放弃这个机会可以暂时太平，却难免养痈成患……
康熙果然抓住了这个机会，以尚可喜归养辽东、其子“尚之信仍带领官兵居住粤东，则是父子分离”，而令平南王率所属４５个佐领从广东撤藩。
紧接着平西王吴三桂、靖南王耿精忠（耿继茂之子），也都疏请撤藩，以试探康熙的意向。
廷议中只有户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛、兵部尚书明珠支持康熙的撤藩决策，大多数官员都认为撤藩将会激变。
对此，康熙断然言道：“彼蓄谋已久，今若不及早图之，使其养痈成患，何以善后？况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之可也。
”吴三桂果然反了，耿精忠、孔四贞之夫孙延龄、尚可喜之子尚之信相继叛应吴三桂，两广、云贵、四川、江西、两湖、福建等省均被叛军占领。
刹那间形势的急转直下本来就在孝庄的睿鉴之中，但朝中的一些大臣却乱了阵脚。
当索额图建议康熙诛杀主张撤藩的大臣作为同叛军妥协的条件时，康熙则断然言道：撤藩“出自朕意，他人何罪”，从而避免了“诛晁错，清君侧”悲剧的重演。
实际上，诛晁错并未能使吴楚七国息兵，最终还是靠西汉军队平定叛乱。
在历史的长河中，汉景帝是创造出文景之治的一代名君，然而已经３５岁的汉景帝在遭遇吴楚七国之乱时，还想以诿过晁错换取退兵。
而孝庄的孙子还如此年轻，就能发出掷地有声的“出自朕意”的表态，作为祖母她真的很自豪，为自己的孙子自豪。
在平定三藩之乱期间，蒙古察哈尔部首领布尔尼——皇太极第二女马喀塔与林丹汗子阿布鼐所生之子，于康熙十四年（１６７５年）三月趁乱起兵，发动叛乱。
在当时清朝主要军队都开赴两湖、江西、福建等地作战，“宿卫尽空”，已经抽不出兵力去对付布尔尼之变。
看得出康熙需要帮助，孝庄于是建议把八旗家的奴仆组织起来，并以凡是在战场上立功的人就可以获得人身自由进行鼓励，并选派图海率领这支军队北上讨伐布尔尼……
结局恰如太皇太后所预料，图海及其所率领的军队旗开得胜，马到成功，来自北方的威胁得以化解。
太皇太后相信康熙有能力最终平定三藩之乱，但她还是希望平叛的战争能早一天结束，历经明清之际战乱的百姓需要一个国泰民安的环境，休养生息的机会。
她想到一个可以对叛军釜底抽薪的人——孔四贞。
顺治十一年（１６５４年）六月初三，定南王孔有德的孤女——１１岁的孔四贞护送父母的灵柩抵达北京。
顺治颇有纳孔四贞为妃之意，对这门婚姻孝庄并不反对，问题是孔有德在世时已经把女儿许给部将孙龙之子孙延龄。
尽管男有情、女有意，但皇太后不能不考虑广西将士的情绪。
她知道自己的儿子是个“情种”，为了情可以闹得天翻地覆。
于是便赐予孔四贞“格格”称号，收其为义女，令其住在宫中，成为名副其实的公主。
这样，既满足了他们都不愿失去对方的意念，又以兄妹的名分加以限制彼此的关系，从而使得顺治永远是孔四贞的水中月，而孔四贞则永远是顺治的镜中花。
既抚慰了当事人，又通过对孔四贞的恩宠笼络住孔有德的部下。
一直到董鄂妃出现并生子之后，孔四贞才同孙延龄完婚，那时她已经十七八岁，在当时已经属于晚婚的年龄了。
