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面对这多如“毛毛虫满地爬”的“特务”，单奎章狂叫“抓起来就审，一审就解决问题”，“不用出门调查核实就可以定案”，并私设公堂，动用多种酷刑逼供——科技会员证就是“特务身份证”，收音机就是“收发特务情报的电台”，个人存款就是“特务活动经费”，照相机也是“特务活动工具”，甚至通晓哪国语言、去过某个国家，也成了是这个国家“特务”的证据。
在这种惨无人道的残害下，有的科技人员被打死，有的被逼自杀。单奎章竟天良丧尽地说：“自杀说明他们问题严重。”
单奎章制造了这些冤案，不但在政治上、生活上、升学招工等方面直接影响着受害者的子女，而且还向外省市许多单位发出所谓的“敌情通报”，使许多受害者的亲友受到株连，轻者长期背着黑锅，重者被隔离审查甚至被迫害致死。
单奎章进而把技术上的分歧、学术上的争论，以及科研、生产上的责任事故，也统统说成是“阶级敌人的有意破坏”，并蛮不讲理地说：“你说无意，我说有意，你怎么解释，嗯？！”因此而受害的就有近百人。
为建立光机所、发展我国光学科研事业做出了重大贡献的国内外著名光学专家王大珩教授，也被单奎章诬蔑为“资产阶级反动学术权威的总后台”，并诬蔑他上边有根子，“根子就在北京”，对他一次又一次地进行批判和迫害。
总之，单奎章把一个好端端的光机所糟蹋殆尽，使国家光学科研事业受到了严重破坏。
然而吉林省委前主要负责人王淮湘却对这样一个无恶不作的人极为欣赏。他让单奎章总结“大抓特务”的经验，组织报告团在省内六个地区巡回报告几十次，听众数十万人，流毒很广，后果极坏，仅中国科学院长春应用化学研究所，就有一百一十一位老科学家和青年科技人员被打成了“特务”。不仅如此，王淮湘还让单奎章当上了省委候补委员，把他由光机所党委书记、革委会主任提升为省科技局党组书记和局长，把持全省科技大权。
尽管如此，忍无可忍的光机所很多职工仍与单奎章不断地进行着坚决的斗争，要他按照党的政策平反“特务”冤案，为受害者恢复名誉。但是单奎章以王淮湘为后台有恃无恐，对这些职工乱扣“否定文化大革命”，“攻击无产阶级专政”等大帽子，疯狂地进行打击报复与镇压。他说：“说我不落实政策，我看是落实过头了！要说不落实，就是批得还不够！”他更嚣张地说：“说我整知识分子，秦始皇一次就整了八百个，我算个啥？光机所有八百知识分子，批掉三百，还有五百呢！”
“四人帮”倒台后，单奎章在吉林省的大后台王淮湘也倒了台。新的吉林省委坚决执行中央领导同志关于光机所问题的指示，派出工作组进驻光机所，带领广大职工深入揭批“四人帮”和王淮湘、单奎章的罪行，查清了单奎章隐瞒了几十年的为汉奸和日本强盗效劳的罪恶历史；同时对一起起“特务”案件进行了复查，结果证明被打成“特务”的一百六十六人全部都是冤案。为此工作组召开了全所职工、家属和本地外地科研单位的代表以及受害者亲友共五千多人参加的大会，宣布了平反决定和平反名单，使九载沉冤得到了昭雪。工作组还向二十个省市自治区的一百五十个单位发出了一百九十五份平反通报，为受害者的亲友和受株连者挽回影响，将一切诬蔑不实之词统统推倒，对受害职工安排适当工作，伤残的给予治疗，死亡的开了追悼会并做好遗属的抚恤和安置；对被当做“罪证”抄走的财物，已经查到的全部归还，扣发的工资全部补发，生活困难的给予补助。
对于单奎章，待其他问题查明后，将由司法部门依法严惩……
4月8日，胡耀邦看到了这个报道，立刻从历史的高度作了一个相当长的批示。他批道——
这是一个骇人听闻的材料。对我们党的干部人事部门、政治部门都有深刻的教育意义。我们党从有政权以来，已经有五十一年的历史了＇注1＇。五十一年以来，经常出现这样或那样的极其错误的审干政策和肃反政策；在错误路线的统治或干扰下，这种政策可以发展到极端荒唐、极其野蛮的地步。这个材料就充分说明了这种情况。这是什么原因？我认为，原因是多方面的：同坏人当权有关，同我们平时教育不严有关，同人们的法制观念不强有关，一句话，同我们的整个经济、文化落后有关。因此，我们的干部部门、政治部门应该经常注意用这种反面材料教育我们的同志，以提高我们这一方面的政治和文化水平。
胡耀邦在邓小平“文革”复出因周总理病重而主持国务院工作时，曾一度担任过中国科学院党组织的领导职务，对中国科学家和知识分子们的一切都特别关心，此刻又担任了中央组织部部长，正在叶剑英、邓小平、陈云等老一辈革命家的支持下发动党的各级组织人事部门大力平反冤假错案、拨敌反正，恢复党的实事求是和其他一切优良传统，对这篇材料作出这样的批示，不但合乎情合乎义，也是完全公允，无可指责的。
