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到了宋、元以后，修炼内丹的神仙道法，接受佛家禅宗明心见性的妙理，同时又受到南北印度传入密宗修法的互相影响，便在方法和理论上，产生两个极其重要的关键：（1）主张性命双修，是丹道的定则，为成仙的极果。（2）特别注重“炼精化气，炼气化神，炼神还虚”的三个步骤，是修炼丹法不二的程序。因此，宋、元以后，所有丹经的著作，无论为正统的道家思想，或为旁门左道的小术，在理论基础上，都是依循这个原则，抄袭《参同契》，或《悟真篇》的名言，牵强附会，用作引证的根据，所以明、清以后的丹道观念，便有：“修命不修性，此是修行第一病。只修祖性不修丹，万劫阴灵难人圣。”的传说。而且最妙的，便是丹道所有的传统，一律都奉唐末的神仙吕纯阳为祖师，犹如佛家的思想学术，自唐以后，大多都人于禅宗之林，这实为中国文化学术思想史上，唐代文化发展的奇迹。明、清以后的丹道学术，虽分为四派，如：南宗主双修阴阳，北宗主单修清静，西派主单修，东派主双修等四大宗，但它的宗旨，仍不离于性命双修的理论基础，有时又援引宋德理学，或《大学》、《中庸》的思想，讲究“尽人之性，尽物之性”、“穷理尽性以至于命”等理论，以及变化性情，做为丹道龙虎，铅汞等的妙论。总之，神仙丹道的学术思想，从周、秦以来的养神，一变为汉、魏以后的炼气，再变为宋、元以后的炼精，已经与原始质朴的道术，大异旨趣。虽然宗奉黄老，而与老子的清静虚无之说，更是大相径庭，何况后来的丹道家，掺入房中采补等邪术，加上种种装妖捏怪的花样，一一都自尊为无上的丹法，各自号称得到正统丹道的秘传；或说自己的师承，都是已经活到几百年以上的人，可以达到“却病延年，长生不老”的妙术，尽在此矣，只要读过《抱朴子》所列魏、晋以来方术之士们所说的谬论，便可哑然失笑了，了知千古妄语，皆同出一辙。
明、清以后的丹道修炼的方法，距离汉、唐、宋、元以来的正统丹法愈远，所走的道路也愈仄，一般所说的丹道，大多都以伍冲虚、柳华阳一系的伍柳派丹道为主。伍冲虚著有《金仙证论》，柳华阳著有《慧命经》等书，他们参合儒、佛、道三家论证形而上妙道的学说和思想，极力证明他们的丹法为道家正宗的嫡传，但是错解佛学，臆造佛言之处，反而使人望而却步，实为虚诳可笑之至。这一派的丹道，纯粹主张“炼精化气”为初步入手的根基，尤其注意性生理与性行为的功能，为修炼的妙法，认为男女性生殖机能的冲动，而不含有性欲的成分，才是活子时的药生现象。正好从此下手修炼，或用眼神回光返照，或用调理呼吸，紧撮会阴（海底），导引阳精循督派（中枢脊髓神经）而返还于上丹田的泥洹宫（间脑部分），所谓“还精补脑，长生不老”的作用，到此便发生效用，这也就是丹头一点的先天之炁；到了上丹田以后，化为华池神水（口腔与淋巴腺内分泌等的津液），循十二重楼（喉管部分）降至下丹田（脐下），便叫做打通任脉，如此任督二脉的循环运转，牵强配合易学象数的甲子等天干、地支的说法，便叫做运转一次小周天（也叫做转河车）的方法。然后如何由小周天转为大周天，配合青龙、白虎、铅、汞、阴、阳等等注释，玄之又玄，神之又神，遂使向往长生不老而欲作神仙者，无不奉为无上的道术丹法，勤修不辍，最后，以炼到马阴藏相（男性生殖器官收缩，女性乳房返还童身）为证验；从此再进一步，达到炼气化神的工夫，做到阳神出窍，神游身外而通灵的地步，才是炼成金仙的效果，种种说法，流传影响极大。一般修炼武术南宗呐家），北派（外家）的拳术名家，与专炼气功，或讲究静坐养生的人们，以及武侠小说家的笔下，所谓打通任督二脉，“走火入魔”等等的观念与术语，都从这一派丹法的理论名辞而来，贻害不浅。
其实，这一派丹法“炼精化气”的理论与方法，姑且不管他是否为正统，如果用得其正，用得其法，实在也有两种好处：（1）它可解决任何宗教，和任何宗派出家专修的独身主义者，对于性心理的烦恼问题，同时，也是真正要修炼到守住不犯淫戒的极好帮助，对于二十世纪末期疯狂追求肉欲的诱惑，以及讲究健康长寿的心理卫生的实验，在理论与一些初步的方法上，未尝不是好事。（2）他们也极力提倡以积善，为修道做神仙的基础，如果只有道法，没有极大至多累积的善行，要想修到神仙的果位，那是绝对没有希望的，这对于社会教育与宗教教育的意义，最具有决定性的至理名言。总之，我们归纳他这两种好处以外，认为他是健康养生的一种良好的修养术，那是不可厚非的；但是，仍须注意，便是我们刚才说过的，要用之得法，还要深通道家对于医理学的理论才对，否则，它的弊端也是非常可怕的，故从相反方面，归纳它的害处，约有四种：
