来，李章达在共产党人杨匏安的影响下，也对陈果夫的专制教育不满，转而同情学生。当第二次学生风潮再起时，无论陈果夫怎么求助，李章达根本不理睬了。
陈果夫无奈，只好无限制地开除学生，“经过两次风潮以后，开除的学生竟达半数”。越是开除学生，越是激起学生的不满，他们再也不愿花精力去读蒋介石的讲话、国民党章程之类的东西，陈果夫没有任何办法，只好大大缩短了学习时间，草草结束了这期训练班，然后将这几十号人派往甘肃、福建、北京、南京等地工作。
这些学生到各地后，依然有很多人同情共产党，积极参加大革命运动，为国民革命作出了贡献。当然，也有一些人在陈果夫反共教育的熏陶下，成为顽固的反共分子，后来，在蒋介石背叛革命、反共清党的逆流中，成为国民党右派骨干。
这期学生毕业后，陈果夫的党政训练所也就无法继续开办下去了，只好在长吁短叹中黯然收场。
第二部分迁都之争（1）
1925至1926年上半年，国民革命的力量得到迅速发展，广大工农群众和爱国人民，迫切要求国民革命军出师北伐，以结束北洋军阀的黑暗统治。陈果夫、陈立夫也主张北伐，而且革命言词激烈，实际上他们抱有通过北伐，进一步扩大以蒋介石为首的国民党新右派权势的野心。1926年7月4日，国民党中央执行委员会发表《为国民革命军出师宣言》，揭示了北伐的目的、性质和意义，宣布“帝国主义者及卖国军阀实为和平统一之障碍，为革命势力之仇敌”，因此，北伐就是要打倒帝国主义及卖国军阀。7月9日，国民革命军在广州举行誓师大会，北伐战争正式开始。
北伐战争开始后，在广大人民的支持下，不到半年，国民革命军就消灭了数倍于己的吴佩孚、孙传芳的北洋军队，革命势力席卷大半个中国，震撼了帝国主义及封建军阀在中国的统治，使全国形势由原来的北洋军阀一统天下、革命势力偏居一隅的局面，转为国民党领导的南方势力与奉系军阀北方统治南北对峙的态势，军阀势力已是江河日下。
在大好的革命形势下，帝国主义加强了对中国革命的干涉，他们开始在革命势力内部寻找代理人，这就使革命统一战线发生分化，其内部的斗争也日趋激烈。矛盾首先在迁都问题上爆发出来。
当北伐军攻克武昌、南昌，占领长江流域的广大地区后，国民政府和国民党中央从广州迁往武汉就成为形势发展的必然，此时，蒋介石也力主迁都武汉。基于这种情况，1926年11月26日，国民党中央召开政治会议，决定迁都武汉。但后来，蒋介石看到两湖地区工农运动日益高涨，革命出现生机勃勃的局面，便考虑在国民党左派和共产党人共同掌握武汉革命政权的情况下，他的各种反革命阴谋是难以实现的。因此，蒋介石便一反前言，提出迁都南昌，反对迁都武汉的主张。
这时，陈果夫刚从上海秘密来到南昌，与其弟陈立夫一起，不离蒋介石的左右，他们与张群、张静江等右派抱成一团，积极为蒋介石反共出谋划策。他们极力赞成蒋介石迁都南昌的主张，并为其大造舆论。
为了帮助蒋介石扩充势力，二陈以各种办法，将一些拥护蒋介石的人拉进国民党内。如1927年2月，陈果夫介绍陈布雷加入国民党，陈布雷即为蒋介石起草了《告黄埔同学书》，为蒋的派系斗争服务。随后，陈果夫又介绍潘公展加入国民党，并将潘与陈布雷派往上海，为迁都南昌、反对共产党制造舆论。当时，共产党员蒋先云也在陈立夫手下的秘书处工作，蒋先云是黄埔一期学生，是一个十分优秀的人才，由于是共产党员，陈立夫总是千方百计排挤他。蒋先云也不肯让步，每天晚上，二人同睡一室，总是就三民主义、共产主义谁优谁劣进行争论。后来，陈立夫竟直接向蒋介石汇报，诬蒋先云偷窃文件，引起蒋介石注意。不久，蒋介石免掉蒋先云机要秘书的职务。
