，留下了石碑、石佛、九五方圆塔、清皇历书等遗址、遗物。在“广佛碑”和“华严庵重建碑”两碑文上，两者所记载的“建文帝于宣德六年到此”，与《明史纪事本末》中“宣德六年文帝由延安到西安入蜀”的记载相吻合。
还有人认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
另外，有学者认为，“靖难之役”后建文帝逃亡到了青海瞿昙寺。《创修渭源县志》卷九《艺文志》中《五竹寺记》载：“建文于夏六月庚申十三日未时，由癸门出，比时愿扈驾二十二人，节（郭节）其一也。君臣奔窜崎岖，昼伏夜行。历滇南、巴蜀，建文至乐都瞿昙寺。”据史料记载，瞿昙寺建立初期就与明皇室建立了密切关系。永乐以来，明朝历代帝王给瞿昙寺赐匾、修佛堂、封国师、赐印、派大臣等史不绝书，这种割舍不断的关系本身就耐人寻味。“靖难之役”爆发后，燕王率军南下，北方道路被封，建文帝只有向南方逃窜，辗转云贵、巴蜀，最后选择西北边荒的河湟地区作为落脚点，是极有可能的。这一逃亡路线正好也印证了民间传说中的“滇、黔、巴蜀间相传有帝为僧时往来迹”的说法。
北京西山，老死无名
谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载建文帝在外游历，到正统七年，因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，宫中人都叫他“老佛”，老死于宫中后，葬于西山，不封土不种树，意即“不封不树”，是古代对庶人的葬礼。
这种说法虽是传说，但也有一定的根据。《英宗实录》载正统五年十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年九十馀。当地官员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过审问，他承认本名叫杨行祥，河南人，洪武十七年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的。于是英宗将其押入大牢，过了四个月就死在狱中了，同谋的十二名僧人被发配到辽东守边。
福建泉州，借机出海
近有学者考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海。据说建文帝从密道逃出后，从南京顺着长江来到武昌罗汉寺，罗汉寺的住持达玄和尚接待了他们，并立刻联系他的弟子，在泉州开元寺任住持的念海，让他接应建文帝等人。在泉州逗留片刻之后，建文皇帝担心行踪败露，就离开泉州坐船到海外去了！建文皇帝逃到海外的消息不胫而走，成祖朱棣很不放心，特意派遣郑和数下西洋，寻找流亡到海外的建文帝。
但是这种说法缺少史实依据。明永乐年间，东南沿海倭寇猖獗，明政府派了大量禁军到泉州，开元寺就成了驻扎明军的军营，建文帝如果逃到泉州显然是自投罗网。并且《开元寺志》中没有关于念海的任何记载，《泉州府志》、《晋江县志》、《闽书》等所载高僧中，也没有“念海”的名号。或许出于对当时高压政治的恐惧，寺院不敢对建文帝有所记载，但对于本寺住持却不可能没有记载，既然“念海”住持不存在，那么建文帝也就不可能到过泉州市开元寺当和尚。而且在严厉实行海禁的明朝，建文帝是很难逃亡出海的。建文帝逃亡海外，没有更多的证据，仅仅是猜测而已。
江苏吴县，幽禁终身
《文汇报》记者徐作生亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年逃到了离南京并不远的苏州，溥洽和尚收留了他，藏于吴县普济寺内，不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵。明成祖朱棣的密探找到建文之后，成祖不愿意背负‘杀侄’的恶名，没有杀害建文，而是暗中将他继续幽禁了起来，直到1423年病殁于此，葬于庵后山坡上。这也只是另一种推测。
