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尽管４月中，德军潜艇集中精力于反登陆，未能全力投入于破交作战，仍有６艘潜艇被击沉，其中２艘是被美军“瓜达尔卡纳尔”号护航航母和５艘驱逐舰组成的第三大队击沉的。
５月初，在大西洋上活动的德军潜艇只有区区５艘，不久其中的２艘也遭到击沉的命运。
５月１６日至３１日，英军岸防航空兵第十八大队对德军从挪威进入大西洋的潜艇发动了空中反潜战。英军投入了“卡塔林那”、“桑德兰”和“解放者”等多种型号的反潜飞机，先后发现德军潜艇２２艘次，攻击１３次，击沉４艘潜艇，迫使２艘潜艇折返出发基地。
此外，Ｕ－４７６号在与英机的对抗中击落了１架“桑德兰”飞机，但潜艇也遭到重创，后终因伤势太重而由Ｕ－９９０号潜艇击沉。而Ｕ－９９０号潜艇不久也在特隆赫姆附近被盟军飞机击沉。
在第十八大队进行空中反潜战的期间，德军只有８艘潜艇进入大西洋。
５月底，德军在美国海岸只部署了２艘潜艇，在非洲沿海也不过２艘，潜艇数量已经下降到最低，而且都只在为生存而奋斗，根本谈不上取得什么战绩。邓尼兹在大西洋上部署了３艘潜艇，而且都只是负责报告天气预报，在比斯开湾各港口集结了约７０艘潜艇，准备用于抗击盟军即将在法国的登陆。
５月２９日，美军“布洛克岛”号护航航母和５艘驱逐舰组成的第二十二反潜舰队第一大队与德军Ｕ－５４９号潜艇遭遇，Ｕ－５４９号抢先对“布洛克岛”号航母实施攻击，航母被３条鱼雷命中，很快倾覆沉没，还有１艘驱逐舰也被潜艇发射的音响自导鱼雷击伤。但随后Ｕ－５４９号潜艇就被另２艘驱逐舰击沉。
由于“布洛克岛”号航母被击沉，第一大队奉命返航，其原先的反潜使命由以“瓜达尔卡纳尔”号护航航母和５艘驱逐舰组成的第三大队接替。
６月１日，邓尼兹下令不准没有装备通气管的潜艇进入大西洋活动，以减少越来越多的潜艇损失。
６月３日，英军岸防航空兵第十八大队继５月发动针对挪威海域德军潜艇的首次空中战役后，再度发起空中反潜战役，目的是尽可能阻止德军潜艇从挪威海域进入英吉利海峡，参战兵力有英国空军第八十六中队、第二零六中队、第二一零中队、第三三三中队和加拿大空军第一六二中队，机型有“卡塔林那”、“解放者”、“英俊战士”等，至７月先后击沉德军潜艇１０艘，击伤７艘，有力配合了诺曼底登陆。
６月４日，第三大队的“查特林”号驱逐舰声纳发现了德军Ｕ－５０５号潜艇，第三大队司令加勒里海军上校立即命令２艘驱逐舰前去支援，而“瓜达尔卡纳尔”号航母则转向西行，２架“野猫”战斗机紧急起飞。“野猫”战斗机赶到发现潜艇海域，很快清楚看到潜艇在水中的轮廓，战斗机立即向潜艇射击以便为驱逐舰指示目标，“查特林”号冲过来，一口气投下１２颗浅定深深弹，水柱冲天而起，海水剧烈翻腾，近在咫尺的猛烈爆炸使潜艇遭到严重损伤，艇长兰格上尉只得下令上浮，就在深弹攻击六分钟多后，潜艇在距离“查特林”号驱逐舰约６４０米处浮出水面，潜艇指挥塔台和艇首出入舱口打开，艇员蜂拥而出争相逃命，“查特林”号和刚赶到的另２艘驱逐舰不等命令，就纷纷开火，空中的“野猫”战斗机也开始射击，密集的炮火连连命中潜艇，艇长兰格等多人伤亡，其余艇员不等放下救生下艇就纷纷跳海，潜艇舵机受损，失去控制在海面打起转来，当艇首指向“查特林”号驱逐舰时，舰长诺克斯少校以为潜艇要发射鱼雷进行垂死挣扎，急忙下令发射鱼雷，没有命中。