、陕西、四川、云南、贵州、河南、湖北、湖南、广西、浙江等地的地下党都称做“红旗党”，许多忠实的地下党员被打成了“特务”、“叛徒”、“内奸”，造成了极其严重的恶果。
“抢救”运动后期，党中央发现这“红旗党”纯属假案，及时作了纠正。但限于当时的历史条件，对整个“红旗党”假案未能作出全面彻底的论断。然而在抗日战争和解放战争中，这些地区的地下党组织，都英勇机智地领导人民群众从事各种对敌斗争，很多同志壮烈牺牲。把这些同志诬称为国民党反动派的“红旗党”，不但没有中国共产党人的党性，也是没有普通中国人的人性的！
可是在“文革”中，康生又把这一历史冤案翻了出来，使许多同志再次遭到诬陷和残酷批斗，有的惨死或致残。耀邦主持日常工作的党中央，对这个源起于几十年前的冤案，也作出了全面彻底的平反决定，对含冤死去的同志予以平反昭雪，人事档案中有关假案的一切诬蔑不实之词，全部取出销毁。
1979年3月，中共内蒙古自治区委员会第一书记周惠，在全区有线广播大会上宣布，对林彪、“四人帮”和康生在内蒙古制造的一系列冤假错案中影响最大、危害最深、涉及全区几十万人的“新内蒙古人民革命党”、“内蒙古二月逆流”、“乌兰夫反党叛国集团”三大冤案，经党中央批准，全部平反昭雪。周惠说，林彪、“四人帮”和康生制造这三大冤案，篡改了内蒙古历史的本来面目，颠倒了敌我关系，分裂了革命队伍，破坏了民族团结。在十一届三中全会后的党中央拨乱反正的方针指导下，恢复了历史的本来面目，砸碎了束缚内蒙古各族干部群众的精神枷锁，人心大快。林彪、“四人帮”和康生们已成了千古罪人，制造三大冤案的帮派骨干必将受到党纪国法的严肃制裁。
同月，中共广东省委常委扩大会议作出决定，对“文革”中制造的“南方叛徒网”案、“审理广东地下党和广东的革命武装队伍”案，以及在《处理有港澳海外关系干部的六条意见》下祸及全省的冤假错案，全部平反昭雪。
同月，中共上海市委发出文件，为林彪、“四人帮”制造的上海地下党大冤案彻底平反昭雪。
抗日战争和解放战争中，党中央派遣刘晓、刘长胜主持上海地下党工作，领导上海工人运动和学生运动，团结各方面的爱国民主人士，向解放区输送了大批优秀党员和青年——其中很多人成了新四军的骨干人才。
抗战胜利后，针对蒋介石的假和平真内战，上海地下党组织领导了震动全国的上海十万工人、店员、学生群众争取和平民主、反对内战独裁的示威游行。解放战争中，配合解放军正面粉碎国民党反动派的猖狂进攻，上海发生了声势浩大的反饥饿、反内战、反迫害的群众运动，打击和牵制了国民党反动派。解放军胜利渡江前夕，上海地下党又领导上海人民，广泛开展了反屠杀、反破坏、反搬迁的护厂护校斗争，粉碎了蒋介石集团妄图毁灭大上海的恶毒阴谋。
在这长期的艰苦紧张斗争中，上海地下党不少党员献出了生命。到上海解放前夕，上海已建立起五百多个地下党支部，拥有八千多名党员，其中许多人后来成为上海各级党组织的领导干部，不少人担负了中央和军队的领导职务。
1967年1月，张春桥、王洪文等人在上海刮起全面夺权的“一月风暴”，全盘否定了上海地下党的历史功绩，多次诬称上海地下党的同志是“国民党”、“潜伏特务”、“叛徒集团”，并专门建立了三十九个“中心专案组”和八百四十五个“卫星专案组”，被立案审查的多达三千六百多人，占上海解放时原地下党员总数的百分之四十五，并株连到已在中央或外地工作的党员干部。张春桥、王洪文们对凡因工作需要打入敌人内部的同志，都诬为“红皮白心”；对遵照组织决定撤往解放区的同志，皆称做“受敌派遣”；对没有被敌人抓捕过一直坚持地下工作的同志，则又说是“被敌人秘密策反”；对被敌人逮捕而坚贞不屈的同志，却又都称做“叛徒”；对地下党领导的公开活动的群众团体，都叫做“反动组织”。因此，“文革”前担任县、区领导职务的原地下党员全部靠边站，内有六十五人被拘捕或隔离审查，四人被迫害致死。
粉碎“四人帮”之后，尤其在1978年春天中组部召开了“疑难案例座谈会”，中共上海市委就指示各有关单位，对这个大冤案逐一进行复查。经过为时一年多的努力，市委发出文件全部予以平反昭雪，对遭受株连的群众和家属，也予以落实政策做好善后。
拨乱反正鼓声急文化、统战、工会方面纷纷落实政策
也在1979年3月，国家文化部党组扩大会议决定：对林彪、“四人帮”和康生，抓住毛主席批评文化部是“帝王将相部、才子佳人部、外国死人部”那一句话，就说文化部是“为资产阶级服务的旧文化部”，存在一条所谓的以周扬、夏衍、田汉、阳翰笙为代表的“文艺黑线”和大批“黑线代表人物”等等的诬蔑不实之词，统统予以推倒；对所有因此受到打击迫害的同志，一律给以彻底平反。
同月，经中共中央批准，中共中央统战部在全国政协礼堂召开统战系统大会，为全国统战、民族、宗教部门摘去“执行投降主义、修正主义路线”的大帽子，为所有由此而遭到打击迫害的干部和爱国民主人士平反昭雪。
