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所以在武帝晚年，卫后、太子因为武帝的宠幸日少，他们常常感到不安。卫后的弟弟卫青还在世的时候，汉武帝知道卫后和太子的担忧，就对卫青说：“汉家庶事草创，加四夷侵陵中国，朕不变更制度，后世无法；不出师征伐，天下不安；为此者不得不劳民。若后世又如朕所为，是袭亡秦之迹也。太子敦重好静，必能安天下，不使朕忧。欲求守文之主，安有贤于太子者乎！闻皇后与太子有不安之意，岂有之邪？可以意晓之。”汉武帝说这番话的目的，是想通过卫青转告卫后和太子，让卫后和太子安心。卫后知道后，脱去头上的簪饰去向武帝请罪，表现得非常谦恭。
卫后虽然后来并不受宠，但还是受到武帝礼遇，独尊皇后之位。这和卫后在宫中懂得避嫌，处事谨慎，以及谦让有关。卫后对卫氏子弟也是严加管教。如卫青的四子都不成器，卫后就向武帝涕泣，请求武帝削夺卫氏子弟的封赏。武帝就说：“吾自知之，不令皇后忧也。”卫青的少子最后因为犯罪被杀，武帝一并削夺其他几子的封爵，为此武帝还遣人向卫后通报道歉。
太子刘据对武帝时期酷吏的作法，不以为然，多有平反。卫后担心这样做会违背武帝的意思，得罪武帝，经常劝诫太子应该留心揣摩武帝的意思，不应该擅自平反冤狱。武帝听说后，认为太子的做法正确，卫后不对，但是卫后谦虚谨慎的态度可见一斑。
虽然武帝后宫也有宠幸的嫔妃，但是因为卫后小心谨慎，太子也无过错，所以汉武帝对太子和卫后还是很信任的。武帝每次出行，都把朝中事情托付给太子，而把后宫事务托付给皇后。只是汉武帝用法严酷，喜欢任用酷吏，而太子宽厚，经常平反冤狱，虽然得到百姓的民心，但是武帝用的那些酷吏都不喜欢太子。所以“群臣宽厚长者皆附太子，而深酷用法者皆毁之”，于是太子誉少而毁多。
太子有次觐见卫后，多待了些时间，武帝身旁的宦官苏文即向武帝进谗言说道：“太子终日在皇后宫里，与宫人嬉戏！”武帝不听，反而增加太子东宫侍女二百人。太子知道为苏文所谗，心里对其不满。苏文又与小宦官常融、王弼等，经常伺机寻找太子的过失，一旦寻到就添油加醋向武帝报告。卫后对此也是非常痛恨，让太子禀报武帝杀了这些人。太子心地善良，说：“第勿为过，何畏文等！上聪明，不信邪佞，不足忧也。”不想让武帝烦扰。武帝有次生病，派常融去召太子，常融回报说，太子得知武帝生病，脸上有喜色。武帝听了，心中暗暗不乐。等到太子入见，武帝看到太子面带泪痕，但是强装笑脸。武帝调查清楚情况，知道常融从中作梗，就把常融杀了。
第三部分巫蛊之祸（1）
汉朝人很相信巫术，汉武帝期间发生多次巫蛊事件，对当时的政治、社会都产生了巨大影响。所谓“巫蛊”就是利用人们的迷信，将象征真人的木制偶人埋到地下，通过巫师祈求神鬼，帮助施行巫蛊者加害所要憎恶诅咒的人。汉朝皇宫内最忌讳巫蛊，武帝一朝因为巫蛊事件而多次构成大狱，许多人受牵连而死。在汉武帝一朝发生过三起最严重和影响最广泛的巫蛊事件，这三起巫蛊事件都多多少少和汉武帝的皇后卫子夫有关系。第一次巫蛊事件发生后，陈皇后由巫盅被废，卫子夫得以坐上皇后之位；第二次巫蛊事件中，卫后失去了好几位亲人；第三次巫蛊事件发生，令卫氏家族灭亡，卫后自杀而死。可以说，卫后一生成也巫盅，败也巫盅。
