，目标直指燕王，加强了对燕王的防范。建文帝命心腹谢贵任北平都指挥使，掌握军权；命张文为北平布政使，掌握日常行政权；并将燕王府护卫精锐调往开平，命宋忠帅兵3万驻守开平。
在这种严峻的情况下，燕王于建文元年（1399）七月五日毅然起兵，率领“靖难”之军，历时4年，大小百余战，最终兵临南京，夺得大明江山。下面选择几个大的战役加以介绍：
大破宋忠宋忠将兵3万，驻军开平，是防备燕王的重要军事力量。燕王举事后，宋忠未敢贸然进军，而是移军怀来。朱棣控制了北京城，招降守备通州的通州卫指挥佥事房胜，攻取蓟州。居庸关被朱棣攻破，守将率败军归附宋忠。宋忠为调动士气，谎称原来燕王府守卫的家属被燕王杀害了。燕王知道这一情况后，特意让那些士兵的亲属打前锋。原燕王府守卫看长陵神功圣德碑到家人没有死，恼怒宋忠欺骗他们，就临阵倒戈。宋忠顿时阵脚大乱，燕王趁机麾军过河，直扑过来。宋忠由是大败，逃回城内，结果城破被捉于厕所内。
怀来击败宋忠，是朱棣起兵后第一次大规模的战斗。这次战斗，斩首数千人，缴获战马八千余匹和大量的军械。更为重要的是，怀来之战解除了北平周围的军事威胁，提高了军威。不久开平、龙门、上谷、云中、永平等处守军纷纷投降，壮大了朱棣的力量。
真定大战八月，建文帝命老将耿炳文率兵13万征讨燕王。由于朱元璋几次借故大杀功臣后，朝廷中已经没有几个能征惯战的武将了，所以尽管耿炳文当时已经65岁了，也只能披挂出征。耿炳文和朱元璋一样，都是濠州人。当年他驻守长兴10年，抵御张士诚的进攻，“大小数十战，战无不胜”。朱元璋十分满意，建国后封他为长兴侯，为一等功臣。建文帝命其为主帅，有一举歼灭燕王之意。
耿炳文驻军真定，派前锋9000人据守雄县。朱棣探知清楚后，于八月十五日悄然来到雄县。正值中秋之夜，守城士兵饮酒赏月，放松了警惕。当发现燕兵时，朱棣的军队已经攀上了城墙，守军仓促应战。这支部队是南军的精锐，战斗力很强，直到第二天破晓之时，朱棣才攻占县城，南军全部力战而死。
离雄县50里的莫州，潘忠、杨松率军驻守。朱棣料定二人会来援救，命千余勇士埋伏在必经之路的月漾桥下的水中。潘忠果然带兵来援，见雄县已失，想退回莫州，不料燕兵突然从水中冒出来，占据了月漾桥。这样前后夹击，南军大败，许多人掉进河里淹死了，潘忠被俘。朱棣乘胜追击，招降了莫州留守的万余人。一天之内，南军损失了3万人马。
成祖朱棣 永乐元年（1403）——二十二年（1424）武功：马上天子（2）
在莫州投降的南军中，有一个名叫张保的将领表示愿意为朱棣效力，并将南军虚实告诉了朱棣。这时南军尚有10万人马，驻兵真定，分为两营，列于河两岸，互相声援。朱棣遂命张保回到耿炳文营中，渲染燕军马上就要进攻了。很多将领不明所以，认为南军势大，不如突然袭击。现在将张保放回，想要攻其不备也不可能了。朱棣自有一番道理：耿炳文知道燕军来攻，担心燕军势盛，必然会移营合兵一处，这正是攻击的好时机。事情正如朱棣所料，耿炳文令移营合兵。朱棣趁机率军猛攻，南军仓促应战。战斗十分惨烈，最终南军不敌燕军铁骑，退守真定城，不再出战。耿炳文长于固守，而所率军兵多步兵；燕军多骑兵，擅长野战。朱棣认为耿炳文是富有作战经验的老将，不好对付，担心时间一长，士气低落，遂围城三日后退回北平。
