理党务作为“清党”的一个重要内容，他认为，以前虽然也整理过党务，但收效不大，这次应该彻底整理，为此，他与蒋介石、丁惟汾一起拟定了一个整理党务的提案交会议讨论。他还强调，要为“清党”制定法律条文，基于此，他还与蔡元培等提出了《制止共产党阴谋案》等，陈果夫参加拟定的提案几乎占了会议所有提案的一半，这些提案，对“清党”的理论、方法、程序进行了系统的阐述。
为什么要继续“清党”呢？陈果夫等认为：“清党时间倏逾半年，共产党之逆迹固以大暴国中，本党之精神亦日就淹没”，现在国民党的组织形式、工作方法、所持理论均沿用过去国共合作时的一套，“是昔者以共产党操纵国民党，今则以国民党继承共产党”，因此，“非将容共期中之理论与方法，一举清之不可”。继续“清党”就是要清除共产党的理论与方法。
如何“清党”，整理党务呢？陈果夫等的提案作了具体的布置。
第一，关于基本理论。陈果夫等攻击共产党的理论“为破坏，为阶级斗争，为反科学，为虚伪不择手段，为以民众为工具，为分裂三民主义为三个一民主义，为造成全民恐怖，为使中国产业由落后而至于绝灭，为遮断中国在国际间取得平等优裕之机会，为打破国民革命军的基本力量以培植爪牙”。因此要彻底清除，“一反其义”。他们提出国民党要树立自己的理论，即树立被他们篡改了革命内容的“三民主义”，为此，要“制定管理党报及党的一切刊物条例”，以利于宣传“三民主义”。
第二，关于组织。陈果夫等主张：“废除容共期内一切民众运动方式”；“严厉取缔农工间武装集团及潜伏暴动性之秘密结合”；“各地畸形农工集团一概取消”；“取消省党部以下一切畸形、残破的党部”；“省党部未正式成立时，由中央指定各省登记委员，专办全省党员登记，限期完成整理党籍工作”，“废止中央及各级之农民、工人、妇女、青年、商民等部，只设组织、宣传、训练三部，于必要时得设特种委员会辅助之”；“厉行监察委员会职权，监察委员会得指导中央及地方特种刑事法庭”。
第三，关于整理党务的方法。陈果夫等提出：整理党务要经过四个阶段，即总登记、总考查、彻底训练、彻底改组各级党部。先由中央成立考查委员会，考查各地曾任省级及与省同级党部的委员；再由中央选派指导员组织各省党务指导委员会；然后由省党务指导委员会选派指导员组织各县市的党务指导委员会，分级考查各地的国民党员。凡经登记合格者为预备党员；凡经考查合格者为正式党员；凡经长期考查与训练合格者为基本党员，在此基础上成立各地的国民党党部。
第二部分“清党”运动（2）
这些“清党”的方案提出后，陈果夫不遗余力，在会议的各种场合反复解释、说明，使二届四中全会通过了他们的提案。会议决定首先改组国民党中央机构，开除撤销共产党员和所谓“附逆”共产党的谭平山等人的国民党籍和国民党中央执监委员职务，选举蒋介石等36人为国民党中央执行委员；在国民党中央取消农民、工人等五个部，只设组织、宣传、训练三个部，并决定对各地的国民党党部进行整理，对党员重新登记。陈果夫由于在全会上的出色表现，他被选为中央监察委员会委员，在会议闭幕后，他又被任命为中央民众训练委员会委员、常委，主持该委员会的工作。
二届四中全会后，陈果夫、陈立夫兄弟即着手对国民党各级组织进行整理，他们发誓要“将共党遗留作风一扫而空”。整理的第一步便是向各地派出党务指导员。他们找来张道藩、余井塘等人进行密谋，决定从反共人物中选拔党务指导员。
为此，他们对大革命时期国民党内一些极右派人物逐一进行考查，凡是积极反共的人都被挑选出来，作为党务指导员的人选。然后，让这些人参加中央组织部的各项工作和各种会议，使他们熟悉环境，并从中观察他们的政治立场和工作能力。按二陈的要求，“必须具有忠于国家民族，忠于本党主义，认识共党阴谋，忠于领袖的真诚才行”，简言之，只要具备反对共产党，忠于蒋介石这两条就行了。
经过两个月的悉心考查后，二陈便从这批人选中挑出一些思想反共而又忠于他们的国民党人，委派为党务指导员，将他们派往各地去执行“清党”任务。二陈对此十分重视，在这些党务指导员出发之前，都亲自召见，反复交待。他们要求党务指导员到各地后，再进行认真考核，选择一批坚定的反共分子到各县市担任党务指导员，所有各地的党务整理和“清党”运动，统统由党务指导员负责进行。
这些党务指导员到各地后，秉承二陈的旨意，迅速开展工作，对各地的党部进行解散、改组、重建，将共产党员和国民党左派人士逐出党部，换上二陈所指定的人，到1933年，各地主掌党权的基本上是二陈的亲信。如天津市，陈果夫派傅作义、苗培成、刘不同作为党务指导员到达后，即将天津市党部全部改组，二陈的亲信邵华，马亮、邵汉元、时子周等，都被塞进市党部，市党部下的各基层组织也换上了他们的人。还有，如“江苏为马元放；浙江为张强、许绍棣、罗霞天、方青儒、郑异、叶溯中、胡健中；安徽为佘凌云、张德流、魏寿永；湖北为艾毓英、杨锦昱等；江西为王冠英、刘家树、李中襄；河北为陈访先、詹朝阳、胡梦华；山东为赵伟民等；河南为陈泮岭、王星舟、李敬斋与张廷休；陕西为宋志先等；甘肃为田昆山、凌子惟等；黑龙江为王宪章、王秉钧等；察哈尔为马亮、刘诚宣、郭育恺等；绥远为赵允义、陈国英等；宁夏为沈德仁；青海为燕化棠、方少云、李天民；南京为方治；上海为潘公展、童行白、陶百川、陆京士、吴开先；北平市为陈石泉、庞镜塘；青岛为李汉鸣等；汉口为李冀中、吴企云、单成仪等”。这样，全国各省市的国民党组织已被二陈兄弟所掌握。
