部与他会兵，准备向土谢图汗发起进攻。
土谢图汗迅即上奏，请示如何处置。圣祖仍坚持会盟誓言，不得与扎萨克图汗擅动兵戈；圣祖又向噶尔丹发出敕书，命令他立即停止军事行动，罢兵息战。《清圣祖实录》，卷131，10页。噶尔丹对圣祖的指令不予理睬，必欲吞并喀尔喀而后已！
康熙二十六年九月，噶尔丹的军队已进入扎萨克图汗部，战争的阴云笼罩着喀尔喀，形势异常危机，如箭在弦上，一触即发。此刻，参加中俄谈判的沙俄全权代表戈洛文抵达乌的柏兴（位贝加尔湖以东），企图拉拢土谢图汗，遭到严词拒绝。戈洛文发出威胁，等俄国大军一到，就要向他们发动进攻，占领他们的领地。土谢图汗不惧威胁，在鄂尔珲河一带集结军队，把戈洛文移居的色楞格斯克包围。
康熙二十七年（1688年）六月初，噶尔丹趁土谢图汗的军队围困色楞格斯克时，突然从背后发动了袭击。他亲率铁骑三万，越过杭爱山，向土谢图汗、车臣汗发动了强大的进攻。到八月初，仅仅两个多月左右的时间，噶尔丹的铁骑如一股狂飙，席卷漠北草原，所向披靡，土谢图汗、车臣汗部难以抵御，纷纷败逃。噶尔丹的军队迅速占领了喀尔喀蒙古。有关噶尔丹进攻喀尔喀蒙古的详细经过，可参见《亲征平定朔漠方略》，卷4；张鹏翮《奉使俄罗斯行程录》；《张诚日记》；何秋涛《朔方备乘》，卷3；以及《清圣祖实录》康熙二十七年记事。土谢图汗等三部落“数十万众尽弃牲畜帐幙，分路东奔，于九月投漠南，款关乞降。”《圣武记》，卷3，116页。
第三部分西北扬威平叛（4）
噶尔丹攻占喀尔喀三部，是一性质极为严重的事件，后果极其可怕。据俄国人的记载，噶尔丹是“根据（沙皇）陛下的谕旨发动战争的。有大批俄国军人，并有大量火器大炮协同他作战，在战场上相遇时，卡尔梅克（准噶尔）人就以皇家部队的名义来恫吓他们。”很清楚，噶尔丹进攻喀尔喀“是同沙皇陛下的军队联合行动的。”《十七世纪俄中关系》，卷2，307、360页。又据中国文献所载，噶尔丹“扬言借俄罗斯兵且至”《圣武记》，卷3，115页。。俄国文献还进一步证实：噶尔丹进攻喀尔喀是受沙俄唆使，由戈洛文具体策划的。他在给外交部的报告中，“提出建立俄国——厄鲁特联盟的想法”，在向喀尔喀进攻之前，噶尔丹多次派出使者赴伊尔库茨克，同俄国使团见面，“对向蒙古人武装进攻一事取得一致意见”。《十七世纪俄中关系》，卷2，621页。俄国人认为，噶尔丹“依靠俄国人的援助同土谢图汗和清朝作斗争。”《十七世纪俄中关系》，卷1，30页。噶尔丹由民族分裂走上背叛民族、背叛祖国的罪恶道路是不容置疑的。由于噶尔丹突袭喀尔喀，把戈洛文解救出来，直接打击和瓦解了蒙古人民的抗俄斗争；同时，圣祖派出的使团前往斯莫楞斯克与沙俄谈判，也因噶尔丹占领喀尔喀而受阻，不得不中道返回，致使清使团及其护送的军队招致重大损失。钱良择：《出塞纪略》载：“全军人死者九百余，畜死者驼千余，马二万七千余，耗银二百五十余万（两）。”清朝原拟将中俄边界包括喀尔喀蒙古北界一次性划定，亦不得不拖延下来，直到40年后才重开谈判，相继签订《布列斯奇条约》（1727年）和《恰克图条约》（1728年）。此间，沙俄又侵占了喀尔喀北部大片领土。《康雍乾经营与开发北疆》，82页。这一巨大损失，是无法弥补的。所以，噶尔丹吞并喀尔喀的事件，给当时及后来造成的恶果都是极其严重的。这一事件迅速地把他推入同清朝的战争，最终也使他不能不付出沉重的历史代价！