真定一战，南军损失数万人马，但主力尚存。如果坚持固守策略，朱棣还真没有什么好办法。然而建文帝对战事甚不满意，命李景隆接替耿炳文，意图从速歼灭燕王朱棣。临阵换将，本是兵法大忌，何况是以弱换强。当年秦赵长平之战，赵王不理解老将廉颇的固守战略，听信反间计，换了饱读兵书而一无用处的赵括上去，结果40万赵卒埋身长平，也为后世留下了纸上谈兵的笑柄。建文帝此次换掉耿炳文，实为一大失策，给燕王提供了战机。
郑村坝之战李景隆接替耿炳文，合兵50万。他是朱元璋外甥李文忠的长子，长得高大威猛、仪表堂堂，喜读兵书，然而缺乏作战经验，是一个纸上谈兵的纨绔子弟。建文帝将希望寄托在他的身上，恩宠有加；而对于朱棣来说，他只是当年被秦军坑杀40万卒的赵括式人物。当朱棣得知李景隆带兵时，喜不自禁。朱棣认为李景隆“为将政令不修，纪律不整，上下异心，死生离志，败一也；今北地早寒，南卒衣褐者少，披触霜雪，手足皲瘃（ｚｈú），甚有堕指之患，况马无宿稿，士无嬴粮，败二也；不量险易，深入趋利，败三也；贪而不止，智信不足，气盈而愎，仁勇俱无，威令不行，三军易挠，败四也；部曲喧哗，金鼓无节，好谀喜佞，专任小人，败五也”。这个分析虽然有燕王鼓舞士气的因素，但却是看到了李景隆的致命弱点。
李景隆放弃了耿炳文稳健的策略，率军直扑北平，分兵三处：一军攻打北平九门；一军攻打永乐八年成祖敕谕通州；自己驻扎郑村坝（北平东20里）。当时朱棣赴大宁寻求救兵，北平守备空虚。攻打北平的战斗十分激烈，正阳门情势岌岌可危。燕王妃徐氏亲率妇女登城，投掷石块，帮助守卫城门。主攻彰义门的瞿能父子骁勇善战，率领精骑一度攻入城内，然而李景隆却命令等待大队人马，结果贻误战机，守军以水泼城，一夜成冰，第二天已经难以攀爬了。守军并没有一味死守，而是在夜里不断派遣小股部队骚扰南军，弄得南军精疲力竭，人心不宁。
十一月，朱棣已经收编了宁王的部队归来，包括能征惯战的朵颜三卫骑兵，实力大为增加。李景隆派陈晖率一万骑兵东行，寻找机会迎击燕军，不期两队人马没有走到一条路上，未曾相遇。后陈晖发现了燕军，从后面尾随而来，准备前后夹击。朱棣察觉后，命精骑回头迎击，将其一举击溃，陈晖只身逃回军中。燕军士气大振，燕王乘势派朵颜三卫猛冲南军。朵颜骑兵锐不可当，疾风暴雨般连破南军七营。李景隆整顿军马，在郑村坝与燕军决一死战。这场战斗，数十万军马从中午一直打到晚上，尸横遍野，十分惨烈。朱棣趁着天黑，派奇兵左右冲杀，搅乱了南军的阵营，然后燕军正面猛攻，占据了上风。当日未分胜负，双方各自收兵回寨。李景隆没有经历过这样惨烈的战斗，初战不利，感到难以取胜，连夜拔营南遁，匆忙之中竟然没有通知围攻北平九门的将士。攻打九门的将士失去主力的掩护，仅两天就被朱棣击败，北平之围始解。
这一战中，守城的燕王世子朱高炽作用不可低估。他以城中老弱残兵坚守北平城，面对李景隆数十万大军的攻击而岿然不动，有力地牵制住了南军，保住了燕王朱棣的根据地。假设北平被攻占，朱棣将面对另一番景象，胜负的天平尚不知会倾向哪边。同时，这也可以看出李景隆是多么无能，印证了朱棣对他的分析。
