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当时帕特森是故意挑逗引人反省，我并不是说他怀疑的态度代表一般科学界的看法。相反地，有人将帕特森当天演讲非正式的记录公开了，使他受到达尔文主义者猛烈的攻击。后来帕特森被迫全盘否认一切的疑问。不论帕特森当年的演讲是否有意让公众谈判进化论，但他的确提出了一个要点。比如我们指着一件神秘的事情，叫它作“进化论”。进化只是一顶“帽子”。问题不在科学界是否同意这帽子叫什么。而在科学家到底是否确知，像他们这样复杂的生物（人）到底是怎样来的。
有一位著名的社会理论学家，名叫欧文·克里斯托尔（Irving
Kristol）。他的特长是辨认意识形态的混淆。他使用这专门的学问分析达尔文主义，并在《纽约时报》上发表了一篇文章。克里斯托尔指出达尔文的理论只不过是项假设（hypothesis）而不是事实。因为达尔文学说解释复杂的生物由细微的遗传变异和“适者生存”演变而来的观念，只能应用在生物种（species）范围之内的改变。（译者按，就如现在世界上有几百种狗，都是由一种狗选配出来的，而这些狗之间仍有生殖能力，故仍属同一生物种。）达尔文靠逐渐改变的进化论不能证实一类生物可以进化成另一类的生物（所以只能作为假设）。克里斯托尔又指出科学界对生命来源的问题就有许多矛盾的解说。而且，不少的科学家已经怀疑“进化论”一词到底有多大的意义。克里斯托尔在另一方面也承认科学创造论是一种信仰，并非科学知识。不应在学校里面传授。不过他又认为维护科学创造论的人也有一些道理。所以结论说：
我有足够的理由认为，如果在教授进化论的时候，小心声明它只不过是综合各家不同学说、建立在不同假设上的理论，而非不可质疑、完全可靠的事实的话，很多不必要的争论就可以避免了。以目前的情况来说，基要派人土相当正确地指责一般学校讲授的进化论，都暗藏着不必要的、反宗教的利刃。
我以为哈佛大学著名的斯蒂芬·古尔德（Stephen Jay
Gould）应该同意克里斯托尔的看法。因为1980年古尔德在一篇科学论文中预测一种新广进化论即将出现，代替新达尔文派的合成论（Neo…Darwinian
synthesis）。古尔德承认1960年代他还当研究生的时候，曾受达尔文主义合成论的迷惑。但近年来，因为愈来愈多的证据使他不得不断言，合成论“虽然在学校正统的教科书上仍然存在，但以一套广义的综合理论的立场来说，已经死了”。克里斯托尔反对传授的正是这些老课本中的已死的道理。
但没想到古尔德对克里斯托尔的回应叫我这门外汉一时更摸不著头脑！古尔德竟然否认教科书中对进化论的偏见比对其他科学更严重，又否认进化科学反对宗教。他并且坚持“达尔文的自然选择论等……在狭义范围内仍旧是进化论的重点”。他着意指出克里斯托尔忽略了“已被认定的事实与讨论学说时应有的争辩两者间重要的分别”。古尔德又说，生物学家在教进化理论时已经当它为各家不同学说（conglomerate
idea），包含矛盾假设所综合的理论。不过，进化也是自然界的“事实”，就如地球环绕太阳公转一样的事实。【注二：
古尔德争辩的所谓进化乃事实，本书第五、第六章有详论。】
从旁观者的立场看进化论的文献和其中自相矛盾的地方，不但使我感到十分有趣，我渐渐看惯了这些逃避批评的伎俩。当外行人询问，进化论是否真如专家们所说的那么真实可靠呢？我们得到的是严厉的警告，不准问这样的问题！而专家们彼此争论的问题，如准确的时间表和进化的机制到底怎样改进等问题却被称为小节而已，这些争论只是同业之间应有的积极的讨论，并非表示进化论有危机。无论如何，〃进化乃事实〃绝对不容任何人怀疑。
再次考虑帕特森所指出的问题，进化的事实如没有理论的支持，只不过是个泡影而已。如果不能解释生物到底怎样可以从一种转变成另一种，只空口说：〃人类是从鱼类进化来的〃，并没有什么了不起。这种难以置信“鱼的故事〃（fish
story），必须要有科学家研究出来，到底怎样可以不借用神迹，将鱼变为人，然后这学说才有价值，才能令人信服。
达尔文指出，应该尝试指出，从自然界微小的变异渐渐累积，让时间、机遇和不同的生存率联合工作，就可以造成巨大的改变。这是达尔文所创立代替神迹的科学理论。但是如果达尔文这套渐进式的故事证明是假的，那么〃进化论〃只是一顶空〃帽子〃，用它来描写人与鱼的关系的话，只能说明人与鱼都具有一些相同的特征，例如脊椎动物之间共有的特征而已。
所以，专家们在进化的机制（mechanism）方面所持的分歧对我们这些门外汉来说是最重要的问题，因为我们想确知科学家所知道的到底是否如他们宣称知道的那么多。当无数的达尔文主义者坚持，进化论显示我们的生存是毫无意义的，只不过是唯物机制的运作。那么我们必须询问进化的过程到底是怎样发生的，并非要得到一个合理的解释不可。这些科学家所说的〃进化〃是指一个机械的（唯物的）过程。那么当进化这个〃事实〃的过程被推翻以后，所剩余下来的〃事实〃还有什么意义呢？这真是难懂了。