二陈兄弟还分析了全国的革命形势及南昌在全国政治经济中的地位，并为蒋介石描绘了一幅发动反革命政变、一统天下的“美好”前景。他们认为，南昌虽然地理位置较为中心，但经济并不发达，政治上也难以号召国人，将来发动政变应在经济发达的上海，而南昌只能是目前反对迁都武汉的一个筹码，迁都南昌也只是权宜之计。二陈描绘的蓝图果然吸引了蒋介石，他要二陈将注意力放在上海，为将来在上海发动政变作准备。有了蒋介石的旨意，二陈便加紧在上海进行政变的准备。他们代蒋密电上海，要陈布雷、潘公展、虞洽卿一起秘密到南昌见蒋，会商北伐军占领上海后的有关党政军和涉外事宜的部署，计议策划反共清党。
有了这些秘密的准备，蒋介石在迁都问题上的态度更加强硬，在陈果夫、陈立夫的帮助下，蒋介石违背中央决议，以阴谋手段截留了途经南昌准备去武汉的第二批国民党中央委员和国民政府委员，其中包括代理国民政府主席谭延、代理国民党中常会主席张静江等，并于1927年1月3日在南昌召开所谓政治会议第六次临时会议，非法决定“中央党部与国民政府暂驻南昌”。蒋介石的目的就是要凭借军事力量，把国民党中央和国民政府掌握在自己手中，造成在南昌发号施令，压制武汉的局面，进而发动政变，夺取革命的最高权力。
蒋介石的无理决定，受到了武汉国民党左派和共产党人的坚决抵制，他们一致要求“中央党部及国民政府，照既定策略来鄂”。同时，为了缓和南昌与武汉的矛盾，武汉方面于1月26日决定派何香凝、顾孟余、邓演达三人去南昌，敦促在赣的中央委员来汉。何香凝等到南昌后，分别找各位中央委员做工作，要求他们为了北伐的最后胜利，能顾全大局，迅速去汉。在形势的压力下，滞留在南昌的委员们也表示拥护中央的决定，迁都武汉，并表示克日赴汉。 代理国民政府主席谭延首先表示愿意尽快赴汉，他还主动做陈果夫的工作，他知道陈果夫与蒋介石的特殊关系，如果陈果夫的思想通了，对蒋介石的态度会发生重大影响。谭延认为，在武汉，共产党人和鲍罗廷并不能起很大的作用，是“蒋先生看得太严重了”，武汉还是国民党的天下，他希望陈果夫与他一起去武汉。
第二部分迁都之争（2）
此时，陈果夫为专门对付共产党，为蒋介石在上海发动反革命政变做准备，已于2月10日辞去国民党中央代理组织部长一职，改任国民党中央政治设计局筹备委员、政治会议上海分会委员。为完成反共大业，他时刻注视着武汉方面的情况，也很想到武汉去走走，观望一下武汉的形势，但他不敢自作主张，即向蒋介石请示，并提出了去武汉的理由。他认为要与武汉方面作对，一定要摸清对方的虚实，掌握对方的情况，而在南昌隔岸观火，是弄不清楚的，应该到武汉去看一看。蒋介石十分赞成陈果夫的看法，同意了他去武汉的请求，派他随谭延等一起赴汉。
