阿睦尔撒纳由额尔齐斯河走小路往北逃，派人到札布堪河接他的妻儿子女。阿睦尔撒纳到处煽动叛乱，伊犁各喇嘛（僧侣）、宰桑（准部汗之下管理政务的官员）劫掠军台。当时清军已撤，只有5百人留在伊犁。班第、鄂容安（西路参赞）被围死之。西路军数千屯乌鲁木齐附近，永常退却到巴里坤。乾隆帝以策楞代永常，玉保、富达、达尔党阿为参赞，两路讨伐。
二十一年正月，叛军逃到哈萨克，却让人到特克勒河，对玉保等说诺尔布已将阿睦尔撒纳抓起来，一会就到。清军受骗不进，使阿睦尔撒纳逃走。五月，乾隆令达尔党阿与哈达哈替换策楞、玉保，兼令兆惠从巴里坤赴援。达尔党阿出西路，击败哈萨克2千兵马，阿睦尔撒纳易服潜逃。达尔党阿又听信叛军谎言中叛军缓兵之计，让阿睦尔撒纳逃跑。因为清军频受欺骗，二十年秋天受封的厄鲁特4部轻视清军，重又构乱，阿睦尔撒纳乘机到博罗塔拉河会合叛逆，想自立为汗，准部又大乱起来。兆惠闻变，自济尔噶朗河向南转战，经过百多次苦战，杀敌甚众。补给困难而处困境之中时，得到侍卫图伦楚所率2千兵的支援，解围后返回巴里坤。
二十二年三月，乾隆以定边左副将军成衮札布出北路，右副将军兆惠出西路，大剿叛军。碰上准部自相仇杀，瘟疫在准部流行，兆惠长趋直入，叛军鸟兽散，头领先后投降或被杀，惟有阿睦尔撒纳没有抓到。阿睦尔撒纳逃到哈萨克，六月兆惠、富德追到哈萨克。哈萨克汗阿布赉与阿睦尔撒纳积怨，要擒拿阿睦尔撒纳献给清朝，惊弓之鸟状的阿睦尔撒纳见阿布赉收了他们的马后，感到不妙，乃逃至俄罗斯。乾隆帝以檄文向俄罗斯索取，卡死阿睦尔撒纳退路。当年冬天，阿睦尔撒纳患痘而死，俄方把他的尸体运到中俄边界，让中方验看。
以上是乾隆两定准部，下面说平回。
“回”指“回部”，指天山南路信奉伊斯兰教的维吾尔地区。回部原来有一个叶尔羌汗国，康熙十七年，叶尔羌汗国为噶尔丹所灭。从此，回部属于准部，征赋税，应徭役。噶尔丹死后，维吾尔族人派罕巴尔蚂罕默特欲谋独立，被策妄阿拉布坦拘禁。派罕巴尔蚂罕默特生2子，长曰布拉尼敦，次为霍集占。乾隆二十年，清军平准，布拉尼敦与霍集占被释放，清兵护送布拉尼敦回到南疆，招抚旧部，而留霍集占居伊犁执掌回部事务。二十一年夏，受到阿睦尔撒纳反叛的影响，霍集占自伊犁率众潜归，发动叛乱。二十二年集中伯克（回部凡官曰伯克）、阿浑（通经典的主教），杀清副都统阿敏道，自立为巴图尔汗，各部响应叛变的竟有数十万。但也有大批维吾尔族人脱离他们，归顺清朝。二十三年，乾隆以雅尔哈善为靖逆将军，将满、汉兵万余，率鄂对（维吾尔族）由吐鲁番进攻库车。雅尔哈善不听鄂对劝告，疏于防范，让集中在库车城已成瓮中之鳖的布拉尼敦与霍集占逃跑。兆惠自告奋勇请求完成平回大事。霍集占奔叶尔羌，布拉尼敦奔喀什噶尔。十月初六，兆惠率军进攻叶尔羌，霍集占闭门不出。兆惠令副都统率兵8百扼守喀什噶尔援路而自己渡葱岭南河（亦称黑水河）夺取城南英奇盘山下的回部牧群。桥断，军分两半。回部5千军来截，隔河不能救，加上淤泥多，马跑不动，清军损失很大。兆惠派人告急，依林为营，回部在上游决水灌营，兆惠开沟排泄。北路的富德听到兆惠在黑水河被围的消息，率领乾隆派来增援的2千索伦、察哈尔兵以及北路兵千余冒雪且斗且前赴援，巴里坤大臣阿里衮与爱隆阿也率兵前来参加解围。解围后，两军回到阿克苏。六月，集中了2万兵、3万马、驼1万，然后兵分两路，兆惠由乌什取喀什噶尔，富德由和阗取叶尔羌。布拉尼敦、霍集占逾越葱岭，欲投达拔克山。七月，达拔克山酋长擒获布拉尼敦、霍集占，回部平。八月奏捷。兆惠封武毅谋勇一等公，加赏宗室公品级鞍辔；富德封成勇伯，晋一等侯。