大队司令加勒里上校意识到有俘获潜艇的可能，连忙命令不准随意射击，争取俘获这艘潜艇。“皮尔斯伯里”号驱逐舰的舰长霍尔中校立即下令停止射击，并命令早已做好准备的接舷小组出发，艾伯特。大卫上尉带领着８人小组乘着摩托艇冲向潜艇，当接舷小组登上潜艇时，艇上的德军官兵已经几乎全部弃艇，接舷小组顺利进入潜艇，迅速关闭刚刚打开的通海阀门。通常德军潜艇艇长在下令弃艇时会采取炸艇措施，但安放在潜艇内的１４包炸药根本没有点燃引信！就这样，Ｕ－５０５号和没有来得及破坏的密码机、密码本、航海日志和其他秘密文件一齐成为美国海军的俘虏。
“皮尔斯伯里”号驱逐舰随即靠上来，准备拖带潜艇，不料失去控制的潜艇的首部水平舵竟一头扎进驱逐舰的舰体，“皮尔斯伯里”号驱逐舰被戳出一个大洞，只好放弃拖带企图。“瓜达尔卡纳尔”号护航航母靠了过来，拖带潜艇前往最近的百慕大基地。
６月１９日，Ｕ－５０５号被拖到了百慕大，这是美国海军１８１２年以来第一艘俘获的敌方潜艇，也是在二战中俘获的唯一一艘德军潜艇。
这次战斗的胜利，使盟军不仅掌握了德军潜艇性能，还得到了德军列为最高机密的密码机和密码本，极大便利盟军情报机关的密码破译工作，对此，邓尼兹一无所知，也就没有及时采取诸如改变密码等应对措施，这对于德军潜艇日益困难的局面，无疑于雪上加霜！
而在６月间最重要的战事就是盟军于６月６日发起的诺曼底登陆，因为盟军所进行的卓有成效的战略欺骗和佯动，德军统帅部完全被盟军刻意布置的假象迷惑，不仅没有及时判明盟军登陆时间、地点，而且在盟军登陆已经获得初步成功之后仍认为诺曼底登陆不过是佯攻，加莱才是盟军登陆的主攻地点，因此德军最具战斗力的装甲部队主力始终按兵不动，静待在加莱的登陆。而对诺曼底的反击，德军投入的地面部队数量既少，又受到盟军强大航空兵的压制，难以发挥作用。德国海军实力本来就小，用于反登陆的只有少数如驱逐舰、鱼雷艇等轻型舰艇，作为德国海军骄子的潜艇部队义不容辞地承担起抗登陆的主角：登陆当天，邓尼兹就从布勒斯特派出１７艘潜艇、从圣纳泽尔出航１４艘、从拉帕利斯出动４艘、加上从洛里昂出发的１艘，总计３６艘潜艇，组成“农夫”艇群。盟军对此早有准备，６月初在英吉利海峡和比斯开湾展开的反潜兵力有：英军岸防航空兵第十九大队、英军西部海防区所辖的３艘护航航母和第一、第二、第三、第四、第五、第六、第九支援大队、英军普利茅斯海防区所辖的第十一、第十二和第十四支援大队等部，各型飞机约３５０架，水面舰艇有护航航母３艘、驱逐舰３７艘、护卫舰１８艘。其中西部海防区所辖舰艇在英吉利海峡西侧和比斯开湾展开，普利茅斯海防区所辖的舰艇则负责封锁英吉利海峡的入口。
英军第十九大队司令布赖安贝克少将根据詹姆斯。佩里中尉提出的“软木塞”空中巡逻方案，组织空中反潜巡逻。该方案将巡逻海域划分为十二个分区，每个分区周长相当于一架飞机３０分钟或６０分钟的航程，如果是６０分钟的航程，就以２架飞机以３０分钟的间隔绕分区飞行，这样３２０架飞机轮番出动的话，每３０分钟就可以将面积２万平方海里（约合３。７万平方千米）的海域搜索一遍。为了检验这一方案的可行性，英军还曾在爱尔兰以南海域组织过一次模拟演练，以“海盗”号潜艇模拟德军潜艇，结果在长达２８小时的航行中，“海盗”号在反潜飞机的搜索下，只有９次上浮，平均每次１３分钟，总共上浮时间不到两小时，根本无法正常充电和补充压缩空气，从而失去战斗力。输得心服口服的“海盗”号艇长感慨地说：“如果德军潜艇遇到同样情况，肯定会陷入困境的！”
