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人员增加后，陈立夫又将调查科内的机构增多，在原来采访、整理两个股的基础上，又增设了特务组、言文组，文书组等，还向一些重要地区派遣了特派员，如上海特派员为杨登瀛、武汉特派员为蔡孟坚、开封特派员为黄凯。其中，特务组最为重要，是调查科的核心组织，其成员都是经过二陈兄弟精心挑选的极善玩弄阴谋、极端冷酷无情、极端反共的顽固分子。特务组的成立，标志着整个调查科完成特务化过程，而陈立夫则是这一转化过程的直接导演。
为了加强对特务们的思想控制，让其死心塌地为他们服务，陈立夫经常召集特务训话，大讲特务工作的所谓重要性，说什么调查科是国民党最核心的组织，是党的耳目，宣扬特务活动是保卫党的安全、国家的安全、领袖的安全并与党国命运息息相关的事业，只有优秀的党员才能从事这一光荣的工作等。正是在二陈的悉心培育下，调查科的特务被豢养成一帮阴险、狡猾、残忍、冷酷的极端恐怖分子。
蒋介石建立特务组织的主要目的是为了反共。1928年12月11日，蒋介石在庐山召开“剿共”会议，电召陈立夫参加。陈立夫即匆匆赶往庐山，在会上，陈立夫积极为蒋出谋划策，最后制定了湘鄂赣三省“剿匪”方略，决定对这一地区实施军事“围剿”。同时，陈立夫自告奋勇，在上海、南京、武汉等地区率领他的特务配合军事行动，加紧进行反共活动。蒋介石当即表示赞许，并命令他抓紧进行。
陈立夫接受使命回南京后，即开始了一场旨在对中共地下组织进行大破坏的反共活动。
陈果夫与陈立夫分头指挥调查科的特务，对共产党展开了大规模的侦查、检举、密报、跟踪、绑架、逮捕、屠杀，这一时期，革命力量受到极大摧残。调查科在从事这些罪恶活动时，常常是直接指挥警宪机关协助进行。当时，南京首都警察厅督察长陈独真曾任过陈果夫的保镖，他能独当一面，负责首都警察厅的工作，也是由于陈果夫的提携，因此，对二陈兄弟是百依百顺。这样，调查科便与警察厅紧密结合在一起。调查科发现情况后，总是利用警察厅的名义，借故检查户口，深夜闯入被认为有共产党嫌疑的进步人士的私宅搜查，如发现进步书刊，便予没收，甚至当场施行逮捕。
第三部分调查科主任（3）
调查科除了与警察厅配合工作外，还常与宪兵司令部一起行动。蒋介石多次指示调查科要和宪兵司令部密切协作，而陈立夫与宪兵司令谷正伦的关系更是超出一般。陈立夫被称为特务魁首，谷正伦被誉为宪兵之父，陈立夫主张特务工作要依靠宪兵，谷正伦则强调“宪兵常务、特务一元化”，所以谷、陈气味相投，关系十分密切。有一次，陈立夫应邀到南京宪兵学校对特务教育班第二期学员讲《唯生论》，他在台上高谈阔论，而谷正伦则在台下“洗耳恭听”，陈立夫一讲就是两个小时，谷正伦也立正“恭听”了两小时。这种恭顺态度使陈立夫深受感动，二人的关系进一步加深。后来，陈立夫还派其亲信徐恩曾为谷正伦担任宪兵司令部的顾问，这样一来，调查科与宪兵司令部可以不分彼此，宪兵、特务实际上是一家人了。所以，调查科可以肆无忌惮地随意抓人，抓来的人大都送往宪兵司令部监狱关押，而宪兵司令部对这些随意抓来的人往往不加审理，则以“反革命”论处，这种滥杀无辜的特务行径，对中国人民犯下了不可饶恕的罪行。