新疆历史上叫做西域，西汉时属于西域都护府。明王朝初曾拥有新疆东部，后来又退出。乾隆平回后，新疆才又重新归属中原王朝，至此，清朝疆土到达最大范围。此后葱岭以西的布鲁特、爱乌罕、博罗尔、敖罕、安集延、巴达克山诸国才遣使朝见清朝皇帝。
平回后，清廷加强了新疆地方统治。首先是在二十七年设伊犁将军，总统新疆南北两路事务。然后设乌鲁木齐都统和副都统以及塔尔巴哈台参赞大臣和喀什噶尔参赞大臣，分别管辖北、南两路诸城。第二是修筑城堡，第三是改置府州（如改乌鲁木齐为迪化州，巴里坤为镇西府等）。
白莲教起义与清朝的镇压
嘉庆元年（1796）爆发了数十万人参加的规模浩大、长达9年的白莲教起义，波及川、陕、鄂、豫、甘5省，清朝调遣京营满兵、蒙古兵、陕甘回兵、苗疆兵、广东兵，组织了数十万民团（仅嘉庆元年、二年四川应募乡勇达30多万）用了9年时间和2亿两白银才把起义镇压下去。
这次大起义的大背景：一是乾隆后期吏治败坏，土地兼并，许多农民背井离乡，在鄂、陕、川交界的南山老林地区就聚集了很多贫困破产者。二是秘密宗教白莲教在四川、湖北、陕西、河南大量发展，仅四川、湖北参加者就有200万之多。其经卷宣传光明战胜黑暗的道理，认为“大劫在遇，天地皆黑，日月无光”，“世界必一大变”，号召同教之人互相帮助，男女平等。三是乾隆末年自然灾害频仍，乾隆五十三年荆江地区洪水，五十九年襄阳地区洪水。尖锐的阶级矛盾、自然灾害和白莲教的发展是这次大起义的主要原因。
起义导火线是清政府对秘密宗教白莲教的残酷镇压。白莲教首领刘松、刘之协、宋之清相继被捕。刘之协乘隙逃脱，朝廷下令搜捕。各省官吏乘机勒索，惟贿是求，引起了白莲教的大起义。
奉命镇压苗民起义的德楞泰嘉庆元年正月初七，张正谟、聂杰人在湖北宜都、枝江交界的温泉窑起义，揭开了这次大起义的序幕。接着二月，林之华在当阳起义。三月王聪儿、姚之富在襄阳、樊城起义，十月徐天德、王登廷在四川达州起义，冷天禄、王三槐在四川东乡起义。十二月，在四川巴州、通江等地又爆发了罗其清、苟文明、冉文俦、冉天元等人领导的起义。起义军的政治口号是“兴汉灭满”。
清朝立即分兵镇压各支起义军。湖北巡抚惠龄出兵对付张正谟、聂杰人，二月，聂杰人被擒。西安将军恒瑞与乌鲁木齐都统永保镇压林之华，第二年，林之华在巫山大茅田阵亡。襄阳这支起义军人数最多（5万），力量最强，清朝派出护军统领明亮、三等侍卫鄂辉、直隶提督庆成率大队人马前去镇压，刚释放的蒙古窃马谪犯也都被驱使从军协助额勒登保。
流动作战是白莲教起义军的特点。襄阳起义军攻襄阳、樊城未果，分路转战河南、湖北交界，一支队伍曾攻占孝感，打死清参将傅成明。清廷急忙令明亮驰救，并调湖南苗疆兵2万前来援助。八月襄阳义军到钟祥（靠近今湖北荆门市），突破清军四面包围，二年初到达河南，然而分成北路（王廷诏、高均德率领）、西路（由李全、樊人杰率领）、中路（由王聪儿、姚之富率领），以不同路线向陕西进发，会师镇安。清军分路尾随，为三路襄阳起义军忽南忽北的行军拖得疲惫不堪。