圣祖“经历军务年久”，又曾亲统大军出塞征讨，“凡行兵机务，靡不周知”。尽管他期待和平了结，但也深知不能小视策妄的政治野心和企图。所以，过了几天，他再作军事部署，摆出进攻的态势。他设想：除已部署之外，再分作三路进兵，即一路由噶斯（青海西北部油砂山附近）出兵1万，赴伊犁河源，直逼策妄“巢穴”；由哈密、吐鲁番一路进兵1万；由喀尔喀进兵1万，进至博克达额伦哈必尔汉地方，“如此三路进剿，料必成功。”《清圣祖实录》，卷263，24页。为此，又筹备粮饷，运至驻兵之处，不在话下。
按圣祖的筹划，并不急于进兵，视策妄的举动而定。如进兵，拟等明年再考虑。
策妄的实力，据被俘的所属一个叫满济的人提供的情报，他自有14个部落，每一部落有1500户，加上附会的图尔古特、辉特、杜尔伯特等部众，约共3万人，因遭受雪灾，牲畜死亡，与朝廷作对，失去灾援，部众生计很难，人心不稳，多有离散之意。比之当年的噶尔丹，策妄十分虚弱。噶尔丹的覆灭距此不过二十年左右，策妄却执迷不悟，试图控制蒙古，不惜与朝廷决裂。他何以至此？考察他的行动，并非个人的一念冲动，隐藏在后面的一种推动力量，是该民族长期形成的传统的离心意识。自周秦以来，地处西北的游牧民族与中原中央王朝时顺时叛，军事冲突不断，直到清入主中原前，也未停止过。前已提及，这一地区属漠西蒙古，与清朝建立关系颇晚，双方没有历史的渊源联系，因其地处辽远又有大沙漠阻隔，受汉文化的影响也较之其他地区薄弱。历代汉族北迁，多向北部和东北移动，很少向草原与沙漠地带的西北地区迁徙，至多进至甘肃河西走廊而止。他们居于远隔汉族农耕的地区，一向以游牧为生，独立性尤强，因而与中原的联系颇为松散。当一个强有力的人物出现在他们中间，便率领所属向中原进袭，掠取财物与人口，在政治上却很少有问鼎中央政权的倾向。我们看到，崛起于北部与东北的少数民族屡次进兵中原，多成王霸之业，建一代政权，而起自西北的少数民族虽屡与中原争战，却几乎没有建一代政权的。
第四部分西南初奏凯歌（4）
策妄的政治野心，至多也不过是仿效噶尔丹，企图控制蒙古，建立一个脱离中央王朝的独立的蒙古帝国。时代已经变了，而且又遇到强大而统一的大清王朝，是难以得逞的。策妄“不知自量”《清圣祖实录》，卷263，24页。，重新挑起军事纷争，再一次表现出西北少数民族的离心倾向，破坏中国的统一，与中华民族的向心凝聚背道而驰，毫无疑问，应予否定。
至康熙五十四年（1715年）十月，有关策妄的动向，朝廷并不很清楚，仅得一消息说，策妄打算秋时再来哈密。有投顺过来的厄鲁特人特木尔等提供了更为准确的情报，说策妄曾“传令治办器械，预备行粮，不许属下人私骑骟马，凡有人问，但云向哈萨克地方出兵。”《清圣祖实录》，卷265，12页。圣祖和他的谋臣都以为策妄行此诡计，藉以掩盖他进袭哈密的真实意图。所以，清军集结于巴尔库尔（约当新疆巴里坤地区）和阿尔泰两地，正待策妄之来，以便迎头痛击。《清圣祖实录》，卷265，12~13页。
康熙五十五年（1716年）六月，清军进至察罕乌苏驻扎，如策妄侵青海，必由此路；若往西藏，必由察罕托灰之路，在此两路设兵防守，则这一地区就没有可行之路。距此不远，有一地名噶顺，也属设兵的要地。《清圣祖实录》，卷269，7~8页。这一部署，目的是防止策妄侵入青海、西藏。
