安民，灭流寇以安天下也。”《清世祖实录》，卷4，17页。再次表明了清朝统一天下的决心和政治信念。他不允许吴三桂进北京，兵贵神速，紧追不舍，而他率满汉蒙八旗稳稳当当开进北京，一直进入紫禁城，成了它的新主人。
李自成率大军撤离北京，如大海退潮，不可抑止。人怀重宝，又裹挟大批妇女，惜命无心再战，由撤退已变成逃跑，漫无秩序，很快被吴三桂追上。在保定，一场激战，再次把大顺军击败。大顺军丢弃财物，轻装疾驰，昼夜兼行，把追兵抛到后头。这年五月三日，吴三桂追到了定州（河北定县），又与大顺军接战，负责殿后的大顺将领谷大成在战斗中阵亡，另一将左光先因坐骑被击倒，他的一条腿也跌断，被部下救走。大顺军无意恋战，很轻易地被吴军打败了。谈迁：《国榷》，卷101，6083页；《平寇志》，卷111，250页。自撤离北京，李自成接连在保定、定州遭到失败，士气与战斗力继续下降，已成惊弓之鸟。再难以重振雄风。
五月四日，李自成率大军败退至真定（河北正定）。李自成一再为吴三桂所败，如今如同一个丧家之犬，被撵得无立足之地，不禁怒火中烧，于是，挑选精锐，亲自统率，回军定州，誓同吴军、清军决一死战。结果又以失败告终，损失万余人，只好又跑回真定。
次日，李自成决心再组织一次大战，阻击吴、清联军。不幸的是，李自成和他的将士们虽竭尽了全力，但已成强弩之末，仍被击败，他本人身中流矢，被护卫救起，迅速撤离战场，大顺军也退出真定，只见“自北而南，尘土蔽天，然皆老幼参差，狼狈伶仃，十贼中夹带妇女三四辈，全无纪律”。边大绶：《虎口余生记》，30页。大顺军混乱不堪，在一片惊慌中加速退却。五月七日后，大顺军已经过固关进入山西境内。吴、清联军追到此也已人马俱疲，加之固关险要，大顺军据险设防，难以攻取，吴三桂决定停止追击，班师回京。《清世祖实录》，卷5，70页。
自山海关决战，把李自成逐出北京，一直追到固关而止，清朝已领有京畿地区和河北省境，取得了稳固的立足之地。前后所需时间不过半个月左右。李自成的失败，和他进取北京时一样迅速而不可抑止。显然，李自成的迅速失败，促成了清朝的迅速成功。到八月间，清朝已占有京畿地区与山东、河南部分地区，在地理及政治上获得了其他军事政治集团所不具备的优势，它居高临下，俯视天下，稳操全局，一切皆在掌握之中。
第一部分乱极重归一统（2）
将李自成逼出北京，退出河北，可称为清军入关夺权的第一阶段。在结束了这一阶段的军事行动之后，操持最高决策权的摄政王多尔衮，于农历九月十九日把他的七岁侄儿——福临世祖和他的一家全部迁来北京。这是自清朝勃兴以来第三次也是最后一次迁都。十月初一日，行告祭天地之礼，福临再次即皇帝位。清迁都与福临即位之举，标志着清朝君临天下的开始，也是清朝的新纪元的开始。
多尔衮没有以轻取北京而心满意足，他表示：“既得中原，势将混一，自此事无可疑。”（朝鲜）《仁祖实录》，七，仁祖二十三年正月庚戌。其志甚明，他要得到的是整个中国！
为实现这一战略目标，他把李自成视为主要敌人，即于十月下旬向李自成的大顺政权发起战略总攻，务期一举将大顺政权彻底打垮。多尔衮分兵两路：命英亲王阿济格为“靖远大将军”，平西王吴三桂和智顺王尚可喜随同率军出征陕西；另以豫亲王多铎为“定国大将军”，恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明等随征，与阿济格部夹击，会师西安。第二年即顺治二年（1645年）正月，李自成已无法阻止清军的进攻，料到西安守不住，先行撤离。五天后，多铎所部首先抵达西安。
