在重庆的几天，陈立夫再也没有公开露面了，他行动诡秘、行踪不定，有时出入一些特务据点，有时找来特务面授机宜。他知道内调局在大陆已经是寿终正寝了，要紧的是在重庆留下几个通讯点，将来能与台湾联络通报。为此，他找来渝调处处长王难三，交给他300美金，指示他选定可靠人员在重庆布置一部潜伏电台，以便在大陆解放后发挥作用。他再三强调要选择可靠人员，王难三按照陈立夫的交代，选定曾任中统重庆区电台台长的彭衡负责办理。并向陈立夫保证，这个彭衡绝对可靠。但就是这个可靠的彭衡，在重庆解放后，即向人民政府自首，交出了这部潜伏电台。不久，内调局四川调查处、重庆调查处、川康滇边区调查处即土崩瓦解。
1949年11月23日，人民解放军开始攻打重庆，内调局副局长张益民仓皇逃往香港，其他大小特务在中统西南区区长徐政带领下，狼狈逃窜成都。到成都后，谁也没有心思搞什么反共计划了，都各找门路，准备逃跑。
为了收拾残局，陈立夫壮着胆子飞往成都，他一下飞机，便召集特务进行训话，给他们打气，说什么“只要拖到第三次世界大战爆发，党国即可复兴”。但他的话再也起不到任何作用了。因为此时，人民解放军已解放重庆，正以迅猛的速度向成都推进，特务们最关心的是自己的性命，都纷纷要求陈立夫安排他们逃跑，面临这一大堆特务的后事，陈立夫确实为难了，他知道，运送逃台的飞机极少，国民党一些重要人物都难以安排，何况这帮小喽罗呢？他只得把事情推给蒋介石侍从室主任谷正纲，说成都飞台湾的飞机全部由谷控制，没有他的批准，任何人也不能乘飞机，并要求大家鼓起勇气，坚持到底。
特务们似乎都清醒过来，他们知道此时此刻，陈立夫是不会管他们的了，于是，陈立夫讲完话后，特务们便四处奔走，想尽办法争取登上飞台的机舱。由于机少人多，结果，少数逃到了台湾，多数则被抛弃在大陆，这些中统特务，平时作恶多端，以为准没命了。但后来，共产党并没有杀他们，而给他们以多方面教育，使之获得了新生。
国民党内政部调查局在中国大陆只存在了7个月，便随着蒋介石政权的崩溃而结束了，这个机构的结束，标志着从国民党中央组织部调查科开始，以反共起家、危害中国革命、危害中国人民的中统特务系统在中国大陆彻底瓦解、彻底完蛋了。
陈果夫与陈立夫在政治上赖以生存的资本也基本输光了。
第六部分败走孤岛（1）
陈果夫与陈立夫自恃国民党枪多人多地盘大，又有美国人的支持，因此，他们竭力反对与中国共产党进行合作。政协会议后，他仍支持蒋介石撕毁协议，悍然发动反共反人民的内战，他们以为很快便可以消灭共产党，实现其独裁专制的一统天下。
但战争爆发后，并没有按他们的愿望发展，恰恰相反，结果是国民党军事大溃败、政治大腐败、经济大危机，国民党内也四分五裂，陷入一片混乱中。以蒋经国为首的三青团派逐渐崛起，企图以团代党，这对掌党的CC派来说，无疑是个严峻的挑战，二陈为此十分不安。
为了解决这一问题，二陈找来一些CC派高级骨干进行密谋。大家认为，蒋经国的势力已不容忽视，由于有蒋介石的关系，他们不可能与之争锋。最后，大家想出个妥协办法，即“党”“团”实行合并，以此消弥三青团与CC派的矛盾，团结一致，共渡难关。在国民党六届三中全会上，由庞镜塘等人提出了“党与团应统一领导”的提案，这一提案得到蒋介石的赞成，他也认为这是处理党团矛盾的最好办法，因为在党团争斗中，他既不愿儿子吃亏，也不能没有CC派，只有党团合并，双方妥协，利益均存，才可以消除矛盾。他说：党团如再不合并统一，“党与团惟有同归于尽”。于是国民党中常会作出决议，“撤销三民主义青年团，归并本党”。蒋介石为了表示他不偏向三青团，他将党团统一事务交由陈立夫与吴铁城、陈诚具体办理。