同年六月，由“靖逆将军”富宁安率8500兵马，分为三队，前往乌鲁木齐袭击，于月末至七月初，推进至策妄所辖之地，先后俘获其哨兵，作为向导，继续进兵。《清圣祖实录》，卷273，5页。
清军层层设防，圣祖以为万无一失。狡诈的策妄知道北进喀尔喀、东击哈密、青海无望，便决策进兵西藏。就在康熙五十五年十月，当清军正向乌鲁木齐推进之时，策妄派大将大策零敦多布率精兵6000人，避开清军防线，“徒步绕戈壁，逾和阗（今新疆境内）南大雪山（指昆仑山），涉险冒瘴，昼伏夜行”，于第二年七月，悄悄进入藏界。由拉萨西北300里处的腾格里突入。拉藏汗年老而嗜酒，竟毫无防备。惊惶失措的藏兵不堪一击，策零的军队很快包围了布达拉宫。策零诱其内部人“投顺”，于康熙五十六年十月三十日，打开宫门，一拥而入，俘获拉藏汗，把他杀死。其妻也被俘，连同金银财物、各庙的重器等，均被洗劫一空，运往伊犁。六世达赖被囚禁于扎克布里庙。《圣武记》，卷5，“国朝抚绥西藏记上”，205页。参见《清圣祖实录》，卷278，19~20页。自顾实汗统治西藏，至此达75年，亦告结束。
大策零攻陷西藏后，建立了残暴的统治，许多寺庙被毁，一些活佛、喇嘛被杀，盛极一时的黄教遭到摧残。他们残害生灵，激起藏族僧侣和百姓的怨恨，都盼望清朝拯救他们。参见《康雍乾经营与开发北疆》，135~136页。
策妄进兵西藏，瞒过了清军。原先，所谓进兵哈萨克的流言，不过是有意布下的烟幕，以掩护他取西藏。各驻防清军连同朝廷都被瞒过，竟然毫无所知。直到准噶尔兵进藏后，才陆续传出消息。又过了一年，到康熙五十七年二月，才得到可靠的消息，拉藏汗生死却没得到证实，“传闻拉藏汗有阵亡之信”。
圣祖原意，以两路大军攻取伊犁，已无意义，便改派侍卫色楞率部2400人进藏，“征剿”策妄，等到有了消息，再作决定。《清圣祖实录》，卷277，27页。
三月，议政大臣提出，所派色楞率2400人攻取西藏，“数少力弱”，应将驻守西宁的额伦特将军（原任湖广总督）所辖的绿旗兵2000人调出，同赴西藏；而额伦特、内大臣公策旺诺尔布等部“备夺青海之众”，即令“随后助威”。还有，噶顺、古木两处，原无兵驻扎，应令都统胡锡图率所部1000人到此处驻扎。额伦特据此再提出补充建议：据他查勘，自西宁进藏有三条路，一为珠尔垦，一为库尔塞，一为拜图。除珠尔垦路狭难行，其余两路均可进兵。应令色楞自率所部及青海之兵，从一路前进；他自率绿旗兵2000人，以及藏兵、青海兵共万人，亦从一路前进。如策妄一路迎战我军，则我另一路军可以从容进藏；策妄若两路迎战，势必军力分散，我军攻灭不难。《清圣祖实录》，卷278，10~13页。
议政大臣与额伦特所议，比较稳妥。他们所担心的是，色楞所部只有2400人，兵力太弱，难与侵藏的策妄兵对敌，况且路途遥远，地形不熟，不无危险，所以，要求增兵，且作两路进兵，可稳操胜券。但圣祖对此不予重视，没有听取他们的建议，却让他们再进行协商而后决定。
色楞对其进兵西藏艰险种种，估计不足。他于康熙五十七年（1718年）五月十三日率部已达穆鲁斯乌苏地方（今称通天河，位居金沙江上游）。他急于进兵，上疏说：“准噶尔残害西藏，彼处人民悬望我师，如望云霓，岂能刻缓！况闻准噶尔兵众散处无纪。伊等伎俩，不过暮夜袭营，偷盗马匹而已。臣所统兵丁二千有余，器械坚锐，马肥饷足……正当乘此机会，剿灭贼人，收复藏地。”
