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尽管集群攻击战术未能如愿，但德军潜艇多以单艇在英国港口和近岸航线实施阵地伏击或机动伏击，或在护航运输船队可能航线或广阔海域实施游猎作战，仍取得了不小的战果，９月击沉４１艘同盟国及中立国的船只（本文所统计的船只数量、吨位均指同盟国和中立国，下同）计１５。３万吨，１０月击沉２７艘计１３。５万吨，１１月击沉２１艘计５。２万吨，１２月击沉２５艘计８。１万吨，被潜艇击沉的船只占损失船只总数的５１。７％，其中１１月和１２月战绩下降的原因是战争爆发后出击的潜艇陆续返回基地补充给养，德军由于潜艇数量少，基地距离作战海域又远，在大西洋活动的潜艇数量大为降低，通常只有３至５艘，从未超过８艘。至１９３９年底德军共损失潜艇９艘，几乎占其潜艇总数的六分之一。
最使邓尼兹高兴的是，有关破交作战的种种限制逐渐被取消，９月２３日获许可以攻击命令停止航行但仍在使用无线电报警的船只；９月２４日获准可以攻击法国船只；９月３０日可以攻击任何在北海航行的船只；１０月２日从英法沿岸至西经１５度海域航行的所有船只均可以予以攻击；１０月１７日获准攻击除客轮以外的任何敌方船只；１０月１９日从英法沿岸至西经２０度海域航行的船只只要实行灯火管制均可予以攻击；１１月１７日终于取消所有限制，开始实施无任何限制的潜艇战！
至此，邓尼兹终于可以彻底放开手脚大干一场了！
１９３９年１１月，美国终于逐渐认识到纳粹德国的残暴本性，开始改变了禁止向交战双方出售武器或贷款的中立立场，国会通过了中立法的修正案，允许在“现金交易运输自理”的原则下出售武器，也就是购买武器的国家必须用现金支付，并用自己的船只运输，从纸面上看这对双方都是公平的，其实由于德国海军力量非常薄弱，根本无力保护自己的船只，所以这一修正案是明显倾向于英国的。
进入１９４０年，德军潜艇的破交作战仍未有突破性的进展，１月击沉４０艘商船，计１１。１万吨，２月击沉４５艘１７万吨。２月间邓尼兹第三次组织集群作战的试验，派出５艘潜艇前往北大西洋，结果Ｕ－５４发现了法国的两支护航运输船队，但该集群中的另２艘潜艇由于距离太远无法及时赶到，只是攻击了因掉队而落后的船只，第三次集群攻击的尝试又告失败。
３月４日德国最高统帅部下达了禁止潜艇执行破交作战的命令，将其全部用于即将发起的挪威战役，根据这一命令德军投入挪威战役的潜艇达３１艘，占其潜艇总数的６５％，为此邓尼兹不仅从潜艇学校抽回了担负训练任务的潜艇，还缩短了２艘新下水潜艇的试航时间，除了少数几艘在进行检修的潜艇外几乎尽数参战，但令邓尼兹哭笑不得的是在战役中，潜艇部队被赋予的任务是侦察和掩护己方舰队的活动，这简直是潜艇使用的极大误区，因此白白付出了４艘潜艇的损失，唯一的收获就是在作战中发现了Ｇ７型鱼雷存在的巨大缺陷，先后实施鱼雷攻击３６次，均无建树，被潜艇部队官兵称为“窝囊的鱼雷”。可以设想如果没有及时发现这一问题，在以后攻击拥有强大护航兵力的船队时，潜艇必将遭致惨重的损失，从这个角度来看，挪威战役对于德军潜艇部队而言不失是一大收获。４月下旬，邓尼兹成立了鱼雷调查委员会，调查鱼雷出现的问题。认为在挪威海域海底蕴藏着大量铁矿，导致磁引信发生偏差，因此邓尼兹下令禁止使用磁引信。（但触发引信也存在问题，直到１９４０年６月才彻底解决。）在这之前由于只能使用威力较小的触发引信，以往只需一条鱼雷就能解决的攻击，至少需要两条，也就使得潜艇在作战中消耗鱼雷的速度大大增加，因此作战时间大大缩短，很多潜艇在返航途中眼睁睁看着英国运输船队穿梭而行却没有鱼雷可以使用。
