1950年，中国人民解放军相继解放海南岛和舟山群岛，台湾岛内一片惊慌，蒋介石宣布台湾进入战时状态。6月初，“战时生活运动促进会”成立，宣称要“向奢侈者挑战，向腐化者开刀”。台湾岛上再次笼罩恐怖气氛。后来，朝鲜战争爆发，这种气氛才逐渐冲淡。
在此情况下，蒋介石开始考虑如何整饬政治，以匡系人心，早在1949年的岁末，蒋介石就反省了国民党在大陆失败的原因及其教训，他认为最根本的原因是国民党本身的腐败，“党内不能团结一致，同志之间，派系分歧，利害摩擦，违反党纪，败坏党德，以至整个的党形成一片散沙，最后共党乘机一击，遂致全盘瓦解，彻底崩溃”。因此，需要彻底改造国民党。基于这一目的，1950年1月，蒋介石便一手操纵成立了“国民党改造研究小组”，加快了国民党改造的步伐。
蒋经国、陈诚的势力逐步强大后，便开始向一蹶不振的CC系发动总攻击，他们提出必须对大陆失败的责任进行清算。陈诚首先向陈立夫发难，他指使在立法院的青年团委员提出一个议案，要求扩大行政院职权，削减立法院的权限，结果，陈立夫组织反击，在立法院会议上否决了这一提案。陈诚知道后大发脾气，愤怒地说：“他们一定是CC派，现在这个行政院长，除了陈立夫之外，没人能干得了，我不干了！”陈诚知道自己光有军方力量还不行，必须联合蒋经国才能赶走陈立夫，不然，自己没有出头之日。为此，蒋经国、陈诚大造舆论，认为大陆的失败是党的失败，党的失败是CC派的失败，作为CC派的首领，二陈兄弟应对失败负责。
在此攻势下，清算二陈的呼声一浪高过一浪。
1950年7月12日，在台湾的国民党中央执、监委员240人联名上书蒋介石，要求实施本党改造，清算CC派。在此情况下，陈立夫知道自己大势已去，也表示赞成改造党，他向蒋介石说：“从本党历史看来，每次挫败后，急应把党改造一下，以期重振革命精神。”并主动承担责任，说：“党没办好及一块缺失，最好把责任推给我们两兄弟，将来改造后，我兄弟二人亦不必参加，庶几总裁可以重振旗鼓。”陈立夫一番先入为主的陈言，倒使蒋介石有些为难，下不了抛弃二陈的决心。
第七部分曲终人散（2）
但陈立夫手下的人却不懂其中的玄机，企图给蒋以压力，阻止改造党。在一次中央委员谈话会议中，李宗黄等表示：“我们的意思是认为本党之改造，至为必须的，最好是由干部作建议，请总裁决定执行，免得总裁为难，而且亦合乎民主。
”蒋介石一听勃然大怒，深恐改造大事一经讨论便节外生枝，愤然斥责道：“你们如果不要我来改造党，你们跟陈立夫去好了。”蒋认为陈立夫嘴上说得好听，暗地指使人反对他改造党。对此，蒋介石也不得不作认真考虑，他与二陈的关系虽然渊源深远，但在目前情况，他深知，要渡过难关，必须倚恃忠心的军队和美国的援助，他不能得罪军方实力派陈诚，也不能为了二陈而失却美国的援助，因为美国人对二陈，特别是对陈立夫十分反感。同时，他要将大权传给儿子蒋经国，而不赶走CC派势力，就不能铲除蒋经国当权的阻力，经过深思熟虑和反复权衡，蒋介石决定抛弃二陈。
7月22日，蒋介石在台北主持国民党中常会临时会议，通过《本党改造之措施及其程序》，会议决定授权蒋介石遴选15～20人组成中央改造委员会，原国民党中央执行委员会和中央监察委员会均停止行使职权。7月26日，蒋介石发表演说，声称国民党在大陆造成失败，必须自我检讨，说如不彻底改造，将有亡党危机。他提出成立中央改造委员会，负责重组国民党，过去庞大的组织由大改小，撤销国民党中央执行委员会和监察委员会，改以中央评议会代替。他宣布了酝酿已久的国民党改造方案和新的中央改造委员会，中央评议会委员名单。