新华社编辑部得到了这一批示，当即给吉林分社康国志挂了长途电话，要他火速来京把这篇《内参》稿改为公开广播稿，并将这个批示作为《新华社编者按》，冠于广播稿前。《人民日报》闻讯，也按照这个批示的内涵写了一个短评，将配合这篇广播稿一齐见报。两大新闻单位的这一默契，得到了全面支持中国科学院工作的中共中央政治局委员、国务院副总理方毅和密切关怀知识分子与民主党派人士的中共中央政治局委员、中共中央统战部部长乌兰夫等人的支持；但是到了分管宣传的党的副主席汪东兴面前，这《编者按》和短评被全部砍掉。新华社在当月28日只光溜溜地向全国播发了这篇报道，第二天的《人民日报》在第二版左下角予以见报——《吉林省委彻底昭雪长春光机所“特务”冤案，“四人帮”的爪牙、冤案直接制造者单奎章将依法严惩》。
当时一些知情人就说，谁想全面地恢复实事求是、彻底地拨乱反正，“两个凡是”论者必然起而阻挠与遏制……
在下面，也有一些人在“顶牛”。山东烟台地委宣传部的一位同志问山东《大众日报》理论部副主任：“为什么《大众日报》不宣传《实践是检验真理的惟一标准》？”这位副主任说：不是我们不宣传，而是省委负责同志不准报道，理由是要“看一看”。
在上海，上海市委对“真理标准”问题，从5月中旬到9月中旬长达4个月，在全市的理论宣传系统没有组织过一次讨论。报纸上除转载新华社发出的文章外，没有登过一篇有关“真理标准”的文章。市委宣传部长在一次会议上说：“对这个问题的重视，总不能超过（清查‘四人帮’余党的）第三战役吧！”这位部长竟把这没有任何矛盾的两件事对立起来。七八月间，群众再次广泛要求组织讨论，这位部长又说：“关于这个问题，我们没有收到中央文件，所以不组织讨论。我们只能按中央文件办事嘛！”9月初，这位部长又借中央四十八号文件借题发挥说：“现在最主要的任务是‘高举’。在国内有一股风，企图贬低毛主席。中央报刊上两篇文章，对毛泽东思想的提法是不妥的……”
真是上上下下，阻力重重。但是耀邦向一批批甘愿跟他“下油锅”的同志说：“真理在手，心里不愁，决不后退！”
奋起决战的外围战讨论更上一层楼
1978年5月13日，即吴冷西打电话批评责难胡绩伟的第二天，胡耀邦在自己的家里，请来《理论动态》和《人民日报》的一些同志开了个小会。《人民日报》的同志介绍了吴冷西的电话内容，耀邦与大家你一言我一语地议论起来。一些同志提出，对“砍旗”与“反对毛主席”之类的谬论，必须公开批驳。耀邦想了想，支持这个意见，并出了个题目，叫做《历史潮流滚滚向前》。
耀邦说：这篇文章要从真理越辩越明谈起，阐明历史潮流是无法抵挡的。“我们的民族经历了‘文革’如此深重的大灾难，反面教育如此之深痛，在今后几十年，若再重复这种灾难与倒退，人民是定难饶恕的。这是不以某些人的意志为转移的。”最后耀邦强调：这篇文章要把历史潮流是怎样地不可阻挡这个道理，说深说透。
6月2日，在全军政治工作会议上，邓小平尖锐地批评了“两个凡是”思潮，十分明确地支持“真理标准”的讨论。
6月16日，就在汪东兴召集中宣部和中央新闻单位负责人开会，提出“接受教训，下不为例”警告的第二天，《人民日报》发表了中国社会科学院哲学研究所邢贲思的文章——《关于真理标准问题》，新华社立即转发，《光明日报》、《解放军报》等全文转载。
专门反驳“两个凡是”论者对“真理标准”一文责难的首篇重头文章，是由吴江撰写、孙长江参与的《马克思主义的一个最基本的原则》一文。由于汪东兴已对各报一而再、再而三地下了禁令，为减轻耀邦和《理论动态》、《人民日报》、《光明日报》已受到的压力，这篇文章得到了已恢复中央军委秘书长职务的罗瑞卿的大力支持。他赴德国动手术之前，还专门为这篇文章的发表给耀邦打电话说：“如果要打屁股，就打我好了！”不幸他这一去，在手术台上与世长辞；这个电话成了他给耀邦的最后一句遗言。
6月24日，《解放军报》以特约评论员的名义，发表了这篇一万六千字的文章，《人民日报》同日全文转登。
这篇文章首先揭露了林彪、“四人帮”对理论与实践关系的根本颠倒；阐述了理论指导实践的过程，就是实践检验真理、使理论得到补充、纠正、丰富和发展的科学依据；然后针对“真理标准”讨论后出现的种种指责与非难，发表了鲜明有力的不同意见。
文章说：林彪、“四人帮”所以大搞唯心论和形而上学，就是为了对任何事物任何人，可以不顾事实地由他们任意解释任意贬低，白的说成黑的，黑的说成白的，好人说成坏人，坏人说成好人，完全视他们的“阶级斗争需要”而定，他们也把这叫做“事实为需要服务”。
文章说：本来，路线的正确与否，只要尊重事实，不掩盖事实，让实践与事实说话，那是不难辨别清楚的。林彪、“四人帮”砍掉真理的客观标准，是为了便于他们胡作非为、作假伪造而又能强词夺理，把随便什么臆造、谎言宣布为“真理”，其危害之烈、情节之恶劣，几乎每个人都有切身的感受。
文章说：可是有些同志却发出了这样的责难：把实践摆在第一位以实践为检验真理的惟一标准，那么把毛泽东思想、毛主席的话摆在什么位置呢？
文章说：对于说这种糊涂话的人，除了上面所说可供他们思考以外，这里，只须再反问他们一句：毛主席说过：“只有千百万人民的革命实践，才是检验真理的尺度”（《新民主主义