9月5日，踌躇满志的山本五十六，第一次向联合舰队的全体官兵发表讲话：
鄙人虽不谋该职，但天皇陛下授命，只好就任，值此，深感责任重大。
不言而喻，今天欧洲的形势，乃世界再度出现大动乱之先兆也。值此风云突变之时，吾深感帝国海军任重道远。望全体官兵更加同心协力，自重自爱，不辞辛劳，昼夜兼练，以保持联合舰队之最高威力，担负起保卫国防之重任，不负于天皇陛下之所望。
山本上任后不久就恢复了因交接而中断的日常训练。他第一次站在〃长门〃号上看着由自己亲自指挥的这支世界第三大舰队拨锚起航。
〃离港还有15分钟，各舰航海值班人员各就各位。〃
一声令下，各舰从舰首到舰桥，立刻呈现出一片紧张繁忙的气氛和景象。总共80艘大小战舰井然有序，烟囱里冒出的黑烟笼罩了整个和歌之浦码头。
〃第2战队第1号舰正起锚。〃
随着报告声完毕，〃长门〃号的汽笛发出一声长呜，下达了〃立即出港〃的命令。
负责舰队警戒任务的潜艇部队最先驶出港口。山本手里拿着双筒望远镜来到舰桥。他一边听着航海科传令兵关于各战队各舰的行动情况报告，一边直接观察着舰队出港。
传令兵继续报告：
〃第4战队正在出港：'高雄'、'爱宕'、'鸟海'、'摩耶'出港了。〃
〃后面是'伊势'出港了，'日向'、'扶桑'出港了。〃
〃'赤城'、'加贺'、'苍龙'、'飞龙'第1、2航空战队依次出港了。〃
当山本看到随后驶出的庞大的航空母舰时，他的眼睛好像一下明亮起来：现在该是将自己的航空战术思想付诸实践的时候了。
山本首先改变了老一套的训练方法。在海军，舰队夜间出入港口是舰队训练中难度很大且有危险的科目，稍有失误，就会发生损伤〃天皇军舰〃的事故，情节严重者要受到切腹的惩罚。因此在已往的训练中，一般是各舰都要打开信号识别灯，并以无线电保持各舰间的通信联络，以免发生军舰相撞毁伤舰只的事故，这已成为联合舰队不成文的惯例。但山本认为，这是不符合实战要求的。因为战时，舰队出港是不允许打开信号灯和使用无线电的，即使使用微弱的无线电波联络也是被禁止的。他要求各舰一律不准开信号灯，并关闭舰上的无线电联络装置。舰与舰间保持一定距离依次跟着各自的旗舰摸黑前进。
这是难度相当大的出入港训练。几万吨的庞然大物，启动后的惯性是相当大的，在黑暗中各舰保持一定的距离和准确的方向，使舰上人员高度紧张。一旦发现舰与舰间的距离过近时，靠舰上机械的制动能力是很难抑制住巨大的惯性的。山本的目的就是要训练日本海军的夜战能力。
接着山本在完成前任总司令官吉田善吾制定的年度训练计划后，到1940年便改以他心中构思已久的以航空兵力为中心的训练
1940年3月，山本为了检验海军航空兵的攻击能力，安排了一次代号为〃123号作业〃的演习。演习的计划安排是，驻在志布的舰队从有明湾出发，经过九州东岸北上，向佐旧湾进发；航空队则搜索北上的舰队并利用夜间对舰队实施轰炸。
指挥鱼雷轰炸机的是〃赤城〃号航空母舰飞行队长渊田美津雄少佐。他在发现山本五十六的舰队之后，便紧紧盯住山本的座舰——旗舰〃长门〃号。〃长门〃号打开探照灯，试图扰乱追踪飞机的视线，并用高射炮向空中的飞机猛烈射击，同时，加快舰速拼命躲避。渊田率飞机巧妙地躲开了高射炮的反击，连连向舰上投放训练用的鱼雷炸弹，弹不虚发，发发命中。
看到这一情景，山本心中十分高兴，他用称赞的口气问身边的航空参谋：〃这批飞机是谁指挥的？〃