阿济格与吴三桂等部出陕西北部，攻取了榆林、延安等重镇，所经州县纷纷投降。大顺政权已呈瓦解之势。
攻下西安后，清朝统治集团欢呼“大业已成”。李自成所剩残部对清朝已无严重威胁，但清朝仍不放过，命阿济格与吴三桂继续追击，“务期剿除”《清世祖实录》，卷14，8页。。
李自成撤离西安后，再无一处可立足的根据地，被清军追得紧，只能是由一地转移到另一地，实际上就是不断地逃跑。先跑出山西，进入河南，再奔湖北，抵襄阳，驻武昌，清军尾随至武昌，李自成派刘宗敏等率5000步骑兵出战，又被清军击败了！李自成被迫弃武昌，向东逃跑，进入湖南境，奔向江西九江，同追兵阿济格等又展开大战，李自成遭到自山海关血战以来的最惨重的失败，可以说，全军覆没，李自成的两个叔父、妻妾两人及大将刘宗敏、谋士宋献策等一大批重要人物都被俘获，这是对大顺政权的又一次致命打击。据阿济格、吴三桂奏报：自追击李自成以来，短短的三个月时间，已取河南12城、湖北39城、江西6城、南京附近6城，共得63城，皆“设官抚定矣。”《清世祖实录》，卷18，4~5页。除此，还从李自成那里获得了马匹、舟船等战利品，不计其数。
九江一战，李自成从一个统率过数十万至百万大军的统帅，已变成身边只剩数十人的“寡人”了！他从九江败后，逃到九宫山，被当地地主武装杀害。《清世祖实录》，卷18，4页。参见《明史·李自成传》，卷309及《弋闯志》等。是时，顺治二年五月二日。
一代英雄李自成死了，他的主要将领或被俘，或战死疆场，或降清，自此，大顺政权也结束了它的极为短暂的历史。
从全国范围看问题，清朝已消灭了李自成这一最有实力也最具威胁的政治军事割据集团。清朝把下一个进攻矛头指向了南明政权。
所谓南明政权，是指明朝灭亡后，仍占有长江以南的明朝官僚贵族及其士大夫拥戴朱氏宗室，相继建立福王、唐王、鲁王、桂王政权，以延续明朝的统治。合四个小朝廷，史称“南明”。清朝必欲统一天下，南明势在必剿。多尔衮决策征剿李自成时，也同时出兵南下，南北出击，对李自成与南明政权发起战略总攻，欲毕其功于一役，不给他们一点喘息机会，而清军正处极佳状态，战必胜、攻必取，必欲迅速统一全国。多尔衮的这一主观动机，是迅速消除分裂割据的一个重要因素。
多尔衮任命豫亲王多铎为“定国大将军”，携恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明率将士出征江南。还未及出发，李自成的步骑数万在举行局部反攻，一度得势，威胁清朝的安全。多尔衮感到事态严重，便决定暂缓下江南，指令多铎配合阿济格、吴三桂一路全力剿灭李自成。在攻下西安后，李自成辗转逃窜，已不足虑，即于顺治二年二月八日命令多铎部撤离征剿农民军的战场，照原计划，向江南进军。
