沿用至今。从达尔文去掉这个例子这一点，我们也可以看到他对自己这个理论有一定保留意见甚至是疑惑。不难理解，为什么这些足以给进化论蒙上阴影的部份没有讲出来。
（二）概率计算否定了进化论的核心──基因突变机制
达尔文时代，科学正处于奠基阶段，对生命现象的认识还很肤浅。那时的人看到了家养动物的诸多杂种变异，就认为物种也能这样变成其它种，这就是进化。后来，随着基因的发现和深入研究，学者们才意识到如果基因不发生根本的变化，不管后代表面与祖先有什么差异，也没有进化意义。然而基因又是极其稳定的，只有不正常的“基因突变”才能使之发生改变，那么“基因突变”也就成了现代进化论的核心了。这是现代所有的进化论者公认的。这里，我们就集中分析这个核心。
物种的基因的稳定性极难逾越
基因的稳定性是物种保持自身稳定所必须的，同一物种不同个体的基因交流，并不能使此物种变成其它物种。动植物育种专家都知道，一个物种的变化范围是有限的。最终，培育出的品种不是不育，就是又变成原来的亲本。哈佛大学的梅尔教授称之为基因体内平衡。最常见的就是狗再怎么杂交育种还是狗。这说明进化论有一个无法跨越的障碍。在理论上，人们把突破这个障碍的可能性寄望于基因突变，这是唯一的可能了。
理论和实际上，基因突变产生高级性状的机率几乎是零
基因突变，是一种在基因复制或修复损伤等过程中发生的随机错误，所以又叫随机突变，本身就是一种病态现象。它发生的机率非常低，大约在万分之一到十亿分之一之间。低等原核生物的突变率较高，大约为千分之一，而高等类型的生物中，许多基因的突变率是十万分之一到一亿分之一。
基因突变能否产生高级特征（性状）呢？对基因的深入研究发现：这种情况发生的机率极低。我们知道一个基因的核心是由几百到几千个硷基排列而成，四种不同的硷基按照一定规则排列，不同的排列顺序形成了非常复杂精密的遗传密码。既然基因突变是随机的差错，我们就可以用一个简单的例子来分析──
我们来考虑一下这个问题：一个复杂精密的计算机程序，随意的改动一两个字符能够产生更高级的程序吗？当然不能。基因突变也是这样。差错造成的突变一般是单个硷基的变化，这种变化造成的结果往往是各种缺陷、畸形、致死，在自然条件下具有生存优势的没有发现一例。为了增加突变率用于研究，科学家们使用了各种方法增加突变的机率，制造了大量的突变体，也没发现向高等方向进化的类型。
概率计算表明，生物进化的可能性小到了绝对不可能的程度
现代进化论用基因随机突变假说解释进化的根本原因。我们知道这种突变具有随机性、低频率和不定向等，值得注意的是：在数学公式和模型普遍应用于生物学领域的今天，进化论者并没有提出一个全面的公式，计算从基因突变开始到一次进化实现的机率，因为任何一个合理的公式都会否定进化。
许多学者从基因突变发生的机率出发，计算出了产生新物种的概率，发现小得惊人。贝希（Behe， M。J。）的《达尔文的黑匣子》（Darwin‘s Black Box）一书中，美国生物化学家贝希以血液凝固的一系列生物化学机制为例，讲述如此复杂精密的生命现象不可能是进化出来的。其中一个蛋白（TPA）产生的机率是十分之一的十八次方，经过计算至少需要一百亿年才能发生。如果同时进化出和它相互作用的蛋白，机率就是十分之一的三十六次方……他说：“很可惜，宇宙没有时间等待。”
这里提出一个宽松的公式，根据突变机率计算进化产生新物种的概率：
P=（M C R E S） n
通俗地说，就是一个物种的某个体发生了突变（机率M=0。001），并且突变后的基因与自身其它基因在不同层次的产物上可以相容（宽松估计C=0。01），而且在生存竞争中该个体能够存活，有繁殖的机会（R=0。1），而且突变恰好有纵向进化的意义（这种情况至今没有发现，某些进化论者估计为E=0。001），而且突变基因在种群中得以扩大（宽松的估计为S=0。1）；因为新物种的形成需要一系列新基因的出现，假设要十个（幂指数n=10，实际物种间绝对没有这么小的基因差异）那么进化出一个新物种的概率为：
P =（0。0010。010。10。0010。1）10=10…100
按照一年繁殖十代，种群个体数为一千，相应的进化所需要的时间极为宽松的计算也需要“十的九十六次方”年。目前科学认为宇宙年龄不会超过二百亿（二乘十的十次方）年，进化一个新物种的时间，是宇宙的年龄的自乘约十次，足见进化是绝不可能的。
生物最相近的物种也不可能只差十个基因，高等生物和低等生物基因差别上万，生物从低等到高等进化所需要的时间更是无法想像的。
生命自然产生的机率，如同用飓风能完成装配飞机一样都是不可能的任务
对于生命的产生，现代进化论认为也是一个自然过程，认为简单的有机物和无机物在某种特殊条件下进化成复杂的生命大分子，各种复杂的大分子进一步组合演化形成原始生命。读到这么多串连的“理想化”过程，读者恐怕会考虑其中的机率问题了，Fred Hoyley 曾说过：“上述事情发生的可能性正如利用席卷整个废料厂的飓风来装配七四七喷射机一样。”