临行前，蒋介石特地宴请谭延、陈果夫一行。席间，蒋气恨恨地说：“鲍罗廷简直是我们的统监，而非顾问了。今天武汉成了共产党的天下，真是令人痛心！”他要陈果夫转告武汉方面，他不能出席定于3月1日召开的国民党二届三中全会，要求会议延期到3月12日召开，他霸道地说：“武汉方面能够延期，便说明武汉方面有诚意。”陈果夫明明知道蒋介石是无理取闹，却也跟着蒋介石攻击武汉方面排挤革命功勋，并表示一定把蒋的话转告武汉方面，压迫武汉方面将会议延期。
陈果夫一行从南昌先到九江，然后由九江坐轮船溯江而上。3月6日，谭延、陈果夫等抵达武汉，受到了中共和国民党左派人士及武汉人民的热烈欢迎。随后，国民党中央委员会举行预备会议，讨论召开二届三中全会的有关事宜。会上，陈果夫将蒋介石不能如期来汉参加会议的意见转告大会，并力主三中全会延期，等蒋到汉后再开会。他说，如蒋总司令不参加二届三中全会，则会议的重要性会大大减弱。陈果夫的话还没说完，便在会上引起了激烈地争论，李烈钧、谭延等附和陈果夫的意见，认为应该延期到蒋介石来汉开会为止。吴玉章、恽代英、彭泽民等则表示坚决反对，不同意会议延期，他们认为，召开二届三中全会的日期，是中央早就定下的，不能因个别人不参加会议便更改日期，如再延期，是十分错误的。他们义正词严地质问陈果夫：“现在口号打倒独裁、打倒个人专政，因蒋，朱之不能来，而再展期开会，岂不犯了个人独裁之嫌吗？”陈果夫理屈辞穷，不能作答，十分尴尬。李烈钧、谭延还要坚持己见，因看到多数人反对，只能作罢。
会议经过表决，一致通过决议，二届三中全会如期在武汉举行，并希望蒋介石能按时到汉参加会议。
陈果夫的无理要求没有达到，他又气又恨，却又无回天之力扭转局势。会议后，也没有多少人来理睬他，他独自一人在旅馆里发呆，一种孤立感笼罩在他的心头。3月10日下午2时，国民党二届三中全会在汉口南洋大楼开幕，陈果夫称身体有病，拒绝参加。3月12日，是总理纪念会，他不好拒会，迫不得已，装出一副病态十足的样子参加了会议，会议中默不作声，然后，又向会议主席请了病假。3月15日，他听说全会决定取消由他主持的广州、广东、江西三处党部的选举，他原先所圈定的名单也被推翻，便气不打一处来，再也顾不得有“病”在身，一反常态，精神抖擞地参加了会议。在会上，他多次发言，申辩原办法不应推翻的种种理由，他说他的选举方案是经过常会决定的，全会不应否定。陈果夫的发言当即受到与会者的驳斥，一些国民党人士也不满陈果夫的专横，如彭泽民当即批评陈果夫圈定名单是独裁行为，会议主席顾孟余也认为，常会决议案，全会完全可以否决。陈果夫还想申辩，但已经没有人来理会他了，他只好气急败坏地退出了会场。
陈果夫并不甘心就此罢休，他回旅馆后，即向谭延辏戳艘恍牛蘖幸恍┳有槲谟械摹笆率怠保媾碓竺裉拔畚シā５诙欤费咏鹿虻男旁诖蠡嵘闲粒丛诨岢∩弦鹆艘黄炻摇Ｕ庋环矫娲蚧髁伺碓竺瘢硪环矫嬉卜稚⒘嘶嵋榈淖⒁饬Α５捎诠膊橙撕凸竦匙笈扇耸康呐Γ烊腥峄故侨〉昧嗽て诘男Ч⒀锪怂镏猩降娜蟾锩撸擞兄泄膊橙瞬渭拥奈浜汗裾〉昧朔炊杂遗啥氛囊淮问だ！〕鹿蛟诙烊腥嵘系谋硌荩喝チ怂此健爸信伞钡募倜婢撸湔嬗遗傻拿婺勘┞队诠膊澈凸竦匙笈擅媲埃惨鹆宋浜喝嗣穸运牟宦Ｈ腥嵴倏螅浜航滞烦鱿至恕按虻菇槭⑶鸪鹿颉钡谋暧铩�3月18日，武汉人民举行盛大集会游行。高呼“驱逐陈果夫”的口号，一时群情激愤，口号声响彻大街小巷。此时的陈果夫，确实成了过街之鼠，陷入人人喊打的境地。他后来回忆说：“当时，我正在人丛中，可是没有人认