攻岳州。经过激战，两军形成对峙。十六年征南将军穆占征讨湖南，与岳乐猛攻长沙。十七年初清军占领湖南东南数县。越来越感到困难的吴三桂欲以称帝振奋叛军。于是三月草草成礼，称帝衡州，国号为周，大封群臣。然而八月即去世。孙吴世Ъ吹畚唬脑榛ㄍ笱簟Ｆ咴挛饩凸ビ佬耍嗽乱蛭馊鹬蓝纷摺Ｊ吣耆蛉拢馑炝中酥榉凑Ｋ撞叨系粑庥璧牧傅乐撸四暾拢寰崭丛乐荩幼攀崭闯ど常率崭春庵荨Ｊ拍耆拢庥琛⒑映街萏油笱簟！ �
二十年，清兵分别由贝子彰泰、赖塔、赵良栋统领，由粤、湘、蜀进攻吴三桂老巢——云南，二月吴世ё陨保兹刖馊鸨痪蚍匚龉恰３ご�8年之久的三藩之乱终于结束。
平定三藩过程中，以前驰骋沙场一往无前的八旗兵已现出畏葸不前的暮气。图海、赖塔、穆占这些八旗将领还能敢打敢拼，战绩突出，而勒尔锦、尚善、喇布则畏敌如虎。勒尔锦、尚善抵达荆州三年都不敢过江，仅作壁上观。勒尔锦被革去郡王，羁禁，尚善革去贝勒，喇布统兵数万，竟多次败于仅有4000兵的高大节，被召还京师。相反，绿营却表现出勇猛顽强的气势。康熙帝及时地鼓舞绿营。康熙十五年五月，令兵部查明功次，及时议叙。起巨大作用的绿营将领除西北的张勇、赵良栋外，湖北地区的有蔡毓荣、万正色、徐治都，浙江有施琅、姚启圣、吴兴祚，广西有傅弘烈等。绿营共有40万投入战斗，在关键时刻起了作用。攻打云贵时，“绿营步兵居前，旗兵继之，所向皆捷”。
三藩平定巩固了清朝对全国的统治，为尔后开展行政和财政改革，驱逐沙俄在黑龙江的侵略势力，解决西北边疆问题，开拓疆土奠定了基础。
施琅取台湾
康熙二十二年（1683）康熙帝以施琅为水师提督，攻取台湾，完成了台湾与大陆之间的政治统一大业。
施琅（1621…1696）福建晋江人。初为明总兵郑芝龙左冲锋，顺治三年降清。郑成功招施琅不至，郑成功将他父亲、弟弟及子侄都给杀了。
台湾自古是中国土地，明末为荷兰殖民主义者霸占。为了建立抗清复明根据地，顺治十八年三月郑成功进攻台湾，赶走荷兰殖民主义者，收复了台湾。康熙元年五月，郑成功病逝。郑成功死前，长子郑经在厦门，与乳母通，产下一子，郑成功知道后很生气，令人把郑经杀了，诸将保护郑经没杀。台湾黄昭、萧拱宸伪造郑成功遗诏拥立郑经弟郑世袭为护理国事。讣至厦门，郑经承袭“延平王”爵位。他以全斌为右军都督，陈永华为谘议参军，冯锡范为侍卫，准备东渡台湾（讨伐郑世袭等人）。这时清靖南王耿继茂、闽浙总督李率泰派人来劝降。郑经表示愿效法朝鲜，做属国，进贡。清朝方面当然不同意。冬十月，郑经赴台，捕获郑世袭、黄昭、萧拱宸等人。
陈永华善治国，在他的辅佐下郑经铲除荷兰在台湾的殖民主义势力，开展经济文化建设，大力垦殖，种蔗制糖，又与英国、菲律宾群岛开展贸易。
十七年十月，金门、厦门为耿继茂、李率泰与施琅、黄梧所取。清军“堕两城，弃其地，收宝货妇女而还”。金门、厦门失守后郑经加强了澎湖的防卫，在妈宫港建垒，筑炮台。十八年荷兰将领波尔德与清军合攻台湾，因台湾固守，率舟北上，到普陀山，遇飓风覆没。