５月挪威战役结束后，一些潜艇急需检修，还有几艘潜艇作为训练潜艇配属给了潜艇学校，新下水的潜艇还需要试航和训练，德军能投入大西洋执行破交任务的只有３０艘潜艇，每天真正战斗在大西洋最前线的潜艇不超过１０艘，鉴于如此情况，邓尼兹只好将集群攻击战术暂时搁置起来，等待以后拥有足够数量潜艇时再实施，现在则提出了“经济使用原则”，即尽量将潜艇派到英国护航力量最薄弱的海域，力求每艘潜艇都能达到最高击沉吨位，邓尼兹在威廉港潜艇部队指挥部的作战室里，将击沉情况用大幅图表显示出来，进行仔细地研究分析，并据此来指挥潜艇作战。
至１９４０年６月，德军潜艇共击沉船只２４２艘，总吨位约８５万吨。这些损失对英国而言，还是能够承受的，因为同一时期里新建造的船只吨位完全弥补了损失，而且英国的反潜战总体情况还不算坏，击沉了德军２４艘潜艇，并将德军潜艇逐渐逐出近岸海域。
第五章 １９４０年６月至１２月
１９４０年６月开始的大西洋之战第二阶段，由于德国相继占领了法国、挪威，原先极其不利的海上态势顿时改观，德国海军迅速在挪威和法国沿海各港口建立潜艇基地，特别是从位于比斯开湾的洛里昂、布勒斯特、圣纳泽尔、拉罗舍尔和波尔多等港口出发，潜艇可以直接进入大西洋，比从德国本土基地出发，航程足足缩短了８００千米，连２５０吨级的小型潜艇也能进入大西洋，而大型潜艇更是能够到达大西洋中部海区活动，而且潜艇在消耗完了所携带的弹药、燃料和物资后，也不再需要长途跋涉返回本土基地补给，可以就近驶往比斯开湾港口进行补给和检修，因此邓尼兹对于这些基地的建设非常重视，亲自来到比斯开湾各港口监督建造工程，还将潜艇部队的指挥部前移至法国洛里昂。
７月开始随着潜艇供应船的服役，可以在海上对潜艇进行燃料、鱼雷和食品的补给，更是大大提高了潜艇的在航率和第一线活动的巡航时间。７月前平均至少需要２。３５艘潜艇才能保障１艘潜艇在海上战斗巡航，７月以后这一比率下降到１。８４：１，因此德军潜艇总数虽从开战时的５７艘减少到５３艘，但在大西洋上执行战斗巡航的潜艇数量却增加了一倍，平均每天有１０至１５艘潜艇在海上活动。这些潜艇分散部署在不列颠群岛以西海域，英国运输船队的航线上待机，一旦发现单独航行的船只，立即予以攻击；如果发现护航运输船队则迅即向位于洛里昂的潜艇部队司令部报告，并尽量保持与船队的接触，随时报告船队新的航行、航速和位置，邓尼兹则迅速指挥在附近海域活动的潜艇向船队所在海域集结，然后于夜间开始集群攻击，天亮前结束攻击利用白天再赶往下一个攻击阵位，入夜后再次组织攻击，这样连续一个夜晚接一个夜晚反复攻击，直至船队到达目的地。
