黄巢起义爆发以后，州县欺瞒上级，朝廷不知实情。各地拥兵的节度使为求自保，坐视观望，所以起义军发展很快。后来，黄巢率部南下进攻浙东，开山路700里突入福建，攻克广州，而后又回师北上，克潭州，下江陵，直进中原。僖宗虽然对这一局势也很紧张，但并没有停止继续寻欢作乐，甚至在他为逃离长安做准备而任命剑南和山南道节度使时，竟然是用打马球赌输赢的办法决定人选。广明元年（880）十一月，黄巢起义军攻克洛阳，十二月，轻易拿下潼关逼近长安。僖宗君臣束手无策，相对哭泣，宰相卢携因畏惧自杀。田令孜率五百神策军匆忙带领僖宗和少数宗室亲王逃离京城，先逃往山南（汉中），又逃往四川。僖宗成为玄宗之后又一位避难逃往四川的皇帝。唐末诗人罗隐有《帝幸蜀》诗咏其事：“马嵬烟柳正依依，又见銮舆幸蜀归。泉下阿蛮应有语，这回休更冤杨妃。”（“阿蛮”是杨贵妃的小名。）号称“秦妇吟秀才”的唐末进士韦庄《立春日作》与此意境相同：“九重天子去蒙尘，御柳无情依旧春。今日不关妃妾事，始知辜负马嵬人。”
不久黄巢进长安，建国号大齐，年号金统。而僖宗在四川躲避了整整4年。
在这期间，僖宗得到了喘息，他利用川中的富庶和各地的进献，组织对黄巢的反扑。义武镇节度使王处存、河中节度使王重荣等积极组织对黄巢的打击，出身沙陀族的河东太原李克用也率兵入援以助朝廷，尤其是被僖宗委以京城四面行营都统的凤翔节度使郑畋，得到了“便宜从事”的权力，更是积极组织围攻长安的黄巢。后来宰相王铎又被任命为诸道行营都统来发动对黄巢的进攻，原来首鼠两端的藩镇，也开始为了自己的私利而主动对朝廷表达忠心。起义军由于自身存在弱点，加上军粮不足，内部发生了分歧和分化，一些将领接受了朝廷招安，形势发生了逆转。黄巢派驻同州重镇的防御使朱温在中和二年（882）九月投降，僖宗大喜过望，认为是“天赐我也”，赐名朱全忠。但僖宗没有想到，唐朝的江山社稷最终就是被这个朱全忠夺了去。
起义军在唐朝官军的反扑下，被迫退出长安，最后力尽兵败，黄巢在山东泰安的虎狼谷中自杀而亡。经过黄巢起义军的打击，唐朝数百年的基业已不复旧貌。此时，李昌符据凤翔，王重荣据蒲、陕，诸葛爽据河阳、洛阳，孟方立据邢、洺，李克用据太原、上党，朱全忠据汴、滑，秦宗权据许、蔡，时溥据徐、泗，朱瑄据郓、齐、曹、濮，王敬武据淄、青，高骈据淮南八州，秦彦据宣、歙，刘汉宏据浙东，他们都是各擅兵赋，迭相吞噬，朝廷不能制，成为实际上的地方割据势力。朝廷所能够控制的地区不过河西、山南、剑南、岭南西道数十州而已。
光启元年（885）正月僖宗自川中启程，三月重返长安。数年惊魂还没有来得及稳定，便又遭遇了新的动荡。事情是这样的：僖宗宠信的宦官田令孜因企图从河中节度使王重荣手中夺得池盐之利而与之交恶，田便联合邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符向王重荣开战。王重宗中和五年（885）三月
荣则求救于太原李克用，二人联手大败朱玫和李昌符，进逼长安。神策军溃散，田令孜无奈再次带领僖宗于光启元年十二月逃亡到凤翔（今陕西宝鸡）。黄巢占领长安时，宫城建筑保存完好，而这次诸道兵马进入长安，烧杀抢掠，宫室坊里被纵火烧焚者十有六七，“宫阙萧条，鞠为茂草”。此时，各地节度使对宦官田令孜的专权十分不满，不少人把打击的矛头对准了田令孜。朱玫本想劫持僖宗，因田令孜挟持僖宗从大散关逃到兴元（今汉中）而没有成功，就将因病没有跑掉的襄王煴挟持到长安立为傀儡皇帝，改元“建贞”。僖宗被尊为“太上元皇圣帝”，实际上就是太上皇。时在光启二年（886）十月（一说五月）。
