现在来讲就纯哲学而论，笛卡尔的两本最重要的书。这两本书是《方法论》（1637）和《沉思录》（Meditations）
（1642）。两书有很多重复，不必要分开谈。
在这两本书中，笛卡尔开始先说明一向被人称作“笛卡尔式怀疑”的方法。笛卡尔为了使他的哲学获得牢固基础，决心让自己怀疑他好歹总能怀疑的一切事物。因为他预料到这个过程可能需要若干时间，所以他决意在这段期间按普通公认的规矩节制自己的行为举止；这样，他的精神就免得受个人关于实践方面的怀疑所引起的可能后果的妨害。
笛卡尔从关于各种感觉的怀疑入手。他说，我能不能怀疑我正穿着晨衣坐在这儿炉火旁边？能，我能怀疑；因为有时候我实际赤身睡在床上（当时睡衣以至睡衫还没有发明），可是我梦见了我在这里。并且，精神病人往往有幻觉，所以我也可能处在同样状况。
不过梦这东西好像画家，带给我们实际事物的写照，至少按梦的各个组成要素讲如此。（你可能梦到带翅的马，但是那无非因为你见过翅和马）。所以说，一般有形性质，包括广延性、大小和数目之类的东西，不像关于个别事物的信念容易怀疑。算术和几何学讨论的不是个别事物，因此就比物理学和天文学确实；甚至对梦中对象来讲也适用，梦里的对象在数目和广延性方面与真实对象没有区别。然而，即便对于算术和几何，仍可能怀疑。说不定每当我来数一个正方形的边数或算二加三的时候，神就叫我出错。也许，甚至在想像中把这种不仁归给神，理不该当；但是难保没有一个既神通广大又狡猾欺诈的恶魔，用尽它的巧计聪明来蒙骗我。假使真有这样的恶魔，说不定我所见的一切事物不过是错觉，恶魔就利用这种错觉当作陷阱，来骗取我的轻信。
不过总还有某样事我怀疑不得；假使我当真不存在，任何恶魔，不管多么狡猾，也无法欺骗我。我可能不具有·肉·体；
这是错觉也难说。然而思维那就另是一回事。“当我要把一切事物都想成是虚假的时候，这个进行思维的‘我’必然非是某种东西不可；我认识到‘我思故我在’这条真理十分牢靠、十分确实，怀疑论者的所有最狂妄的假定都无法把它推翻，于是我断定我能够毫不犹疑地承认它是我所探求的哲学中的第一原理。”
这段文字是笛卡尔的认识论的核心，包含着他的哲学中最重要之点。笛卡尔以后的哲学家大多都注重认识论，其所以如此主要由于笛卡尔。“我思故我在”说得精神比物质确实，而（对我来讲）我的精神又比旁人的精神确实。因此，出自笛卡尔的一切哲学全有主观主义倾向，并且偏向把物质看成是唯有从我们对于精神的所知、通过推理才可以认识（倘若可认识）的东西。欧洲大陆的唯心论与英国的经验论双方都存在这两种倾向；前者以此自鸣得意，后者为这感到遗憾。最近年来，称作工具主义的那派哲学，一直打算摆脱这种主观主义，但是关于这点目下我且不谈。除工具主义是例外，近代哲学对问题的提法有极多是从笛卡尔接受过来的，只是不接受他的解答罢了。
读者会记起，圣奥古斯丁提出了一个酷似“cogito”的论点。不过他并不特别侧重这论点，打算用它来解决的问题也只占他的思想的一小部分。所以笛卡尔的创见应该得到承认，固然这主要还不在于创造这个论点，而在于认识到它的重要意义。
现在既然获得了坚固的基础，笛卡尔便兴工重建知识大厦。已被证明是存在的那个“我”，是由我思维这件事实推知的，所以当我思维的时候“我”存在，而且只有当我思维时“我”才存在。假若我停止思维，“我”的存在便没有证据了。
“我”是一个作思维的东西，即这样一种实体：其全部本性或本质在于思维作用、而且为了它存在并不需要有场所或物质事物。因此，灵魂与肉体全然两样，而且比肉体容易认识；
纵然没有肉体，灵魂也会一如现状。
笛卡尔然后自问：“cogito”这样明白，是什么缘故呢？他的结论是，那无非因为它清晰而判然。所以他采取以下的原理当作一般准则：·凡·我·们·能·够·设·想·得·很·清·晰、·很·判·然·的·一·切·事·物·都·是·真·的。不过他也承认，要想知道这种事物究竟是哪些个，往往有困难。
“思维作用”一词，笛卡尔按极广的意义来使用它。他说，所谓作思维的东西，就是这种东西：它怀疑、理解、设想、肯定、否定、意欲、想像和感觉——因为在梦里起的那种感觉也是思维作用的一种。由于思维是精神的本质，精神必定永远在思维，即使熟睡时也如此。
笛卡尔现在继续谈我们关于物体的知识这个问题。他以蜂巢里取出来的一块蜂蜡作为实例。各种感官觉得有些事情很明显：这块蜂蜡有蜜的味道、花的香气，有某种感觉得到的颜色、大小、形状，生硬冰冷，敲一敲发响声。可是你如果把它放在火近旁，尽管蜂蜡照旧是蜂蜡，这些性质却发生了变化；可见方才感官所觉得的并不是蜂蜡本身。蜂蜡本身是由广延性、柔软性、和可动性构成的，这些非想像力所理解，而精神则理解。蜂蜡这件·东·西本身无法感觉得到，因为它均等地含蕴在蜂蜡对各种感官显示的一切现象之中。对蜂蜡的知觉作用“不是看、触、或想像，而是精神的洞观”。我没有·看·见蜂蜡，正如我若看见大街上有帽子和外衣上身，不等于我看见街上有行人。“我纯凭位于我的精神中的判断力，理解我本以为我用眼睛看见的东西。”感官认识是混杂的，动物一样也持有；但是现在我剥下了蜂蜡的衣裳，凭精神感知它赤裸的本相。我通过感官看见蜂蜡，由这件事确实断定我自己存在，但不能断定蜂蜡存在。认识外界事物不可靠感官，必须凭精神。
