希特勒所领导的除了武装部队最高统帅部外，还有陆，海、空三军。每一个军种有自己的总司令部。一九三五年，当希特勒恢复普遍义务兵役制，开始迅速扩军的时候，发生了两起组织机构上的重大变化。从那年三月一日起，希特勒公开建立了空军，作为德国军队的第三个军种。六月一日，陆、海、空三军各自的最高指挥部有了统一的名称：陆军总司令部；海军总司令部；空军总司令部。每一个总司令部有自己的总司令。空军总司令赫尔曼·戈林兼任航空部长和其他重要职务。
以前，这几位总司令向战争部长汇报工作。一九三八年，希特勒亲自执掌三军指挥大权，从那时以后，他们就直接向希特勒汇报。在大战期间，这种指挥关系发生了重大变化。一九四一年十二月十九日，希特勒在俄国发动的闪电战的失败已成定局之后几天，撤掉了陆军元帅瓦尔特·冯·布劳希奇的陆军总司令职务，由他亲自担任作战指挥。不过他没有正式担任陆军总司令的职务。这是希特勒征服陆军的第三个也是最后一个步骤。从此以后，他掌握了绝对的直接指挥权，向前线的司令官们下达作战命令。
陆军总司令的直接下级是野战部队的司令官和总司令部各部门的长官。在和平时期，后者包括陆军军械部、陆军行政部、陆军组织部的负责人，各军兵种监察官，以及在这些地位平等的军事领导人中间名列前茅的那位陆军参谋总长。
在进行战争动员的时候，陆军参谋总长下到野战部队之中去，总司令部任命一位负责陆军装备和兵员补充的指挥官，替他承担为战时陆军征召、训练和装备部队的繁重任务。除了组织部以外，总司令部里其他所有部门都由这位指挥官领导。像陆军参谋总长一样，他的唯一上司是陆军总司令，在后来就是希特勒了。
陆军参谋总部后来移到野战指挥部里。野战指挥部的代号叫“策佩林”。它设在柏林南面二十英里远的措森。这是两个半圆形的Ａ字屋顶的钢筋水泥建筑物。它从这里指挥着作战部队。
尽管换了名称，这个机构仍然是和毛奇和施利芬的参谋总部一脉相承的。第一次世界大战时的陆军参谋总部在一九一九年二月一日被遣散。凡尔赛条约规定它“应当解散，不能以任何形式重新建立”。一九一九年十月一日，也就是在陆军解散它之后的第二天，它被改组为军队部。陆军总司令说； “形式改变了，精神仍然不变。”在整个二十年代规避凡尔赛条约的过程中，军队部保持了凡尔赛条约规定不能保持的参谋总部的传统。军队部三处负责情报工作。一九三五年七月一日，军队部卸下了伪装，重新以陆军参谋总部的名称出现。这个名称在第二次世界大战中一直保持着。陆军部三处变成了陆军参谋总部三处，即外国军队处。
一九三九年的陆军参谋总长是弗朗茨·哈尔德。他是炮兵出身、矮矮的个子、留着平头，戴着夹鼻眼镜，喜欢思考问题，讲话的声音小。他是巴伐利亚人，曾经在普鲁士参谋部内当过军官。虽然他不得不纸上谈兵，缺乏象德国人所说的“振臂一呼，三军雷动”的英雄气概，但他工作得非常得心应手，颇有战略头脑，受到下级的崇敬。在形势会议上，他体现了参谋人员知识渊博，判断准确和雷厉风行的优良传统，但是希特勒咄咄逼人的性格显然使他无法和他志同道合，并且使他有些忿忿不满。他恨希特勒，但愿意为德国效力，他内心的这种矛盾和冲突，往往使他无法工作。他同希特勒的争论越来越频繁了，但哈尔德始终没有勇气提出辞职。他等待着，一九四二年九月二十四日，希特勒终于因为他在达豪战役中反击作战迟缓，解除了他的职务。
接替他的是库特·蔡茨勒。他比哈尔德活跃得多，在开始时对希特勒也比哈尔德顺从得多。在对法作战和对俄作战期间，他在解决复杂的后勤问题上，表现了超群的智慧和过人的精力。他性格直率，不太敏感，讲话粗声粗气，执行命令雷厉风行。他在担任西线总司令的参谋长的时候，就象希特勒所说的那样， “好象一只大黄蜂嗡嗡地飞来飞去。”元首认为，一九四二年夏天加拿大军队在迪埃普的试验登陆是企图入侵欧洲，他认为盟军那次登陆企图被挫败，主要是蔡茨勒的功劳。因此，他在解除了哈尔德的职务以后，将蔡茨勒连升数级，让他担任陆军参谋总长。他的无以复加的感激，他比哈尔德略逊一筹的威望，以及他对俄国前线的缺乏了解，都使他在一开始时不宜过份同希特勒作对。但是到后来，他越来越对希特勒的军事计划提出异议，有时甚至发火。希特勒对他日益冷淡，到一九四四年七月，就撤掉了他的职务。
下一个便是大名鼎鼎的坦克将军海因茨·古德里安。一九四一年，希特勒剥夺了他的指挥权；现在又把他召了回来。在一些人看来，这项任命是这位德国装甲部队创始人兵旅生涯的顶峰，但它却使另外一些人感到震惊，他们认为古德里安只有一技之长，在战场上冲锋陷阵还行，但要担任参谋总长，却缺乏必要的素质。他性情急躁，作风粗暴，甚至在情况介绍会上讲话的时候也是盛气凌人。虽然他同蔡茨勒一样，要求参谋人员坚信国家社会主义，但他并不怕同希特勒争论，有一次，他甚至当着许多人的面对希特勒暴跳如雷。
但是所有这一切都无济于事。希特勒早就把具体的作战指挥权攥在自己手里。在纳粹寿终正寝之前的一个月，古德里安嘟嘟嚷嚷要求和平的时候，希特勒撤了他的职，让汉斯·克雷布斯取而代之。