1947年9月9日至13日，国民党六届四中全会暨中央党团联会议在南京召开，会议通过了《统一中央党部党团组织案》，实现了党团合并。陈果夫与陈立夫虽然都被选为中央执行委员，但以蒋经国为首的大批原三青团骨干，却一跃变成了国民党中央执行委员和中央监察委员。很明显，党团合并加强了蒋经国太子派的势力，二陈势力已成了强弩之末，“蒋家天下陈家党”的时代宣告结束。
时局一天天紧张，呆在上海养病的陈果夫似乎也感到了蒋家王朝末日的到来。1948年的岁末充满了阴冷、肃杀的气氛，上海表面上华灯初照，霓虹闪烁，一派歌舞升平的景象，实际上，国民党达官贵人都在此清理财产，准备逃往台湾，到处是乱糟糟的。
国民党政权江河日下，陈果夫的病情也一天天加重，一些亲友都来劝陈果夫到台湾去养病，他却故作镇静地说：“余实不能打算私事也。人之生命实不能由自己作主。如其事业可随便放弃，生命即失却主宰，余病多年而不死，即因有事业维系之故，今如放弃事业，即无命可逃。况此时何能庸人自扰耶？”话虽这么说，内心并不能安定下来。11月13日，蒋介石高级幕僚陈布雷自杀，这在陈果夫心中也投下了一道阴影，心情越是沉重。再加，每天传来的消息都是国民党军队丢城弃地，人民解放军进展神速之类，陈果夫似乎听到了由北而南的隐隐炮声，他开始胆怯了，他开始考虑自己的生命了。11月15日，陈果夫终于拿起笔，向蒋介石写了一封信，提出要离开上海到台湾养病的要求，蒋介石很快给予批准。
12月6日晚10时，陈果夫登上中兴轮，离开上海前往台湾。他看着上海滩上那高低明灭的霓虹灯、那参差巍峨的楼宇，想到这一去不知能否再返这十里洋场，再返这生他养他的大陆，脑中不禁涌出了“一任朱帘闲不卷，终日谁来”的诗句，轮船徐徐开动，陈果夫长长叹了口气，一股无名的惆怅在袭击着他的心。
12月7日下午，陈果夫抵达台湾基隆港口，上岸后，再坐上火车，8日到达台中市，住进双十路8号一间公寓，他在这里度过了一年多的岁月。
蒋介石与二陈都希望通过党团合并来弥合CC派与太子派的矛盾，但这种形式上的合并却没有解决任何实际问题，国内形势继续朝着不利于国民党的方向发展。到1949年1月，国民党陷入军事总溃败、经济总崩溃、政治总危机之中，在此困境下，美国支持桂系加强了倒蒋活动。蒋介石多次请求美国给予援助，均遭美国拒绝，后又派宋美龄赴美活动，也一无所获。与此同时，国内李宗仁、白崇禧为首的桂系不失时机地发动了逼蒋下台的攻势。
面对重重危机，蒋介石在接连碰壁、走投无路的情况下，于1月16日召开国民党要人及民社党、青年党代表开会，商讨对策，一些人主张“政府迅速向中共求和”，邵力子“公然主张无条件投降”。陈立夫也参加了会议，他虽然坚决反对投降，要求大家团结一致，坚持到底，但却是色厉内荏，他对目前的形势也没有把握，认为在此情况下，蒋介石已无能为力，他的下野只是时间迟早的问题了。