新成立的中央改造委员会由陈诚、蒋经国、谷正纲、张其昀、张道藩、胡健中、陈雪屏等16人担任委员，中央评议会聘任吴敬恒、居正、于右任等25人为委员。
在16人的改造委员会中，二陈兄弟均未上榜，CC派中仅张道藩列名其中；25人的中央评议会委员中，也仅只病入膏肓的陈果夫一人列名其中，从以上安排中，已经可以闻到人事倾轧的浓浓的火药味了。
国民党这次改造的结果，首当其冲地解除了陈果夫与陈立夫为代表的CC系的“党治”大权。二陈执掌国民党党权长达20多年，权力膨胀造成了绝对的腐化，特别是抗战胜利后又主持国民党中央财委，担任农民银行董事长、中央合作金库董事长，大肆敛财，使国民党集贪污腐化于一身，就连与他们关系一直很好的陈布雷生前对他们也有意见，说：“我过去还相信陈氏兄弟在金钱上总比较清白，不会贪污。今天一看，他们和孔、宋一样，在抢肉骨头。他们也接收，他们也争，他们也办起什么银行和经济事业来了。他们过去骂孔、宋，今天唯恐学不到孔宋。
”陈布雷当然看不到，CC派的腐败实质上是国民党的腐败。现在，国民党在大陆失败了，CC派便成为被攻击的主要目标，代替整个国民党、代替蒋介石负起了大陆失败的整个责任，他们被排斥在权力之外。从此，二陈在国民党中的政治生命结束了，他们所领导的CC派开始成为一个历史上的名词。
陈果夫与陈立夫以反共开始，为巩固蒋介石在国民党中的地位立下了汗马功劳，没想到蒋介石为开脱自己，竟将在大陆失败的责任全推到他们身上，为了传位给儿子，又将他们一脚踢开，心中不免又气又恼，又怨又恨，但在当时的环境下又不好发泄，只得寻找机会，借题发挥。
病中的陈果夫受此打击，病情越益加重，遵医生嘱咐，不可说话，陈果夫痛苦难言，以此为题，作了一首哑巴歌，歌词曰：“哑巴哥，说不出话真痛苦，……听得人家说话，肚里更加不开心，若闻笑骂声，面孔胀得红又青，摩拳擦掌，胆小不敢争。有时候像煞吃过黄连嘴里苦，有时候像煞受了冤屈没处伸。哑巴哥，不能说话苦得很。”这哪里是写自己的病情，分明是受了陈诚、蒋经国的攻击，得不到蒋介石信任时自己委屈、苦痛心情的一种曲折反映，也是对蒋介石的一种无力的抗争。
当然，陈果夫在表面上也装着若无其事的样子，他给自己写了一副对联：“合法、合情、合理，做成大事；轻权、轻利、轻名，修得长生”，以为警戒，似乎他把名利看的十分淡薄，但内心总是觉得不舒服，有时又不免大发牢骚。8月20日，张道藩来访，陈果夫见了老部下，顿觉十分亲切，张道藩虽然名列改造委员会委员，但CC派既然完蛋，他也只是一种摆设，大权实为陈诚、蒋经国在握，二人见面，都有一种惺惺惜惺惺之感。二人谈起台湾政局，又不免议论起陈诚与蒋经国来，陈果夫又是一阵冒火，张道藩即劝他此种情况下以不多说话为佳，陈果夫仍然不能平静下来，他说：“有关国家前途之事，此时不言，实在有点忍不住。”但不管陈果夫发牢骚也好，借机讽喻也好，他们政治上的黄金时代已一去不复返了。