第一次巫蛊事件这次事件的主角是汉武帝的第一位皇后、卫子夫的情敌——陈皇后。陈皇后因为自己得不到汉武帝的宠幸，又恼怒后宫美人的得宠，于是想利用巫术来让汉武帝回心转意。陈皇后在宫中让一个名叫楚服的女巫利用巫术来实现自己的企图，希望重新获得武帝的宠爱。此事为汉武帝所知后，元光五年（前１３０年）汉武帝派有名的酷吏张汤审理陈皇后巫蛊狱。张汤向来酷烈，他穷治此案，牵连被诛的有三百多人。案发后，汉武帝使有司赐陈皇后书，书中说皇后为巫术迷惑，不配再当皇后，应该废去。所以在此案发生后，陈皇后被废。不久，新受宠的卫子夫被立皇后。
第二次巫蛊事件事情发生在汉武帝征和元年（前９２年），是从卫后的姐夫丞相公孙贺家开始的，卫后的女儿、外甥都被牵连其中。卫后的姐姐卫君孺是公孙贺的夫人，因此公孙贺作为外戚深受武帝器重，此时正担任丞相之职。当初汉武帝任命公孙贺做丞相，公孙贺因为在自己前面担任丞相的几个人李蔡、严青翟、赵周三人都犯法而死不得善终，于是担心害怕重蹈覆辙，跪求武帝收回成命。在武帝极力要求下，才勉强答允。公孙贺之子公孙敬声，当时官任太仆，自恃为皇后外甥非常骄横。最后公孙敬声因为擅用北军钱一千九百万，为人所控告，被捕狱中。公孙贺溺爱儿子，就想方设法救儿子出牢狱。当时正巧有一位阳陵侠客朱安世犯案而未被官府抓获，于是公孙贺上书武帝，愿缉捕朱安世为子赎罪，武帝也应允了。公孙贺果然把朱安世抓住了，朱安世被抓后得知丞相公孙贺为了替子赎罪而逮捕自己，就说：“丞相想要害我，恐怕自己也要灭门了！”于是在狱中上书，告发公孙贺子公孙敬声，与武帝女儿阳石公主私通，并且使巫师诅咒武帝，在武帝去甘泉宫的驰道旁边，埋木偶，实行巫蛊。武帝得书大怒，立命拿下公孙贺，公孙贺父子同死于狱中，并且族诛。同时，此事牵连甚广，武帝的女儿阳石公主、诸邑公主及长平侯卫伉皆被杀。
阳石公主、诸邑公主都是卫后的女儿，长平侯卫伉是卫后弟弟卫青的长子，也是卫后的亲外甥。公孙贺等人与卫后及太子是至亲关系，他们死后，卫后和太子的地位更是处于风雨飘摇的境地，所以史家评述说：“巫蛊之祸起自朱安世，成于江充，遂及公主、皇后、太子，皆败。”
第三次巫蛊事件发生于征和二年（前９１年）六至八月之间，又被称为巫蛊之祸，这次巫蛊事件震惊全国，影响巨大，其主角是当时的皇后卫后和太子刘据二人。武帝晚年对卫后、太子宠衰，而且夫妻、父子之间很少见面，武帝又非常信任一个名叫江充的酷吏。如果说卫子夫改变命运，登上皇后至尊之位，武帝姐姐平阳公主是她的福星，那么令卫氏家族从兴盛到灭亡的江充就是卫子夫及卫氏家族的灾星了。