1月9日，国民政府行政院举行政务会议，决定“愿与共方先行无条件停战，并各指定代表进行和平谈判”。与此相呼应，社会舆论一致提出“非蒋介石下野，则和谈不能进行”，时局至此，蒋介石深感大势已去，无法挽回，便于1月21日发表“引退”声明，提出“于本月21日起，由李副总统代行总统职权”，随后回奉化溪口老家。
蒋介石的下野，使二陈似乎已看到了国民党的最后失败，也感到自己失去靠山，行将走向末路，因此他们深感痛心。
正在台湾养病的陈果夫得蒋介石下野的消息后，十分感慨，他在日记中写道：“蒋先生第三次下野。前二次均有外敌侵入，一般人因而觉悟。这次共军必更深入无疑，而各报对蒋先生之退并无惋惜之口气，人心如此，有何公理。”他对逼蒋下野的李宗仁等桂系人物十分愤慨，认为他们为了自己私利而不顾党国的前途。
第六部分败走孤岛（2）
陈果夫错误地认为，造成今天这种状况的主要原因是美国插手，“欲过问中国事，竟使中国沦入共党之手，此时虽觉悟，亦已迟矣。”陈果夫始终也不明白，他们之所以失败，是违背了人民的意愿，违背了历史发展的趋势，因而，不管是美国的支持也好，还是蒋介石重新上台也好，都不能挽救其失败的命运。
二陈虽然对蒋介石的下野痛心疾首，表示自己的忠心，但蒋介石并不感激他们，相反，他认为是二陈坏了他的事。是二陈操纵党务，培植CC派系统，使党内派系重重，矛盾迭出；是二陈搞特务政治，激起天怨人怒，才导致了他的失败。蒋介石根本不愿承认所有这些都是他纵容二陈搞的，他把一切罪责全推到了二陈身上。21日，当蒋介石发表引退声明后，准备乘飞机离开南京时，陈立夫等人为了表示自己对蒋的忠心，前往送行。只见蒋介石铁青着脸，见了陈立夫，气不打一处来，厉声说：“共产党没有打败我，打败我的是自家的国民党。”陈立夫见此，便低下头，不敢再说话。蒋介石还觉不解气，用手指着陈立夫的脸，气冲冲地说：“就是你们一班人”，并愤愤地发誓，再不入中央党部的大门。这是陈立夫跟随蒋介石20多年来，蒋介石第一次在他面前发脾气。陈立夫在众人面前被骂得面红耳赤，无地自容，呆在那儿半晌也说不出话来。
回来后，陈立夫想起被蒋介石痛骂的情景，又是委屈，又是恼恨，心想自己的一切行动都秉承蒋介石的意旨，要说错，首先应错在他老蒋，想不到他下台后，一股怨气都发在自己身上，真是晦气。他饭也不吃，蒙头便睡，好些天都无精打采，见了人也懒得说话，完全失去了往日的威风。
后来，陈立夫又原谅了蒋介石，因为他离不开蒋介石这座靠山，他专程去了一趟溪口。也许蒋介石觉得上次说话太过火，这次见了陈立夫显得格外亲热，于是陈立夫心中的恼恨也烟消云散。蒋介石要他不与李宗仁合作，要他把CC派、孙科及其他不满李宗仁的党政要人运动起来，拆李的台，造成混乱，他好乘机东山再起。
陈立夫接受密旨回南京后，便开始暗中活动，他劝说孙科将行政院搬到广州，使李宗仁的总统府只剩一块空招牌，对此，李宗仁回忆说：“在蒋氏幕后指挥下，孙科派和CC系就联合一致，共同来陷害我。其第一步就是把政府从南京迁往广州。”堂堂一个总统府设在南京，而行政院却迁广州，这成何体统，李宗仁又气又恼，他一面打电话给蒋介石，指责他不顾大局、暗中拆台的恶劣行为，一面给孙科打电话，要求行政院立即迁回南京。
蒋介石知道孙科耳朵软，听了几句好话就变卦，怕他顶不住，即令陈立夫急飞广州，稳住孙科，不理睬李宗仁。李宗仁见广州方面按兵不动，知道行政院迁回南京已无望，