康熙二十九年（1690年）六月二十二日，圣祖召集朝廷大臣，下诏亲征噶尔丹。七月二日，发布命令，任命其兄和硕裕亲王福全为“抚远大将军”，皇长子允禔为副将军，此为左翼，率主力出古北口；以其弟和硕恭亲王常宁为“安北大将军”（很快又改派康亲王杰书），和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂扎为副将军，此为右翼，率此主力出喜峰口。命内大臣国舅佟国纲、佟国维、内大臣索额图、阿席坦、诺迈、明珠、阿密达、都统彭春等14人随军参赞军务。七月六日，圣祖为福全等众将士送行。常宁率大军也已于前二天，即四日自北京出师。两支大军按圣祖指示的路线浩浩荡荡，出长城，北向巴林部，迎击正在南下的噶尔丹军。十四日，圣祖也自北京出发，亲临前线视师，欲“一举而定”，“以靖喀尔喀之肆”《清圣祖实录》，卷147，8~16页。。
清军先发两路，加上圣祖自率一路，计三路出兵，兵力多少？清朝官方未予透露，只记载从各处调兵，有零星数目，却不计总数。从调兵情况看，确已动员了国中精锐，但没有调驻守江南的八旗兵，除了从京城、盛京（沈阳），远至乌喇（吉林）调发满洲八旗禁旅，主要是漠南蒙古诸扎萨克及漠北喀尔喀蒙古军队构成了主要兵力，总计约10万左右，超过噶尔丹四五倍。
在圣祖的策划下，将噶尔丹诱至乌兰布通（今内蒙克什克腾旗南），距京师仅700里。八月一日，在此展开激战，自中午开战，延至次日，噶尔丹军队被彻底击溃。清军统帅中了狡猾的噶尔丹的假降之计，停止追击和拦截。到了晚上，噶尔丹利用夜色掩护，乘机溜走，马不停蹄，“狂奔绝漠而北，沿途饥踣死亡，得还科布多者仅数千人。”《圣武记》，卷3，117页。此役即于本月结束，圣祖下令班师，凯旋而归。
有关乌兰布通之战的前前后后，学术界已有诸多论著作了详细阐述，就史实本身已无异议，这里，不再赘述。
自噶尔丹狼狈逃出内蒙古，辽阔的草原又恢复了昔日的平静。然而，噶尔丹残破喀尔喀却给他们留下了严重教训。由于喀尔喀内部相互侵夺仇杀，清朝对他们尚未建立起有效的行政管理和法律制约的严密制度，给噶尔丹以可乘之机，经不起进攻，便迅速溃败，军队解体，部民走死逃亡，倾国南迁，寄居于漠南蒙古，不得返回家园。圣祖认识到，朝廷疏于管理和控制，后果严重，正如他说：“喀尔喀来降者，饥困已极，自相劫掠，应速置扎萨克，遣蒙古王、台吉等晓示法度，收集离散。”《清圣祖实录》，卷142，12页。喀尔喀王公贵族也从此次惨败中醒悟过来：如没有清朝的庇护，他们就无立足之地！因此，车臣汗之叔纳木扎勒倡议，诸王公贵族们主动要求，在喀尔喀实行与内蒙49旗同样的管理制度。在这种情况下，给喀尔喀编旗队，确属水到渠成。朝中议政王大臣们，依据圣祖指示，迅速落实。
第三部分西北扬威平叛（6）
这项编旗队的工作，始于康熙二十八年（1689年）十月，即在噶尔丹残破喀尔喀之后、乌兰布通大战之前，圣祖为重建漠北的统治秩序，收集离散之众，以便组织力量抗击噶尔丹的侵略。他派遣漠南蒙古科尔沁土谢图亲王沙津、理藩院侍郎文达等十余人，又从每旗的都统、副都统、参领、长史中抽调二人，分赴喀尔喀各部，具体进行编旗、增设扎萨克事宜。经圣祖批准，在车臣汗旗下纳木扎尔额尔德尼济农、盆楚克伊尔登、车臣伊尔登济农、洪俄尔戴青台吉、车卜登额尔克台吉；信顺额尔克戴青旗下敖巴额尔克阿海台吉、右翼白苏特察罕巴尔、车臣台吉、额尔德尼哈滩巴图尔台吉等，增设扎萨克。