从十九年起，施琅就开始疏请攻台。掌管台湾军事的大将刘国轩知道施琅意图，在澎湖沿岸筑短墙，置腰铳，建起壁垒（围墙）二十多里。此时三藩尚未平定，康熙帝当然还不能马上实施这一方案。二十年正月郑经病死，十月三藩平定，郑经死后，台湾内讧。本来在郑经应吴三桂约出兵闽粤期间，台湾政事委任于长子郑克。郑克贤明，有治才。7年后郑经回到台湾也还是由郑克管理政事。郑经死后应该由他主政。但部将刘国轩、冯锡范擅权，杀了郑克，而立只有12岁的郑经幼子郑克塽。这时，解决台湾问题提到康熙的议事日程。二十年七月，康熙以施琅为水师提督。福建总督姚启圣对于攻台也很积极。施琅似乎更积极。到二十一年十月，他先后四次请求专征。议政大臣会议支持他，大学士明珠支持他，康熙帝也答应了他的请求，并指示施琅相机进剿。此外康熙要求姚启圣在钱粮方面大力支持。十一月姚启圣给施琅解到银9万两，另外提供了25000两用于奖赏。
六月的澎湖风急浪高，不是用兵时候，但施琅就是要打个敌人意料之外的仗。二十二年六月早晨，施琅率领2万余水军，二百三十只船集结铜山。蓝理自告奋勇充当前锋。次日申时（下午三时到五时）施琅率军乘风破浪抵达澎湖西南的猫屿和花屿海面，即取八罩屿与锚泊地。刘国轩以为他已在澎湖沿岸设了那么坚固的防御工事，现在又是八罩屿大风大浪季节，施琅无论如何也不可能在八罩屿停舟。郑军将领要求乘清军立足未稳的时候先发制人，刘国轩不同意。他要以逸待劳，不战而收全功。
十六日施琅率军进攻澎湖。蓝理率领7条舰船冲入敌阵。大风冲散了蓝理船只，郑军舰船合围过来。施琅指挥舰船救援。流铳射中施琅眼睛，仆倒。蓝理去救，腹被大炮打中，肠都出来了。郑军将领曾瑞大喊：“蓝理死矣！”蓝理扶着弟弟起身，大呼：“蓝理在，曾瑞死矣！”众皆感奋，奋勇向前。郑军将领林升身中三箭，郑军混乱。施琅引军而还。施琅奖励蓝理2000两。
十七日施琅用甲衣裹头，集中将士分兵四路，再次进攻。蓝理要求上战场，施琅坚决要他留下。施琅严申军令，总兵以下退缩的斩首。刘国轩率领船二百余艘，官兵二万列阵以待。两军海战开始，烟火蔽日，呼声震天。开始时风朝清军吹来，海浪大起，但施琅坚持战斗，呼天相佑。随后风向反转，施琅令火器船进攻，火桶、火罐扔向郑军，郑军大败。清军伤亡二千一百多人，总兵朱天贵战死，总兵林贤重伤，而郑军被击毙万二千人，将领邱辉、江胜、陈起明、吴潜、王隆等战死，烧毁战舰二百多艘。刘国轩逃往台湾。
康熙得知澎湖的胜利消息十分高兴，要求给予施琅足够的援助。施琅把兵剿与招抚结合起来。为降兵医疗，厚待刘国轩亲信，全部让他们回台湾，叫他们给刘国轩捎信：如果投降，一定保奏，封给公侯。
台湾人心鼎沸。郑克塽令文武商量对策。建威中镇黄良骥主张取吕宋（菲律宾），冯锡范同意，但刘国轩认为不行，坚决主张投降。闰六月初八，郑克塽让协理礼官郑英平、宾客司林维荣持降表到澎湖见施琅，请求允许世守台湾，受到拒绝。郑克塽不得已派冯锡圭等再到施琅跟前，表示彻底投降，交出延平王印、武平侯刘国轩印、忠诚侯冯锡范印，又派遣刘国昌、冯锡奎到施琅军前，缴奏版籍土地人民。这时康熙降敕也到达澎湖。内容大意是郑氏集团如果投降，他们过去的罪过一定尽行赦免并从优叙录。这个降敕使郑氏集团吃了定心丸。
八月十一日施琅入鹿耳门（台南安平港北）受降。郑克塽遥向京师叩头谢恩。十八日，郑克塽剃头易服，施琅宣布皇帝诏书。郑克塽举家迁北京，封公爵，后来病死。
台湾平定捷报传至京城，正是中秋。康熙授予施琅靖海将军称号，封靖海侯。
康熙赋诗，把施琅比为汉伏波将军：
岛屿全军入，沧溟一战收。降帆来蜃市，露布彻龙楼。
上将能宣力，奇功本伐谋。伏波名共美，南纪共安流。