由此又转而考察各类观念。笛卡尔说，最常见的错误就是以为自己的观念与外界事物相像。（“观念”这个词照笛卡尔的用法包括感官知觉）。观念·似·乎有三类：（1）生得观念，（2）非固有的、从外界得来的观念，（3）自己创造的观念。第二类观念我们当然假定它与外界对象相像。所以要假定这点，一部分因为“自然”教导我们如此想，一部分因为这种观念是不涉及意志（即通过感觉作用）而来的，因此，设想有某个外在事物把它的影像印在我心上，似乎也合理。但这两点是充分理由吗？在这个情况，我说“受自然的教导”，意思无非是说我有相信它的某种倾向，并不是说我借自然之光看到这点。借自然之光所看到的无法否定，但是单单是倾向，那也可能倾向于错的事情。至于说感官观念不随意，这根本不成理由，因为梦虽然出于内部，却也不随意。可见，假定感官观念来自外界的理由不能令人信服。
况且，同是一个外界对象，往往有两种不同的观念，例如感官所觉得的太阳和天文学家所相信的太阳。这两种观念不会都像太阳，根据理性知道，直接来自经验的那个观念，在两者当中一定是和太阳比较不像的。
但是这种种理由并未解决对外界存在置疑的怀疑论调。
唯有首先证明神存在，才能够做到这一步。
笛卡尔对神存在的一些证明并不怎么独出心裁，大体说都是从经院哲学来的。这些证明莱布尼兹叙述得比较好，所以我想先略去不谈，等讲到莱布尼兹的时候再讨论。
神的存在既然证明之后，其余的事情便畅行无阻了。因为神性善，他不会像笛卡尔为当作怀疑的理由而想像的那个好欺诈的恶魔一般作为。那么，既然神给了我如此强烈的心向相信物体存在，假使物体并不存在，他岂不欺哄人；所以物体存在。不仅如此，神必定还给予了我纠正错误的能力。我在应用“清晰、判然的就是真的”这条原理时运用这种能力。
因此我便能够懂得数学；我如果记住，我必须单凭精神去认识关于物体的真理，不应当精神、肉体联用，我又能够懂得物理学。
笛卡尔的认识论的建设性部分远不如在前的破坏性部分有味。建设性部分利用了如“结果决不能比其原因多具备完善性”之类各色各样的经院哲学准则，这种东西不知怎么回事会逃过了起初的批判性考查。尽管这些准则比人自己的存在确实少带自明性，却没举任何理由就承认了，而自身的存在倒大吹大擂地·证·明了一阵。柏拉图、圣奥古斯丁和圣托马斯的著作含有《沉思录》中大部分肯定性的东西。
“批判的怀疑”方法在哲学上非常重要，尽管笛卡尔本人只是三心二意地应用这方法的。按逻辑讲，显然怀疑要在某处止住，这方法才能够产生积极结果。假若逻辑知识和经验知识双方都得有，就必须有两种怀疑止点：无疑问的事实和无疑问的推理原则。笛卡尔的无疑问的事实是他自己的思维，按最广的意义使用“思维”这个词。“我思”是他的原始前提。
这里“我”字其实于理不通；他该把原始前提叙述成“思维是有的”这个形式才对。“我”字在语法上虽然便当，但是它表述的不是已知事项。等他再往下讲“我是一个作思维的·东·西”，这时他已经在漫无批判地应用经院哲学传下来的范畴工具。他在什么地方也没证明思维需要有思维者，而且除按语法上的意义来讲，并没有理由相信这点。可是，不把外界对象而把思维看成是原始的经验确实项，这一着决断非常重要，对后来的一切哲学有深刻影响。
笛卡尔的哲学在另外两点上也重要。第一，它完成了、或者说极近乎完成了由柏拉图开端而主要因为宗教上的理由经基督教哲学发展起来的精神、物质二元论。松果腺里的那种奇妙事务被笛卡尔的信徒们抛弃了，且不去管它；笛卡尔体系提出来精神界和物质界两个平行而彼此独立的世界，研究其中之一能够不牵涉另一个。精神不推动肉体，这是个新颖想法；按明白形式说出于格令克斯，但是潜在上出于笛卡尔。
有了这想法便能够讲肉体不推动精神，此其一利。关于肉体感到渴的时候为什么精神觉得“难过”，《沉思录》中有不少议论。笛卡尔主义的正确解答是：肉体和精神好似两个钟，每当一个钟指示出“渴”，另一个钟指示出“难过”。然而从宗教观点看，这理论有一个严重的不利；这就转入上面我提及的笛卡尔哲学的第二特征。
笛卡尔哲学在关于物质界的全部理论上，是严格的决定论。活的有机体完全和死物一样受物理定律支配；不再像亚里士多德哲学，需要有“隐德来希”（entelechy）或灵魂来解释有机体的生长和动物的运动。笛卡尔本人只承认了一个小小例外：人的灵魂通过意志作用，虽然不能改变生命精气的运动量，能够改变它的运动方向。不过这一点违反他的体系的精神，也证实和力学定律抵触，因此被人抛弃了。结果是，物质的一切运动由物理定律决定，又由于平行关系，精神事件也必是同样有定的。这一来，笛卡尔派关于自由意志问题就感到棘手。而对笛卡尔的科学比对他的认识论更注意的人，不难把动物是自动机