这些就是在第二次世界大战期间领导德国陆军参谋总部的人物。他们是陆军参谋总部的十二个部门——作战部门、组织部门、制图和地形测绘部门以及其他一些部门——的领导人的直接上级，也是在战争动员时隶属这些部门的机构——例如交通、通讯和气象预报部门——的负责人的直接上级。
有两个部门分析估价情报。它们是三处（西线外军处）
和十二处（东线外军处）。十二处的最成功最著名的领导人是赖因哈德·格伦将军。 （十二处这个奇怪的数字的由来，是由于原来只有三处从事情报工作，称为外国军队处。随着德国和外国重整军备的工作迅速取得进展，三处的任务越来越繁重。因而在一九三八年十一月十日另外设立了一个处。这个处就叫十二处，原来的三处依然不变。 ）这两个处是按照“衬衣扎在裤子里的人属于西方，衬衣放在裤子外面的人属于东方，”这个原则来分管世界的。向它们提供关于外国军队的情报的有各种各样的渠道——间谍、密码破译，战俘审讯、前线观察等等。它们分析这些情报的真伪，衡量它们的重要性，然后从中得出关于外国，尤其是敌对国家的军队的编制、实力和意图的总的估价。它们是两个非常重要的高级机构。有一次，一位上级在概括它们的任务时说： “我想从你们这里了解的是：敌人正在干什么？”
在这两个处成立的当天，任命了第四副参谋总长，担任它们的上级。他的目的是统一情报分析估价工作，通过分析来比较全面地掌握情况。这种打算没有成功，原因是多方面的。部分是由于行政、政治和人事方面的原因，另一部分是由于武装部队最高统帅部和陆军总司令部各自负责不同的战区，这使得第四副参谋总长的一半工作对参谋总长来说毫无意思，因为参谋总长只管对俄国的作战。蔡茨勒在一九四二年十一月九日取消了第四副参谋总长这一职务。从此以后，这两个处就直接归他领导。
隶属参谋总长领导的其他一些机构也搜集和估价情报。
通信兵设有无线电情报总部。驻外武官收集情报，通过外交部将这些情报送到参谋总部。
野战部队同样收集和估价情报。有些人员和机构专门从事这方面的工作，例如巡逻兵、侦察分队、炮兵观察员、战俘审讯员，缴获文件的翻译工作人员，以及通信情报单位。
另外一些人是在作战过程中附带地进行情报活动的。他们抓俘虏，从死人身上搜查文件，报告他们所看到的情况。所有这些情报都提供给战地指挥部的情报官。
最初，这样的参谋部只在师一级才正式设立，后来扩大到军，军团和集团军。虽然它们的规模有大有小，它们的组织方式实际上是一样的。在集团军、军团和军这几个级别上，参谋长指挥着参谋部的工作，起着司令或军长的代理人的作用。参谋长的主要助手是第一参谋，主管部队的作战。
师参谋部不设参谋长，第一参谋代行参谋长的职务。参谋部的情报军官是第三参谋。 （参谋部其他军官包括：训练参谋，军法参谋、兽医参谋、通信参谋、炮兵参谋，以及纳粹党训导主任。德国本土上的参谋部设有军需参谋，但在前线，一位专职军需军官负责处理这种事务。）参谋长、第一参谋和第三参谋（师以及有时候军这两级除外）通常是参谋部的成员。
空军和海军不象陆军那样需要大量的情报，因为它们同敌人的接触既不广泛，也不频繁。因此它们的情报机构比较小，正如它们本身机构比较小一样。
空军本来是从陆军中派生出来的，因而它的情报机构非常象陆军的情报机构。空军的分析估价情报的主要机构是外国空军处，也就是空军参谋总部第五处。在战争期间，空军作战部应运而生，成为空军参谋总部的主要机构，第五处于是被普遍称为作战部的情报处。另一方面，它按照地理位置划分为两个分支机构，一个负责东线外国空军情报，另一个负责西线外国空军情报。条令规定第五处的任务是分析估价涉及到空战的外国情报。其中包括收集有关轰炸目标的材料。图片中心处理和研究具有战略意义的航空照片。空军特别战俘审讯中心是第五处的一个战地单位。
空军总司令部还包括另外一些收集和分析情报的机构。
通讯情报总部由空军通讯处领导。为了满足空军总司令部关于战略航空摄影的要求，成立了特别远程侦察机中队。驻外空军武官也提供情报。
同陆军一样，空军也设立了战地情报机构。大约每七架飞机中有一架是侦察机。远程侦察机中队主要使用照相机进行侦察，近程侦察机中队则主要用目力观察。战地司令部的摄影小组冲洗自己拍摄的照片，并对照片加以说明。陆军部队的联络官向侦察机中队传达地面部队对航空侦察的要求，然后回去报告侦察结果。在空军总司令部里，一位将官（在战争期间他的官衔发生了变化）监督着空中侦察机构。
战地无线电侦察单位收听敌方空军单位的电讯情报。跟随空军作战部队的空军参谋部门多半是按照陆军的形式组织起来的，其中包括分析研究情报的情报参谋。摄影单位和监督无线电侦察的通信单位的负责人都在这些参谋部门工作。
海军情报机构集中在柏林海军总司令部。战争开始之后几个月，海军总司令部在一次改组中成立了海军作战指挥部。它有三个下属机构收集和分析情报：——海军作战指挥部一处，即作战处。它在作出指挥决定的过程中对敌人的情况进行判断。