江充，本名齐，字次倩，赵国邯郸人。江充有妹妹擅长鼓琴歌舞，嫁给赵国太子丹。江充本人也受到赵王彭祖的宠幸，为赵王的门客。后来他得罪了赵太子，赵王派人杀了江充全家，只有江充一人逃入长安，向武帝控告赵太子丹与其姊妹相奸，淫乱不法，于是赵太子丹被废。此后，汉武帝在犬台宫召见了江充，江充长得很魁梧，穿着新奇的服装，武帝见了很惊奇，对左右的侍从说：“燕、赵固多奇士。”又以政事问江充，他回答得体，武帝非常高兴。汉武帝后来曾派江充出使匈奴，回来后被任命为直指绣衣使者，职责是负责督责长安附近三辅盗贼，“禁察逾侈”。当时长安贵族多奢靡，江充进行了严格惩治，武帝以江充为忠臣。有一次江充随从武帝去甘泉宫，太子家派出的人乘车马行驶在驰道中，违反了汉代的法律规定，被江充令人没收了。太子听说后，派人向江充致歉说：“非爱车马，诚不欲令上闻之，以教敕亡素者。惟江君宽之！”恳请江充法外施恩，但是江充并不接受太子的致歉，而把这件事告诉了武帝，武帝高兴地说：“人臣当如是矣。”赞赏江充的做法，更加信任江充了，江充之名“威震京师”。
第三部分巫蛊之祸（2）
太子刘据为人忠厚，平时遇有大狱，往往代为平反，颇得民心。而江充等武帝时代的酷吏，处事方式与太子不同，对太子早就心怀不轨。而且自江充公然没收太子家车马事件发生后，太子与江充就有明显的嫌隙了。江充害怕武帝年老死去，太子继位，会对自己不利，于是想先下手为强，除掉太子，免贻后患。武帝当时在甘泉宫患病，江充就向武帝说，武帝的疾病是因为巫蛊的原因。武帝就派江充审理，又派按道侯韩说、御史章赣、宦官苏文等协助江充。江充先惩治后宫嫔妃，然后开始对皇后和太子下手。江充在太子宫中掘地三尺，太子、卫后的宫殿被挖的连放张床的地方都没有，最后江充不知怎的就掘得了桐木人，就要向汉武帝禀报情况。当时汉武帝在甘泉宫避暑，宫中只有卫后、太子在。太子知道是江充陷害自己，就召见自己的老师石德，石德以秦始皇太子扶苏被奸人所害的事情来劝谏太子，让太子出兵先杀死江充，再向武帝解释。但是太子一开始不同意，太子说：“吾人子，安得擅诛！不如归谢，幸得无罪。”太子想去甘泉宫向武帝解释，但是江充逼太子太急甚，太子没办法，就假传武帝的命令，发兵抓了江充，亲手杀了江充。宦官苏文逃到甘泉宫，向武帝报告说太子造反，武帝一开始不相信，派人去召太子。但是派出的使者不敢去，就回报武帝说，太子真的造反了。武帝大怒；派丞相刘屈发兵对抗太子，太子兵败，逃出长安，自杀身死。后来田千秋上书武帝诉说太子冤枉，武帝才醒悟，遂拜田千秋为大鸿胪，并诏令族灭江充家，杀掉苏文。在太子死难的地方湖县筑思子宫，表示哀悼。
太子战败，从长安城逃走后，武帝派遣宗正刘长、执金吾刘敢奉命去收取卫后玺绶，要废掉卫后，卫后自杀。宦官苏文、姚定汉将卫后遗体放置于小棺，葬于长安城南桐柏。
此次巫蛊之祸，卫氏家族灭亡，只有一个出生才一个月的小婴儿成了漏网之鱼，他就是太子刘据的孙子刘病已。刘据尝纳史女为良娣，良娣是东宫姬妾的名号，位居妃之下。史良娣生子名进，号史皇孙。史皇孙纳王夫人，生子病已，号皇曾孙。太子刘据起兵败死，史良娣、史皇孙、王夫人都遇害身死，惟独这个襁褓中的婴儿刘病已为廷尉监丙吉所救，才躲过大劫。刘病已长大以后，机缘巧合下幸运地继位为皇帝，即汉宣帝。汉宣帝登基以后，才改葬其曾祖母卫后，追谥卫后为“思后”，并置园邑三百家，命令长丞周卫守墓。卫后冤屈的灵魂大概至此才得以安息。
第三部分裙带关系，一荣俱荣
卫子夫受宠后，卫氏家族亦受到汉武帝的宠幸，特别是卫子夫的弟弟卫青、外甥霍去病两人因为外戚的缘故而建功立业，成为西汉历史上