近几年有人自称建文帝后人，拿出《让氏家谱》，称建文帝通过地道逃离南京，假扮僧道，云游各地，后隐居于武昌，死后就葬在武昌洪山。这一说法还有待于进一步的验证。
明成祖朱棣为了粉饰夺取帝位的合法性，指使臣下销毁建文时期的历史档案，并明令严禁讨论此事。因此，对于《明太宗实录》的记载，难以核实其正确性。后世关于建文帝的记载许多已是传闻，所以清代学者万斯同就说：“明代野史之失实，无有如建文逊国一事。”即使到乾隆时，官方正式出版的《明史》，在写了建文帝焚死之后，又加上可能“由地道出亡”的推测，对于建文帝的下落也是模棱两可，留给后人的依然是一团迷雾。
与此同时，燕王朱棣为了摆脱篡位的嫌疑，必须否定建文帝的合法性。朱棣即位以后，就宣布革除建文年号，建文朝只称作“革除年间”。把建文四年改称洪武三十五年，接下来为永乐元年（1403），表示他不是继承建文帝的帝位，而是直接继承太祖高皇帝的帝位。在官方实录的编纂上也如此，《明太祖实录》接下来就是《明太宗实录》，中间少了建文帝的实录，建文一朝的历史在明代官方历史记载中隐去不谈。并且在明永乐朝官方文献中，建文帝这位宽厚仁慈的帝王，被描述成一个数典忘祖、荒淫昏聩的人，不但曾亲手焚毁朱元璋及马皇后的遗像，拆毁后宫，大兴土木，还经常服食春药，药发后身边数名妇人都不足用，形像极为不堪。成祖朱棣如此歪曲事实，无非是为自己“靖难”夺位寻找合法理由而已。
朱棣之后，继位的皇帝中没有人正式承认建文的四年帝位；此后的正德、万历、崇祯年间，虽屡有大臣奏请追谥朱允炆庙号，但一直也没有实现。直到清乾隆元年（1736），才给了他一个谥号——恭闵惠皇帝，史称惠帝。——灭十族的方孝孺鲁迅先生在《为了忘却的记念》中为了纪念柔石，曾将他与同乡台州的宁海方孝孺相提并论，说他有点台州式的硬气，还有点迂。时至今日，方孝孺仍是人们感叹的话题。一个曾经辅佐帝王，被世人称为“杀此人则天下读书种子绝”的一代才士，却惨遭灭十族。究竟是什么原因，让朱棣如此震怒以至于非要灭他十族呢？
灭十族的方孝孺
鲁迅先生在《为了忘却的记念》中为了纪念柔石，曾将他与同乡台州的宁海方孝孺相提并论，说他有点台州式的硬气，还有点迂。时至今日，方孝孺仍是人们感叹的话题。一个曾经辅佐帝王，被世人称为“杀此人则天下读书种子绝”的一代才士，却惨遭灭十族。究竟是什么原因，让朱棣如此震怒以至于非要灭他十族呢？
灭十族
建文帝在位时，方孝孺已经是名闻天下的第一大儒，学识品德为四海称颂。他为文纵横豪放，能与东坡（苏轼）、龙川（陈亮）相比。据说每撰一文，海内争相传诵。
朱棣起兵时，他的谋士姚广孝曾对朱棣说：“臣有所托。”
朱棣问：“何为？”
姚广孝答道：“南有方孝孺者，素有学行，武成之日，必不降附，请勿杀之，杀之则天下读书种子绝矣。”
朱棣颔首答应。
朱棣占领南京后，方孝孺果然不肯归附。因姚广孝事先嘱托过，朱棣没有杀他，而是将他投入狱中。
对于方孝孺的文名，朱棣也很敬重。几天后，朱棣准备即位时，便想请方孝孺为他拟登基诏书，同时也希望利用方孝孺的名气为天下士人树立一个归顺的榜样，所以朱棣屡次派人到狱中向方孝孺招降。方孝孺坚决不从，朱棣又派方孝孺的学生廖镛、廖铭二人前去劝说，反遭到方孝孺的一顿痛斥。
无奈之下，朱棣只好派人强行押解方孝孺上殿，但是方孝孺穿着一身斩衰（古代丧服按生者和死者关系，分为五等，斩衰最重），一进来就大哭不已。朱棣即命锦衣卫强行撕去方孝孺的丧服，换上朝服。
朱棣强压怒火，亲自劝解方孝孺，破例为他设座，并起身劝慰道：“先生不要难过了！朕本来是要效法周公辅佐成王的。”
方孝孺立即反问道：“成王在哪里？”
朱棣说：“他自焚死了。”
方孝孺再问道：“为什么不立成王的儿子当皇帝？”
朱棣说：“国家要依赖年长的君主来治理。”
方孝孺进一步逼问道：“那为什么不立成王