〃飞行队长渊田美津雄。〃
〃渊田……〃听到回答，沉思中的山本似乎牢牢地记住了这个名字。
过了一会儿，山本对他的参谋长福留繁无意中说道：
〃照这个水平，难道还不能攻击珍珠港吗？〃
福留少将迷惆地望着山本，根本不知道他在说什么。
山本五十六除抓紧舰队的日常训练外，还十分关注国外第二次世界大战局势的发展，尤其是美国海军的发展。他鉴于美国海军正在急速地扩大，尤以成为美国太平洋舰队基地的夏威夷珍珠港，直接从侧腹威胁日本，加上飞机飞速的发展，续航力不断延长，日本过去的防御线已难以保卫日本列岛的安全，便把原来从小笠原群岛连结马里亚纳群岛的日本第一道防线，向前推进到从东卡罗林群岛到马绍尔群岛的防线，并将这一防线定为迎击决战的战线。
来到海上，就等于来到了战争第一线，对此山本深有感触。他早在长冈中学同学会与长冈社在东京九段的军人会馆为他就任联合舰队司令官而举办的庆祝会上就曾经说过：〃我现在的任务关系到国家的兴亡，所以只许成功不许失败，也因此，自接任联合舰队司令长官以来从未安睡。〃
此言并非危言耸听，因为大战的爆发对整个日本都是一次巨大的挑战。惯于混水摸鱼的日本统治集团，虽然看到欧战的爆发有机可乘，但无奈现在却被中国人民的抗战束缚了手脚，使它不能像第一次世界大战那样，乘机在东方大捞一把。不得已，日本统治集团还是决定首先解决中国问题。
9月4日，在大战爆发以后新组内阁发表声明：日本不介入欧洲战争，专注于解决中国事变。这一方针要求日本军方迅速采取更进一步的行动。据此日本军部确立了新的行动方案：以1940年为期限，努力解决中国事变。日本对中国新的一轮攻势开始了。
对蒋介石，日本采取的办法是又拉又打，诱降加逼降，企图使之归顺日本从而瓦解中国的抗战。1939年12月中旬，日本陆军派驻香港的特务头子铃木卓尔中佐，通过香港大学教授张治平同宋子良取得了联系。宋子良为前国民党政府行政院院长宋子文的弟弟，曾任广东省财政厅厅长，时任西南运输公司董事长，住在香港。铃木企图通过宋子良了解蒋介石集团有无求和的意图。宋子良迅速上报国民党中央，蒋介石遂批准由军统特务曾广冒充宋子良与铃木进行具体接洽。
12月27日，铃木与〃宋子良〃进行首次面谈，这是日蒋在中国抗日战争期间第二轮接触的开始。1940年1月下旬至2月上旬，铃木与〃宋子良〃连续举行了3次会谈。2月14日，日本中国派遣军又派出今井武夫大佐到香港会见一宋子良〃。今井武夫在回忆录中写道：眼前这个自称〃宋子良〃的男子，年龄在40岁上下，肤色白皙，身材不高，约1。6米左右。英语说得很好，时常把雪茄烟拿在手上，态度很谦逊。由于铃木武夫以前也没有见过〃宋子良〃本人，因而他只好相信张治平，心想不管此人是不是〃宋子良〃，只要能通过这一关系与重庆挂上钩就行。
铃木与〃宋子良〃见过面后，〃宋子良〃向他建议：〃日华两国政府在正式和平会谈前，希望2月底首先在香港举行两国私人名义代表各3名的圆桌预备会议，对和平条件进行商讨。〃并称：〃重庆政府对此次秘密会议寄予莫大的期望，所以命其代表都携带着委任状。另外，宋美龄也准备来香港从侧面给予援助。〃双方商定在2月末各派3名代表在香港会谈。2月19日，今井武夫回东京向陆军省汇报了与〃宋子良〃接触的情况，认为日、蒋会谈有几分成功的希望。2月21日，日本陆军相烟俊六同意继续与〃宋子良〃接触，并将它命名为〃桐工作〃。日本大本营规定，〃桐工作〃的目标是诱导重庆政府屈服乃至崩溃。
