二十九日，海军方面再次通知陆军：一、要在不辞进行作战之决心下做好战备；二、决心于十月中旬开战。
次日，三十日下午，陆海军召开部局长会议，终于就国策施行要点草案取得了一致意见。这样，陆海军有夫人员之间历时十几天的争议总算结束了。
九月一日，海军下令全面实行战时编制。
一九四○年八月以来，局势日趋紧张，直至九月一日为止，舰艇部队已把占战时年度总计划百分之九十以上的舰艇编入了联合舰队，使其保持应变态势。通过去年十一月出师准备第一步战斗行动，征用和改装了二十三万吨位的船只，后来又通过今年七月至九月第二步战斗行动，征用和改装了七十八万吨位的船只。因此，外线作战部队使用的特种舰艇（主要任务是防卫和补给）的配备工作，虽只完成战时计划的百分之三十左右，但是顶计在十月上旬前便可大致完成。
正当日美两国间的紧张关系因日本军队迸驻法属印度支那南部而突然加剧时，特种潜艇的水兵却正在“千代田号”艇长原田觉大佐的指挥下，以加藤良之助中佐为教官，一直在伊予滩和丰后水道一带不停地进行紧张的训练。他们天天开会研究，研究驾驶方法，评论战术，并经常讨论时局问题。当时还没有考虑这种特种潜艇究竟是用于局部进攻，还是用于防御。
但是，就在潜逛官兵们不停地连日开会研究和进行讨论时，他们都在思考这样一个问题：在爆发日美战争的情况下，如果不能在海洋上决战，那么我方泌在什么地方大显身手呢？
于是，潜艇官兵们便认真研究用特种潜艇袭击放军港的问题——当然他们对计划在开战之初进攻珍珠港一事是完全不知道的。老一一辈的潜艇官员岩佐直治大尉与加藤教官商量：万一泼生情况，就用普通浴艇运载特种潜挺悄悄地潜入敌舰队停泊的港口，对敌舰发起攻击。岩佐后来拟订了一份实施方案报告给原田舰长。
潜艇官兵出身的原田舰长对这一方案又加以具体化，并且研究了运载方法和攻击方法。
九月初，原田舰长带着岩佐大尉一起前往联合舰队旗舰，恳请山本司令长官采用特种潜艇进攻珍珠港的计划。山本司令长官对岩佐大尉等人拟订的这一誓死效劳的计划，虽然深为感动，但他不能采用一个在发动进攻后便没有希望接回潜艇官兵的计划，因此就将该计划退还给了他们。
三日，从上午十一时至下午六时召开联络会议，对帝国国策施行草案进行了讨论。
首先，永野军令部总长对提出这一草案的理由作了说明，其要点是：
“日本各方面的物资都在减少，与此相反，敌方却在渐渐强大起来。随着时间的推移，日本将越来越屠弱，以致无法支撑下去。外交谈判虽然一再忍耐，但必须在适当的时候有个指望。倘若到了外交谈判毫无指望或战争不可避免的地步，那就要赶快下决心。我确信现时还有取胜的良机，令人担心的是，良机会随着时间的消逝而丧失。对战争，海军有两种看法：一是长期的：一是短暂的。我想战争恐怕会发展成持久性。
敌方希望速战速决，倘若这样，估计在我国近海进行决战，会有相当的把握战胜敌人。但不能认为战争就此结束，它可能发展为持久战，即使这样，我们利用胜利的成果来对付持久战也是有利的。相反，如果不经过决战就进入持久战，那是痛苦的。特别是由于物资缺乏，倘使不去获取物资就无法进行持久战。我们要用获取物资和占领战略要地的办法来使自己立于不败之地，这一点是颇为重要的。对敌人，我们没有什么克敌制胜的好办法，但尽管如此，我们要采取的办法恐怕还是有的。
“总而言之，我国军队要始终不陷入困境，而且只能由我方来确定开战日期，要先发制人。除了用这种办法勇往直前外，没有别的窍门了。”
接着，杉山参谋总长作了补充说明。他说：
“以十月下旬为期限，完成战争准备，这是因为即使现在就下决心，动员、征用船只、集中和运送兵力等也需要这么多时间。
“关于第三点（通过上项规定之外交谈判，至十月上旬左右倘若仍然没有希望实现我方要求时，立即下决心对美（英、荷）开战），要在十月上旬达到外交上的目的，否则，我们就要一往直前。被人牵着鼻子走，那是不行的。其原因是，二月份以前就不能在北方进行大规模作战。为了北方，就有必要赶快进行南方作战。须知，就是现在马上动手，也要到明年开春时才能见分晓。要是迟了的话，就无法照顾到北方了，所以说，必须尽快动手。”
及川海相要求把第三点中“立即下决心对美（英、荷）开战”这句话修改为“为了确保自存自卫而实施最后方案”。但及川的意见却遭到陆军方面的反对。后来，根据海军军务局局长冈的提议，把“未能实现我方要求时”这句话修改为“倘若仍然没有希望实现我方要求时”，这才通过了帝国国策施行草案。
就这样，三日下午五时（华盛顿时间），左右后来日本命运的重要国策决定下来了。那天，野村在赫尔也在座的情况下同罗斯福举行了会谈。
罗斯福宣读了对八月二十八日《近卫信件》的复信和美国政府的备忘录。复信的要点是：＇美国＇“理解近卫首相对维护太平洋和平的希望，并准备尽可能为举行首脑会谈作出努力。但日本国内却有人想阻挠这一会谈取得成功，因此，为了使会谈取得成功，有必要先就一些重要问题进行预备性讨论。”