孔四贞在宫中生活了六七年，孝庄待她如若己出，这份母女之情深深保存在彼此的心中。
而在孔四贞出嫁后，孝庄还令在西华门外为他们建造府邸。
沾了妻子光的孙延龄被授以“和硕额驸”的称号，被赐予世袭侯爵，并成为议政王大臣会议的成员。
康熙五年，在孔有德逝后一直指挥定南王部下的老将国安因年老乞求致世，踌躇满志的孙延龄便撺掇妻子奏请出镇广西，于是孔四贞便随同刚刚被任命为广西将军的丈夫离开了生活了１２年的京城，回到广西。
如果在孔四贞的生活中，没有同顺治有过那样一段交往，也许她同丈夫还不会有那样大的鸿沟。
才华横溢的皇帝是那样令她心仪，而留下的却只能是失之交臂的遗憾。
当胸无点墨又缺少韬略的孙延龄在洞房中出现的时候，孔四贞是在万般无奈的情况下才接受了命运的安排。
实际上以孙延龄的能力、资历根本就驾驭不了那些身经百战的部下，但他却伙同兄长孙延基拼命揽权，而且还效法吴三桂任意安置亲信，以至受到部下的弹劾。
虽然朝廷看在孔四贞的面子上并未惩处这位年轻的广西将军，但当吴三桂发动叛乱后，心胸狭小的孙延龄便把弹劾过自己的人全部杀了，也就上了吴三桂的贼船……
在孙延龄叛应吴三桂后，孔四贞就开始联络父亲的部将，定南王为清王朝尽忠而亡就是最好的先例。
经过孔四贞的周密策划，孔氏旧部把实际上已经左右孙延龄的孙延基给杀了，并勒令孙延龄交出兵权听从夫人的指挥，时为康熙十四年。
孝庄捕捉到机会，立即派人同义女孔四贞联系，继之而发生的就是孙延龄在妻子的劝说下幡然悔悟以及探听到风声的吴三桂派侄孙吴世琮在康熙十五年初袭杀孙延龄……
康熙已经从祖母对孔四贞的争取中领悟到叛军并非铁板一块，要最大限度地孤立吴三桂……
到康熙十七年（１６７８年）八月已经独自支撑叛乱两年的吴三桂病死……
康熙十九年（１６８０年）清军向吴三桂的根据地云南挺进……
康熙二十年（１６８１年）十月吴三桂之孙吴世服毒自杀……
历经八年，康熙终于把历史遗留下来的三藩问题彻底解决……
而孔四贞始终没有辜负孝庄的一片慈母心，在极端困难的情况下想方设法协助清军作战，并在三藩之乱平定后回到北京，把自己掌管的军权上交朝廷……
康熙又利用郑氏集团内乱，在康熙二十二年（１６８３年）八月十六兵不血刃收复台湾。
盛世的曙光，已经出现在太皇太后的面前，而这一切都是她在皇太极去世后的４０年茹苦含辛、呕心沥血、力尽艰难险阻所换来的。
清太宗皇太极庄妃博尔吉济特氏墓地之谜
清王朝操劳了几十年的孝庄总算可以颐养天年了，但长期处于政治漩涡中的紧张情绪已经伤害了她的健康。
到康熙二十四年（１６８５年）真正摆脱国务干扰才两年的孝庄“突然中风”，“右侧疼，言不清”，这一年太皇太后７３岁。
从病症上看，是因血栓引起的半身不遂。
虽然太医说“脉好，断无妨”，但她自己很清楚，漫长的人生已经接近尾声。
人们常说“七十三、八十四，阎王不叫自己去”，看来七十三这一槛还真不好过。
更何况又是右侧偏瘫，也应了“男左女右”的老话。
已经叱咤几十年的孝庄，不适应偏瘫的生活，她真的有点活腻歪了……
想到死，她不能不考虑魂归何处的问题。
万年吉祥地的选择却令她陷入两难的境地。
从道义上讲，她应该归葬关外的昭陵，可清王朝从火葬到土葬的改革又使得昭陵地宫很难安排孝庄的棺柩。
