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山姆急忙找到老头子。因为担心玛丽会被它们带到巢穴，山姆请求老头子允许他去救出玛丽。老头子最初不同意让山姆涉险，但最后还是答应了山姆的恳求，因为要想彻底消灭外星侵略者，就必须找到他们已经建成的老巢。科学家推算出这个巢穴就在爱荷华州的一座小城中。山姆决定当夜前往，同行的还有另一名优秀特工亚历士，他们只有八个小时的时间。临行前，科学家葛维送给他们两个可模拟外星生物所特有的电讯号的发射机，这东西可帮助他们进入敌穴而不被发觉。
在夜幕的掩护下，山姆和亚历士顺利降落在外星生物巢穴所在的小城。小城笼罩着阴森恐怖的气氛，街上的行人好像都变成了吸血僵尸。山姆和亚历士很快就找到了目标，那是一幢大楼。山姆让亚历士守在门口，自己进入到大楼之内。很多外星生物的寄主聚集在一个大厅中，等待交流信息，玛丽也在。
山姆扔出两枚手雷，乘乱用麻醉枪击倒玛丽，将她背到一僻静处，杀死了她的主人。
摆脱控制的玛丽将山姆带到另一个大厅，这里有许多地球人被封在黏液构成的袋子里。原来，在地球人研究外星生物的同时，他们也在研究地球人。在这里，他们救出了惟一活着的一个小孩。然而要想冲出这座活地狱却似乎并不容易。一场激战开始了。
等在外面的亚历士焦急万分，他也混进大楼，参加战斗。不幸的是，战斗中他被敌人击中，落入水池，池中的外星生物迅速骑在他身上。
行动的时限快到了，山姆带着玛丽和小孩，向楼顶狂奔。按约定，将有一架直升机前来接应。
还有一层就到楼顶了，可亚历士出现在他们面前，此时的他正用顽强的毅力与外星生物抗争，然而他最终还是失败了，他与山姆进行了一场恶斗，关健时刻玛丽开枪救出了山姆。
救援直升机准时赶到，载着山姆等人升入空中。
这次行动意义重大，对获救小孩的病理分析使人类终于找到了扭转危局的办法。小孩患有脑炎，而脑炎病毒对外星生物来说是致命的。指挥中心向红区施放了带有脑炎病毒的蚊子，很快捷报传来，外星生物大批死亡，不久就灭绝了。被外星生物剥夺灵魂的人们获得了“解放”。
老头子亲自到已成废墟的外星生物的巢穴视察，巢穴顶端的巨大蜂窝吸引了老头子的注意力，他来到下面观望。一些碎块落下来，老头子跌倒在地。陪同的几名士兵急忙过来搀扶，老头子却很快从地上爬起，拍了拍尘土，径直走出大楼。他匆匆和山姆等人打了个招呼，就直奔一架还没有熄火的直升机而去。
一个士兵追了出来，将一根手杖递给山姆，说：“长官忘了他的手杖。”
山姆大吃一惊，老头子从来杖不离手，难道……
他不及多想，飞速向直升机奔去，抓住了刚刚起飞的直升机的起落架。
面对爬进机舱的山姆，老头子似乎胸有成竹。山姆问外星生物是什么时候骑到他身上的，老头子自豪地说：“就在刚才。”原来，这个外星生物在失败中总结出教训，降低了体温，从而逃过了红外线检查。
老头子发现山姆用枪对准了他，竟自信地将直升机转为自动驾驶，沉着地面对山姆。
“你认为你下得了手杀死你的父亲吗？”他挑衅地问。因为他知道，在山姆的心中，他就是他的父亲。
“我会的。”山姆说。
老头子微微一笑：“有可能，但问题是……你真下得了手？”
山姆无言地盯着眼前这个曾给他无限关爱，现在却成为可憎的外星生物傀儡的“人”。
“叭！”枪响了。但击中的并不是老头子的要害。狭窄的机舱里展开了一场惊心动魄的生死搏斗。最后，山姆将老头子仰面按到一块电路板上，外星生物发出“吱吱”的叫声，老头子昏死过去。
在搏斗中受损的直升机，向一幢大楼撞去，山姆急忙钻进驾驶室，飞机贴着楼顶掠过。外星生物见老头子已经失去了价值，飞出机舱，不想却被螺旋桨搅成了肉末。这是最后一个外星生物了。
冒着浓烟的直升机摇摇晃晃地降落在大街上，救援车队立即赶到。山姆将老头子送上救护车，本想和老头子一起去医院，已经苏醒过来的老头子却幽默地对山姆和玛丽说：“不，去喝点咖啡吧，做点异想天开的事。 山姆和玛丽会心一笑。经过这场残酷战争的洗礼，他们的心紧紧贴在了一起。他们相拥着向前走去，好的人生之路在他们脚下展开。