圣祖在解释设扎萨克时，强调说明：“今见尔等并无法度，不能约束。以强凌弱，自相劫夺，倘不速行晓谕，定法督察，则汝见在人民，益至离散矣。”所设扎萨克，圣祖规定其职责是；“收集离散之众，分为旗队，以便督察，禁止盗贼妄行，教以法度。”《清圣祖实录》，卷142，15~16页。此次，在喀尔喀编定15旗。《康雍乾经营与开发北疆》，115页。又，孟昭信《康熙大帝传》认为编旗一二。见该书228页。
圣祖以喀尔喀内乱、噶尔丹侵掠“邻封”为契机，及时地把太宗时创立的蒙古盟旗制由内蒙古推向外蒙古，确立清朝对它的直接统治地位。但是，喀尔喀内诸部积怨甚深，如土谢图汗杀害了扎萨克图汗沙喇和赛音诺颜部台吉德克德黑·墨尔根阿海，结成世仇，矛盾尖锐。这就是说，虽从制度和法律上做了规定，仍不能保证内部的安定和团结。
因此，圣祖决定：喀尔喀三部及内蒙49旗共同举行“会盟”，又称“大阅”、“会阅”，是蒙古各旗式各扎萨克定期集会、协商解决重大问题的一种特殊的形式。圣祖就利用蒙古的这种传统形式，以调解各部旗及扎萨克之间的矛盾，达到团结统一的目的。
会盟于康熙三十年（1690年）五月初在多伦诺尔（今内蒙多伦）举行。史称“多伦会盟”。还在四月上旬，圣祖率文武大臣起程赴多伦诺尔，于四月三十日到达。圣祖的御营安设完毕，即命已先到达的喀尔喀及内蒙49旗王公贵族及其部众，从百里外向御营移近50里，环御营屯驻，只见代表各部、旗的旗帜及彩旗迎飞飘扬，千万匹健马仰天嘶鸣，骑步兵个个威武雄壮，在一望无垠绿如织毯的草原上构成了一幅壮丽的图画，展现了清朝与北方民族团结欢聚的雄姿盛容。一场规模空前而壮观的会盟就在这里举行，为历史增添了民族和睦团结的光彩的一页。
会盟按召见、颁赏封爵、大会、阅兵、视察营寨等过程，都按预定的程序，有条不紊地进行。
会盟前，圣祖决意首先解决喀尔喀内部矛盾主要是土谢图汗妄杀扎萨克图汗沙喇与德克得黑·墨尔根阿海而造成的宿怨，如此才能达到会盟的目的。因此，他授意内大臣索额图与一等侍卫吴达禅向土谢图汗兄弟传达他的谕旨：在圣祖未到达多伦诺尔之前，将他们杀害扎萨克图汗等人及“在喀尔喀妄为之事”须“自行陈奏”。其意是让他们主动先承认过错，便于得到扎萨克图汗亲人与部众的谅解。土谢图汗与其弟哲卜尊丹巴心领神会，“各具疏请罪”。圣祖到达后，将奏疏呈上。兵部尚书马齐等认为，他们名为认罪，实际是“巧辞掩饰”，应革去土谢图的汗号，降为“闲闲台吉”；哲卜尊巴丹削去名号，降为“小喇嘛”。至于被杀的扎萨克图汗，乃是喀尔喀七旗之长，“累世抒诚进贡”，应予保留，令其后人承袭；还有车臣汗，原已袭封，可仍其汗号。圣祖听完汇报，心中有数，待会阅时再宣布他的处置决定。《清圣祖实录》，卷151，6~7页。
五月二日，会阅开始。早晨，各部、旗王公贵族都穿戴一新，按序排列，准备朝见皇帝。圣祖所居黄幄前，侍卫肃立，一应仪仗俱全，显示了皇帝的至高威仪。在空旷的原野上，碧空如洗的灿烂阳光下，一派庄严肃穆，惟有弦乐声悠扬，打破寂静，震动着每个人的心弦。