虽然孝庄是可以在昭陵附近另建陵寝的，然而从感情上讲，孝庄绝不想在百年之后再回到皇太极的身边。
她深知皇太极最敬重的是她的姑姑孝端皇后，最宠爱的是她的姐姐宸妃。
既然那里没有她的位置，又何必要挤在一起呢？而如果把陵寝选择在顺治的孝陵附近，已经淡忘的“太后下嫁多尔衮之说”很可能又会死灰复燃……
上天没有赐给她一个称心的儿子，却赐给她一个可以为之骄傲的孙子。
孙子是她生命的延续，是她的全部……
不管儿孙是否需要，她都会无时无刻——无论是生前还是身后——留在他们的身边，为他们出谋划策，为他们遮风避雨，为他们在这个充满漩涡的世界中提供一个避风港……
不论他们是否需要，她的身体、她的灵魂都要永远守候在他们的身边。
孝庄留给康熙的遗言就是：“太宗奉安久，不可为我轻动。
况我顾恋汝父子，当于孝陵近地安厝，我心始无憾。”康熙二十六年十一月二十一，孝庄的血栓再次堵塞，康熙“在慈宁宫侍疾，亲尝汤药，昼夜不离左右”，甚至传谕内阁：“非紧要事，勿得奏闻。”８天过去了，虽经“多方医治”并未见效，已经严重到病危的地步。
无计可施的康熙在十二月初一率领诸王、贝勒、贝子、公、文武官员冒着凛冽的寒风步行到天坛，祈求上苍保佑太皇太后康复。
康熙在给皇天上帝的祝文中虔诚地写道：“臣仰承天佑，奉事祖母太皇太后，高年荷庇，藉得安康。
今者疹患骤作，一旬以内，渐觉沉笃，旦夕可虑。
臣夙夜靡宁，寝食捐废，处治药饵，遍问方医，罔克奏效，五内忧灼，莫知所措……
忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下，三十余年，鞠养教诲，以至有成，设无祖母太皇太后，断无今日成立，罔极之恩毕生难报……愿减臣玄烨之龄，与增太皇太后数年之寿……”康熙“匍匐坛下”，“涕泪交颐”，“陪祀诸王大臣等无不感泣”。
然而康熙试图以减自己的寿命来换取祖母康复的祈祷，也未能从死神手中夺回太皇太后的生命。
康熙二十六年十二月二十五日（１６８８年１月２７日），慈宁宫中的孤灯终于燃尽，７５岁的孝庄平静地走了，结束了她那波澜壮阔又充满传奇色彩的一生。
子不夫就是孝庄的最后抉择，她执意要把万年吉祥地选择在遵化县马兰峪顺治孝陵附近，而不是沈阳北面皇太极的昭陵附近，她宁愿把种种猜测留给世人……
太皇太后的抉择使康熙很为难，按照祖母的遗言去办，与祖制不符，把祖母的棺柩运回关外昭陵，又违背了她老人家的心愿。
万般无奈，只能在孝陵南侧的风水墙外建“暂安奉殿”，并把祖母生前最喜欢的慈宁宫中的五间寝宫迁到“暂安奉殿”。
康熙二十七年四月太皇太后的梓宫，移至“暂安奉殿”内停放，这一放就整整搁了３４年，一直到康熙去世仍未能把祖母下葬。
雍正三年（１７２５年）初，孝庄的曾孙胤以“暂安奉殿”风水好、自曾祖母暂安以来国家昌盛、子孙兴旺为理由，决定在“暂安奉殿”的基础上建昭西陵，同年十二月初十，孝庄的梓宫葬入昭西陵的地宫，去世３７年的孝庄才得入土为安。
对孝庄的子不夫的确有种种传说，官方的说法是“尊者先葬，卑者不得入”，但顺治六年去世的孝端皇后的骨灰还是被送进皇太极陵寝的地宫。
而从民间的说法则是太后已经下嫁，无脸面再回到皇太极的身边，把她葬在风水墙外面，以示惩罚……