圣祖接纳了喀尔喀三部属民，将他们分别安置在乌珠穆沁、苏尼特、乌喇特诸部，对土谢图汗与其弟哲卜尊丹巴也予以保护。蒋良骐：《东华录》，卷14，237页。噶尔丹则要求朝廷：对土谢图汗兄弟“或拒而不纳，或擒之。”《东华录》，卷14，236页。圣祖断然拒绝他的无理要求，在给他的敕谕中阐明了朝廷的基本方针：“朕欲尔等解释前仇，互市交易，安居辑睦，永息战争。”《清圣祖实录》，卷140，26~27页。指令噶尔丹“遵旨议和”《东华录》，卷14，236页。。明确地表达了和平解决争端的愿望。
噶尔丹置圣祖的和平方针于不顾，于康熙二十九年（1690年）五月三日率军两万余，渡过乌尔扎河，展开了新的大规模军事行动。《清圣祖实录》，卷146，6页。他们沿克鲁伦河南下，进入蒙古乌珠穆沁部境内，于六月十四日至乌尔会河东乌兰地方，该部额尔德尼贝勒博木布所属部民之牲畜、男女人口、财产“多被劫掠”，据报，“掠及四佐领之人”《清圣祖实录》，卷146，18页；卷147，14页。。噶尔丹已闯入边，但表面上还不想与清朝决裂，一再声明：“中华与我一道同轨，我不敢犯界内地方”，“但索土谢图汗、哲卜尊丹巴而已。”《清圣祖实录》，卷146，21~22、25页。他闯入乌朱穆秦部时，声明：“我攻我仇喀尔喀耳，不敢犯中华界。”《清圣祖实录》，卷146，18页。同年七月，噶尔丹遣达尔汉格隆谒见圣祖，传达其言：“喀尔喀，吾仇也，因追彼阑入汛界，向在中华皇帝道法之中，不敢妄行。”《清圣祖实录》，卷147，13页。连达赖喇嘛也偏袒噶尔丹，向圣祖游说：“但擒土谢图汗、泽（哲）卜尊丹巴胡图克图畀噶尔丹，则有利生灵。”《清圣祖实录》，卷143，11页。圣祖识别了他们的意图，断然拒绝了他们的无理要求。
噶尔丹横行大草原，威震西北，仍然惧于清朝的强大，还不敢明言同清朝开战。他口口声声追拿土谢图汗兄弟，不过是一个借口。圣祖根据多方侦察所得情报，一语道出了实质：“噶尔丹迫于内乱，食尽无归，内向行劫。”圣祖指出：“喀尔喀已归顺本朝”，噶尔丹攻击喀尔喀，实际上已“开兵端也”。《清圣祖实录》，卷146，8页。原来，噶尔丹已处内外交困的窘境。自噶尔丹夺取准部政权，到康熙二十七年，已经过去了近二十年。他的三个侄儿策妄阿拉布坦、索诺木阿拉布坦、丹津鄂木布（均为僧格之子）已长大成人。其中，索诺木阿拉布坦应为准部珲台吉的合法继承人，噶尔丹视为一大威胁，遂设计将其毒死。策妄阿拉布坦的未婚妻阿海长得美艳动人，被噶尔丹看中，强行霸占为己有，还试图谋害策妄阿拉布坦，以收斩草除根之效。噶尔丹残虐亲族的禽兽行径，激起了族内人的强烈不满。策妄阿拉布坦怀着满腔愤怒，毅然于康熙二十七年（1688年）冬，率部众5000人及其父时的旧臣数人，脱离噶尔丹，逃到博罗塔拉（今新疆博罗县境）。噶尔丹率兵追赶，被击败，士气大拙，人心涣散。《清圣祖实录》，卷143，13页。还有，噶尔丹的叔父楚虎尔乌巴什之子额林臣也继策妄阿拉布坦之后，于次年十一月出逃。楚虎尔乌巴什有五子，额林臣排行第五。康熙十五年，噶尔丹攻伐叔父楚虎尔乌巴什，将其俘虏，杀其长子班第，后二及三子、四子俱死，惟剩额林臣与父同被囚禁。去年（即康熙二十七年）噶尔丹率师北征喀尔喀，额林臣乘机携子弟台吉10余人、弓箭手500余人，计1000余人来投清朝。报至圣祖，给予接纳，做了妥善安置。《清圣祖实录》，卷143，5页。楚虎尔乌巴什，在《实录》中写作“楚虎尔吴巴锡”，写法稍异。