圣祖首先点名土谢图汗、哲卜尊丹巴，召进行宫朝见。两人分别跪拜，向圣祖请罪，感激给予再生之机。圣祖点头，然后赐两人茶，又赐土谢图数珠一串。圣祖态度亲切，说话口气温和，两人不安之状随之安定下来，内心充满了感激之情。接着，圣祖命大学士尹桑阿向喀尔喀诸蒙古宣布他的决定。他首先历数了土谢图汗两人所犯的过错，造成喀尔喀内乱，“国土败亡，生计遂失”。但他们在最困难的时候，能想到朕历年给予的“爱养之恩”，来求归附。“今土谢图汗等将一切大过自行陈奏。当此大阅之时，若即惩以重罪，岂惟朕心不忍，尔等七旗能无愧于心乎？若以轻罪处之，目今生计全失，俱赖朕惠育，何从议罪？故将伊等责其大过，复原恕其情。”
以下，是对扎萨克图汗被杀的处理：他生前“抒诚进贡，业已有年，无故为土谢图汗等残杀，殊为可悯。今其亲弟策妄扎卜来觐，宜即令承袭，以示优恤。”
圣祖实事求是地宣布土谢图汗兄弟的严重过失，又提出可以宽恕的充分理由；同时，表彰了扎萨克图汗生前的对清朝的忠诚，对其冤死表示了深切的同情。为补偿这一损失，将其汗位赐给其弟承袭（其子尚幼）。这样，在双方中求得了平衡，尤其是化解了扎萨克图汗亲人的仇怨，两家矛盾遂在顷刻之间获得了解决。
此一决定一宣布，喀尔喀大小贵族不约而同地齐声欢呼、感激，无不心服口服。《清圣祖实录》，卷151，8~10页。
圣祖从行宫出来，进入宫前所设黄幄，入座，宣召喀尔喀诸汗、台吉等王公贵族，行三跪九叩礼毕，按预定次序入座。这时，乐色大作，开始宴会，圣祖亲自向为首的诸王公贵族赐酒，其余由侍卫代为一一赐酒。据载，盛宴达200席。
第三部分西北扬威平叛（7）
五月三日，颁赏：土谢图汗、哲卜尊丹巴、新任扎萨克图汗及车臣汗各得银千两、蟒缎与䌷缎各50疋，还有袍、帽、茶、布料诸物若干；其余贵族分等皆给赏赐。赏毕，再举行宴会，宴请获赏的有35人。圣祖说：昨天虽已举行宴会，今天想进一步熟悉你们，故特召入，你们可以畅所欲言，“舒怀共语”。圣祖再次阐明会盟的目的，帮助他们总结以往的历史教训，说明编设扎萨克的必要性：因为你们“互相偷夺”，故添设扎萨克，“以便稽察”；你们“素无法纪”，故“颁示定例”，与49旗“一例编设”，其名号亦与49旗同。圣祖当即宣布：土谢图汗、车臣汗名号仍旧保留；扎萨克图汗之承袭的弟弟策妄扎卜封为和硕亲王；其扎萨克以下带有“济农”、“诺颜”之名的都去掉，都封为多罗郡王；土谢图长子台吉噶尔旦以其忠诚封为多罗郡王。车臣汗之叔额尔德尼济农，去其“济农”号，封为多罗郡王；车臣汗之族叔额尔克台吉封为多罗贝勒……最后，告诫他们：“各守法度，力行恭顺”，福及子孙，否则，“国法具在”，凡违例必依法治罪。《清圣祖实录》，卷151，11~14页。有赏有罚，强调守法，决不准像以前那样乱来。圣祖从政治思想上把他们纳入到清朝的法制与制度的轨道，自此，结束了几个世纪以来蒙古诸部混乱的局面。
五月四日，会盟进入阅兵阶段。圣祖穿戴甲胄，乘御马，先检阅蒙古诸部军队。然后下马，亲自射箭，发了10箭，9箭射中目标，几乎矢无虚发。又选了15名善射者各以硬弓表演射术。事毕，圣祖返回到黄幄略事休息。49旗王、贝勒、贝子、台吉及喀尔喀诸汗及台吉等跪拜，为圣祖高超的箭术欢呼：“洵神武也！”
过一会儿，圣祖率蒙古诸王公贵族观看军事演习，遂使阅兵进入高潮。参加演习的是满洲八旗官兵、汉军火器营官兵及总兵官蔡元标所属的官兵，约计万名骑兵和1200名步兵，铜炮70门张诚：《1691年第三次鞑靼地区旅行记》，5月31日（即四日）记事。，组成了骑、步、炮的“混合”编队，“各依次列陈，鸣角，鸟枪齐发”，万余名健儿，