多铎于三月五日从河南起兵，分三路同趋归德（今河南商丘），夺此南北战略要地，三路合为一股洪流，滚滚而南，夜渡淮河，直趋南京。福王朱由崧建年号“弘光”，是一个极荒淫昏庸之人，一切皆听任奸臣马士英等人的摆布，把朝政搞得一塌糊涂。内乱而昏，外有强兵压境，岂能自存！正如人们皆知，弘光政权一败涂地，清军于五月十五日开进了明朝建国时的都城，后北迁作为陪都的南京。福王和他的后妃及臣僚皆作鸟兽散，各自逃命去了，余下未逃的内阁大学士、六部尚书侍郎、六科给事中及都督以下各级官员55人与城中官民迎降。在进军南京沿途所降总兵、副将、参将、游击及监军道员共86人、马步兵共23。8万余人。孙文良、李治亭：《明清战争史略》第十三章，辽宁人民出版社，1986。清军仅以两个月零十天便灭亡了南明第一个政权，战绩辉煌，进展神速，势如破竹。福王最终也没有逃出清军之手，束手就擒于芜湖，做了清军的刀下鬼。
清军进入南京，即改为江南省，设布政司，以应天府为江宁府，成为清统治下的一部分。清朝据有南京这一形胜之区，为其在江南继续扩大领土，直至统一江南奠定了基础。
第一部分乱极重归一统（3）
鲁王政权是继弘光之后建立的政权之一。鲁王朱以海，其祖封在山东兖州，传至他为十代王。北京被占后，他南下至台州（浙江临海县）驻扎。弘光亡，浙江的亡明遗臣便拥戴他于绍兴组织新政权，他以远支的藩王不敢即位称帝，号称“监国”。鲁王占据浙东一隅之地，论实力无法同弘光相比。“监国”同样是一个短促的政权，很快为清军所败，朱以海逃跑不止，经舟山，至厦门、南澳，最后至长垣栖身，继续“监国”。赖各地拥明将士的维护，勉强维持到监国六年而亡。后来朱以海转移到台湾，于康熙元年（1662年）死在那里。徐鼐：《小腆纪传》，卷7，“监国鲁王”；计六奇《明季南略》，卷10。
还在鲁王监国之前，逃亡的明宗室唐王朱聿键于顺治二年闰六月在福州建立政权，初称“监国”，20天后，又正式即皇帝位，建元“隆武”。唐王也是个无所作为的人，又与在绍兴称监国的鲁王政权发生矛盾，互争伦序，因而不能联合起来，各自为政，削弱了抗清的力量，加之内部矛盾重重，大权为郑芝龙、郑鸿逵所控制，政治黑暗，导致军事上连连失败，偶有小胜不足扭转大局。他被清军撵得到处迁徙，居无定所。清“征南大将军”贝勒博洛率大军分两路进攻福建，明军望风而逃。第二年即隆武二年（1646年）八月，朱聿键逃到汀州，清军随后追到，将城攻破，擒获朱聿键，在州府大堂斩首处死。清朝总结在福建的战果：“前后连破贼兵二十余阵，降其伪总兵二十员、副将四十一员、参游七十二员、马步兵六万八千五百余名，福建悉平。”王先谦：《东华录》，顺治三年十一月癸卯。只维持了两年的隆武政权不复存在。
朱聿键死后，其四弟朱聿航海到了广州，继承其兄的皇位，改元“绍武”。这个短命的小朝廷只存在了一个半月的时间，就被清朝的两广总督佟养甲和提督李成栋率军攻破，朱聿被俘，自缢而死。《东南纪事》，“唐王聿键”。
南明最后一个小朝廷，就是桂王朱由榔于顺治三年十月在广东肇庆即位，改元“永历”。与此同时，清军进川，张献忠受重伤死，大西政权宣告结束，其余部进入贵州，与永历政权汇合《清世祖实录》，卷23，9页。，支撑了长达15年。
永历政权在云贵坚持了十余年，有李定国、孙可望、白文选等一大批名将支撑，同清军展开了激烈的争战，屡败清军，像定南王孔有德、敬谨亲王尼堪等都兵败而死。可惜，永历政权同前几个政权一样，为内部的腐败和党争所破坏，分裂、叛逃、倾轧，迅速瓦解了自身的力量，至顺治十五年（1658年）二月，在清军的三路大军夹击下，被逐出云贵，逃入缅甸境内栖身。顺治十八年九月，吴三桂率部入缅，逼使缅甸交出永历帝及全体臣属，永历被押回云南昆明处死。至此，南明最后灭亡，明朝彻底退出了历史舞台。有关清灭亡南明政权的史料甚