统战系统的这个冤案，源起于“文革”前的1962年。当年，就有人指示对当时的中共中央委员、中央统战部长李维汉，进行了公开“不点名”而内部大点名又广发文件的批判，并形成了一个所谓的“专题报告”，对统战系统的实际工作和干部思想，起了破坏性的作用。
“文革”中，林彪、“四人帮”，更把中央统战部打成“修正主义司令部”，把各级统战、民族、宗教、侨务部门打成“牛鬼蛇神庇护所”、“资本主义复辟部”或“投降部”；把长期同共产党合作的民主人士，普遍当做“专政对象”；把广大知识分子，诬蔑为“臭老九”、“反动学术权威”；把民主党派诬蔑为“反动党团”，把归侨和侨眷的海外关系视为“敌特关系”。许多为民主革命、社会主义革命和建设作过贡献的知识分子和爱国人士，被打成“特务”、“间谍”、“反革命”，制造了大量骇人听闻的惨案。为发展我国革命统一战线，做了大量工作和奉献的党内老同志和爱国民主党派负责人徐冰、张经武、高崇民、吴晗、车向忱、阎宝航被迫害致死，给党的统战工作造成了空前大浩劫。
在中共中央批准召开的全国统战系统大会上，中央统战部长乌兰夫根据中央的决定宣布：对李维汉、徐冰等中央统战、民委系统一批领导干部所强加的“反革命修正主义分子”、“走资派”、“叛徒”、“特务”等各种诬蔑不实之词，一律推倒；对中央和各级统战、民委、宗教、侨务系统中被迫害的同志，都彻底平反，恢复名誉。
同样，经党中央批准，国家科委党组召开了大会，为1961年的《科研十四条》和1962年的“广州会议”等重大冤假错案彻底平反，为受到株连迫害的干部和科技人员平反昭雪。
1961年，经党中央批准试行的《关于自然科学研究机构当前工作的十四条意见（草案）》，是一个系统地总结了新中国成立后科技工作的经验教训、尽快发展国家科学技术的重要政策性文件。1962年，分管全国科研工作的国务院副总理聂荣臻在广州主持召开了全国科技工作会议，周恩来、陈毅都到会作了语重心长的讲话。“反右”后萧瑟秋风的全国科技战线，从此复又生机勃勃，涌现出了成功试验原子弹、人工合成牛胰岛素等一大批举世瞩目的科研成果。
可是“文革”中，林彪、“四人帮”全盘否定了建国十七年的科研成就，把《科研十四条》诬蔑为“复辟资本主义的黑纲领”；把“广州会议”打成“向党进攻的黑会”；把国家科委和中国科学院乃至全国科技战线上的大批领导干部，打成“反党集团”或“走资派”；把一大批一大批的科技人员，打成“修正主义基础”、“反动学术权威”——其中许多人被迫害致死，使全国科技工作更加落后于世界先进水平。
1979年春天，中共国家科委党组，在为《科研十四条》和“广州会议”平反的大会上，宣读了中共中央的有关批示。批示说，对强加于《科研十四条》、《广州会议》和全国科技战线的一切诬蔑之词全部推倒，对在这一系列冤案中受到打击迫害的干部和科技人员都一律恢复名誉，对被迫害致死的同志全部平反昭雪，档案中的有关材料全部销毁。
到1979年夏天，中国社会科学院经过一年多的努力，对各种冤假错案的历史遗留问题的清理也取得了重大成绩。全院八百多位科研人员和党政干部，丢掉了林彪、“四人帮”强加的政治包袱，出现了安定团结的大好局面。
中国社会科学院，过去是中国科学院哲学社会科学部，是中共中央和毛泽东、周恩来关怀下建立起来的思想理论工作阵地。“文化大革命”中，林彪、“四人帮”们，却说这是“资产阶级分子的一统天下”、“资产阶级专了无产阶级的政”。那个“理论权威”康生和陈伯达、姚文元以及王力、关锋、戚本禹、迟群等人，更肆意对广大哲学社会科学工作者和党政干部进行摧残和迫害。当时只有两千多人的哲学社会科学部，先后被立案审查的就有一千零四十二人，占全部人员的百分之五十，有的人被迫害致死。
1978年春天，中组部召开了“疑难案例座谈会”，同年夏天，由中组部牵头，在民族饭店召开了如何正确处理“右派”问题的五部会议后，中国社科院就加紧了冤假错案和历史遗留问题的清理工作，相继平反纠正了大批著名学者和领导干部的冤假错案和历史问题。这些冤假错案和问题是：
杨献珍、张友渔、邵荃麟、杨述等同志的所谓“叛徒”案；孙冶方、刘大年同志的“反革命修正主义分子”；俞平伯、罗尔纲同志的“反动学术权威”；吕叔湘、丁声树、翁独健、钱钟书等同志的“资产阶级世界观未得到改造的知识分子”；顾颉刚同志的“资产阶级史学家”；关山复、刘导生、姜君辰、何其芳、黎澍、尹达、夏鼐、冯至、张棣华、石明远、韩幽桐等同志的“执行修正主义路线错误”；徐懋庸、温济泽、林里夫、荣孟源、杨思仲、陈梦家、许良英、顾准、荒芜等同志的“右派分子”，等等。被逮捕审查的杜任之、赵洵、林利同志的错案，也都得到了纠正；被戴上多种帽子并在报纸上公开点名批判的杨献珍、杨述、孙冶方、侯外庐、邵荃麟、何其芳、黎澍、刘大年、陈冷、骆耕漠、罗尔纲、蔡美彪、林里夫、顾准等同志，所有被强加的荒谬不实之词，全部予以推倒。
紧跟着，全国总工会九届三次执行委员会扩大会议，根据中共中央的批准，为全国工会系统的一个重大错案彻底平反。
这个重大错案是：1958年，在