3月7日至10日，日、蒋代表在香港举行首次会谈。蒋介石对此次会议极为重视，派出〃宋子良〃、重庆行营参谋处副处长陈超霖、国防最高会议秘书主任章友三为正式代表，侍从次长陆军少将张汉年为预备代表，张治平为联络员。陈超霖和章友三还持有中国国防最高会议秘书长张群的证明信。日方出席会议的代表是大本营第八课课长臼井茂树大佐、今并武夫大佐、铃木卓尔中佐，持有陆军大臣（火田）俊六的证明信。双方围绕着承认伪满洲国、在华驻兵、蒋汪合作问题进行了讨论。随后，各自回国向上级汇报。
本来蒋介石走这步棋有两个目的，一个是寻找与日本妥协的机会，另一个目的是阻挠汪精卫南京伪国民政府的成立，因此在他的代表回到重庆后，迟迟没有给日本方面回信。因为汪精卫南京政府预定3月30日成立，重庆方面遂选择24日给日本回信。信中说道：〃关于承认满洲国问题，政府内部意见分歧，形成对立，很难作出决定。因此，确切的答复希望延期到4月15日。〃由于日本方面害怕再延期南京政府的成立会引起参加政府人员的动摇，不得已最后还是决定不管重庆方面有什么意见，预期成立伪国民政府。这样汪精卫的汉奸政府就于3月30日开张了。
为了配合〃桐工作〃，有必要在军事上维持对重庆蒋介石政府的压力。从1939年第二次世界大战爆发到1940年秋，日本在华中、华南等地对国民党守军发动了大规模的进攻。5月1日，武汉日军第11军发动宜昌战役，于6月12日攻占宜昌，然后以宜昌为基地，空袭国民党政府临时首都重庆和四川其他大城市。从6月到8月，日机对重庆等地进行了4000多架次的持续轰炸，造成要进攻重庆的气氛，向蒋介石施加压力。同时，日本还向英法施加压力，迫使英国宣布关闭滇缅公路3个月，法属印度支那当局宣布停止运输援华物资。日本企图利用这种对中国不利的内外形势，迫使蒋介石动摇。
4月11日，〃宋子良〃回到香港。这次他又提出了新的方案，即重庆政府准备派最高国防会议秘书长张群或军政部长何应钦参加会谈。日方代表听后感到高兴，可是他们对自称宋子良的人却总感到不放心。于是便决定对宋子良再作深入的调查。他们网络了一些与宋子良相识的汉奸，在特务冈田芳政中佐的指导下，搜集情报，查阅文献资料，但没有找到任何可下结论的材料，仍然搞不清宋子良的情况，只知道宋子良当时43岁，独身，身材不高，约为1。6米左右，面貌平庸，左手曾患过类风湿病，活动受限，四方脸形，肤色微黑，唇厚有黑痣，说话快，特别嗜好雪茄。为了弄清这个问题，他们还精心策划利用会谈之机，暗中从门锁锁孔拍摄了他的照片，拿到南京给汉奸陈公博、周佛海等人识别。但仍没有说出一个所以然来，最后还是相信了他的身份。
6月16日，〃宋子良〃从重庆返回香港通知铃木，蒋介石同意举行蒋、板（板垣征四郎，日本中国派遣军参谋长）、汪会谈，时间预定为7月中旬，地点长沙。蒋介石的这一动向，使日本当局大喜过望，立即同意举行蒋、板、汪会谈，并决定对蒋介石让步，不再把承认伪满洲国和华北驻兵问题作为停战的先决条件。
6月24日，板垣征四郎同汪精卫见面，协商谈判之事，汪精卫可耻地向其主子献媚说：〃板垣总参谋长不顾重庆军明显的败北，为了与蒋介石直接会谈将亲自奔赴敌占区，这事本身就是给蒋以面子，将会促使他容易转向和平。对于日军给予的关注，作为一个中国人不胜衷心