这一政治变故导致了各节度使与朝廷关系的新变化。僖宗以正统为号召，把王重荣和李克用争取过来反攻朱玫，同时密诏朱玫的爱将王行瑜，令他率众还长安对付朱玫。光启二年十二月，王行瑜将朱玫及其党羽数百人斩杀，又纵兵大掠。这年的冬天，异常寒冷，城里九衢积雪，一直没有融化。王行瑜率兵入城当夜，寒冽尤剧，长安城遭受抢掠剽剥之后，僵冻而死的百姓横尸蔽地，惨不忍睹。一些官员奉襄王煴逃奔河中，王重荣假装迎奉，将襄王煴抓住杀死，并把他的首级函送行在，即僖宗所在的兴元。
长安襄王煴事变平息后，不少官员遭到杀戮，田令孜被贬斥，僖宗也打算重回京师了。光启三年（887）三月返京的队伍刚刚到达凤翔，节度使李昌符就以等待长安宫室修缮完工为名强行滞留。到了六月，天威军与李昌符发生火拼，李昌符进攻僖宗行宫，兵败出逃陇州，僖宗命扈驾都将李茂贞追击。七月，李昌符被斩。
经过这样几番折腾，僖宗的身体也垮了。光启四年（888）二月，病中的僖宗终于又一次回到长安，在拜谒太庙以后，举行大赦，靖陵神道石马
改元“文德”。三月三日，僖宗得“暴疾”，文德元年（888）三月六日，27岁的僖宗终于在颠沛流离之后离开了人世。幸运的是，他虽然是几度逃离京师，却是在长安宫中的武德殿驾崩的，而且在当年的十二月被葬在了靖陵（位于今陕西乾县）。
昭宗李晔昭宗是懿宗第七子，僖宗的同母弟弟。咸通八年（867）二月二十二日生于长安宫中。6岁封寿王，最初名李杰，文德元年（888）三月六日僖宗崩于武德殿，他被立为皇太弟监国，改名李敏。八日即位，又改名李晔。几次改名，昭示着他政治身份的变化。
昭宗即位这年22岁，按说也是成年天子了。不过，在僖宗弥留之际，朝廷群臣并没有看好他，而是看中了吉王李保，理由是吉王在诸王当中最有贤名，年龄又长于寿王。当时支持昭宗的只有掌握军权的宦官杨复恭等人。杨复恭之所以拥立寿王，仍然是宦官自行废立的惯用旧例。除此之外，可以看到的理由有：一是昭宗和僖宗是同母所生，关系最为密切；再是他在僖宗多年避难逃亡过程中都随侍左右，而且还能够表现一些军事才能，与杨复恭关系相处也算和谐，比较能为杨复恭等人接受。就这样，昭宗在宦官的拥立下成为唐朝最后一个以皇太弟身份即位的皇帝。
昭宗听政以后，颇有重整河山、号令天下、恢复祖宗基业的雄心壮志。他认真读书，注重儒术，尊礼大臣，企图寻找治国平天下的道术。此刻的昭宗意气风发，神气雄俊，给人留下了很好的印象，赞誉他“有会昌之遗风”。昭宗要重振朝纲，压制强藩，刚即位就招募十万大军，试图实现以强兵威服天下的目标。然而，事情似乎并不像他设想的那样简单。多年来，各地强藩势力已成尾大不掉之势，与朝廷百官、内廷宦官的关系盘根错节，往往牵一发而动全身。年轻气盛的昭宗想要毕全功于一役，不仅难以成功，而且还引发了更大的政治危机。