白沟河之战郑村坝大战之后，原本锐意削藩的建文帝却变得软弱起来，罢齐泰、黄子澄职，希望燕王息兵。这种做法无异于向朱棣示弱，是不会起到任何积极作用的。建文二年（1400）二月，李景隆致信朱棣，请求息兵。这一举动，估计是朝廷的意图，不然李景隆是不敢如此做的。朱棣现在兵强马壮，自然不会讲和。双方厉兵秣马，积蓄力量，准备在春天再战。然而朱棣使用了一个小花招，戏弄李景隆于股掌之间。二月，朱棣佯攻大同，李景隆率军救援。朱棣却不与之战，由居庸关退回北平，李景隆奔波一场，劳而无功。当时天气尚寒，南军衣衫单薄，不少士兵被冻伤，部队也没有得到很好的休整。
四月一日，李景隆誓师于德州，号称百万（实则60万），大举北伐。双方在白沟河摆开阵势，大战一触即发。这场战斗惊心动魄，扣人心弦。南军中的平安、瞿能父子骁勇异常，率军猛冲燕军，所向披靡。朱棣的坐骑接连被射杀，他的宝剑竟也砍折了。瞿能父子奋勇厮杀，已经和燕王近在咫尺。朱棣见大势不妙，拨马跑到河堤上，南军在后面紧追不放。朱棣立马站在堤上，假意用马鞭招呼后面的部属，使南军相信燕军就在堤下。南军果然上当，没敢继续追击，不然朱棣即将被生擒活捉。双方杀得难解难分，互有胜负。忽然一阵风将南军大旗刮倒，南军阵营产生了混乱。朱棣抓住这难得的时机，指挥部队猛冲，一举击溃南军。
白沟河之战是决定性的战役。此后，建文帝再也组织不起来大规模的军事征讨。朱棣由此转守为攻，取得战事上的主动。
成祖朱棣 永乐元年（1403）——二十二年（1424）武功：马上天子（3）
灵壁之战朱棣准备取道山东，直扑南京。然而在济南却遭到了铁铉的坚决阻击，又在东昌为盛庸所败。建文三年（1401），朱棣选择了进军防守较为薄弱的河北，转战河北各地。十二月，朱棣得知南京守备空虚，可以乘虚而入，于是决定绕过山东，率军直取南京。
制诰之宝（白石）燕军孤军南下，期间多有败绩。北方士兵不适应南方气候，很多人病倒了，许多将领也请求撤军。朱棣很犹豫，一连数日擐（huàn）甲不离身，最后在大将朱能的劝说下坚定了继续南下的决心。他迫切需要一场胜利来鼓舞士气。
这时南军防御的主要力量总兵何福驻军灵壁，修建了大量工事，固守不出。朱棣想与之决战不得，就截断了他的粮草供给，将其围困起来。何福无奈，准备突围，不想南军把燕军进攻的信炮当成是突围的信号，纷乱涌出，结果大败。何福仅以身免，而南军的主要将领平安被俘获。平安是朱元璋的养子，原是朱棣的部下，文韬武略，成为朱棣的主要对手，多次击败过他，还斩杀过他的几个得力战将。俘虏平安，令朱棣兴奋异常，燕军上下都说这回可以平安了。朱棣舍不得杀他，将其押送回北平。
铁鞭灵壁之战后，朱棣再也没有遇到大的战斗，于建文四年（1402）六月十三日，兵临南京城下。李景隆、谷王打开金川门迎降，建文帝不知所终，朱棣取得了靖难之役的胜利。
出兵安南。安南，又称交阯，汉唐时为中国的属郡，五代以后独立，但仍与中国交往密切。在明初，安南国王为陈氏。建文朝，安南发生政治变故，丞相黎季犛（lí）自立为帝，改名胡一元，不久又传位其子。
永乐元年，安南国王派人朝贺，自称陈氏无后，自己是陈氏外孙，为众拥立为国王，请求得到朱棣的册封。朱棣听从礼部的意见，派遣官员到安南探访实情。该官员回朝后说现在的安南国王得到了当地人的承认，国家安定。朱棣于是派礼部郎中带着诏书前去安南，正式册封其为国王。
然而永乐二年，原国王的臣属裴伯耆逃到中国，将胡氏篡位的事情揭露。八月，老挝遣人送来了原国王的弟弟陈天平。朱棣无法辨别真伪，暂且将他