陈立夫主持调查科的时间不长，便被调任南京国民政府军事委员会机要科主任兼国民复兴委员会秘书长。但他对调查科这块肥缺是不肯轻易放下的，必欲牢牢控制在自己手中，因此在他离任时，便与其兄陈果夫商量，提拔他的亲信张道藩担任调查科长。
张道藩，贵州盘县人，早在天津读南开中学时，便与就读于北洋大学的陈立夫相识。1919年赴欧，考入英国克来佛穆学院，后又考入伦敦大学斯来德艺术学院学美术，并于1923年加入国民党，毕业后又赴法入巴黎艺术学院深造。1926年6月回国后出任广东省政府农工厅秘书，此时，与陈果夫、陈立夫搞到一起。由于他机警善辩，顽固反共，深得二陈信任，成为CC派中的核心骨干，所以陈立夫卸职后便由他主持调查科。
张道藩担任调查科长的时间也不长，很快便升任国民党中央组织部秘书兼蒋介石侍从室秘书，于是，二陈又安排其亲信吴大钧继任其职。吴大钧主持调查科一段时间后，二陈觉得不够满意，1929年8月，陈立夫担任国民党中央党部秘书长后，便将吴大钧调出，担任秘书处所属的中央统计处处长，然后再调另一亲信叶秀峰担任调查科长。
叶秀峰是江苏扬州人，与陈立夫是北洋大学同班同学，后来又一同赴美国留学，二人称兄道弟，私交极深。陈立夫让他主持调查科，是想让他当傀儡，但不久，陈立夫便发觉叶秀峰并不能俯首帖耳听他的话，不几个月便将他撤下，干脆派他的表弟徐恩曾取代其职务，出任调查科第五任科长。
徐恩曾与二陈既是同乡，又是亲戚，他早年毕业于南洋公学，后入交通大学电机系，并与陈立夫一同赴美留学，在美国加入国民党，1927年回国后即参加CC特务集团，所以深得二陈的信任。更重要的是，徐恩曾对于二陈来说，是一个惟命是从的奴才。所以，陈立夫将调查科长像走马灯似地换了一个又一个，最后选定徐恩曾，放心地将科长大权交他掌管。实际上，张道藩也好、吴大钧也好、叶秀峰也好、徐恩曾也好，二陈只是要他们当走狗，执行他们的命令，按他们的旨意办事，整个CC特务集团的大权始终牢牢地掌握在陈果夫与陈立夫的手中。
由于二陈为蒋介石建立特务组织所表现的忠心耿耿及卓有成效，所以深得蒋介石的欢心与赞赏。1931年12月，蒋介石提拔陈立夫担任国民党中央组织部副部长，1935年，再次提升为中央组织部部长。其兄陈果夫则于1933年11月被蒋介石派往中国最重要的省——江苏省，出任省政府主席。从上海四一二政变一直到1949年蒋介石在大陆的统治崩溃，在这20多年的漫长岁月中，国民党各级组织、人事大权及党务、经费的管理权与支配权，多半操在陈果夫、陈立夫手中，二人轮番执掌，其他人极少问津。
第三部分特工总部（1）
陈果夫、陈立夫所主持的国民党中央组织部党务调查科在配合国民党蒋介石镇压共产党和革命人民的活动中起到了特殊的作用，因而受到蒋介石的高度重视，认为它是破坏革命、保卫其法西斯独裁统治的有力工具。这时，九一八事变发生，蒋介石提出了“攘外必先安内”的反动方针，所谓“安内”，就是消灭中国共产党，蒋介石认为调查科这个特务组织将在“安内”的过程中起更大的作用。因此，蒋介石召见了陈果夫与陈立夫，当面表扬了二陈，并表示对调查科寄予更大的希望，要求调查科有一个大的发展。他告诉二陈，他准备对江西苏区进行更大规模的军事围剿，调查科一定要紧密配合，要尽快扩大组织。他表示将在人力物力财力上给予大力支持。随后，蒋介石即指示军需署拨给二陈特务费10万元，以供其扩大组织的需要。