策妄阿拉布坦及额林臣等大批人叛离，产生了重大影响，“下人散亡略尽”，纷纷逃走，实力大减。噶尔丹的经济状况也在迅速恶化，“又极饥窘，至以人肉为食。”《清圣祖实录》，卷143，13页。可以想见噶尔丹已到山穷水尽的地步！
第三部分西北扬威平叛（5）
噶尔丹眼见众叛亲离，势力已衰，无可奈何。他离开本土，居于遥远的喀尔喀“王廷”，对天山及新疆南部渐失控制，而其侄策妄阿拉布坦渐有发展，有取而代之之势。噶尔丹将军事重心移离本土，其治下所属南疆如喀什噶尔、叶尔羌先后爆发起义，虽被镇压下去，但噶尔丹的统治亦步入衰落之期。
显然，在这种困境中，噶尔丹仍然挥师南下，尾追土谢图汗兄弟不舍，直至冒巨大风险而进入清朝的辖区，貌似强大，实则空虚，如圣祖已看出，其本意是来内地“行劫”，维持部众的生存，再谋出路。
尽管噶尔丹反复声明“不敢”犯朝廷，却一再拒绝圣祖的和平方针，拒不执行圣祖提出的一系列有关和解的指令，而以不断扩大的军事行动向清朝不宣而战。圣祖早已认识到，噶尔丹“其势日张，其志益侈”《亲征平定朔漠方略》，卷2，16页；《圣武记》，卷3，116页。，不容小视。但圣祖除指令各边口严加防范，并不急于出兵，静观事态发展，等待时机；同时千方百计而耐心劝诫噶尔丹，希图他悬崖勒马，和平了结。康熙二十九年六月，他在给噶尔丹的敕谕中，强调指出：“夫兵，凶器；战，危事，互相仇怨，无有已时，非计也。”《清圣祖实录》，卷146，21页。圣祖的友善告诫改变不了噶尔丹的野心，几道圣旨也阻止不住噶尔丹的铁骑的奔驰。当他肆意深入之际，圣祖迅速作出决策：调集八旗劲旅，向噶尔丹进犯之地集结。约从三月间，圣祖开始发兵。此前，还在二月时，圣祖仅派理藩院侍郎文达率少量兵马前赴喀尔喀侦探噶尔丹动向。《清圣祖实录》，卷144，120页。随着噶尔丹军事行动的逐渐深入，圣祖陆续增派军队，特命理藩院尚书阿喇尼与一等侍卫阿南达统领鄂尔多斯、归化城（今内蒙呼和浩特）、喀尔喀，四子部落等蒙古军队约计6000余人，前往与文达会合。命都统额赫纳、护军统领马喇、前锋统领硕鼐等出征，先赴归化城，与文达调遣的喀尔喀兵赴土喇，与阿喇尼会合。《清圣祖实录》，卷145，4~5页。至四月初，再选精锐600名，再从汉军每旗选章京一员，领炮8门及炮手增援阿喇尼、额赫纳。因不足用，每旗发2门炮，计16门炮；每炮派将领一员、军校炮手2名。《清圣祖实录》，卷145，10、13页。五月初，阿喇尼率部进驻洮濑（儿）河畔。
噶尔丹率2万余兵马，正在内逼，形势日益紧张。圣祖意识到阿喇尼军队尚少，于是，增调科尔沁10旗的预备兵2000人；命喀喇沁、翁牛特、巴林等各出兵400人或500人不等，从禁军及汉军中派出部分军队。满洲、蒙古、汉军各佐领出骆驼一头运粮。《清圣祖实录》，卷146，7~8页。
在调兵遣将时，圣祖采取策略，利用矛盾，分化瓦解噶尔丹。他给噶尔丹之兄子策妄阿拉布坦及族人额林臣以优厚待遇，已如前述，即是一例。他还展开外交活动，警告沙俄不得帮助噶尔丹，否则即与中国“重开兵端”，自失其言，有损中俄已签订的《尼布楚条约》。《清圣祖实录》，卷146，8页。沙俄遂不敢轻举妄动。
康熙二十九年（1690年）六月二十二日，圣祖召集朝廷大臣，下诏亲征噶尔丹。七月二日，发布命令，任命其兄和硕裕亲王福全为“抚远大将军”，皇长子允禔为