大顺元年（890），昭宗在准备尚欠充分的情况下，迫不及待地下诏削夺太原李克用的官爵和赐予他的皇室宗族的身份。结果，各地藩镇为求自保，对此消极观望，昭宗派往河东（今山西）地区的官军几乎全军覆没。杨复恭乘机将支持昭宗的宰相罢免，并联合山南西道节度使要挟朝廷，这给待机而动的凤翔节度使李茂贞提供了口实，他以讨逆为名联合关中其他几个藩镇打败了杨复恭。李茂贞公然指责昭宗“只看强弱，不计是非”，难以忍受李茂贞骄横的昭宗，就想仿效宪宗削藩而对他用兵。宰相杜让能认为李茂贞就在京师附近，万一有个闪失后果难以收拾，劝他谨慎从事，但昭宗不听，结果三万禁军还没有进入凤翔就被打败。李茂贞随即兵逼朝廷，昭宗无可奈何，只好杀死了亲信宦官和宰相杜让能推卸责任，李茂贞才算罢休。从此，李茂贞占据关中十五州，成为京畿地区最强大的藩镇，他以朝廷元勋自居，干预朝政，遂有“问鼎之志”。
乾宁三年（896）九月，占据汴州（开封）的黄巢降将朱全忠、河南尹（治洛阳）张全义与关东诸侯纷纷上表，说关中地区有灾，请车驾迁都洛阳，并说已经着手缮治洛阳宫室。这个时候，昭宗为了保障皇室安全，一度想任用宗室典掌军队，因阻力重重没有实现，却给宗室诸王带来了灭顶之灾。乾宁四年（897），华州节度使韩建要挟来华州行宫的昭宗将宗室睦王、济王、韶王、通王、彭王、韩王、仪王、陈王等八人囚禁，他们所统领的殿后侍卫亲军两万余人也被迫解散，昭宗还不得不在韩建的要求下，将德王裕册为皇太子——这一决定为日后的政变埋下了隐患，并进封韩建为昌黎郡王，赐“资忠靖国功臣”。这年八月，韩建又因私怨，借口诸王典兵导致“舆驾不安”，勾结知枢密刘季述假传皇帝命令发兵围十六宅，白玉带将通王、覃王已下十一王及其侍卫，无论老少统统杀死，而韩建仅以诸王“谋逆”告诉昭宗了事。当韩建发兵围住诸王的住所以后，宗室诸王惊惧万分，披发逃命，沿着城垣大呼：“官家（宫中对皇帝的称呼）救儿命。”有的还登屋上树，以图侥幸。景况之惨痛，使人叹息。即使这样，昭宗仍以韩建为守太傅、中书令、兴德尹，封颍川郡王，赐铁券，并赏赐他御笔书写的“忠贞”二字。
光化元年（898）十一月，又发生了昭宗遭宦官废黜、皇太子裕监国的宫廷政变。
原来，昭宗经过这番折腾，往日的锐气消失殆尽，终日饮酒麻痹自己，脾气也变得喜怒无常，这引起了宦官的恐惧。十一月的一天，昭宗在禁苑中打猎，大醉而归。当天夜间，手杀宦官、侍女数人。左右神策军中尉刘季述、王仲先借机要挟宰相召百官署状同意“废昏立明”，随即带兵突入宫中。刚刚酒醒的昭宗突然见到门外的兵士，惊坠床下，还挣扎起来想逃跑，被刘季述、王仲先左右挟持着摁在座位上。鸟衔花玉佩
昭宗皇后何氏马上出来周旋：“军容长官本是护卫官家的，你们不要吓着他，有事请各位做主就是了。”刘季述立即拿出百官签署的文状说：“陛下厌倦了这个宝位，大家的意思是要太子监国，请陛下颐养于东宫。”昭宗还辩解：“我昨日与卿等欢饮，不觉过了点，何至于此呢！”皇后马上阻止说：“圣人就依他们的意思吧！”说完，就在昭宗面前取出传国宝玺交付刘季述，然后就和皇帝共乘一辇，带着平日的侍从十余人赴东宫。昭宗一入宫中即被囚禁，刘季述亲自给院门上锁，每日于窗中给他送饭食。这一天，宦官又迎皇太子监国，假传昭宗之命自称太上皇，并令皇太子登皇帝位。
后来，宰相崔胤联合禁军将领孙德昭发兵打败了刘季述，天复元年（901）正月昭宗“反正”，接受了群臣的朝贺。刘季述为乱棒击死，弃尸于市。皇太子裕降为德王，改名祐。昭宗被幽禁时，崔胤曾告难于正在定州（今河北正定）行营的汴梁（今河南开封）朱全忠，请他发兵问罪。此时，崔胤又派人到朱全忠军中请他以兵迎驾。这正中朱全忠下怀，他立即前往长安，崔胤率文武百僚