６月７日，英军岸防航空兵第十九大队在比斯开湾击沉了返航途中的２艘德军潜艇，并击伤从布勒斯特出发的４艘潜艇，迫使其返回基地。战斗中英军损失４架飞机。
６月８日，加拿大空军一架“解放者”反潜飞机在英吉利海峡西口采取布洛克少校发明的平行交叉攻击战术，一举击沉２艘德军潜艇，其战友也取得击伤１艘潜艇的战绩。
６月９日，德军Ｕ－７４０号潜艇又成为盟军反潜飞机的猎物。
正遭到飞机猛烈射击的德军潜艇三天中德军共有５艘潜艇被击沉，５艘被击伤，如此惨重的损失雄辩说明没有装备通气管的潜艇是根本无法突破由岸基航空兵、舰载航空兵和水面舰艇所组成的立体反潜防线的，因此从圣纳泽尔、拉帕利斯、洛里昂三地出发的没有通气管的１７艘潜艇和从布勒斯特出发的Ｕ－７６６号都无法进入英吉利海峡，只好滞留在比斯开湾，直到６月１５日。
９艘装备通气管的潜艇中，Ｕ－２１２号在强大的空中反潜压力下两次被迫折返，其余８艘潜艇和５艘从挪威出发的潜艇进入英吉利海峡，６月７日至９日这些潜艇，多次使用音响自导鱼雷对海峡中的盟军舰艇实施攻击，由于盟军舰艇都安装了拖曳式的“福克瑟”噪音发生器，德军先后发射的十余条音响自导鱼雷无一奏效。
６月１１日，３艘德军潜艇在海峡西部入口攻击了盟军驱逐舰大队，毫无收获，Ｕ－８２１号反被盟军反潜飞机击沉。
６月１２日，邓尼兹被迫下令没有装备通气管的潜艇一律返航。
６月１４日，首批装备通气管的德军潜艇进入英吉利海峡。于次日开始攻击海峡中的盟军船只，当天就有驱逐舰、护卫舰和坦克登陆舰各１艘被击沉。
６月１５日，邓尼兹又将部署在挪威已装备通气管的潜艇调往英吉利海峡，途中有４艘被盟军岸基航空兵击沉。
６月１８日，德军Ｕ－６２１号潜艇攻击了美军２艘战列舰，但未获战果。同一天，Ｕ－７６７号和Ｕ－４４１号先后被水面舰艇和反潜飞机击沉。
６月下旬，进入海峡的德军潜艇总共击沉２艘运输船，重创３艘运输船，击伤驱逐舰、护卫舰和运输船各１艘，德军潜艇被击沉３艘。
６月最后两周中，邓尼兹先后从大西洋和比斯开湾调集１２艘潜艇投入英吉利海峡，只有３艘最终成功进入，其余不是被击沉，就是被迫折返。
７月，进入英吉利海峡的德军潜艇冒着被击沉的巨大风险攻击了海峡中航行的同盟国船队，击沉运输船２艘、登陆舰和武装拖网渔船各１艘，击伤运输船和油船各１艘，德军潜艇损失高达８艘。尽管德军潜艇在攻击船队时付出的代价非常巨大，往往损失１艘潜艇还不能击沉１艘运输船，但邓尼兹认为每击沉１艘运输船，船上所运载的武器、物资和人员随船沉没，是对盟军最沉重的打击。因为要是在陆地上消灭像１艘运输船上所运载的武器、物资和人员，必将付出更大的代价！所以他向出击的潜艇下达特别训令：勇敢地接近船队！为了减少敌人最后的成功机会，在登陆之前就要给以打击，即使因此损失潜艇，也应在所不惜！这一训令出自于一贯注重潜艇及其艇员安危的邓尼兹之手，可以想象出邓尼兹内心的痛惜，也从一个侧面反映出德军的困难此时已经到了何种地步，根据邓尼兹这一指示，德军潜艇义无返顾地投入了孤注一掷的战斗！
７月６日，德军Ｕ－７６３号潜艇所遭受