色楞轻敌，把善战敢斗的准噶尔人看成是乌合之众，以他所率2000余人的队伍便可将其一举荡平！议政大臣对此无疑议，圣祖也轻信了色楞的意见，同意继续进兵。《清圣祖实录》，卷279，14页。在后援未继的情况下，色楞孤军深入，而且劳师袭远，已埋下了巨大的危险。在色楞自穆鲁斯乌苏起程后，过了一个月，总督额伦特“随后趱行”，于六月十八日也于此处进兵，至二十四日，尚未追上色楞所部，无法会师。《清圣祖实录》，卷280，5页。
第四部分西南初奏凯歌（5）
七月十七日晨，额伦特部于齐诺郭尔安营处，首次与大策零部接仗，经一场激战，敌兵败走。色楞也发来奏报：二十一日于喀喇乌苏地方，同敌军发生战斗，将其击败。《清圣祖实录》，卷281，3页。至二十八日，两军在此会师。大策零挥师数万前来会战，以一半兵力据喀喇乌苏，迎战清军；另一半兵力潜出清军之后，截其饷道。双方相持月余，至九月底，清军粮尽矢竭，额伦特“犹力战”，死于阵中，色楞亦被害，全军覆没。《清圣祖实录》，卷281，13~14页。
清军覆没、大将战死的消息传来，朝野震惊，从王大臣到青海的蒙公王公皆以藏地辽远，以进兵为难，迟疑不决。圣祖原先也是轻敌，但遭此惨败，遂力排众议，决策进兵，即于十月命他的皇十四子固山贝子允为“抚远大将军”率大军西征，征调各方强将，宗室子弟一大批，组成一支强大的军队，期以必胜。其军号称30万，实际不足此数。
十一月十五日，圣祖率群臣至堂子行礼、祭旗，举行隆重仪式，送大军出征。《清圣祖实录》，卷282，4页。
依圣祖之旨，允不出口外，驻扎西宁，将大军分驻各战略要地，以待进兵的时机。圣祖之意，继续和平争取，已派使臣前去面见策妄阿拉布坦，力图说服他。在使臣未归之前，停止军事行动，等明年进剿。《清圣祖实录》，卷286，23~24页；卷278，8、16页。
进入康熙五十九年（1720年），圣祖重新调整军事部署，实施收复西藏的战略计划。拟分三路进兵：
以抚远大将军允自西宁进驻穆鲁斯乌苏，总揽进藏军务粮饷，留兵1400人（原为3000人，拨出1600人进藏），授都统宗室延信为“平逆将军”率1．2万人为主力，收取西藏，是为中路。其西宁另调西安将军查布驻防，派平郡王纳尔素驻防古木地方。
以护军统领噶尔弼为“定西将军”，率川、滇两处兵马进藏，加上从杭州、江宁（南京）所调兵马，以及云南丽江土知府的士兵，共1．05万人。《清史资料》第三辑载《抚远大将军奏议》，中华书局，1982。是为南路，另调都统法喇驻防打箭炉（今四川康定），永宁协副将岳钟琪协守。《清圣祖实录》，卷287，11~12页，参见《清史资料》第四辑《岳襄勤公行略》。
北路分为两支，一路由漠北阿尔泰山出兵，集结2万，其中：“振武将军”傅尔丹统领8000人马，从布喇罕一路前进；另由“征西将军”祁里德率7000人，从布娄尔一路进兵；一路由巴尔库尔进兵。此处集结1．3万人，委派“靖逆将军”富宁安率领，他自率3000人马取乌鲁木齐，另分兵4000，令散秩大臣阿喇衲统领，攻取土鲁番。这两支大军“约会前进，袭击准噶尔边境之地，使贼人扰乱，可以相机行事。”《清圣祖实录》，卷287，18页。北路的军事目的，是进攻策妄的本土，藉以牵制其兵力，不得入藏增援，为清军收复西藏减轻后顾之忧。
在进行军事部署，即将挥师进藏之际，圣祖又采取一项重要政治措置，这就是敕封六世达赖。达赖不只在西藏，而且在广大的蒙古王公贵族及部民中都享有