陈立夫与陈果夫不同，他对蒋家政权，既有不满的言语，更有不满的行动。他还年轻，身体也还可以，他似乎要对自己过去的一切，不管是辉煌的也好、是肮脏的也好，进行冷静的思考和反省，他要躲到一个安静的地方去。他也似乎看穿了自己曾经从事过的，现在又抛弃了自己的“政治”，他觉得台湾这小小的岛屿没有自己的立身之地，多有“郁郁苦不展，羽翮困低昂”之慨，他要离开台湾，离开“政治”，远走重洋。他向蒋介石表明了自己的打算，他诚恳而坚决地说：“我受总统熏陶25年，但我很惭愧，没什么表现，很感罪戾。我出国了，今后一切政治问题，请勿再找我，我一向对此不感兴趣，……”言语之间，一半是哀怨，一半是愤懑。
第七部分曲终人散（3）
陈果夫知道弟弟要离开自己、出走异国的消息后，心情十分感伤，这一去可不像当年留学美国，几年后还会回来，他知道陈立夫的性格，这一去再不会回来了的。尽管如此，他还是支持陈立夫远走高飞，台湾的现实他比谁都清楚，人事倾轧，残酷无情，陈诚、蒋经国已露出咄咄逼人的气势，因而离开台湾是最好的选择。但他知道自己病情日益沉重，将不久于人世了，这次离别将是兄弟间永久的诀别。8月3日，陈果夫顾不得病痛之苦，爬起床来，支撑着身体，给陈立夫写了一封信，信中虽也冠冕堂皇地要陈立夫离台到国外后，多“考察研究经济恢复与建设事业”，但更多的却是在平淡的语言中所透露出的他与陈立夫之间的手足深情。
陈立夫在一切都准备好后，最后一次在台湾公众场合露面是出席“中国工程师协会”的年会，这个协会是陈立夫所能坚守的最后一块阵地。在和会员们见面时，一些CC派分子都劝他不要离开台湾，表示愿意继续跟随他奋斗。这种情谊令陈立夫十分感动，他甚至开始怀疑自己的出走是否正确。但也就在此时，蒋介石派人送给他5万美元，说是作为资助费用，这架势，实际上是赶他快点离台。蒋介石这一举动促使陈立夫下定最后决心，尽早离开台湾。
临行前，为了顾及各方面影响，陈立夫还是专程去向蒋介石辞行。蒋介石正好外出没回，宋美龄在家。宋美龄知道陈立夫要走了，装出十分亲热的样子，送给他一本《圣经》，关切地说：“你在政治上负过这么大的责任，现在一下子冷落下来，会感到很难适应，这里有本《圣经》，你带到美国去念吧，你会在心灵上得到不少慰藉。”没想到几句关心的话，倒激起了陈立夫心中无限的怨气，他指着墙上挂的蒋介石肖像，言语低沉，字字含恨地说：“夫人，那活的上帝（指蒋介石）都不信任我，我还希望得耶稣的信任吗？”说得宋美龄一时无话可答，十分尴尬。
1950年8月4日早晨8时，陈立夫偕夫人孙禄卿及一子一女，由台北坐飞机启程。他将先到菲律宾，再由菲律宾飞往法国，转瑞士，参加在那里举行的世界道德重整运动会议，开完会后，他将寄居美国，在那里度过他晚年的岁月。这天早晨，到机场送行的有300多人，大多为陈立夫的门生故旧，即CC派同人，也有亲戚朋友，台湾党政要人，这些人中，有的是怀着真心实意的情感来送行，有的是碍于情面，作礼节上的应付，有的则是幸灾乐祸。总之，300多人的送行场面，既壮观，也热闹。但对于陈立夫来说，此时此刻，心中多少滋味，却是难与君说，飞机徐徐升起，他望着那逐渐模糊的人群，逐渐模糊的海岛，突然想到了杜甫的两句诗，“海内风尘诸弟隔，天涯涕泪一身遥”，一种孤独感涌上了心头，他不知什么时候才能回到台湾，更不知什么时候才能回到他的家乡——吴兴。
第七部分死而有憾（1）
1950年8月5日，也就是陈立夫离开台湾的第二天，国民