关于这种预备性讨论，美国政府的备忘录仍坚持其过去的主张，即：一、尊重各国领土和主权完整；二、不干涉他国内政；三、机会均等，四、不扰乱太平洋地区现状，除非现状可用和平方法改变之。照会重申了上述四项原则，并说如能就这四项原则达成协议，就举行首脑会谈。
这是把事先举行预备性会谈当作首脑会谈的必要条件。不用说，这次预备会谈是赫尔和野村两人之间的谈判。何况美国方面早在四月十六日的赫尔和野村会谈时就已经把这四项原则提了出来。后来它又一直是两国间激烈交涉的一项内容。正因为这种谈判毫无结果，近卫才提议举行首脑会谈。所以说，罗斯福的这封复信实际上等于拒绝举行首脑会谈，这是罗斯福根据赫尔提出的“小心谨慎，切莫上当”的建议才这样做的。赫尔在他的回忆录中写道：
“我们越是对首脑会谈的前景及其危险性进行研究，我（赫尔）就越发确信：在做好两国首脑签署协定的准备工作之前不应该举行会谈。
“我十分同意这样一种说法：事先没有一个协定就同近卫举行会谈，它只能是另一个慕尼黑会谈①，或者就以毫无结果而告终。我反对第一个慕尼黑，更反对第二个慕尼黑。”
其实，美国方面十分清楚地知道：日本建议举行首脑会谈的着眼点就是这种无需事先讨论的政治解决。因此，罗斯福所答复的用意是：一边实际上拒绝举行首脑会谈，一边又让日本方面仍然抱有希望；通过这种办法迫使一经正式提出就不肯轻易后退的日本，为拟订预备性协定提出种种具体方案。就日本提出的方案继续讨价还价，这对美国来说是重要的，可以争取时间。。
① 指1938 年9 月英国首相张伯伦同希特勒之间所举行的屈辱性会谈。 —— 原注
八、战备工作稳步进行参谋总长受到天皇斥责
美英等国通过“魔术情报”清楚地了解日本派遣军队“和平进驻”法属印度支那南部的意图后，便以冻结日本资产，对日本全面禁运石油作为报复手段。参谋本部等部门原来都曾毫不含糊地表明这样的看法：“只要限于进驻法属印度支那，确信不会招致禁运”。它们这种一厢情愿的想法如今已完全落空了。
美国之所以这样做，是因为当时我国的经济在很大程度上述得依赖于英美经济的势力范围。实际上，我国百分之四十的出口和三分之二的进口都仰赖于英美经济的势力范围。特别是石油，由于其自给率还不到百分之十，几乎所需要的四百二十万吨石油全得从美国进口，这就暴露了日本经济依赖于英美的最大弱点。
然而，这是国家大事，决不容许袖手旁观。当时形成一种“此际只有动武”的想法，并有所抬头，以致对关必战的论调高涨起来。于是通过军部铺设了这样一条轨道：迸驻法属印度支那南部一对日全面禁运一对美作战。九月三日在大本营和政府联络会议上拟就了一份《帝国国策施行要点》的草案。
九月五日下午，近卫首相向天皇上奏了这次联络会议所拟的草案。天皇看了一下《要点》的草案后，以一种颇难理解的、略带不安的神情问道：“计划事项的顺序有点奇怪，为什么把准备战争放在首位，而把外文谈判放在第二位？”近卫不自然地解释说：“这一草案，在顺序上同把外交谈判放在计划之首位一样，已把外交谈判的最大重要性写了进去。”另外，由于天皇流露出对作战问题的怀疑，参谋总长和军令部总长立即进宫晋谒天皇，当时近卫首相也在座。天皇向两位总长提出了同样的质问，两位总长也作了内容大体相同的回答。
天皇以不满情绪问杉山参谋总长：“万一日美之间发生争端，陆军能在多长时间内确有把握地解决问题？”
杉山鲁莽地回答说：“仅就南洋方面而言，打算三个月解决问题。”
天皇听罢回答，突然以不愉快的脸色质问道：“日华事变爆发时，你杉山是陆军大臣，我记得当时你曾说过‘事变大约有一个月时间即可解决’，可是现在已经四年多了，事变不是还没有解决吗？”
杉山吃惊地申辩说：“因为中国内地幅员辽阔，无法按预定计划进行作战。”
天皇一听，就提高声调——恐怕天皇陛下从未用过这样严厉的语调——斥责杉山说：“如果说中国内地幅员辽阔，那么太平洋不是更加辽阔吗？怎么能说确信三个月解决问题呢？”杉山只是低着头，无言对答，军令部总长永野一看苗头不对，便从旁帮着解释说：“统帅部是从总的形势上来讲的。今天，如果把日美关系比喻为病人的话，那么已经到了动手术还是不动手术的关键时刻。要是不动手术，任其发展，恐怕就会逐渐衰弱下去：要是动手术，虽有很大危险，但决不是没有希望解救。可以设想，此刻已处于要不要下决心动手术的阶段。作为统帅部来说，则始终希望外交谈判取得成功，但也认识到：倘若谈判不成功，那就必须果断地动手术。从这个意义上说，统帅部是赞成这个草案的。”
当场的紧张气氛虽然有所缓和，但天皇还是没有忘记再次叮问：
“这么说，今天统帅部所作的解释，其要旨就是把重点放在外交上，是这样吗？”
“是这样的。”
两位总长的颈脖子上已冒出了汗珠，他们回答了天皇的质问后，如释重负地退回到休息室。
如释重负的不只是两位总长。在参谋本部战争指导班的《种村日记》中就这样写道：
“今天首相向天皇秘密上奏了提交御前会议讨论的草案，不料夭皇间起有关统帅方面的问题，因此，根据首相