（1）因为学习修炼的人，既不通道家医理学，有关于精、气、神的真正原理。又不了解普通医学（中医）十二经脉，与道家奇经八脉（任、督、冲“中”、带、阴蹻、阳蹻、阴维、阳维）的学理。更重要的，若是不了解佛、道两家关于心性之学，与性命之学的真正理论，只为了要求却病延年，长生不老的目的，就拼命地吸气提神，做收缩炼精的工夫；行之有素的，从表面看来，便有筋骨坚强，童颜鹤发，或红光满面的感觉，于是，由别人看来和自己的自信，至少都有半仙之分，其实，修到后来，十分之八九，都是脑充血而亡，或者弄得半身麻痹，通俗所谓“走火入魔”的走火，便是这种现象，求荣反辱，求寿反而不得安享天年，何苦来哉！
（2）一个人无论要学仙，或学佛，研究道术或佛学，首先要有一个认识，他们的学养与方法，都富于高深的学理，他们的修养效验，都是从这种极深厚的学理而建立方法的基础，而且因人而施，对症下药，只有活用的指导，并无呆板的妙术。尤其是道家，它与天文、地理、物理、化学、心性修养、伦理道德等自然科学与人文科学结合，走入哲学形而上的最高境界。如果对于道理没有通达，凭一点旁门小木，或练呼吸，或守窍（守眉心、丹田、中宫、海底等等），认为就是无上密诀，那是非常可笑的事。事实上，这些方法，都是为了集中注意力，注意生理机能的一部分，使它发生本能的活力，只是一种精神的自我治疗，与自然物理作用的原理，刺激生理本能活动的方法而已，并非神仙丹诀，尽在其中矣。况且修炼的人，既未达到老子的清心寡欲，至于清静无为的境界，以世间有所得的功利思想，要求成为长生不死之神仙的欲望，正如汲黯对汉武帝所说的话：“内多欲而外施仁义”，同是心理不健全的毛病。因此，在修炼这种丹法的过程中，或因生理的变化，而引起心理的错觉与幻觉，或因心理的幻觉而引起生理的变态，至于神经失常，精神分裂，通俗所谓的人魔情形，便由此原因而来，其实，魔从心造，妖由人兴，都是庸人自扰的事；清代诗人舒位，有感于吕纯阳的诗说：“由来富贵原如梦，未有神仙不读书。”正可引用为这个道理的注释。
（3）因为伍柳派的丹法，极力注重炼精的作用，而且是专以生殖器官的精虫为丹药的主要成分，于是便有捏穴撮精，类似手淫行为，或交而不泻等房术，人于此道之中。讲究男女双修，行容成素女之术的，也谓之炼精化气，种种名目，各立门户，都以伍柳派为依归，为求却病延年，长生不老而成病，炼精气而发狂的，所在都有。
（4）黄老之道，以谦抑自处与涉世为主旨，以清静虚无，无求无欲为道德。魏伯阳以下的丹法，以“洗心退藏于密”为至理，以持盈保泰，葆光养真的妙用。但是明、清以及现在以修炼伍柳派丹道入手者，大体都走入骄狂、狭仄、神秘、愚昧无知的范围，充分暴露中国文化反面的丑陋面目，实在非常可叹。
这一派流行的丹法，首先的歧途，便是妄认精虫血液的作用，错以为是道家所说精神的精，这是最基本的错误。一般人由静坐入手，固然多多少少都有些生理的反应，觉得身上气脉的流通，与部分肌肉的跳动，便当作是丹法的效验，认为自己已经打通任督，或奇经八脉的效果，事实上，这些都是在静态的心理状况中，所应有发生生理反应的现象，一点没有什么希奇，只是证明静态修养的初步效力而已。其实，督脉，是脊髓神经、中枢神经系统的作用，任脉，是自律神经系统的作用，精，是肾脏腺与性器官部分的内分泌作用，华池神水，是脑下垂体和淋巴腺部分，内分泌作用，如果稍有现代生理医学的常识，具备心理、哲学的修养，融会了许多科学的理论与实验，便可知道这是很平常的＿种健康养生方法，而且都是由于精神与心理融合的作用，并非是什么正统丹道神仙的秘密。固然在现代的医学上，也有些学派，正在研究性荷尔蒙、血清与返老还童的关系，但是，那还是医学科学上试验中的理想，等于种脑下垂体，种胞衣，注射各种荷尔蒙一样，还是停留在两千多年前，“方士”们追求生命长存的思想范围，只是所用的理论名辞，与所有药物和方法，大有不同而已，由此可见，人类的智慧，永远还很年轻，这是人类文化史上另一个重大的问题。
总之，道家所提出的精、气、神，以科学的观点，从人类生命的身心来讲，是属于形机面能的眼、耳、心的精神作用；神的表现与应用．便是目光视力的功能；气的表现与应用，便是耳的听觉的功能；精的表现与应用，便是心的运思与身的本能活力，如果从天人一体的物理功能来讲，神、气、精三种，便是光、热、力的作用。从哲学的理念来讲，道家所谓的神，便是相近于佛家所谓的性，道家所谓的精，便是相近于佛家所谓的心，所以唐代翻译佛经的《楞严经》，便有“心精圆明”等辞句；至于精液的精，乃是心理欲望的刺激，引发性腺内分泌与心脏血液循环的作用而已，正如道家广成子所言“情动乎中，必摇其精”，也便是这个道理。道家所谓的气，便是相近于佛家所谓的息（呼吸），是属于后天生命形身的作用而已，借用物理世界的现象做譬喻，神，比如太阳的光能，它给予世界万有生命的能量，气，比如太阳光能辐射到