整理党务的第二步，便是对国民党员重新进行登记，这一次比1926年陈果夫接收组织部时所进行的登记更加广泛、更加严格。根据二陈的命令：“各地各级党部，一律暂停活动，听候中央派员整理，所有党员一律重新登记。”并要求所有国民党员“必须绝对遵守纪律”，“不得违反党纲、党章及一切决议案之主张”，“必须绝对服从党部之决议及命令”，听候审查。
在各地党务指导员的部署下，所有国民党员一律填交审查表。审查表中，有关于政治信仰的栏目，根据二陈的指令，在此栏目中，要求回答对三民主义和共产主义的认识，并加以区别，以此来测验填表者的政治倾向，这是决定其登记与否的一项重要标准。然后对这些党员开展调查，进行评审，凡有共产党嫌疑或亲共言行的，皆由军警和行政机关配合，进行审查、缉拿或清除。这是对共产党和其他非蒋势力从中央到地方的一次大清洗。
陈果夫、陈立夫对于派员到各地主持“清党”工作，总是不那么放心，生怕什么地方出了问题，因此，兄弟俩常常不辞劳苦，亲临各地去巡视，指导当地的“清党”运动。特别是对华北、东北地区，陈果夫最不放心，他考虑到这些地方原是张作霖的领地，国民党势力不强，现在刚刚平定，恐怕共产党乘机插入其中进行活动，因此，他把北方地区作为开展党务的重点。1929年夏天，陈果夫亲自到了北平。
一些新闻记者知道陈果夫是国民党内的新权贵，蒋介石的亲信人物，这次来北平一定有重大任务，便纷纷来到陈果夫下榻的旅馆，想进行采访。陈果夫知道，他所主持的“清党”运动是不得人心的，他此行的任务是秘密的，他本身的工作更是特务性质的，因此，尽管记者多次提出采访要求，他都一概回绝，拒不接见。
一天，陈果夫出席张学良举行的宴会，他兴致冲冲，十分潇洒地步入餐厅，刚进大门，便被早就守候在那里的一群新闻记者包围起来，陈果夫再也逃脱不了，他看看表，离入席的时间还有十几分钟，心里十分着急，突然，他灵机一动，计上心来。于是，陈果夫满脸堆笑，先入为主地询问那些记者在什么报馆工作，报纸发行的情况，编辑工作的情况，甚至问到了广告业务等等，好不容易，拖到了宴会入席的时间，陈果夫即站起来，收敛笑容，冷冰冰地说道：“对不起，我要入席了。”说完，便把一群记者丢下，径自走了。事后，陈果夫得意了好几天，他说：“他们对我一无所得，而我反做了新闻记者的新闻记者了。”实际上，这正说明陈果夫做贼心虚，他的所谓“清党”运动，整理党务，说穿了，就是残害共产党，残害人民的代名词。
正是二陈所主持的这种反革命“清党”运动和整理党务中，又有无数的共产党人和革命群众惨遭杀害，“例如，在广州‘四一五’和以后，杀害了萧楚女、熊雄、孙炳文、安体诚等。过了几年，还把韩麟符在天津捕杀。又长期关押黄埔军校第五、六期的学生多人……在其他各省市，持续一二年之久，还在多方进行迫害，必至置诸监狱而后已，就全国范围而论，被害的人数，竟至数以万计”。许多共产党的基层组织和革命群众团体被野蛮地破坏。同时，通过所谓的整理党务，完全改变了孙中山亲手创建的国民党的性质，国民党日益被推上法西斯化的道路，陈果夫、陈立夫逐步控制了国民党，他们的势力也日益膨胀起来。
第二部分网罗“人才”（1）
蒋介石叛变革命后，建立了大地主大资产阶级专政的南京国民政府，在这个国家政权中，实施的是国民党一党专政，蒋介石为了维护自己的独裁统治，他必须控制国民党，因此，他对国民党的理论、组织等方面的建设十分关心，表示：“继今以往，本党必益当努力于党权之集中，组织之精密，纪律之森严，信仰之统一，凡别有结合别有卵翼之反革命派，固当在所必除。”陈果夫、陈立夫对蒋介石的意图心领神会，他们根据“清党”运动和整理党务中出现的问题，积极为蒋介石出谋划策。陈果夫认为，要实行国民党的专制政治，一方面要以武力剪除国内一切异党，特别是共产党及其进步力量；另一方面要进行反共宣传，以开化全国民心。而这两方面的进行，都需培养大批反共“人才”。陈果夫看到，共产党中有很多人才，因此在国共合作时，成为国民党各级组织中的骨干，“清党”后，共产党人被除掉，各级组织也瘫痪了，另外，国民党中一些人因深受共产党宣传的影响而立场游移，态度暧昧，不能胜任反共的责任，这样，国民党中人才匮乏的问题便十分突出地显露出来。因此，陈果夫认为，要完成“清党”反共的任务，要推行一党专制的政治，必须培养一批新的国民党骨干分子。为此，陈果夫专门请来戴季陶、丁惟汾等人，共同磋商培养党国“人才”大计，戴、丁二人对陈果夫的想法深表同意，但一时拿不出培养人才的具体方案。陈果夫便提出，将以前党