蒋介石的表扬和支持使二陈深受鼓舞，兄弟俩受谕回来后，便诚惶诚恐地开始进行扩大组织的各种准备工作。经过多次密商后，他们决定，以原来从中央军校挑选来的那20名特工人员为基础，再扩大人员编制，成立特务工作总部（简称特工总部），由他们的亲信徐恩曾为主任，具体负责。
特工总部是以二陈为首的CC派特务集团的一个重要组成部分，它自始自终是一个完全秘密的组织，它不属于国民党的任何党政部门，在国民党的各种组织条例中也没有这个名称。它对外活动从不用“总部”的名义，而是用的化名或代号，如一度以“华统”，“鲁黎”作为其代号。
特工总部的大本营不是设在南京丁家桥国民党中央组织部内，而是另立门户，由二陈精心选择，设在南京道署街（今瞻园路）132号瞻园内。瞻园在南京市区南部，坐落在“烟笼寒水月笼纱”的秦淮河畔，堂宇深邃，园林秀丽，原是明朝开国元勋中山武宁王徐达府内的花园，清朝时期为江宁布政使衙署，乾隆皇帝第二次下江南巡视时，亲笔题“瞻园”二字。太平天国时，该园曾为杨秀清的东王府，辛亥革命后，又为江苏省长公署所在地，现在，则为国民党特务所盘踞。
由于特工总部是秘密的，所以，偌大的花园门口，从不挂机关招牌，朱漆大门总是紧闭。里面有七八个彪形大汉隐蔽于大门旁的两间侧屋内，外人不经通报许可，是不能自由进入的，经通报许可后，也只能从侧门进入。大门一般不开，只是在遇有重要人物，如二陈兄弟或国民党高级领导乘小车进出时，警卫才将大门启开，待车过后，又将大门紧闭。平时，不仅无人光临此园，就是园周围也很少有人滞留，园内园外静得出奇，整座花园尤如一座阴森可怖的阎罗地府。
特工总部建立后，在陈果夫、陈立夫的直接干预下，设置了一整套严密的机构，各机构的主要负责人均为二陈的亲信。这样，特工总部内各机构以二陈为中心，各司其职，各负其责，形成一个统一的整体。总部下所设专职机构主要有：1．书记室。为特工总部的核心部门，主要工作为插手各地方的组织人事安排；侦查、破坏共产党及其他党派的组织；指导逮捕、关押以及杀害共产党人和进步人士；对被捕人员进行“审理说服”即劝降诱叛工作。该室地位高于其他各科室，处于二陈的直接控制之下。二陈安排CC派骨干濮孟九任书记，王思诚任副书记。
书记室下设4个组，即指导组，组长田昆生；行动组，组长马啸天；审理组，组长吴若萍（又名李树华）；组织组。以上4组分管各专门事务。
2．总督察。是二陈为了严密控制下属而设置，是特工总部中的一个特殊部门，其职责为监督考核特工人员对二陈是否“忠实”，对特务工作是否“卖力”，有无“非法活动”，如发觉其成员有“不忠”的言行，可以随时进行各种处罚，轻则被训斥、关禁闭，重则被关押，直至处死。督察人员分布在特工总部内各机构，每一机构中有一二人或三四人不等。总督察直接对二陈和徐恩曾负责，一般人员甚至高级人员对于总督察的活动也无法了解。二陈赋予这一部门掌握有对特务的生杀大权，当时被称为“特务中的特务”。先后担任总督察的有二陈亲信刘不同、王杰夫等人。
3．设计委员会。是徐恩曾直接领导的一个咨询单位，主要职责是对特工总部中重大问题进行咨询，参与设计，向总部或直接向二陈提出意见或建议。设计委员会主任委员由陈果夫安插其浙江同乡张冲担任。张冲，字淮南，20世纪20年代初入北京交通大学攻读俄文，后转入哈尔滨法政大学肄业，并在这一时期参加国民党，担任过国民