假设和猜测能用作证明吗？
谁都会回答：“当然不能。”如果一连串（比如五个）的假设来做证明，即使每个可能性有70％，那么总体（五个70％相乘）可信度只有16。8％了。而进化论的分子进化机制就是一系列假设的组合，已经把可能性降低到宇宙不可能等待的地步了。宇宙还没等到一个物种的进化就已经毁灭无数次了。进化怎么可能是对的呢？科学的严谨性是不能承认它的。
一些有趣的问题
有一些自然生物现象明显的违背了达尔文进化论提到的“适者生存”、“用进废退”学说，大家看了这些例子，对于进化论，或许也能自己做出正确的判断。
章鱼的大眼睛
生活在深海中的两种动物，章鱼和乌贼，他们每天待在漆黑的环境中，大部分跟他们生活在同样环境的鱼类都是盲眼的。奇怪的是，章鱼和乌贼的眼部构造，竟然与人类的眼睛大致相同。依照“用进废退”假设，那么他们实在用不着这双大眼睛。按照“适者生存”理论，他们这双眼睛并不会增加生存竞争力，因此这个例子刚好说明了进化论的假设错误。
毫无竞争力的寄生虫
寄生在羊肝中的肝吸虫，母虫每次产卵约一千五百万个左右，卵会随着羊的粪便排出。它的繁衍方式很特殊，必须有一种蜗牛爬过，卵附着上蜗牛，经由蜗牛移生于植物上，再由羊只吃下植物，回到羊肝中繁殖。在此过程中，一千五百万个卵大约有十多个卵能存活。这种繁殖过程，在物竞天择中应该不容易与其它物种竞争，但是肝吸虫几百万年来，都是用相同的方法繁殖。
慢吞吞的树獭
生活在澳洲树上的树獭，行动非常缓慢，排泄时必须爬到地上来，虽然它在土地上的排泄有助于增加树木的养份，但是由于它行动缓慢，地面上的捕食者很容易伺机将其捕捉。有很多动植物的繁殖、生存过程，都有类似这样不合理的情况，按照物竞天择的说法，应该很容易被淘汰。但是这些动植物早已生存很久了，而且许多动植物的生理结构在百万年间都没有重大改变。
始祖马的疑问
人们常常引用马的进化作为循序渐进的例子。据说在始新纪的岩层中发现了一种叫做始祖马的小种四蹄兽化石，于是，进化论者就宣称它是现代马的祖先，认为它的特征与现代马相符，表示了一种进化形式。然而，事实并不完全支持这个观点，由于以下原因，我们还不能肯定始祖马就是现在马的祖先。
1。始祖马的化石并没有在更深层的岩层里发现，相反的，始祖马的骨头却常常在地层表面找到。2。有人解释说，始祖马的体形比现在马小，可见它是逐渐由小到大，进化到现在马的。这种说法显然没有道理，因为今天存在的马种仍有大小之分。3。始祖马和现代马都同样有十八对肋骨，而人们认为是中间形态的一种马（Orohippus）有十五对肋骨，同时另一种中间形态（Pliohippus）却有十九对肋骨。4。始祖马的骨骼结构与现代的蹄兔相当类似，这一点并没有被人们完全认识到。一些科学家相信，始祖马与马毫无联系，它可能是蹄兔的变种。
总之，化石证据并不能说明生物由低等到高等的进化理论；相反的，许多高等动物却突然出现在岩石里，正与神话或传说中神在很短的时间内创造了万事万物的记载相吻合。
石油与进化论
油价高涨，人们不禁要问：石油还能烧多少年？全世界几亿辆汽车，这么多飞机来来往往。远程大型客机波音747一次就要加燃油八十五吨，前几年出事的协和式超音速客机要加九十六吨油。今天，充电的汽车是有了，充电的飞机看来还是飞不起来。全世界每天的原油消耗量已非常惊人，一九九六年时就已突破七千万桶，石油输出国组织OPEC预计到二○二○年时将达到每天一亿桶（一桶等于一五九公升或四十二加仑）。
其实不用着急。据OPEC估计：按现有开采量，OPEC国家储藏量还能用八十年， 而非OPEC国家的储藏量可能有二十年好用。
OPEC已查明的蕴藏量最大的产油国：沙乌地阿拉伯：二六一四亿桶（约二九○亿吨）伊拉克：一一二○亿桶（一二四亿吨）阿拉伯联合大公国：九七八亿桶（一○八亿吨）科威特：九六五亿桶（一○七亿吨）伊朗：九二六亿桶（一○三亿吨） 这不包括美国，俄罗斯和中国等非OPEC大国。
今天，科学家普遍认为石油是史前动物在高温高压下腐化而产生的。然而科学家们一直不解的是到底需要多少次的史前生物毁灭，才能产生今天这样多的石油？石油是否仅仅由动物的腐化演变而来的？
我们知道人体和动物的百分之七十是水，在地表面只会腐烂掉。按现在的理论，只有在地下高温高压下碳水化合物才能分解成碳氢化合物，成为石油。全世界的人口是七十亿，假设每人平均七十公斤重，加上人类饲养的牲畜（野生动物分布分散不计），不难计算大概可以产生三亿吨原油。石油输出国组织OPEC的数据是全世界一年消耗大约二十九亿吨原油。换言之，这三亿吨只够用一个半月的。 有人说史前的生物个体大，数量多。但再多，恐龙也不可能一个挨一个的生活，它们都要有一个生存环境。有食草的还有食肉的；食肉还要吃食草的；食草的要吃大量的草和树木。而那些埋藏在地下的树木成了我们今天开采出的每年数以亿吨计的煤。根据考古和地质资料，不难用计算机计算出恐龙的准确数量。
大量集中埋葬，还要