五月十二日，中路襄阳起义军在白马石渡过汉江。惠龄、庆成（直隶总督）、舒亮（侍卫）、恒端（西安将军）这些清将因襄阳部渡过汉江被降了职。二年六月二十三日，襄阳起义军与徐天德、王登廷、冷天禄、王三槐领导的义军在东乡会师，根据地区为各支队伍编号：王聪儿、姚之富部称襄阳黄号，徐天德、王登廷部称襄阳白号，另有张汉潮部称襄阳蓝号，龙绍周部称太平黄号，冷天禄、王三槐部称东乡白号，罗其清部称巴州白号，冉文俦（ｃｈóｕ）、冉天元部称为通江蓝号，等等。他们还设立了掌柜、元帅、先锋、总兵、千总等官职。会师后的第二天各路起义军分开，各自为战。襄阳部留下李全一部，全部撤离四川，回湖北。
在回湖北途中，襄阳部在白帝城与清军激战。之后向夔州进军，再分为前后两路进军湖北。前路由王聪儿、姚之富率领到达湖北南漳，后路由王廷诏率领，抢渡汉水不成，转向陕西，又折向四川。三年二月，王聪儿、姚之富渡汉水入陕，经山阳再入湖北时，被清将明亮、德楞泰（副都统）困于郧西三岔河，7千义军战死，王聪儿、姚之富跳崖牺牲。余部由李全、樊人杰、张正潮等继续领导抗清。
以上是湖北起义，是白莲教起义的第一阶段。下面说四川起义，是白莲教起义的第二阶段。
四川的起义军兵分两路，川北一路由冉文俦、罗其清领导，川东一路由冷天禄、王三槐、徐天德领导。二年十一月，前一路进军巴州、仪陇、营山，后一路进攻大竹、长寿。奉令前去镇压的陕甘总督宜绵束手无策。嘉庆帝派遣湖广总督勒保统管四川军务，宜绵移督陕、甘。勒保到四川后对镇压起义军做了分工部署。他对四川起义军采取两种策略。一是利用起义军将领中部分人对因廉洁而有“刘青天”之称的南充知县刘清的崇拜心理，让刘清说降起义军将领，二是利用刘清、罗思举组织乡兵弥补八旗兵、绿营兵战斗力弱的不足。八月，勒保兵围云阳安乐坪，不能破，便利用王三槐对刘清的崇拜和麻痹心理，诱执王三槐。审问他为什么起义，王三槐说是“官逼民反”。第二年王三槐凌迟处死。其部由冷天禄、徐天德率领。
罗思举是四川东乡乡勇，胆大而诡计多端，组织“罗家军”，常奇袭起义军。例如，嘉庆二年率乡勇于云阳歼陈家山部起义军4千，三年冷天禄据安乐坪，环攻3月不下，罗思举率乡勇梯登绝壁，缒引亡命之徒（焚烧义军营寨），使冷天禄部遭受重大损失，川东起义军不能振作。九月，由于德棱泰围攻，罗其清、李全奔上天险大鹏寨。十一月罗思举率敢死队乘夜色缘长竹梯从绝壁登山奇袭，罗部溃散，为清军斩杀，罗其清被俘牺牲。
十二月除夕，德楞泰与龄惠袭击冉文俦于通江，冉文俦死难。罗其清部下苟文明与冉文俦侄子冉天元率部与在东乡的起义军会合。
四年正月初三，太上皇乾隆帝去世。临死，乾隆拉着嘉庆的手“频望西南，似有遗憾”。对于嘉庆帝来说，将起义军镇压下去可谓任重道远。嘉庆首先抄了和募遥推渥跃 Ｋ晕鹨寮热皇恰肮俦泼穹础保χ昧撕瞳｜就可以平息百姓对清朝统治者的愤怒，给起义烈火浇水。他说和垩壕ǎ杀恿毂蟪肌４χ煤瞳｜就是杀鸡给猴看，警告将帅们日后必须拼命。他授勒保为经略大臣，节制川、陕、楚、甘、豫5省军务。但是半年过去了，勒保没什么战绩，七月又以额勒登保替代他。额勒登保采取坚壁清野做法，给起义军制造了困难，迫使起义军转移。冉天元部就从川东北转移到清军较少的川西。五年嘉庆帝下诏要陕西湖北学习川北，设堡寨，实行坚壁清野，给起义