育方针，强调学生应德智体全面发展，后来被历代清华人引以为骄傲的清华体育正是始于此时。在周诒春长校期间，清华在各方面都得到了较稳定的发展，清华学校的规模和“一切美国化”的教育传统也都基本形成了。
但是，到了一九一八年时，亲日派成为北洋政府中的主要势力，外交部有人要争夺清华校长这个“肥缺”，所以周受到了排挤，被诬以“妄糜巨款，营私害公”的“罪名”。尽管当时清华师生都劝告周校长“止谤莫若自修，不予置辩”，但是周却认为“既遭时忌，愿让贤能”，毅然辞职。
其后，外交部令副校长赵国才代理了半年校长，接着又派外交部参事秘书张煜全来做清华校长。张煜全来清华做了一年的校长，病假就有半年多，极少与学生见面，所以当时在清华就读的闻一多先生就给张煜全画了一幅名为“垂床听政”的漫画来讽刺这位多病不理校务的校长。但是在五四运动期间，他却派巡警来干涉学生会成立大会，还把电灯关灭，从而引起了学生公愤。学生当即宣布罢课抗议，并派代表向外交部请愿要求撤换张煜全。但是，这一行为刚开始并没有奏效，外交部起初拒不接见清华的学生代表。后来，在美国教员的帮助下（当时校内的美国教员对张任用手下两个教员包揽校务不满），通过美国公使馆给外交部挂了一个电话，外交部才接见了学生并最终同意了撤换张的要求。至此，“驱张”斗争终于胜利结束。
一九二零年一月底，张煜全辞职后，外交部又派了一名官僚罗忠诒来做校长。于是，学生事前就派代表去“相面”，回来后报告说这个新校长有肺病，从言谈举止上看不足胜任。学生会就决定“拒罗”，动员全体学生每人写一封信给罗忠诒，劝他不必来校。罗忠诒就这样在几百封拒绝信的敦促下，未到校就“辞职”了。
经过“驱张拒罗”之后，外交部一时派不出合适的校长来，只好暂由校董事会主席严鹤龄来代理校长。六个月之后，外交部正式任命金邦正为清华校长。金上任后不久，又因协同董事会压制学生为支持北京高校教师索薪斗争而举行的“同情罢考”运动，引起学生的反对。到一九二一年秋开学时，全体学生相约拒不出席金邦正召开的开学典礼，金只能借故悄然离校赴美，学生会就趁此机会去信，“请其不必作卷土重来之梦想”，就这样迫使金邦正辞职。
经过这样“三赶校长”，外交部一时没法再派校长，只好令原清华教务主任王文显“兼代校务”，暂时维持。直到一九二二年四月，外交部才又派一位曾担任过伦敦总领事的外交部官员曹云祥来清华接替校长。
曹云祥在清华做了六年的校长（一九二二年四月～一九二七年底），是清华学校时期所有校长中任职最久的一个。应该说，在任职期间，他也为清华的发展做了努力如：大学部的正式成立，国学院的兴起，教授治校制度初具雏形等等。可是由于这时清华的情况已经发生了很大变化，清华早期的毕业生陆续回校任教者日渐增多。这些留美回来的学生们大多不满清华的落后状态，以改革清华，提高清华的学术地位，反对官僚政客控制学校，实行教授治校等主张相号召，形成了一个颇具声势的“少壮派”。而曹云祥尽管任用了清华第二批留美学生张彭春为教务长，并支持“少壮派”对清华的改革，却仍然是不学无术，官气十足，而且在行政部门大量安插自己的亲信。这样，在清华内部就形成了“少壮派”和校长曹云祥及其亲信的保守派势力相对抗的局面。
一九二六年六月，教务长张彭春因受到保守势力的攻击而辞职，从而引发了所谓“挽张去恶”的风潮。在少壮派教授们的支持下，学生们在校内游行请愿，高呼“打倒清华恶势力”，“改造清华”等口号，当面要求“与清华前途发展有妨碍者三人辞职”。被要求辞职的三人，便是曹云祥安排的亲信，时任清华机要部主任，斋务处主任和大学专门科筹备主任，当时被清华学生称之谓“清华三恶”。
这一风潮发生以后，校内就展开了改造清华的运动，留美归来的年轻教授们要求按照美国大学的机制来改造清华，反对少数行政寡头治校，曹云祥被迫接受了教授治校的原则。但是，随后不久，少壮派教师就利用教授会迫使曹云祥辞职。
曹云祥被赶走后，一九二八年初，外交部派严鹤龄再度代理清华校长。不及三个月，奉系军阀进入北京，派保定军警执法处处长温应星担任清华校长。又不到两个月，国民党势力伸入北京，北洋军阀倒台，清华学校的最后一任校长也就此去职。
北洋军阀覆灭后，由其控制的清华学校转而落入南京国民政府的手中。在国民政府掌管清华后，清华的名称发生了变更，由清华学校改名为清华大学；管辖权也发生了变更，由原来的外交部单独管辖变为外交部和大学院共同管辖。但是，校长更迭风波并没有就此结束。一九二八年六月十一日，南京国民政府大学院和外交部，会同致电原清华学校教务长梅贻琦，委派他“暂代校务”，听候接管。两个月后，即一九二八年八月十七日，南京国民政府在取得美国公使同意后，正式任命罗家伦为清华大学校长。