在以下的几章里，我要检验所有的证据，看看是否真有机制能够解释，进化论应该可以解释，大幅度的改变。例如单细胞的细菌怎样可以改变成复杂的动植物，鱼类怎样进化到哺乳动物，和人猿怎样可以进化成人。如果新达尔文主义不能胜任，如果没有更好的理论，而只有古尔德和克里斯托尔两位都赞同的所谓〃综合各家不同假设上建立的理论〃。那么，我们可以断言科学家其实也不知道大幅度的广进化是怎么来的。然后我们必须考虑〃进化乃事实〃与达尔文的理论是否应该分开。我们要继续查询新的分子生物学的证据，现今生命来源的研究，和科学研究的常规（rules
of scientific inquiry）。
在开始进一步讨论之前，我要声明我的资历和目的。我不是一位科学家，乃是一位研究学术的律师（教
授），专长于分析辩论中所用的逻辑并且认辨辩论背后的假设。这样的背景在处理进化论的问题上可能比你想像的更贴切。因为人信不信进化论和达尔文主义主要是看他的基本假设是什么，然后他使用什么逻辑去推论。【注三：当美国国家科学院委任一个特别委员会写官方的小册《特创论与科学》（Science
and Creationism）时，七位委员中有四位是律师。】
讨论进化论时科学家未必占上风，因为进化论是一个极广泛的题目，跨越很多不同的科学领域，并且涉及哲学。现代职业性的科学家都必须深入钻研较窄的课题，在他专长以外他也只不过是个平凡人（layman）。
要我找有关的科学资料并不困难，达尔文和赫胥黎（Thomas H．
huxley）为普及大众写了不少书。现代新达尔文合成论大师如多布赞斯基（Theodosius Dobzhansky）、乔治·辛普森（George Gaylord
Simpson）和朱里安·赫胥黎（Julian Huxley）等，也有大量大众化的著作。现今显赫的科学家中如古尔德、道金斯、道格拉斯·菲秋马（Douglas
Futuyma）等，还有很多专家的普及文章，我都收集在每章书后所附的研究摘记中。
大多数专业的文章在最著名的《自然》（Nature）周刊和《科学》（Science）杂志中刊登。这两份刊物是英、美科学界的喉舌。较大众化一点的有英国出版的《新科学家》（New
Scientist）和《科学的美国人》（Scientific
American），其中也有很多资料。此外，哲学家和历史学者也写了不少很有见地的书。总之，现有的文献非常丰富，而领先的科学界巨子一直都以为，一般读者可以明白主要的证据（essential
evidence）。可惜证据是哑巴，不能自动解释什么；它的含义只有靠推理阐明，用推理决定某证据是否成立、某证据是否可以接受。我特意要察验的，就是这些推理的规范（rules
of reasoning）。
还有一件需要交代清楚的是我个人的宗教观，因为读者一定会问，而且最基本的法则告诉我们，凡人都有偏见（bias），我也不例外。各人的出发点必须公开，并且接受检验。我在哲学上是个有神论者，也是一位基督徒。我相信神的存在，如果神要的话，衪可以从〃无〃造成〃有〃；但同时神也可以使用一个自然的进化过程。我并非要为科学创造论辩护，事实上我这本书并无意讨论圣经的记载与科学之间的冲突。
我的目的是考验科学本身的证据，并且谨慎明辨证据本身的意义和宗教或哲学方面的偏见。偏见会歪曲我们对证据的解释。我认为科学创造论者的偏差是因为他们首先投入了（premitment）圣经原教至主义（Biblical
fundamentalism）。我不愿为他们的立场多说。我要明察的问题是达尔文思想是否基于公正客观的科学证据；达尔文主义；是否另一种变相的原教旨主义（fundamentalism）。
我们真知道有什么自然的过程（natural
process）可以使原始的微生物进化成其他的生物和人吗？生物又可以从无生命的物质进化而来吗？国家科学院告诉我们，科学最基本的特质是必须依靠自然无神的解释，那么科学家是否已经确实证明创造者（神）完全没有参与创造这个世界和其中一切的生物？在科学范畴之外有没有真理？难道非科学（non…science）就等于无稽、无意义（nonsense）吗？科学界集团如此坚决地支持自然进化论，外面的人胆敢怀疑他们官方建立的信条（doctrine）可能错谬吗？让我们一起来仔细看看吧！
第二章 自然选择论第二章 自然选择论
达尔文的事迹和他的学说多次多方被人传讲是理所当然的事。他与研究地质学的律师查理·赖尔（Charles
Lyell）之间有不寻常的友谊；他在猎狗号船上漫长的旅途中，碰上脾气暴躁的船长菲兹莱Fitzroy）；他在南美洲加拉帕戈斯群岛（Galapagos
Islands）上作了重要的观察；他经年累月不断地编写《物种起源》（The Originof Species）稿件之际，突然因为塞尔·华莱士（Russ
Wallace）即将发表相似的理论，而在匆忙之间付印；接着轰动一时，引起极大的风潮；最后高奏凯旋等等。这一切都是最精采、最戏剧化的题材，当然值得再三复述。不过，我要写的不是历史故事，而是现今关于进化的争论中所应用的逻辑。因此，我的兴趣不在达尔文本人，乃在达尔文主义。达尔文当年所提出的学说与现今流行的新达尔文主义之间的差别，对我来说也不重要。虽然新达尔文主义者得到现代科学，特别是遗传学知识的助益，比达尔文当年更占优势。我的宗旨是要曝露现今进化论真正的想法、进化论所描绘的自然界对我们影响之重大，并要说明如今在进化论方面争辩的真正要点。
达尔文的名著《物种起源