同一时期，由于德国空军的空中威胁，英国将从加拿大开来的护航运输船队的航线改到了爱尔兰和苏格兰之间的北海峡，这样一来就导致了北海峡入口和苏格兰以西海域，经常拥挤着大量船只，成为德军潜艇最理想的狩猎海域。加上英国海军因为在挪威战役和敦刻尔克大撤退中很多驱逐舰被击沉击伤，还要保留大量的驱逐舰以应付德军可能的入侵，所以英国的护航军舰数量减少了很多，这给了德军潜艇绝佳的机会，而且德军潜艇经过数月作战已经积累了突破英军护航军舰警戒的丰富经验，同时得到德国空军和意大利潜艇的有利配合，７月中旬开始邓尼兹终于有了足够的潜艇开始实施被称作“狼群战术”的集群攻击战术。这一时期中无论单艇还是集群作战都取得了巨大的战果，１９４０年的夏秋季节，也就被称为德军潜艇的第一个“黄金时期”。
６月德军潜艇击沉５８艘，２８。４万吨；７月击沉３８艘，１９。６万吨；８月５６艘，２６。８万吨；９月５７艘，２９。５万吨，１０月６３艘，３５。２万吨。英国的船只损失直线上升！
从７月开始，英国从航线起始点两方向扩大护航范围，从英国开往加拿大和美国的运输船队，由英国海军的护航军舰护送至西经１７度，至１０月又扩大为西经１９度。但大西洋航线上中间一段是没有护航的，这一海域也是德军潜艇活动最猖獗的海域，直到纽芬兰附近海域才由加拿大海军前来接应。
８月英军Ⅶ型机载反潜炸弹开始投入实战，这是在２００千克圆柱形反潜炸弹基础上研制出来的，炸弹头部有圆形整流罩，尾部有尾翼，能在空中保持稳定的姿态，采用水压引信，只有落水后到达预定深度在水压作用下才会爆炸，不会给飞机造成损害，而且威力比老式炸弹大得多。与此同时，英军还研制出了机载ＡＳ－Ⅶ型雷达，能够在较远距离发现水面状态的潜艇。但这些装备在实战中并未取得明显收效，英国军事工业的科学家进行了仔细分析研究，发现深水炸弹水压引信定深过大，常常在潜艇下方爆炸，便迅速改为浅定深引信。英国科学家还发现，在目视情况下，通常都是潜艇首先发现飞机，因为英军飞机黑色涂漆在天空的浅色背景衬托下，是个非常明显的黑点，根据海鸟的腹部一般都是白色的情况，英国空军以白色涂漆飞机和黑色涂漆飞机进行对比试验，果然白色涂漆飞机被发现的距离要比黑色飞机近３０％，据此英军迅速将所有反潜飞机下部都涂成白色。
但这些措施还需要时日才能发挥出作用。
８月１７日，希特勒下令对英国实施全面海上封锁，潜艇有权击沉任何进入封锁海域的船只，中立国船只只要进入封锁海域，同样是合法的攻击目标。这样潜艇部队被束缚的手脚彻底解放了，潜艇艇长开始大显身手，积极投入到了“吨位竞赛”中，涌现了一大批名噪一时的王牌艇长，如Ｕ－４７号艇长普里恩、Ｕ－９９号艇长克雷斯特施默尔、Ｕ－１００号艇长舍普克、Ｕ－４６号艇长英多拉斯、Ｕ－１０１号艇长弗洛恩汉，尤其是前三位艇长被誉为三大王牌。
在这一黄金时期里典型的战斗有９月间ＳＣ－２护航运输队和ＨＸ－７２护航运输船队，１０月间ＳＣ－７、ＨＸ－７９和ＯＢ－２２９护航运输船队的护航战。
早在８月３０日，德国海军代号为Ｂ机关的情报处密码科破译了英军关于ＳＣ－２运输船队航线和与护航军舰会合海域的密码电报，根据这一情报，德军调集Ｕ－４７、Ｕ－６５、Ｕ－１０１和Ｕ－１２４共４艘潜艇前往攻击。
９月６日，Ｕ－６５发现了运输船队，但还没来得及报告船队位置就被英军护航军舰驱走了，直到午夜过后，Ｕ－６５号才再次发现船队并引导Ｕ－４７前来。Ｕ－４７借助夜色掩护，采取水面攻击战术对船队连续实施攻击，一口气击沉了３艘运输船。
９月７日白天，英军水上飞机和军舰竭尽全力，将德军潜艇驱走。这才保障了当晚船队的安全。
９月８日夜间，Ｕ－４７和Ｕ－６５号潜艇再次成功突破了护航军舰的警戒，实施了攻击，Ｕ－