自此清朝统一台湾。台湾原称东宁府，郑克塽投降后改台湾府。台湾设总兵一员，副将2员，兵8千，澎湖设副将一员，兵2千驻守。
康熙三征噶尔丹
康熙帝于二十九年（1690）、三十五年、三十六年三次率军讨伐准部噶尔丹叛乱并取得胜利，开始了统一新疆、青海、西藏和蒙古大业。
元代灭亡时，蒙古分成3大部：漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古。他们都是成吉思汗的后代。漠南蒙古（今内蒙古）早就臣属清朝，而漠北、漠西蒙古有时与清王朝通使，有时为寇。漠西蒙古分为四部：准噶尔部、和硕特部、土尔扈特和图尔伯特部。噶尔丹就是最强的准噶尔部的首领。他在沙俄支持下，肆意侵犯其他部落，打进南疆。
清初，噶尔丹兼并漠西其他三部，又征服了青海和天山南北路，日益骄傲。康熙二十七年，噶尔丹率兵袭击喀尔喀蒙古，土谢图汗和哲布尊丹巴胡图克投奔漠南乞降。康熙命尚书阿尔尼安置他们。二十九年六月，噶尔丹在沙俄二万人支持下以追仇人土谢图汗和哲布尊丹巴为名进袭离北京900里的乌珠穆沁，并深入到乌兰布通（今赤峰附近）。为镇压噶尔丹的叛乱，二十九年（1690）七月十四日，康熙帝御驾亲征，世祖次子裕亲王福全为抚远大将军率军出古北口；世祖五子恭亲王常宁为安北大将军率军出喜峰口。至博洛和屯，康熙感冒回銮，兵马听由裕亲王福全指挥。后来康熙令由康亲王杰书替代恭亲王领军与福全会合。八月初一，清军与噶尔丹于乌兰布通遭遇，击破其用骆驼构成的驼城，噶尔丹大败，只剩下几千人马。噶尔丹派人顶佛像要求原谅他的罪过，上书请降。福全没有穷追，让噶尔丹逃脱，被削爵，罢议政。
噶尔丹并没甘心失败，积极发展力量，气焰嚣张，多次要求清廷把土谢图汗和哲布尊丹巴交出来。三十三年噶尔丹派兵侵略喀尔喀益甚。三十四年噶尔丹率兵三万沿克鲁伦河而下，侵至巴颜乌兰。第二年康熙三十五年春，康熙第二次御驾亲征。令将军萨布素率东三省兵出东路，在要道上阻拦，大将军费扬古、振武将军孙思克率陕甘绿营兵出宁夏西路，切断归路。康熙帝本人出中路，约期夹攻。五月，康熙由科图到达漠西。这时东西两路军尚未到达。清军迂回行走，粮草运输遇雨，军队走了70多天，人马困顿。大学士伊桑阿等请求回銮，遭到康熙痛斥。噶尔丹听说清兵前来，连忙逃走，在昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南）被西路军拦截。费扬古袭击噶尔丹阵后辎重妇女，噶尔丹大败。斩首数千，降三千，获马驼、牛羊无数。噶尔丹带着几十个骑兵逃走。
噶尔丹破喀尔喀后，留恋漠北，其伊犁旧部落全部被侄子策妄阿拉布坦所并，噶尔丹走投无路。
康熙三十六年二月康熙帝第三次御驾亲征。康熙令马思哈、费扬古两路进兵。由于清政府警告了俄罗斯不要与噶尔丹建立军事同盟，同时在伊犁的噶尔丹侄子策妄阿拉布坦正等着噶尔丹，准备把他抓起来献功。噶尔丹众叛亲离，便仰药而死。策妄阿拉布坦派人进京朝贡，献上噶尔丹尸体。
第三次征讨时，康熙一天在沙漠发现明成祖勒铭纪功之碑。洗干净一看，上有“永清沙漠”之语。康熙感慨地说：“真是永清了！”话里饱含了征服噶尔丹的喜悦。
“真是永清了”，这句话说得早了点儿。噶尔丹死后，策妄阿拉布坦与贵族达瓦奇仍继续为乱。雍正帝与乾隆帝继续征讨，才最后把准部平定。