罗家伦是清华历史上一个很有争议的人物，在我们所能看到的出版物上对他的评价多是贬多褒少。但客观的说，罗家伦应属于一个对清华发展有很大贡献的校长。首先，到清华任职之前他就为清华大学的名称问题据理力争一番，正是在他的努力下，清华大学才被冠以“国立”二字。其次，经过他和清华同仁的努力，一九二九年五月，国民政府国务会议通过了提案，决定国立清华大学直归教育部单独管辖，这样就从制度上清除了阻碍清华大学发展的束缚和羁绊。再者，即使是他在清华实施备受批评的“四化”，即“廉洁化，学术化，平民化，纪律化”也不能被一概否定。其中，廉洁化，学术化和平民化都对当时清华的发展起到了促进作用。只有其中的纪律化政治味最浓，有明显为当政者直接服务之目的，而且采取的措施也不妥当，过于激进，招致清华师生的抵触。
此外，罗家伦还对清华的学术实施了一些有益的改革：提高教师的地位；提高中国课程的地位的改革；压低洋人的地位；开解女禁；重视师资队伍的建设，不遗余力地聘请了一批当时国内外著名学者教授到清华任教；重视学科建设，将有名无实的系如农学，体育，音乐一律取消，增设地理系和土木工程系，成立文，理，法三个学院；修筑了生物馆和气象台等等。
但是，由于罗家伦的政治背景过强，他在清华实施的改革也过于突出政治；再者他资历浅，学术上无地位，远不能和当时清华园中荟萃的一批学贯中西，通晓古今的大师相比，而且讲话常大言不惭，招来许多非议和反对。此外，他出任清华校长时才三十一岁，年轻气盛，干事情处理问题不知道妥协与让步，抱着所谓“宁为玉碎，不为瓦全”的心理从而开罪不少人。所以在当时大部分清华师生中他留下了比较恶劣的印象，所以才有了一九二九年四月，当罗氏由于清华基金使用问题与清华大学董事会发生矛盾而提出辞职时，学生会申明：“无论国府批准与否，本校无人表示挽留”，使他大扫面子。后来，在南京国民政府教育部的“慰留”下，罗氏又“悄悄地”回校复职。在复职后，罗氏虽然有所收敛，作出很多让步，但仍得不到清华师生的信任。他复职不到一年，适逢一九三零年五月，国民党发生内讧，冯玉祥，阎锡山对蒋介石开战，汪精卫，阎锡山在北平另组“国民政府”。蒋介石在北方失势，清华师生趁机掀起“驱罗”运动。五月二十日，学生代表大会提出了“请罗家伦自动辞职”的议案，历数其问题。罗氏政治上失去靠山，在校内又得不到拥戴，便于五月二十二日提出辞呈。
罗家伦离校后，阎锡山的势力伸入北平，阎氏任命原清华学生乔万选为清华大学校长。但是，由于清华人对乔万选是怎样一个人完全不了解，他本人也没有什么资格和名望，而且他又是由“阎总司令任命的”，所以他们反对乔万选的到任。后来，乔万选居然于六月二十五日带着三汽车武装卫兵，还带来了“秘书长”，“庶务主任”等一帮人，企图以武力接受清华。在学生会护校委员会的带领下，学生们把乔万选一干人拒于校门外，并且经过与乔万选单独谈判，据理力争，迫使乔氏当场签字，保证“永不任清华校长”。于是，乔万选在碰了一鼻子灰后，灰溜溜地被赶出校门。
在“驱罗”运动和“拒乔”事件后，由于当时国内一度出现南北两个“国民政府”对峙的局面，而清华远在北方，南京国民政府鞭长莫及，导致清华长达十一个月没有校长，一切校务皆由校务会议负责处理，例行公事则先后由理学院院长叶企孙和文学院院长冯友兰“判行”。
一九三一年，蒋介石利用奉系军阀驱散了汪精卫和阎锡山的北平“国民政府”，重新稳定了他对北方的统治。这时，蒋介石派他的亲信，国民党中央政治学校副教务主任吴南轩担任清华校长。
一九三一年四月二十日，吴南轩正式上任。吴南轩与罗家伦一样是一位政治色彩极浓的人物。而且一到校，就采取了个人专权的统治手段，其所作所为远比罗氏为甚。他任用带来的亲信或幕僚充任教务长，秘书长等职，并将会计，庶务，文书等各科主任全部更换。而且，他还极力反对业已形成并在清华行之有效的教授治校制度，拒不承认院长由教授会选举的惯例。而坚持校长个人全权聘任。当这一行为受到干涉时，竟抱着“院长宁缺，个人主张不能捐弃”的态度，拒不召开教务会议和评议会，并且私自修改《国立清华大学规程》取消了“院长由教授聘任的规定”。此外，他还采取种种手段拉拢学生，并试图挑拨师生关系。如此种种，很快引起了全校师生的公愤，吴氏到校未满两个月，就爆发了“驱吴”运动。五月二十八日，教授会通过决议并致电兼任教育部长的蒋介石，要求撤换吴南轩，“另简贤能”。第二天，学生会也召开全体学生大会，表示坚决支持教授会决议。吴南轩在全校师生的共同反对声中，于五月三十日携带国立清华大学印信和若干重要文件，逃到北平城内使馆区，并且居然在利通饭店挂起了“国立清华大学临时办公处”的牌子，进行“遥控办公”。
吴南轩被赶出校园后，一方面断绝了清华的经费来源，一方面歪曲事实真相，污蔑教授会“唆使学生”胁迫校长，给教授们扣上一顶“反动分子，违抗部令”的帽子，进行政治恫吓。并且还暗中伙同陈立夫等人策划用武力解散清华的阴谋。这样，愈发引起清华师生的愤慨，更加坚定了他们要求撤换吴南轩的决心。在学生会和教授会的共同努力下，吴南轩于六月二十五日离开北平南下。七月七日，南京教育部以吴南轩“暑病时侵，亟宜调养”为托词，批准其离校“调摄病体”。
吴南轩被赶后，造成了清华两年内“两驱校长，一拒校长”的局面，在国内外影响极大，国民政府再也不敢随便派人任清华校长，